mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999822527416778 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr12:9303296A>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PZP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000261336 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_002864 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | P20742 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.4328T>A cDNA.4357T>A g.57671T>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | I1443N Score: 194 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1443 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs10842971
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regulatory features | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4449 / 4449 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1483 / 1483 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4478 / 4478 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 30 / 30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4456 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4376 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4449 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 4328 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 4357 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 57671 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 9303296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CTTCATGGTTCTGCAAGACATCCCAGTAGGAGACTTGAAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CTTCATGGTTCTGCAAGACAACCCAGTAGGAGACTTGAAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CTTCATGGTTCTGCAAGACATCCCAGTAGGAGACTTGAAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CTTCATGGTTCTGCAAGACAACCCAGTAGGAGACTTGAAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MRKDRLLHLC LVLLLILLSA SDSNSTEPQY MVLVPSLLHT EAPKKGCVLL SHLNETVTVS ASLESGRENR SLFTDLVAEK DLFHCVSFTL PRISASSEVA FLSIQIKGPT QDFRKRNTVL VLNTQSLVFV QTDKPMYKPG QTVRFRVVSV DENFRPRNEL IPLIYLENPR RNRIAQWQSL KLEAGINQLS FPLSSEPIQG SYRVVVQTES GGRIQHPFTV EEFVLPKFEV KVQVPKIISI MDEKVNITVC GEYTYGKPVP GLATVSLCRK LSRVLNCDKQ EVCEEFSQQL NSNGCITQQV HTKMLQITNT GFEMKLRVEA RIREEGTDLE VTANRISEIT NIVSKLKFVK VDSHFRQGIP FFAQVLLVDG KGVPIPNKLF FISVNDANYY SNATTNEQGL AQFSINTTSI SVNKLFVRVF TVHPNLCFHY SWVAEDHQGA QHTANRVFSL SGSYIHLEPV AGTLPCGHTE TITAHYTLNR QAMGELSELS FHYLIMAKGV IVRSGTHTLP VESGDMKGSF ALSFPVESDV APIARMFIFA ILPDGEVVGD SEKFEIENCL ANKVDLSFSP AQSPPASHAH LQVAAAPQSL CALRAVDQSV LLMKPEAELS VSSVYNLLTV KDLTNFPDNV DQQEEEQGHC PRPFFIHNGA IYVPLSSNEA DIYSFLKGMG LKVFTNSKIR KPKSCSVIPS VSAGAVGQGY YGAGLGVVER PYVPQLGTYN VIPLNNEQSS GPVPETVRSY FPETWIWELV AVNSSGVAEV GVTVPDTITE WKAGAFCLSE DAGLGISSTA SLRAFQPFFV ELTMPYSVIR GEVFTLKATV LNYLPKCIRV SVQLKASPAF LASQNTKGEE SYCICGNERQ TLSWTVTPKT LGNVNFSVSA EAMQSLELCG NEVVEVPEIK RKDTVIKTLL VEAEGIEQEK TFSSMTCASG ANVSEQLSLK LPSNVVKESA RASFSVLGDI LGSAMQNIQN LLQMPYGCGE QNMVLFAPNI YVLNYLNETQ QLTQEIKAKA VGYLITGYQR QLNYKHQDGS YSTFGERYGR NQGNTWLTAF VLKTFAQARS YIFIDEAHIT QSLTWLSQMQ KDNGCFRSSG SLLNNAIKGG VEDEATLSAY VTIALLEIPL PVTNPIVRNA LFCLESAWNV AKEGTHGSHV YTKALLAYAF SLLGKQNQNR EILNSLDKEA VKEDNLVHWE RPQRPKAPVG HLYQTQAPSA EVEMTSYVLL AYLTAQPAPT SGDLTSATNI VKWIMKQQNA QGGFSSTQDT VVALHALSRY GAATFTRTEK TAQVTVQDSQ TFSTNFQVDN NNLLLLQQIS LPELPGEYVI TVTGERCVYL QTSMKYNILP EKEDSPFALK VQTVPQTCDG HKAHTSFQIS LTISYTGNRP ASNMVIVDVK MVSGFIPLKP TVKMLERSSS VSRTEVSNNH VLIYVEQVTN QTLSFSFMVL QDIPVGDLKP AIVKVYDYYE TDESVVAEYI APCSTDTEHG NV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MRKDRLLHLC LVLLLILLSA SDSNSTEPQY MVLVPSLLHT EAPKKGCVLL SHLNETVTVS ASLESGRENR SLFTDLVAEK DLFHCVSFTL PRISASSEVA FLSIQIKGPT QDFRKRNTVL VLNTQSLVFV QTDKPMYKPG QTVRFRVVSV DENFRPRNEL IPLIYLENPR RNRIAQWQSL KLEAGINQLS FPLSSEPIQG SYRVVVQTES GGRIQHPFTV EEFVLPKFEV KVQVPKIISI MDEKVNITVC GEYTYGKPVP GLATVSLCRK LSRVLNCDKQ EVCEEFSQQL NSNGCITQQV HTKMLQITNT GFEMKLRVEA RIREEGTDLE VTANRISEIT NIVSKLKFVK VDSHFRQGIP FFAQVLLVDG KGVPIPNKLF FISVNDANYY SNATTNEQGL AQFSINTTSI SVNKLFVRVF TVHPNLCFHY SWVAEDHQGA QHTANRVFSL SGSYIHLEPV AGTLPCGHTE TITAHYTLNR QAMGELSELS FHYLIMAKGV IVRSGTHTLP VESGDMKGSF ALSFPVESDV APIARMFIFA ILPDGEVVGD SEKFEIENCL ANKVDLSFSP AQSPPASHAH LQVAAAPQSL CALRAVDQSV LLMKPEAELS VSSVYNLLTV KDLTNFPDNV DQQEEEQGHC PRPFFIHNGA IYVPLSSNEA DIYSFLKGMG LKVFTNSKIR KPKSCSVIPS VSAGAVGQGY YGAGLGVVER PYVPQLGTYN VIPLNNEQSS GPVPETVRSY FPETWIWELV AVNSSGVAEV GVTVPDTITE WKAGAFCLSE DAGLGISSTA SLRAFQPFFV ELTMPYSVIR GEVFTLKATV LNYLPKCIRV SVQLKASPAF LASQNTKGEE SYCICGNERQ TLSWTVTPKT LGNVNFSVSA EAMQSLELCG NEVVEVPEIK RKDTVIKTLL VEAEGIEQEK TFSSMTCASG ANVSEQLSLK LPSNVVKESA RASFSVLGDI LGSAMQNIQN LLQMPYGCGE QNMVLFAPNI YVLNYLNETQ QLTQEIKAKA VGYLITGYQR QLNYKHQDGS YSTFGERYGR NQGNTWLTAF VLKTFAQARS YIFIDEAHIT QSLTWLSQMQ KDNGCFRSSG SLLNNAIKGG VEDEATLSAY VTIALLEIPL PVTNPIVRNA LFCLESAWNV AKEGTHGSHV YTKALLAYAF SLLGKQNQNR EILNSLDKEA VKEDNLVHWE RPQRPKAPVG HLYQTQAPSA EVEMTSYVLL AYLTAQPAPT SGDLTSATNI VKWIMKQQNA QGGFSSTQDT VVALHALSRY GAATFTRTEK TAQVTVQDSQ TFSTNFQVDN NNLLLLQQIS LPELPGEYVI TVTGERCVYL QTSMKYNILP EKEDSPFALK VQTVPQTCDG HKAHTSFQIS LTISYTGNRP ASNMVIVDVK MVSGFIPLKP TVKMLERSSS VSRTEVSNNH VLIYVEQVTN QTLSFSFMVL QDNPVGDLKP AIVKVYDYYE TDESVVAEYI APCSTDTEHG NV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.50 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||