mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999995584 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr19:55451232C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | NLRP7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000446217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001127255 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q8WX94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1039G>A cDNA.1442G>A g.26449G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | V347I Score: 29 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 347 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs775882
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regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 603 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 3198 / 3198 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1066 / 1066 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 3601 / 3601 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 404 / 404 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3469 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 3198 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1039 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1442 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 26449 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 55451232 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TGGCGCAGCAGCCGATCTACGTAAGGGTGGAGGGCTTCCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TGGCGCAGCAGCCGATCTACATAAGGGTGGAGGGCTTCCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGGCGCAGCAGCCGATCTACGTAAGGGTGGAGGGCTTCCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGGCGCAGCAGCCGATCTACATAAGGGTGGAGGGCTTCCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MSRKHRLEAR PDLREFFSLN LRSHTRSTMT SPQLEWTLQT LLEQLNEDEL KSFKSLLWAF PLEDVLQKTP WSEVEEADGK KLAEILVNTS SENWIRNATV NILEEMNLTE LCKMAKAEMM EDGQVQEIDN PELGDAEEDS ELAKPGEKEG WRNSMEKQSL VWKNTFWQGD IDNFHDDVTL RNQRFIPFLN PRTPRKLTPY TVVLHGPAGV GKTTLAKKCM LDWTDCNLSP TLRYAFYLSC KELSRMGPCS FAELISKDWP ELQDDIPSIL AQAQRILFVV DGLDELKVPP GALIQDICGD WEKKKPVPVL LGSLLKRKML PRAALLVTTR PRALRDLQLL AQQPIYVRVE GFLEEDRRAY FLRHFGDEDQ AMRAFELMRS NAALFQLGSA PAVCWIVCTT LKLQMEKGED PVPTCLTRTG LFLRFLCSRF PQGAQLRGAL RTLSLLAAQG LWAQMSVFHR EDLERLGVQE SDLRLFLDGD ILRQDRVSKG CYSFIHLSFQ QFLTALFYAL EKEEGEDRDG HAWDIGDVQK LLSGEERLKN PDLIQVGHFL FGLANEKRAK ELEATFGCRM SPDIKQELLQ CKAHLHANKP LSVTDLKEVL GCLYESQEEE LAKVVVAPFK EISIHLTNTS EVMHCSFSLK HCQDLQKLSL QVAKGVFLEN YMDFELDIEF ERCTYLTIPN WARQDLRSLR LWTDFCSLFS SNSNLKFLEV KQSFLSDSSV RILCDHVTRS TCHLQKVEIK NVTPDTAYRD FCLAFIGKKT LTHLTLAGHI EWERTMMLML CDLLRNHKCN LQYLRLGGHC ATPEQWAEFF YVLKANQSLK HLRLSANVLL DEGAMLLYKT MTRPKHFLQM LSLENCRLTE ASCKDLAAVL VVSKKLTHLC LAKNPIGDTG VKFLCEGLSY PDCKLQTLVL QQCSITKLGC RYLSEALQEA CSLTNLDLSI NQIARGLWIL CQALENPNCN LKHLRLWSCS LMPFYCQHLG SALLSNQKLE TLDLGQNHLW KSGIIKLFGV LRQRTGSLKI LRLKTYETNL EIKKLLEEVK EKNPKLTIDC NASGATAPPC CDFFC* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MSRKHRLEAR PDLREFFSLN LRSHTRSTMT SPQLEWTLQT LLEQLNEDEL KSFKSLLWAF PLEDVLQKTP WSEVEEADGK KLAEILVNTS SENWIRNATV NILEEMNLTE LCKMAKAEMM EDGQVQEIDN PELGDAEEDS ELAKPGEKEG WRNSMEKQSL VWKNTFWQGD IDNFHDDVTL RNQRFIPFLN PRTPRKLTPY TVVLHGPAGV GKTTLAKKCM LDWTDCNLSP TLRYAFYLSC KELSRMGPCS FAELISKDWP ELQDDIPSIL AQAQRILFVV DGLDELKVPP GALIQDICGD WEKKKPVPVL LGSLLKRKML PRAALLVTTR PRALRDLQLL AQQPIYIRVE GFLEEDRRAY FLRHFGDEDQ AMRAFELMRS NAALFQLGSA PAVCWIVCTT LKLQMEKGED PVPTCLTRTG LFLRFLCSRF PQGAQLRGAL RTLSLLAAQG LWAQMSVFHR EDLERLGVQE SDLRLFLDGD ILRQDRVSKG CYSFIHLSFQ QFLTALFYAL EKEEGEDRDG HAWDIGDVQK LLSGEERLKN PDLIQVGHFL FGLANEKRAK ELEATFGCRM SPDIKQELLQ CKAHLHANKP LSVTDLKEVL GCLYESQEEE LAKVVVAPFK EISIHLTNTS EVMHCSFSLK HCQDLQKLSL QVAKGVFLEN YMDFELDIEF ERCTYLTIPN WARQDLRSLR LWTDFCSLFS SNSNLKFLEV KQSFLSDSSV RILCDHVTRS TCHLQKVEIK NVTPDTAYRD FCLAFIGKKT LTHLTLAGHI EWERTMMLML CDLLRNHKCN LQYLRLGGHC ATPEQWAEFF YVLKANQSLK HLRLSANVLL DEGAMLLYKT MTRPKHFLQM LSLENCRLTE ASCKDLAAVL VVSKKLTHLC LAKNPIGDTG VKFLCEGLSY PDCKLQTLVL QQCSITKLGC RYLSEALQEA CSLTNLDLSI NQIARGLWIL CQALENPNCN LKHLRLWSCS LMPFYCQHLG SALLSNQKLE TLDLGQNHLW KSGIIKLFGV LRQRTGSLKI LRLKTYETNL EIKKLLEEVK EKNPKLTIDC NASGATAPPC CDFFC* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.55 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||