mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999822527416778 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr12:9303296A>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PZP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000381997 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | P20742 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.3686T>A cDNA.3686T>A g.57671T>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | I1229N Score: 194 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs10842971
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regulatory features | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 3807 / 3807 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1269 / 1269 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 3807 / 3807 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3785 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3734 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 3807 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 3686 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3686 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 57671 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 9303296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CTTCATGGTTCTGCAAGACATCCCAGTAGGAGACTTGAAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CTTCATGGTTCTGCAAGACAACCCAGTAGGAGACTTGAAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CTTCATGGTTCTGCAAGACATCCCAGTAGGAGACTTGAAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CTTCATGGTTCTGCAAGACAACCCAGTAGGAGACTTGAAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MSESYRRTTF PVRFRVVSVD ENFRPRNELI PLIYLENPRR NRIAQWQSLK LEAGINQLSF PLSSEPIQGS YRVVVQTESG GRIQHPFTVE EFVLPKFEVK VQVPKIISIM DEKVNITVCG EYTYGKPVPG LATVSLCRKL SRVLNCDKQE VCEEFSQQLN SNGCITQQVH TKMLQITNTG FEMKLRVEAR IREEGTDLEV TANRISEITN IVSKLKFVKV DSHFRQGIPF FAQVLLVDGK GVPIPNKLFF ISVNDANYYS NATTNEQGLA QFSINTTSIS VNKLFVRVFT VHPNLCFHYS WVAEDHQGAQ HTANRVFSLS GSYIHLEPVA GTLPCGHTET ITAHYTLNRQ AMGELSELSF HYLIMAKGVI VRSGTHTLPV ESGDMKGSFA LSFPVESDVA PIARMFIFAI LPDGEVVGDS EKFEIENCLA NKVDLSFSPA QSPPASHAHL QVAAAPQSLC ALRAVDQSVL LMKPEAELSV SSVYNLLTVK DLTNFPDNVD QQEEEQGHCP RPFFIHNGAI YVPLSSNEAD IYSFLKGMGL KVFTNSKIRK PKSCSVIPSV SAGAVGQGYY GAGLGVVERP YVPQLGTYNV IPLNNEQSSG PVPETVRSYF PETWIWELVA VNSSGVAEVG VTVPDTITEW KAGAFCLSED AGLGISSTAS LRAFQPFFVE LTMPYSVIRG EVFTLKATVL NYLPKCIRAE GIEQEKTFSS MTCASGANVS EQLSLKLPSN VVKESARASF SVLGDILGSA MQNIQNLLQM PYGCGEQNMV LFAPNIYVLN YLNETQQLTQ EIKAKAVGYL ITGYQRQLNY KHQDGSYSTF GERYGRNQGN TWLTAFVLKT FAQARSYIFI DEAHITQSLT WLSQMQKDNG CFRSSGSLLN NAIKGGVEDE ATLSAYVTIA LLEIPLPVTN PIVRNALFCL ESAWNVAKEG THGSHVYTKA LLAYAFSLLG KQNQNREILN SLDKEAVKED NLVHWERPQR PKAPVGHLYQ TQAPSAEVEM TSYVLLAYLT AQPAPTSGDL TSATNIVKWI MKQQNAQGGF SSTQDTVVAL HALSRYGAAT FTRTEKTAQV TVQDSQTFST NFQVDNNNLL LLQQISLPEL PGEYVITVTG ERCVYLQTSM KYNILPEKED SPFALKVQTV PQTCDGHKAH TSFQISLTIS YTGNRPASNM VIVDVKMVSG FIPLKPTVKM LERSSSVSRT EVSNNHVLIY VEQVTNQTLS FSFMVLQDIP VGDLKPAIVK VYDYYETDES VVAEYIAPCS TDTEHGNV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MSESYRRTTF PVRFRVVSVD ENFRPRNELI PLIYLENPRR NRIAQWQSLK LEAGINQLSF PLSSEPIQGS YRVVVQTESG GRIQHPFTVE EFVLPKFEVK VQVPKIISIM DEKVNITVCG EYTYGKPVPG LATVSLCRKL SRVLNCDKQE VCEEFSQQLN SNGCITQQVH TKMLQITNTG FEMKLRVEAR IREEGTDLEV TANRISEITN IVSKLKFVKV DSHFRQGIPF FAQVLLVDGK GVPIPNKLFF ISVNDANYYS NATTNEQGLA QFSINTTSIS VNKLFVRVFT VHPNLCFHYS WVAEDHQGAQ HTANRVFSLS GSYIHLEPVA GTLPCGHTET ITAHYTLNRQ AMGELSELSF HYLIMAKGVI VRSGTHTLPV ESGDMKGSFA LSFPVESDVA PIARMFIFAI LPDGEVVGDS EKFEIENCLA NKVDLSFSPA QSPPASHAHL QVAAAPQSLC ALRAVDQSVL LMKPEAELSV SSVYNLLTVK DLTNFPDNVD QQEEEQGHCP RPFFIHNGAI YVPLSSNEAD IYSFLKGMGL KVFTNSKIRK PKSCSVIPSV SAGAVGQGYY GAGLGVVERP YVPQLGTYNV IPLNNEQSSG PVPETVRSYF PETWIWELVA VNSSGVAEVG VTVPDTITEW KAGAFCLSED AGLGISSTAS LRAFQPFFVE LTMPYSVIRG EVFTLKATVL NYLPKCIRAE GIEQEKTFSS MTCASGANVS EQLSLKLPSN VVKESARASF SVLGDILGSA MQNIQNLLQM PYGCGEQNMV LFAPNIYVLN YLNETQQLTQ EIKAKAVGYL ITGYQRQLNY KHQDGSYSTF GERYGRNQGN TWLTAFVLKT FAQARSYIFI DEAHITQSLT WLSQMQKDNG CFRSSGSLLN NAIKGGVEDE ATLSAYVTIA LLEIPLPVTN PIVRNALFCL ESAWNVAKEG THGSHVYTKA LLAYAFSLLG KQNQNREILN SLDKEAVKED NLVHWERPQR PKAPVGHLYQ TQAPSAEVEM TSYVLLAYLT AQPAPTSGDL TSATNIVKWI MKQQNAQGGF SSTQDTVVAL HALSRYGAAT FTRTEKTAQV TVQDSQTFST NFQVDNNNLL LLQQISLPEL PGEYVITVTG ERCVYLQTSM KYNILPEKED SPFALKVQTV PQTCDGHKAH TSFQISLTIS YTGNRPASNM VIVDVKMVSG FIPLKPTVKM LERSSSVSRT EVSNNHVLIY VEQVTNQTLS FSFMVLQDNP VGDLKPAIVK VYDYYETDES VVAEYIAPCS TDTEHGNV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.48 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||