mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.0413074889693857 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr2:28761981G>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PLB1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000327757 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_153021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q6P1J6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.634G>C cDNA.678G>C g.81970G>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | V212L Score: 32 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs6753929
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regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation PU1, Transcription Factor, PU1 Transcription Factor Binding Promoter Associated, Regulatory Feature, Promoter like regulatory feature SP1, Transcription Factor, SP1 Transcription Factor Binding USF1, Transcription Factor, USF1 Transcription Factor Binding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4377 / 4377 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1459 / 1459 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4421 / 4421 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 45 / 45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4218 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4123 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4377 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 634 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 678 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 81970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 28761981 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CCTAGGTCCCCAGAGCATTTGTAAACCTGGTGGACCTCTCT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CCTAGGTCCCCAGAGCATTTCTAAACCTGGTGGACCTCTCT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | AGGAGGTCCCCAGAGCATTTGTAAACCTGGTGGACCTCTCT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | AGGAGGTCCCCAGAGCATTTCTAAACCTGGTGGACCTCTCT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGLRPGIFLL ELLLLLGQGT PQIHTSPRKS TLEGQLWPET LKNSPFPCNP NKLGVNMPSK SVHSLKPSDI KFVAAIGNLE IPPDPGTGDL EKQDWTERPQ QVCMGVMTVL SDIIRYFSPS VPMPVCHTGK RVIPHDGAED LWIQAQELVR NMKENLQLDF QFDWKLINVF FSNASQCYLC PSAQQNGLAA GGVDELMGVL DYLQQEVPRA FVNLVDLSEV AEVSRQYHGT WLSPAPEPCN CSEETTRLAK VVMQWSYQEA WNSLLASSRY SEQESFTVVF QPFFYETTPS LHSEDPRLQD STTLAWHLWN RMMEPAGEKD EPLSVKHGRP MKCPSQESPY LFSYRNSNYL TRLQKPQDKL EVREGAEIRC PDKDPSDTVP TSVHRLKPAD INVIGALGDS LTAGNGAGST PGNVLDVLTQ YRGLSWSVGG DENIGTVTTL ANILREFNPS LKGFSVGTGK ETSPNAFLNQ AVAGGRAEDL PVQARRLVDL MKNDTRIHFQ EDWKIITLFI GGNDLCDFCN DLVHYSPQNF TDNIGKALDI LHAEVPRAFV NLVTVLEIVN LRELYQEKKV YCPRMILRSL CPCVLKFDDN STELATLIEF NKKFQEKTHQ LIESGRYDTR EDFTVVVQPF FENVDMPKTS EGLPDNSFFA PDCFHFSSKS HSRAASALWN NMLEPVGQKT TRHKFENKIN ITCPNQVQPF LRTYKNSMQG HGTWLPCRDR APSALHPTSV HALRPADIQV VAALGDSLTA GNGIGSKPDD LPDVTTQYRG LSYSAGGDGS LENVTTLPNI LREFNRNLTG YAVGTGDAND TNAFLNQAVP GAKAEDLMSQ VQTLMQKMKD DHRVNFHEDW KVITVLIGGS DLCDYCTDSN LYSAANFVHH LRNALDVLHR EVPRVLVNLV DFLNPTIMRQ VFLGNPDKCP VQQASVLCNC VLTLRENSQE LARLEAFSRA YRSSMRELVG SGRYDTQEDF SVVLQPFFQN IQLPVLADGL PDTSFFAPDC IHPNQKFHSQ LARALWTNML EPLGSKTETL DLRAEMPITC PTQNEPFLRT PRNSNYTYPI KPAIENWGSD FLCTEWKASN SVPTSVHQLR PADIKVVAAL GDSLTTAVGA RPNNSSDLPT SWRGLSWSIG GDGNLETHTT LPNILKKFNP YLLGFSTSTW EGTAGLNVAA EGARARDMPA QAWDLVERMK NSPDINLEKD WKLVTLFIGV NDLCHYCENP EAHLATEYVQ HIQQALDILS EELPRAFVNV VEVMELASLY QGQGGKCAML AAQNNCTCLR HSQSSLEKQE LKKVNWNLQH GISSFSYWHQ YTQREDFAVV VQPFFQNTLT PLNERGDTDL TFFSEDCFHF SDRGHAEMAI ALWNNMLEPV GRKTTSNNFT HSRAKLKCPS PESPYLYTLR NSRLLPDQAE EAPEVLYWAV PVAAGVGLVV GIIGTVVWRC RRGGRREDPP MSLRTVAL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGLRPGIFLL ELLLLLGQGT PQIHTSPRKS TLEGQLWPET LKNSPFPCNP NKLGVNMPSK SVHSLKPSDI KFVAAIGNLE IPPDPGTGDL EKQDWTERPQ QVCMGVMTVL SDIIRYFSPS VPMPVCHTGK RVIPHDGAED LWIQAQELVR NMKENLQLDF QFDWKLINVF FSNASQCYLC PSAQQNGLAA GGVDELMGVL DYLQQEVPRA FLNLVDLSEV AEVSRQYHGT WLSPAPEPCN CSEETTRLAK VVMQWSYQEA WNSLLASSRY SEQESFTVVF QPFFYETTPS LHSEDPRLQD STTLAWHLWN RMMEPAGEKD EPLSVKHGRP MKCPSQESPY LFSYRNSNYL TRLQKPQDKL EVREGAEIRC PDKDPSDTVP TSVHRLKPAD INVIGALGDS LTAGNGAGST PGNVLDVLTQ YRGLSWSVGG DENIGTVTTL ANILREFNPS LKGFSVGTGK ETSPNAFLNQ AVAGGRAEDL PVQARRLVDL MKNDTRIHFQ EDWKIITLFI GGNDLCDFCN DLVHYSPQNF TDNIGKALDI LHAEVPRAFV NLVTVLEIVN LRELYQEKKV YCPRMILRSL CPCVLKFDDN STELATLIEF NKKFQEKTHQ LIESGRYDTR EDFTVVVQPF FENVDMPKTS EGLPDNSFFA PDCFHFSSKS HSRAASALWN NMLEPVGQKT TRHKFENKIN ITCPNQVQPF LRTYKNSMQG HGTWLPCRDR APSALHPTSV HALRPADIQV VAALGDSLTA GNGIGSKPDD LPDVTTQYRG LSYSAGGDGS LENVTTLPNI LREFNRNLTG YAVGTGDAND TNAFLNQAVP GAKAEDLMSQ VQTLMQKMKD DHRVNFHEDW KVITVLIGGS DLCDYCTDSN LYSAANFVHH LRNALDVLHR EVPRVLVNLV DFLNPTIMRQ VFLGNPDKCP VQQASVLCNC VLTLRENSQE LARLEAFSRA YRSSMRELVG SGRYDTQEDF SVVLQPFFQN IQLPVLADGL PDTSFFAPDC IHPNQKFHSQ LARALWTNML EPLGSKTETL DLRAEMPITC PTQNEPFLRT PRNSNYTYPI KPAIENWGSD FLCTEWKASN SVPTSVHQLR PADIKVVAAL GDSLTTAVGA RPNNSSDLPT SWRGLSWSIG GDGNLETHTT LPNILKKFNP YLLGFSTSTW EGTAGLNVAA EGARARDMPA QAWDLVERMK NSPDINLEKD WKLVTLFIGV NDLCHYCENP EAHLATEYVQ HIQQALDILS EELPRAFVNV VEVMELASLY QGQGGKCAML AAQNNCTCLR HSQSSLEKQE LKKVNWNLQH GISSFSYWHQ YTQREDFAVV VQPFFQNTLT PLNERGDTDL TFFSEDCFHF SDRGHAEMAI ALWNNMLEPV GRKTTSNNFT HSRAKLKCPS PESPYLYTLR NSRLLPDQAE EAPEVLYWAV PVAAGVGLVV GIIGTVVWRC RRGGRREDPP MSLRTVAL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.51 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||