MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
JMJD1C | polymorphism_automatic | 1.7698398302457e-10 | simple_aae | affected | S464T | single base exchange | rs10761725 | show file | |||
JMJD1C | polymorphism_automatic | 1.7698398302457e-10 | simple_aae | affected | S282T | single base exchange | rs10761725 | show file | |||
JMJD1C | polymorphism_automatic | 1.7698398302457e-10 | simple_aae | affected | S245T | single base exchange | rs10761725 | show file | |||
JMJD1C | polymorphism_automatic | 6.67925048603024e-10 | simple_aae | affected | S245T | single base exchange | rs10761725 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999823016 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:64974537A>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | JMJD1C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000399262 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_032776 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q15652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1390T>A cDNA.1609T>A g.251186T>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S464T Score: 58 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 464 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs10761725
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 375 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 7623 / 7623 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2541 / 2541 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 7842 / 7842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 220 / 220 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 7753 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 7483 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 7623 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1390 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1609 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 251186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 64974537 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | AAGAAGATATGATTATTCATTCGTCAGAACAGTCCACAGTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | AAGAAGATATGATTATTCATACGTCAGAACAGTCCACAGTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | AAGAAGATATGATTATTCATTCGTCAGAACAGTCCACAGTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | AAGAAGATATGATTATTCATACGTCAGAACAGTCCACAGTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MAVETRAELV GKRFLCVAVG DEARSERWES GRGWRSWRAG VIRAVSHRDS RNPDLAVYVE FDDLEWDKRE WVKVYEDFST FLVEYHLIWA KRNDPSQTQG SKSKQIQWPA LTFKPLVERN IPSSVTAVEF LVDKQLDFLT EDSAFQPYQD DIDSLNPVLR DNPQLHEEVK VWVKEQKVQE IFMQGPYSLN GYRVRVYRQD SATQWFTGII THHDLFTRTM IVMNDQVLEP QNVDPSMVQM TFLDDVVHSL LKGENIGITS RRRSRANQNV NAVHSHYTRA QANSPRPAMN SQAAVPKQNT HQQQQQRSIR PNKRKGSDSS IPDEEKMKEE KYDYISRGEN PKGKNKHLMN KRRKPEEDEK KLNMKRLRTD NVSDFSESSD SENSNKRIID NSSEQKPENE LKNKNTSKIN GEEGKPHNNE KAGEETLKNS QPPWDQIQED KKHEEAEKRK SVDTQLQEDM IIHSSEQSTV SDHNSNDLLP QECNMDKTHT MELLPKEKFV SRPPTPKCVI DITNDTNLEK VAQENSSTFG LQTLQKMDPN VSDSKHSIAN AKFLETAKKD SDQSWVSDVV KVDLTQSSVT NASSGNDHLN MEKEKYVSYI SPLSAVSVME DKLHKRSPPP ETIKSKLNTS VDTHKIKSSP SPEVVKPKIT HSPDSVKSKA TYVNSQATGE RRLANKIEHE LSRCSFHPIP TRSSTLETTK SPLIIDKNEH FTVYRDPALI GSETGANHIS PFLSQHPFPL HSSSHRTCLN PGTHHPALTP APHLLAGSSS QTPLPTINTH PLTSGPHHAV HHPHLLPTVL PGVPTASLLG GHPRLESAHA SSLSHLALAH QQQQQLLQHQ SPHLLGQAHP SASYNQLGLY PIIWQYPNGT HAYSGLGLPS SKWVHPENAV NAEASLRRNS PSPWLHQPTP VTSADGIGLL SHIPVRPSSA EPHRPLKITA HSSPPLTKTL VDHHKEELER KAFMEPLRSV ASTSAKNDLD LNRSQTGKDC HLHRHFVDPV LNQLQRPPQE TGERLNKYKE EHRRILQESI DVAPFTTKIK GLEGERENYS RVASSSSSPK SHIIKQDMDV ERSVSDLYKM KHSVPQSLPQ SNYFTTLSNS VVNEPPRSYP SKEVSNIYGD KQSNALAAAA ANPQTLTSFI TSLSKPPPLI KHQPESEGLV GKIPEHLPHQ IASHSVTTFR NDCRSPTHLT VSSTNTLRSM PALHRAPVFH PPIHHSLERK EGSYSSLSPP TLTPVMPVNA GGKVQESQKP PTLIPEPKDS QANFKSSSEQ SLTEMWRPNN NLSKEKTEWH VEKSSGKLQA AMASVIVRPS SSTKTDSMPA MQLASKDRVS ERSSAGAHKT DCLKLAEAGE TGRIILPNVN SDSVHTKSEK NFQAVSQGSV PSSVMSAVNT MCNTKTDVIT SAADTTSVSS WGGSEVISSL SNTILASTSS ECVSSKSVSQ PVAQKQECKV STTAPVTLAS SKTGSVVQPS SGFSGTTDFI HLKKHKAALA AAQYKSSNAS ETEPNAIKNQ TLSASLPLDS TVICSTINKA NSVGNGQASQ TSQPNYHTKL KKAWLTRHSE EDKNTNKMEN SGNSVSEIIK PCSVNLIAST SSDIQNSVDS KIIVDKYVKD DKVNRRKAKR TYESGSESGD SDESESKSEQ RTKRQPKPTY KKKQNDLQKR KGEIEEDLKP NGVLSRSAKE RSKLKLQSNS NTGIPRSVLK DWRKVKKLKQ TGESFLQDDS CCEIGPNLQK CRECRLIRSK KGEEPAHSPV FCRFYYFRRL SFSKNGVVRI DGFSSPDQYD DEAMSLWTHE NFEDDELDIE TSKYILDIIG DKFCQLVTSE KTALSWVKKD AKIAWKRAVR GVREMCDACE ATLFNIHWVC QKCGFVVCLD CYKAKERKSS RDKELYAWMK CVKGQPHDHK HLMPTQIIPG SVLTDLLDAM HTLREKYGIK SHCHCTNKQN LQVGNFPTMN GVSQVLQNVL NHSNKISLCM PESQQQNTPP KSEKNGGSSP ESDVGTDNKL TPPESQSPLH WLADLAEQKA REEKKENKEL TLENQIKEER EQDNSESPNG RTSPLVSQNN EQGSTLRDLL TTTAGKLRVG STDAGIAFAP VYSMGAPSSK SGRTMPNILD DIIASVVENK IPPSKTSKIN VKPELKEEPE ESIISAVDEN NKLYSDIPHS WICEKHILWL KDYKNSSNWK LFKECWKQGQ PAVVSGVHKK MNISLWKAES ISLDFGDHQA DLLNCKDSII SNANVKEFWD GFEEVSKRQK NKSGETVVLK LKDWPSGEDF KTMMPARYED LLKSLPLPEY CNPEGKFNLA SHLPGFFVRP DLGPRLCSAY GVVAAKDHDI GTTNLHIEVS DVVNILVYVG IAKGNGILSK AGILKKFEEE DLDDILRKRL KDSSEIPGAL WHIYAGKDVD KIREFLQKIS KEQGLEVLPE HDPIRDQSWY VNKKLRQRLL EEYGVRTCTL IQFLGDAIVL PAGALHQVQN FHSCIQVTED FVSPEHLVES FHLTQELRLL KEEINYDDKL QVKNILYHAV KEMVRALKIH EDEVEDMEEN * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MAVETRAELV GKRFLCVAVG DEARSERWES GRGWRSWRAG VIRAVSHRDS RNPDLAVYVE FDDLEWDKRE WVKVYEDFST FLVEYHLIWA KRNDPSQTQG SKSKQIQWPA LTFKPLVERN IPSSVTAVEF LVDKQLDFLT EDSAFQPYQD DIDSLNPVLR DNPQLHEEVK VWVKEQKVQE IFMQGPYSLN GYRVRVYRQD SATQWFTGII THHDLFTRTM IVMNDQVLEP QNVDPSMVQM TFLDDVVHSL LKGENIGITS RRRSRANQNV NAVHSHYTRA QANSPRPAMN SQAAVPKQNT HQQQQQRSIR PNKRKGSDSS IPDEEKMKEE KYDYISRGEN PKGKNKHLMN KRRKPEEDEK KLNMKRLRTD NVSDFSESSD SENSNKRIID NSSEQKPENE LKNKNTSKIN GEEGKPHNNE KAGEETLKNS QPPWDQIQED KKHEEAEKRK SVDTQLQEDM IIHTSEQSTV SDHNSNDLLP QECNMDKTHT MELLPKEKFV SRPPTPKCVI DITNDTNLEK VAQENSSTFG LQTLQKMDPN VSDSKHSIAN AKFLETAKKD SDQSWVSDVV KVDLTQSSVT NASSGNDHLN MEKEKYVSYI SPLSAVSVME DKLHKRSPPP ETIKSKLNTS VDTHKIKSSP SPEVVKPKIT HSPDSVKSKA TYVNSQATGE RRLANKIEHE LSRCSFHPIP TRSSTLETTK SPLIIDKNEH FTVYRDPALI GSETGANHIS PFLSQHPFPL HSSSHRTCLN PGTHHPALTP APHLLAGSSS QTPLPTINTH PLTSGPHHAV HHPHLLPTVL PGVPTASLLG GHPRLESAHA SSLSHLALAH QQQQQLLQHQ SPHLLGQAHP SASYNQLGLY PIIWQYPNGT HAYSGLGLPS SKWVHPENAV NAEASLRRNS PSPWLHQPTP VTSADGIGLL SHIPVRPSSA EPHRPLKITA HSSPPLTKTL VDHHKEELER KAFMEPLRSV ASTSAKNDLD LNRSQTGKDC HLHRHFVDPV LNQLQRPPQE TGERLNKYKE EHRRILQESI DVAPFTTKIK GLEGERENYS RVASSSSSPK SHIIKQDMDV ERSVSDLYKM KHSVPQSLPQ SNYFTTLSNS VVNEPPRSYP SKEVSNIYGD KQSNALAAAA ANPQTLTSFI TSLSKPPPLI KHQPESEGLV GKIPEHLPHQ IASHSVTTFR NDCRSPTHLT VSSTNTLRSM PALHRAPVFH PPIHHSLERK EGSYSSLSPP TLTPVMPVNA GGKVQESQKP PTLIPEPKDS QANFKSSSEQ SLTEMWRPNN NLSKEKTEWH VEKSSGKLQA AMASVIVRPS SSTKTDSMPA MQLASKDRVS ERSSAGAHKT DCLKLAEAGE TGRIILPNVN SDSVHTKSEK NFQAVSQGSV PSSVMSAVNT MCNTKTDVIT SAADTTSVSS WGGSEVISSL SNTILASTSS ECVSSKSVSQ PVAQKQECKV STTAPVTLAS SKTGSVVQPS SGFSGTTDFI HLKKHKAALA AAQYKSSNAS ETEPNAIKNQ TLSASLPLDS TVICSTINKA NSVGNGQASQ TSQPNYHTKL KKAWLTRHSE EDKNTNKMEN SGNSVSEIIK PCSVNLIAST SSDIQNSVDS KIIVDKYVKD DKVNRRKAKR TYESGSESGD SDESESKSEQ RTKRQPKPTY KKKQNDLQKR KGEIEEDLKP NGVLSRSAKE RSKLKLQSNS NTGIPRSVLK DWRKVKKLKQ TGESFLQDDS CCEIGPNLQK CRECRLIRSK KGEEPAHSPV FCRFYYFRRL SFSKNGVVRI DGFSSPDQYD DEAMSLWTHE NFEDDELDIE TSKYILDIIG DKFCQLVTSE KTALSWVKKD AKIAWKRAVR GVREMCDACE ATLFNIHWVC QKCGFVVCLD CYKAKERKSS RDKELYAWMK CVKGQPHDHK HLMPTQIIPG SVLTDLLDAM HTLREKYGIK SHCHCTNKQN LQVGNFPTMN GVSQVLQNVL NHSNKISLCM PESQQQNTPP KSEKNGGSSP ESDVGTDNKL TPPESQSPLH WLADLAEQKA REEKKENKEL TLENQIKEER EQDNSESPNG RTSPLVSQNN EQGSTLRDLL TTTAGKLRVG STDAGIAFAP VYSMGAPSSK SGRTMPNILD DIIASVVENK IPPSKTSKIN VKPELKEEPE ESIISAVDEN NKLYSDIPHS WICEKHILWL KDYKNSSNWK LFKECWKQGQ PAVVSGVHKK MNISLWKAES ISLDFGDHQA DLLNCKDSII SNANVKEFWD GFEEVSKRQK NKSGETVVLK LKDWPSGEDF KTMMPARYED LLKSLPLPEY CNPEGKFNLA SHLPGFFVRP DLGPRLCSAY GVVAAKDHDI GTTNLHIEVS DVVNILVYVG IAKGNGILSK AGILKKFEEE DLDDILRKRL KDSSEIPGAL WHIYAGKDVD KIREFLQKIS KEQGLEVLPE HDPIRDQSWY VNKKLRQRLL EEYGVRTCTL IQFLGDAIVL PAGALHQVQN FHSCIQVTED FVSPEHLVES FHLTQELRLL KEEINYDDKL QVKNILYHAV KEMVRALKIH EDEVEDMEEN * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.03 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999823016 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:64974537A>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | JMJD1C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000542921 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q15652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.844T>A cDNA.1461T>A g.251186T>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S282T Score: 58 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 282 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs10761725
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 375 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 7077 / 7077 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2359 / 2359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 7694 / 7694 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 618 / 618 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 7605 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 6937 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 7077 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 844 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1461 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 251186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 64974537 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | AAGAAGATATGATTATTCATTCGTCAGAACAGTCCACAGTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | AAGAAGATATGATTATTCATACGTCAGAACAGTCCACAGTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | AAGAAGATATGATTATTCATTCGTCAGAACAGTCCACAGTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | AAGAAGATATGATTATTCATACGTCAGAACAGTCCACAGTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MQGPYSLNGY RVRVYRQDSA TQWFTGIITH HDLFTRTMIV MNDQVLEPQN VDPSMVQMTF LDDVVHSLLK GENIGITSRR RSRANQNVNA VHSHYTRAQA NSPRPAMNSQ AAVPKQNTHQ QQQQRSIRPN KRKGSDSSIP DEEKMKEEKY DYISRGENPK GKNKHLMNKR RKPEEDEKKL NMKRLRTDNV SDFSESSDSE NSNKRIIDNS SEQKPENELK NKNTSKINGE EGKPHNNEKA GEETLKNSQP PWDQIQEDKK HEEAEKRKSV DTQLQEDMII HSSEQSTVSD HNSNDLLPQE CNMDKTHTME LLPKEKFVSR PPTPKCVIDI TNDTNLEKVA QENSSTFGLQ TLQKMDPNVS DSKHSIANAK FLETAKKDSD QSWVSDVVKV DLTQSSVTNA SSGNDHLNME KEKYVSYISP LSAVSVMEDK LHKRSPPPET IKSKLNTSVD THKIKSSPSP EVVKPKITHS PDSVKSKATY VNSQATGERR LANKIEHELS RCSFHPIPTR SSTLETTKSP LIIDKNEHFT VYRDPALIGS ETGANHISPF LSQHPFPLHS SSHRTCLNPG THHPALTPAP HLLAGSSSQT PLPTINTHPL TSGPHHAVHH PHLLPTVLPG VPTASLLGGH PRLESAHASS LSHLALAHQQ QQQLLQHQSP HLLGQAHPSA SYNQLGLYPI IWQYPNGTHA YSGLGLPSSK WVHPENAVNA EASLRRNSPS PWLHQPTPVT SADGIGLLSH IPVRPSSAEP HRPLKITAHS SPPLTKTLVD HHKEELERKA FMEPLRSVAS TSAKNDLDLN RSQTGKDCHL HRHFVDPVLN QLQRPPQETG ERLNKYKEEH RRILQESIDV APFTTKIKGL EGERENYSRV ASSSSSPKSH IIKQDMDVER SVSDLYKMKH SVPQSLPQSN YFTTLSNSVV NEPPRSYPSK EVSNIYGDKQ SNALAAAAAN PQTLTSFITS LSKPPPLIKH QPESEGLVGK IPEHLPHQIA SHSVTTFRND CRSPTHLTVS STNTLRSMPA LHRAPVFHPP IHHSLERKEG SYSSLSPPTL TPVMPVNAGG KVQESQKPPT LIPEPKDSQA NFKSSSEQSL TEMWRPNNNL SKEKTEWHVE KSSGKLQAAM ASVIVRPSSS TKTDSMPAMQ LASKDRVSER SSAGAHKTDC LKLAEAGETG RIILPNVNSD SVHTKSEKNF QAVSQGSVPS SVMSAVNTMC NTKTDVITSA ADTTSVSSWG GSEVISSLSN TILASTSSEC VSSKSVSQPV AQKQECKVST TAPVTLASSK TGSVVQPSSG FSGTTDFIHL KKHKAALAAA QYKSSNASET EPNAIKNQTL SASLPLDSTV ICSTINKANS VGNGQASQTS QPNYHTKLKK AWLTRHSEED KNTNKMENSG NSVSEIIKPC SVNLIASTSS DIQNSVDSKI IVDKYVKDDK VNRRKAKRTY ESGSESGDSD ESESKSEQRT KRQPKPTYKK KQNDLQKRKG EIEEDLKPNG VLSRSAKERS KLKLQSNSNT GIPRSVLKDW RKVKKLKQTG ESFLQDDSCC EIGPNLQKCR ECRLIRSKKG EEPAHSPVFC RFYYFRRLSF SKNGVVRIDG FSSPDQYDDE AMSLWTHENF EDDELDIETS KYILDIIGDK FCQLVTSEKT ALSWVKKDAK IAWKRAVRGV REMCDACEAT LFNIHWVCQK CGFVVCLDCY KAKERKSSRD KELYAWMKCV KGQPHDHKHL MPTQIIPGSV LTDLLDAMHT LREKYGIKSH CHCTNKQNLQ VGNFPTMNGV SQVLQNVLNH SNKISLCMPE SQQQNTPPKS EKNGGSSPES DVGTDNKLTP PESQSPLHWL ADLAEQKARE EKKENKELTL ENQIKEEREQ DNSESPNGRT SPLVSQNNEQ GSTLRDLLTT TAGKLRVGST DAGIAFAPVY SMGAPSSKSG RTMPNILDDI IASVVENKIP PSKTSKINVK PELKEEPEES IISAVDENNK LYSDIPHSWI CEKHILWLKD YKNSSNWKLF KECWKQGQPA VVSGVHKKMN ISLWKAESIS LDFGDHQADL LNCKDSIISN ANVKEFWDGF EEVSKRQKNK SGETVVLKLK DWPSGEDFKT MMPARYEDLL KSLPLPEYCN PEGKFNLASH LPGFFVRPDL GPRLCSAYGV VAAKDHDIGT TNLHIEVSDV VNILVYVGIA KGNGILSKAG ILKKFEEEDL DDILRKRLKD SSEIPGALWH IYAGKDVDKI REFLQKISKE QGLEVLPEHD PIRDQSWYVN KKLRQRLLEE YGVRTCTLIQ FLGDAIVLPA GALHQVQNFH SCIQVTEDFV SPEHLVESFH LTQELRLLKE EINYDDKLQV KNILYHAVKE MVRALKIHED EVEDMEEN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MQGPYSLNGY RVRVYRQDSA TQWFTGIITH HDLFTRTMIV MNDQVLEPQN VDPSMVQMTF LDDVVHSLLK GENIGITSRR RSRANQNVNA VHSHYTRAQA NSPRPAMNSQ AAVPKQNTHQ QQQQRSIRPN KRKGSDSSIP DEEKMKEEKY DYISRGENPK GKNKHLMNKR RKPEEDEKKL NMKRLRTDNV SDFSESSDSE NSNKRIIDNS SEQKPENELK NKNTSKINGE EGKPHNNEKA GEETLKNSQP PWDQIQEDKK HEEAEKRKSV DTQLQEDMII HTSEQSTVSD HNSNDLLPQE CNMDKTHTME LLPKEKFVSR PPTPKCVIDI TNDTNLEKVA QENSSTFGLQ TLQKMDPNVS DSKHSIANAK FLETAKKDSD QSWVSDVVKV DLTQSSVTNA SSGNDHLNME KEKYVSYISP LSAVSVMEDK LHKRSPPPET IKSKLNTSVD THKIKSSPSP EVVKPKITHS PDSVKSKATY VNSQATGERR LANKIEHELS RCSFHPIPTR SSTLETTKSP LIIDKNEHFT VYRDPALIGS ETGANHISPF LSQHPFPLHS SSHRTCLNPG THHPALTPAP HLLAGSSSQT PLPTINTHPL TSGPHHAVHH PHLLPTVLPG VPTASLLGGH PRLESAHASS LSHLALAHQQ QQQLLQHQSP HLLGQAHPSA SYNQLGLYPI IWQYPNGTHA YSGLGLPSSK WVHPENAVNA EASLRRNSPS PWLHQPTPVT SADGIGLLSH IPVRPSSAEP HRPLKITAHS SPPLTKTLVD HHKEELERKA FMEPLRSVAS TSAKNDLDLN RSQTGKDCHL HRHFVDPVLN QLQRPPQETG ERLNKYKEEH RRILQESIDV APFTTKIKGL EGERENYSRV ASSSSSPKSH IIKQDMDVER SVSDLYKMKH SVPQSLPQSN YFTTLSNSVV NEPPRSYPSK EVSNIYGDKQ SNALAAAAAN PQTLTSFITS LSKPPPLIKH QPESEGLVGK IPEHLPHQIA SHSVTTFRND CRSPTHLTVS STNTLRSMPA LHRAPVFHPP IHHSLERKEG SYSSLSPPTL TPVMPVNAGG KVQESQKPPT LIPEPKDSQA NFKSSSEQSL TEMWRPNNNL SKEKTEWHVE KSSGKLQAAM ASVIVRPSSS TKTDSMPAMQ LASKDRVSER SSAGAHKTDC LKLAEAGETG RIILPNVNSD SVHTKSEKNF QAVSQGSVPS SVMSAVNTMC NTKTDVITSA ADTTSVSSWG GSEVISSLSN TILASTSSEC VSSKSVSQPV AQKQECKVST TAPVTLASSK TGSVVQPSSG FSGTTDFIHL KKHKAALAAA QYKSSNASET EPNAIKNQTL SASLPLDSTV ICSTINKANS VGNGQASQTS QPNYHTKLKK AWLTRHSEED KNTNKMENSG NSVSEIIKPC SVNLIASTSS DIQNSVDSKI IVDKYVKDDK VNRRKAKRTY ESGSESGDSD ESESKSEQRT KRQPKPTYKK KQNDLQKRKG EIEEDLKPNG VLSRSAKERS KLKLQSNSNT GIPRSVLKDW RKVKKLKQTG ESFLQDDSCC EIGPNLQKCR ECRLIRSKKG EEPAHSPVFC RFYYFRRLSF SKNGVVRIDG FSSPDQYDDE AMSLWTHENF EDDELDIETS KYILDIIGDK FCQLVTSEKT ALSWVKKDAK IAWKRAVRGV REMCDACEAT LFNIHWVCQK CGFVVCLDCY KAKERKSSRD KELYAWMKCV KGQPHDHKHL MPTQIIPGSV LTDLLDAMHT LREKYGIKSH CHCTNKQNLQ VGNFPTMNGV SQVLQNVLNH SNKISLCMPE SQQQNTPPKS EKNGGSSPES DVGTDNKLTP PESQSPLHWL ADLAEQKARE EKKENKELTL ENQIKEEREQ DNSESPNGRT SPLVSQNNEQ GSTLRDLLTT TAGKLRVGST DAGIAFAPVY SMGAPSSKSG RTMPNILDDI IASVVENKIP PSKTSKINVK PELKEEPEES IISAVDENNK LYSDIPHSWI CEKHILWLKD YKNSSNWKLF KECWKQGQPA VVSGVHKKMN ISLWKAESIS LDFGDHQADL LNCKDSIISN ANVKEFWDGF EEVSKRQKNK SGETVVLKLK DWPSGEDFKT MMPARYEDLL KSLPLPEYCN PEGKFNLASH LPGFFVRPDL GPRLCSAYGV VAAKDHDIGT TNLHIEVSDV VNILVYVGIA KGNGILSKAG ILKKFEEEDL DDILRKRLKD SSEIPGALWH IYAGKDVDKI REFLQKISKE QGLEVLPEHD PIRDQSWYVN KKLRQRLLEE YGVRTCTLIQ FLGDAIVLPA GALHQVQNFH SCIQVTEDFV SPEHLVESFH LTQELRLLKE EINYDDKLQV KNILYHAVKE MVRALKIHED EVEDMEEN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.20 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999823016 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:64974537A>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | JMJD1C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000402544 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_004241 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q15652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.733T>A cDNA.1397T>A g.251186T>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S245T Score: 58 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 245 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs10761725
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 375 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 6912 / 6912 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2304 / 2304 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 7576 / 7576 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 665 / 665 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 7487 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 6772 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 6912 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 733 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 251186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 64974537 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | AAGAAGATATGATTATTCATTCGTCAGAACAGTCCACAGTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | AAGAAGATATGATTATTCATACGTCAGAACAGTCCACAGTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | AAGAAGATATGATTATTCATTCGTCAGAACAGTCCACAGTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | AAGAAGATATGATTATTCATACGTCAGAACAGTCCACAGTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MIVMNDQVLE PQNVDPSMVQ MTFLDDVVHS LLKGENIGIT SRRRSRANQN VNAVHSHYTR AQANSPRPAM NSQAAVPKQN THQQQQQRSI RPNKRKGSDS SIPDEEKMKE EKYDYISRGE NPKGKNKHLM NKRRKPEEDE KKLNMKRLRT DNVSDFSESS DSENSNKRII DNSSEQKPEN ELKNKNTSKI NGEEGKPHNN EKAGEETLKN SQPPWDQIQE DKKHEEAEKR KSVDTQLQED MIIHSSEQST VSDHNSNDLL PQECNMDKTH TMELLPKEKF VSRPPTPKCV IDITNDTNLE KVAQENSSTF GLQTLQKMDP NVSDSKHSIA NAKFLETAKK DSDQSWVSDV VKVDLTQSSV TNASSGNDHL NMEKEKYVSY ISPLSAVSVM EDKLHKRSPP PETIKSKLNT SVDTHKIKSS PSPEVVKPKI THSPDSVKSK ATYVNSQATG ERRLANKIEH ELSRCSFHPI PTRSSTLETT KSPLIIDKNE HFTVYRDPAL IGSETGANHI SPFLSQHPFP LHSSSHRTCL NPGTHHPALT PAPHLLAGSS SQTPLPTINT HPLTSGPHHA VHHPHLLPTV LPGVPTASLL GGHPRLESAH ASSLSHLALA HQQQQQLLQH QSPHLLGQAH PSASYNQLGL YPIIWQYPNG THAYSGLGLP SSKWVHPENA VNAEASLRRN SPSPWLHQPT PVTSADGIGL LSHIPVRPSS AEPHRPLKIT AHSSPPLTKT LVDHHKEELE RKAFMEPLRS VASTSAKNDL DLNRSQTGKD CHLHRHFVDP VLNQLQRPPQ ETGERLNKYK EEHRRILQES IDVAPFTTKI KGLEGERENY SRVASSSSSP KSHIIKQDMD VERSVSDLYK MKHSVPQSLP QSNYFTTLSN SVVNEPPRSY PSKEVSNIYG DKQSNALAAA AANPQTLTSF ITSLSKPPPL IKHQPESEGL VGKIPEHLPH QIASHSVTTF RNDCRSPTHL TVSSTNTLRS MPALHRAPVF HPPIHHSLER KEGSYSSLSP PTLTPVMPVN AGGKVQESQK PPTLIPEPKD SQANFKSSSE QSLTEMWRPN NNLSKEKTEW HVEKSSGKLQ AAMASVIVRP SSSTKTDSMP AMQLASKDRV SERSSAGAHK TDCLKLAEAG ETGRIILPNV NSDSVHTKSE KNFQAVSQGS VPSSVMSAVN TMCNTKTDVI TSAADTTSVS SWGGSEVISS LSNTILASTS SECVSSKSVS QPVAQKQECK VSTTAPVTLA SSKTGSVVQP SSGFSGTTDF IHLKKHKAAL AAAQYKSSNA SETEPNAIKN QTLSASLPLD STVICSTINK ANSVGNGQAS QTSQPNYHTK LKKAWLTRHS EEDKNTNKME NSGNSVSEII KPCSVNLIAS TSSDIQNSVD SKIIVDKYVK DDKVNRRKAK RTYESGSESG DSDESESKSE QRTKRQPKPT YKKKQNDLQK RKGEIEEDLK PNGVLSRSAK ERSKLKLQSN SNTGIPRSVL KDWRKVKKLK QTGESFLQDD SCCEIGPNLQ KCRECRLIRS KKGEEPAHSP VFCRFYYFRR LSFSKNGVVR IDGFSSPDQY DDEAMSLWTH ENFEDDELDI ETSKYILDII GDKFCQLVTS EKTALSWVKK DAKIAWKRAV RGVREMCDAC EATLFNIHWV CQKCGFVVCL DCYKAKERKS SRDKELYAWM KCVKGQPHDH KHLMPTQIIP GSVLTDLLDA MHTLREKYGI KSHCHCTNKQ NLQVGNFPTM NGVSQSQQQN TPPKSEKNGG SSPESDVGTD NKLTPPESQS PLHWLADLAE QKAREEKKEN KELTLENQIK EEREQDNSES PNGRTSPLVS QNNEQGSTLR DLLTTTAGKL RVGSTDAGIA FAPVYSMGAP SSKSGRTMPN ILDDIIASVV ENKIPPSKTS KINVKPELKE EPEESIISAV DENNKLYSDI PHSWICEKHI LWLKDYKNSS NWKLFKECWK QGQPAVVSGV HKKMNISLWK AESISLDFGD HQADLLNCKD SIISNANVKE FWDGFEEVSK RQKNKSGETV VLKLKDWPSG EDFKTMMPAR YEDLLKSLPL PEYCNPEGKF NLASHLPGFF VRPDLGPRLC SAYGVVAAKD HDIGTTNLHI EVSDVVNILV YVGIAKGNGI LSKAGILKKF EEEDLDDILR KRLKDSSEIP GALWHIYAGK DVDKIREFLQ KISKEQGLEV LPEHDPIRDQ SWYVNKKLRQ RLLEEYGVRT CTLIQFLGDA IVLPAGALHQ VQNFHSCIQV TEDFVSPEHL VESFHLTQEL RLLKEEINYD DKLQVKNILY HAVKEMVRAL KIHEDEVEDM EEN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MIVMNDQVLE PQNVDPSMVQ MTFLDDVVHS LLKGENIGIT SRRRSRANQN VNAVHSHYTR AQANSPRPAM NSQAAVPKQN THQQQQQRSI RPNKRKGSDS SIPDEEKMKE EKYDYISRGE NPKGKNKHLM NKRRKPEEDE KKLNMKRLRT DNVSDFSESS DSENSNKRII DNSSEQKPEN ELKNKNTSKI NGEEGKPHNN EKAGEETLKN SQPPWDQIQE DKKHEEAEKR KSVDTQLQED MIIHTSEQST VSDHNSNDLL PQECNMDKTH TMELLPKEKF VSRPPTPKCV IDITNDTNLE KVAQENSSTF GLQTLQKMDP NVSDSKHSIA NAKFLETAKK DSDQSWVSDV VKVDLTQSSV TNASSGNDHL NMEKEKYVSY ISPLSAVSVM EDKLHKRSPP PETIKSKLNT SVDTHKIKSS PSPEVVKPKI THSPDSVKSK ATYVNSQATG ERRLANKIEH ELSRCSFHPI PTRSSTLETT KSPLIIDKNE HFTVYRDPAL IGSETGANHI SPFLSQHPFP LHSSSHRTCL NPGTHHPALT PAPHLLAGSS SQTPLPTINT HPLTSGPHHA VHHPHLLPTV LPGVPTASLL GGHPRLESAH ASSLSHLALA HQQQQQLLQH QSPHLLGQAH PSASYNQLGL YPIIWQYPNG THAYSGLGLP SSKWVHPENA VNAEASLRRN SPSPWLHQPT PVTSADGIGL LSHIPVRPSS AEPHRPLKIT AHSSPPLTKT LVDHHKEELE RKAFMEPLRS VASTSAKNDL DLNRSQTGKD CHLHRHFVDP VLNQLQRPPQ ETGERLNKYK EEHRRILQES IDVAPFTTKI KGLEGERENY SRVASSSSSP KSHIIKQDMD VERSVSDLYK MKHSVPQSLP QSNYFTTLSN SVVNEPPRSY PSKEVSNIYG DKQSNALAAA AANPQTLTSF ITSLSKPPPL IKHQPESEGL VGKIPEHLPH QIASHSVTTF RNDCRSPTHL TVSSTNTLRS MPALHRAPVF HPPIHHSLER KEGSYSSLSP PTLTPVMPVN AGGKVQESQK PPTLIPEPKD SQANFKSSSE QSLTEMWRPN NNLSKEKTEW HVEKSSGKLQ AAMASVIVRP SSSTKTDSMP AMQLASKDRV SERSSAGAHK TDCLKLAEAG ETGRIILPNV NSDSVHTKSE KNFQAVSQGS VPSSVMSAVN TMCNTKTDVI TSAADTTSVS SWGGSEVISS LSNTILASTS SECVSSKSVS QPVAQKQECK VSTTAPVTLA SSKTGSVVQP SSGFSGTTDF IHLKKHKAAL AAAQYKSSNA SETEPNAIKN QTLSASLPLD STVICSTINK ANSVGNGQAS QTSQPNYHTK LKKAWLTRHS EEDKNTNKME NSGNSVSEII KPCSVNLIAS TSSDIQNSVD SKIIVDKYVK DDKVNRRKAK RTYESGSESG DSDESESKSE QRTKRQPKPT YKKKQNDLQK RKGEIEEDLK PNGVLSRSAK ERSKLKLQSN SNTGIPRSVL KDWRKVKKLK QTGESFLQDD SCCEIGPNLQ KCRECRLIRS KKGEEPAHSP VFCRFYYFRR LSFSKNGVVR IDGFSSPDQY DDEAMSLWTH ENFEDDELDI ETSKYILDII GDKFCQLVTS EKTALSWVKK DAKIAWKRAV RGVREMCDAC EATLFNIHWV CQKCGFVVCL DCYKAKERKS SRDKELYAWM KCVKGQPHDH KHLMPTQIIP GSVLTDLLDA MHTLREKYGI KSHCHCTNKQ NLQVGNFPTM NGVSQSQQQN TPPKSEKNGG SSPESDVGTD NKLTPPESQS PLHWLADLAE QKAREEKKEN KELTLENQIK EEREQDNSES PNGRTSPLVS QNNEQGSTLR DLLTTTAGKL RVGSTDAGIA FAPVYSMGAP SSKSGRTMPN ILDDIIASVV ENKIPPSKTS KINVKPELKE EPEESIISAV DENNKLYSDI PHSWICEKHI LWLKDYKNSS NWKLFKECWK QGQPAVVSGV HKKMNISLWK AESISLDFGD HQADLLNCKD SIISNANVKE FWDGFEEVSK RQKNKSGETV VLKLKDWPSG EDFKTMMPAR YEDLLKSLPL PEYCNPEGKF NLASHLPGFF VRPDLGPRLC SAYGVVAAKD HDIGTTNLHI EVSDVVNILV YVGIAKGNGI LSKAGILKKF EEEDLDDILR KRLKDSSEIP GALWHIYAGK DVDKIREFLQ KISKEQGLEV LPEHDPIRDQ SWYVNKKLRQ RLLEEYGVRT CTLIQFLGDA IVLPAGALHQ VQNFHSCIQV TEDFVSPEHL VESFHLTQEL RLLKEEINYD DKLQVKNILY HAVKEMVRAL KIHEDEVEDM EEN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.77 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999332075 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:64974537A>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | JMJD1C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000399251 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q15652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.733T>A cDNA.1690T>A g.251186T>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S245T Score: 58 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 245 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs10761725
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 375 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4443 / 4443 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1481 / 1481 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5400 / 5400 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 958 / 958 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 7632 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 6624 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4443 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 733 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1690 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 251186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 64974537 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | AAGAAGATATGATTATTCATTCGTCAGAACAGTCCACAGTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | AAGAAGATATGATTATTCATACGTCAGAACAGTCCACAGTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | AAGAAGATATGATTATTCATTCGTCAGAACAGTCCACAGTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | AAGAAGATATGATTATTCATACGTCAGAACAGTCCACAGTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MIVMNDQVLE PQNVDPSMVQ MTFLDDVVHS LLKGENIGIT SRRRSRANQN VNAVHSHYTR AQANSPRPAM NSQAAVPKQN THQQQQQRSI RPNKRKGSDS SIPDEEKMKE EKYDYISRGE NPKGKNKHLM NKRRKPEEDE KKLNMKRLRT DNVSDFSESS DSENSNKRII DNSSEQKPEN ELKNKNTSKI NGEEGKPHNN EKAGEETLKN SQPPWDQIQE DKKHEEAEKR KSVDTQLQED MIIHSSEQST VSDHNSNDLL PQECNMDKTH TMELLPKEKF VSRPPTPKCV IDITNDTNLE KVAQENSSTF GLQTLQKMDP NVSDSKHSIA NAKFLETAKK DSDQSWVSDV VKVDLTQSSV TNASSGNDHL NMEKEKYVSY ISPLSAVSVM EDKLHKRSPP PETIKSKLNT SVDTHKIKSS PSPEVVKPKI THSPDSVKSK ATYVNSQATG ERRLANKIEH ELSRCSFHPI PTRSSTLETT KSPLIIDKNE HFTVYRDPAL IGSETGANHI SPFLSQHPFP LHSSSHRTCL NPGTHHPALT PAPHLLAGSS SQTPLPTINT HPLTSGPHHA VHHPHLLPTV LPGVPTASLL GGHPRLESAH ASSLSHLALA HQQQQQLLQH QSPHLLGQAH PSASYNQLGL YPIIWQYPNG THAYSGLGLP SSKWVHPENA VNAEASLRRN SPSPWLHQPT PVTSADGIGL LSHIPVRPSS AEPHRPLKIT AHSSPPLTKT LVDHHKEELE RKAFMEPLRS VASTSAKNDL DLNRSQTGKD CHLHRHFVDP VLNQLQRPPQ ETGERLNKYK EEHRRILQES IDVAPFTTKI KGLEGERENY SRVASSSSSP KSHIIKQDMD VERSVSDLYK MKHSVPQSLP QSNYFTTLSN SVVNEPPRSY PSKEVSNIYG DKQSNALAAA AANPQTLTSF ITSLSKPPPL IKHQPESEGL VGKIPEHLPH QIASHSVTTF RNDCRSPTHL TVSSTNTLRS MPALHRAPVF HPPIHHSLER KEGSYSSLSP PTLTPVMPVN AGGKVQESQK PPTLIPEPKD SQANFKSSSE QSLTEMWRPN NNLSKEKTEW HVEKSSGKLQ AAMASVIVRP SSSTKTDSMP AMQLASKDRV SERSSAGAHK TDCLKLAEAG ETGRIILPNV NSDSVHTKSE KNFQAVSQGS VPSSVMSAVN TMCNTKTDVI TSAADTTSVS SWGGSEVISS LSNTILASTS SECVSSKSVS QPVAQKQECK VSTTAPVTLA SSKTGSVVQP SSGFSGTTDF IHLKKHKAAL AAAQYKSSNA SETEPNAIKN QTLSASLPLD STVICSTINK ANSVGNGQAS QTSQPNYHTK LKKAWLTRHS EEDKNTNKME NSGNSVSEII KPCSVNLIAS TSSDIQNSVD SKIIVDKYVK DDKVNRRKAK RTYESGSESG DSDESESKSE QRTKRQPKPT YKKKQNDLQK RKGEIEEDLK PNGVLSRSAK ERSKLKLQSN SNSCHLVKTE * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MIVMNDQVLE PQNVDPSMVQ MTFLDDVVHS LLKGENIGIT SRRRSRANQN VNAVHSHYTR AQANSPRPAM NSQAAVPKQN THQQQQQRSI RPNKRKGSDS SIPDEEKMKE EKYDYISRGE NPKGKNKHLM NKRRKPEEDE KKLNMKRLRT DNVSDFSESS DSENSNKRII DNSSEQKPEN ELKNKNTSKI NGEEGKPHNN EKAGEETLKN SQPPWDQIQE DKKHEEAEKR KSVDTQLQED MIIHTSEQST VSDHNSNDLL PQECNMDKTH TMELLPKEKF VSRPPTPKCV IDITNDTNLE KVAQENSSTF GLQTLQKMDP NVSDSKHSIA NAKFLETAKK DSDQSWVSDV VKVDLTQSSV TNASSGNDHL NMEKEKYVSY ISPLSAVSVM EDKLHKRSPP PETIKSKLNT SVDTHKIKSS PSPEVVKPKI THSPDSVKSK ATYVNSQATG ERRLANKIEH ELSRCSFHPI PTRSSTLETT KSPLIIDKNE HFTVYRDPAL IGSETGANHI SPFLSQHPFP LHSSSHRTCL NPGTHHPALT PAPHLLAGSS SQTPLPTINT HPLTSGPHHA VHHPHLLPTV LPGVPTASLL GGHPRLESAH ASSLSHLALA HQQQQQLLQH QSPHLLGQAH PSASYNQLGL YPIIWQYPNG THAYSGLGLP SSKWVHPENA VNAEASLRRN SPSPWLHQPT PVTSADGIGL LSHIPVRPSS AEPHRPLKIT AHSSPPLTKT LVDHHKEELE RKAFMEPLRS VASTSAKNDL DLNRSQTGKD CHLHRHFVDP VLNQLQRPPQ ETGERLNKYK EEHRRILQES IDVAPFTTKI KGLEGERENY SRVASSSSSP KSHIIKQDMD VERSVSDLYK MKHSVPQSLP QSNYFTTLSN SVVNEPPRSY PSKEVSNIYG DKQSNALAAA AANPQTLTSF ITSLSKPPPL IKHQPESEGL VGKIPEHLPH QIASHSVTTF RNDCRSPTHL TVSSTNTLRS MPALHRAPVF HPPIHHSLER KEGSYSSLSP PTLTPVMPVN AGGKVQESQK PPTLIPEPKD SQANFKSSSE QSLTEMWRPN NNLSKEKTEW HVEKSSGKLQ AAMASVIVRP SSSTKTDSMP AMQLASKDRV SERSSAGAHK TDCLKLAEAG ETGRIILPNV NSDSVHTKSE KNFQAVSQGS VPSSVMSAVN TMCNTKTDVI TSAADTTSVS SWGGSEVISS LSNTILASTS SECVSSKSVS QPVAQKQECK VSTTAPVTLA SSKTGSVVQP SSGFSGTTDF IHLKKHKAAL AAAQYKSSNA SETEPNAIKN QTLSASLPLD STVICSTINK ANSVGNGQAS QTSQPNYHTK LKKAWLTRHS EEDKNTNKME NSGNSVSEII KPCSVNLIAS TSSDIQNSVD SKIIVDKYVK DDKVNRRKAK RTYESGSESG DSDESESKSE QRTKRQPKPT YKKKQNDLQK RKGEIEEDLK PNGVLSRSAK ERSKLKLQSN SNSCHLVKTE * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.99 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||