mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999974396963651 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:32725619T>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | HLA-DQB2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000411527 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001198858 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | P05538 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.5693A>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs9276570
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regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 538 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
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length of protein | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 21 / 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 691 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 620 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 684 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 5693 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 32725619 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | AGAGCAAGATGCTGAGTGGCATTGGAGGCTTCGTGCTGGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | AGAGCAAGATGCTGAGTGGCGTTGGAGGCTTCGTGCTGGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MALQIPGGFW AAAVTVMLVM LSTPVAEARD FPKDFLVQFK GMCYFTNGTE RVRGVARYIY NREEYGRFDS DVGEFQAVTE LGRSIEDWNN YKDFLEQERA AVDKVCRHNY EAELRTTLQR QVEPTVTISP SRTEALNHHN LLVCSVTDFY PAQIKVRWFR NDQEETAGVV STSLIRNGDW TFQILVMLEI TPQRGDIYTC QVEHPSLQSP ITVEWRPRGP PPAGLLH* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.28 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||