mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.0413074889693856 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr2:28761981G>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PLB1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000422425 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001170585 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q6P1J6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.667G>C cDNA.711G>C g.81970G>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | V223L Score: 32 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs6753929
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regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation PU1, Transcription Factor, PU1 Transcription Factor Binding Promoter Associated, Regulatory Feature, Promoter like regulatory feature SP1, Transcription Factor, SP1 Transcription Factor Binding USF1, Transcription Factor, USF1 Transcription Factor Binding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4344 / 4344 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1448 / 1448 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4388 / 4388 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 45 / 45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4090 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4344 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 667 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 711 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 81970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 28761981 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CCTAGGTCCCCAGAGCATTTGTAAACCTGGTGGACCTCTCT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CCTAGGTCCCCAGAGCATTTCTAAACCTGGTGGACCTCTCT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | AGGAGGTCCCCAGAGCATTTGTAAACCTGGTGGACCTCTCT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | AGGAGGTCCCCAGAGCATTTCTAAACCTGGTGGACCTCTCT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGLRPGIFLL ELLLLLGQGT PQIHTSPRKS TLEGQLWPET LKNSPFPCNP NKLGVNMPSK SVHSLKPSDI KFVAAIGNLE IPPDPGTGDL EKQDWTERPQ QVCMGVMTVL SDIIRYFSPS VPMPVCHTGK RVIPHDGAED LWIQAQELVR NMKENLQLDF QFDWKLINVF FSNASQCYLC PSAQQAPSLS TVLLSQNGLA AGGVDELMGV LDYLQQEVPR AFVNLVDLSE VAEVSRQYHG TWLSPAPEPC NCSEETTRLA KVVMQWSYQE AWNSLLASSR YSEQESFTVV FQPFFYETTP SLHSEDPRLQ DSTTLAWHLW NRMMEPAGEK DEPLSVKHGR PMKCPSQESP YLFSYRNSNY LTRLQKPQDK LEVREGAEIR CPDKDPSDTV PTSVHRLKPA DINVIGALGD SLTAGNGAGS TPGNVLDVLT QYRGLSWSVG GDENIGTVTT LANILREFNP SLKGFSVGTG KETSPNAFLN QAVAGGRAED LPVQARRLVD LMKNDTRIHF QEDWKIITLF IGGNDLCDFC NDLVPRAFVN LVTVLEIVNL RELYQEKKVY CPRMILRSLC PCVLKFDDNS TELATLIEFN KKFQEKTHQL IESGRYDTRE DFTVVVQPFF ENVDMPKTSE GLPDNSFFAP DCFHFSSKSH SRAASALWNN MLEPVGQKTT RHKFENKINI TCPNQVQPFL RTYKNSMQGH GTWLPCRDRA PSALHPTSVH ALRPADIQVV AALGDSLTAG NGIGSKPDDL PDVTTQYRGL SYSAGGDGSL ENVTTLPNIL REFNRNLTGY AVGTGDANDT NAFLNQAVPG AKAEDLMSQV QTLMQKMKDD HRVNFHEDWK VITVLIGGSD LCDYCTDSNL YSAANFVHHL RNALDVLHRE VPRVLVNLVD FLNPTIMRQV FLGNPDKCPV QQASVLCNCV LTLRENSQEL ARLEAFSRAY RSSMRELVGS GRYDTQEDFS VVLQPFFQNI QLPVLADGLP DTSFFAPDCI HPNQKFHSQL ARALWTNMLE PLGSKTETLD LRAEMPITCP TQNEPFLRTP RNSNYTYPIK PAIENWGSDF LCTEWKASNS VPTSVHQLRP ADIKVVAALG DSLTTAVGAR PNNSSDLPTS WRGLSWSIGG DGNLETHTTL PNILKKFNPY LLGFSTSTWE GTAGLNVAAE GARARDMPAQ AWDLVERMKN SPDINLEKDW KLVTLFIGVN DLCHYCENPE AHLATEYVQH IQQALDILSE ELPRAFVNVV EVMELASLYQ GQGGKCAMLA AQNNCTCLRH SQSSLEKQEL KKVNWNLQHG ISSFSYWHQY TQREDFAVVV QPFFQNTLTP LNERGDTDLT FFSEDCFHFS DRGHAEMAIA LWNNMLEPVG RKTTSNNFTH SRAKLKCPSP ESPYLYTLRN SRLLPDQAEE APEVLYWAVP VAAGVGLVVG IIGTVVWRCR RGGRREDPPM SLRTVAL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGLRPGIFLL ELLLLLGQGT PQIHTSPRKS TLEGQLWPET LKNSPFPCNP NKLGVNMPSK SVHSLKPSDI KFVAAIGNLE IPPDPGTGDL EKQDWTERPQ QVCMGVMTVL SDIIRYFSPS VPMPVCHTGK RVIPHDGAED LWIQAQELVR NMKENLQLDF QFDWKLINVF FSNASQCYLC PSAQQAPSLS TVLLSQNGLA AGGVDELMGV LDYLQQEVPR AFLNLVDLSE VAEVSRQYHG TWLSPAPEPC NCSEETTRLA KVVMQWSYQE AWNSLLASSR YSEQESFTVV FQPFFYETTP SLHSEDPRLQ DSTTLAWHLW NRMMEPAGEK DEPLSVKHGR PMKCPSQESP YLFSYRNSNY LTRLQKPQDK LEVREGAEIR CPDKDPSDTV PTSVHRLKPA DINVIGALGD SLTAGNGAGS TPGNVLDVLT QYRGLSWSVG GDENIGTVTT LANILREFNP SLKGFSVGTG KETSPNAFLN QAVAGGRAED LPVQARRLVD LMKNDTRIHF QEDWKIITLF IGGNDLCDFC NDLVPRAFVN LVTVLEIVNL RELYQEKKVY CPRMILRSLC PCVLKFDDNS TELATLIEFN KKFQEKTHQL IESGRYDTRE DFTVVVQPFF ENVDMPKTSE GLPDNSFFAP DCFHFSSKSH SRAASALWNN MLEPVGQKTT RHKFENKINI TCPNQVQPFL RTYKNSMQGH GTWLPCRDRA PSALHPTSVH ALRPADIQVV AALGDSLTAG NGIGSKPDDL PDVTTQYRGL SYSAGGDGSL ENVTTLPNIL REFNRNLTGY AVGTGDANDT NAFLNQAVPG AKAEDLMSQV QTLMQKMKDD HRVNFHEDWK VITVLIGGSD LCDYCTDSNL YSAANFVHHL RNALDVLHRE VPRVLVNLVD FLNPTIMRQV FLGNPDKCPV QQASVLCNCV LTLRENSQEL ARLEAFSRAY RSSMRELVGS GRYDTQEDFS VVLQPFFQNI QLPVLADGLP DTSFFAPDCI HPNQKFHSQL ARALWTNMLE PLGSKTETLD LRAEMPITCP TQNEPFLRTP RNSNYTYPIK PAIENWGSDF LCTEWKASNS VPTSVHQLRP ADIKVVAALG DSLTTAVGAR PNNSSDLPTS WRGLSWSIGG DGNLETHTTL PNILKKFNPY LLGFSTSTWE GTAGLNVAAE GARARDMPAQ AWDLVERMKN SPDINLEKDW KLVTLFIGVN DLCHYCENPE AHLATEYVQH IQQALDILSE ELPRAFVNVV EVMELASLYQ GQGGKCAMLA AQNNCTCLRH SQSSLEKQEL KKVNWNLQHG ISSFSYWHQY TQREDFAVVV QPFFQNTLTP LNERGDTDLT FFSEDCFHFS DRGHAEMAIA LWNNMLEPVG RKTTSNNFTH SRAKLKCPSP ESPYLYTLRN SRLLPDQAEE APEVLYWAVP VAAGVGLVVG IIGTVVWRCR RGGRREDPPM SLRTVAL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.56 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||