MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
COL6A3 | polymorphism_automatic | 0 | simple_aae | affected | M2927T | single base exchange | rs6728818 | show file | |||
COL6A3 | polymorphism_automatic | 1.99840144432528e-15 | simple_aae | affected | M2320T | single base exchange | rs6728818 | show file | |||
COL6A3 | polymorphism_automatic | 1.99840144432528e-15 | simple_aae | affected | M2721T | single base exchange | rs6728818 | show file | |||
COL6A3 | polymorphism_automatic | 1.99840144432528e-15 | simple_aae | affected | M2726T | single base exchange | rs6728818 | show file | |||
COL6A3 | polymorphism_automatic | 1.99840144432528e-15 | simple_aae | affected | M2721T | single base exchange | rs6728818 | show file | |||
COL6A3 | polymorphism_automatic | 1.99840144432528e-15 | simple_aae | affected | M2727T | single base exchange | rs6728818 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 1 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr2:238244963A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | COL6A3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000295550 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_004369 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | P12111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.8780T>C cDNA.9233T>C g.78056T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M2927T Score: 81 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 2927 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs6728818
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 9534 / 9534 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 3178 / 3178 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 9987 / 9987 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 454 / 454 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 9947 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 9443 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 9534 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 8780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 9233 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 78056 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 238244963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGATGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGACGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGATGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGACGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MRKHRHLPLV AVFCLFLSGF PTTHAQQQQA DVKNGAAADI IFLVDSSWTI GEEHFQLVRE FLYDVVKSLA VGENDFHFAL VQFNGNPHTE FLLNTYRTKQ EVLSHISNMS YIGGTNQTGK GLEYIMQSHL TKAAGSRAGD GVPQVIVVLT DGHSKDGLAL PSAELKSADV NVFAIGVEDA DEGALKEIAS EPLNMHMFNL ENFTSLHDIV GNLVSCVHSS VSPERAGDTE TLKDITAQDS ADIIFLIDGS NNTGSVNFAV ILDFLVNLLE KLPIGTQQIR VGVVQFSDEP RTMFSLDTYS TKAQVLGAVK ALGFAGGELA NIGLALDFVV ENHFTRAGGS RVEEGVPQVL VLISAGPSSD EIRYGVVALK QASVFSFGLG AQAASRAELQ HIATDDNLVF TVPEFRSFGD LQEKLLPYIV GVAQRHIVLK PPTIVTQVIE VNKRDIVFLV DGSSALGLAN FNAIRDFIAK VIQRLEIGQD LIQVAVAQYA DTVRPEFYFN THPTKREVIT AVRKMKPLDG SALYTGSALD FVRNNLFTSS AGYRAAEGIP KLLVLITGGK SLDEISQPAQ ELKRSSIMAF AIGNKGADQA ELEEIAFDSS LVFIPAEFRA APLQGMLPGL LAPLRTLSGT PEVHSNKRDI IFLLDGSANV GKTNFPYVRD FVMNLVNSLD IGNDNIRVGL VQFSDTPVTE FSLNTYQTKS DILGHLRQLQ LQGGSGLNTG SALSYVYANH FTEAGGSRIR EHVPQLLLLL TAGQSEDSYL QAANALTRAG ILTFCVGASQ ANKAELEQIA FNPSLVYLMD DFSSLPALPQ QLIQPLTTYV SGGVEEVPLA QPESKRDILF LFDGSANLVG QFPVVRDFLY KIIDELNVKP EGTRIAVAQY SDDVKVESRF DEHQSKPEIL NLVKRMKIKT GKALNLGYAL DYAQRYIFVK SAGSRIEDGV LQFLVLLVAG RSSDRVDGPA SNLKQSGVVP FIFQAKNADP AELEQIVLSP AFILAAESLP KIGDLHPQIV NLLKSVHNGA PAPVSGEKDV VFLLDGSEGV RSGFPLLKEF VQRVVESLDV GQDRVRVAVV QYSDRTRPEF YLNSYMNKQD VVNAVRQLTL LGGPTPNTGA ALEFVLRNIL VSSAGSRITE GVPQLLIVLT ADRSGDDVRN PSVVVKRGGA VPIGIGIGNA DITEMQTISF IPDFAVAIPT FRQLGTVQQV ISERVTQLTR EELSRLQPVL QPLPSPGVGG KRDVVFLIDG SQSAGPEFQY VRTLIERLVD YLDVGFDTTR VAVIQFSDDP KVEFLLNAHS SKDEVQNAVQ RLRPKGGRQI NVGNALEYVS RNIFKRPLGS RIEEGVPQFL VLISSGKSDD EVDDPAVELK QFGVAPFTIA RNADQEELVK ISLSPEYVFS VSTFRELPSL EQKLLTPITT LTSEQIQKLL ASTRYPPPAV ESDAADIVFL IDSSEGVRPD GFAHIRDFVS RIVRRLNIGP SKVRVGVVQF SNDVFPEFYL KTYRSQAPVL DAIRRLRLRG GSPLNTGKAL EFVARNLFVK SAGSRIEDGV PQHLVLVLGG KSQDDVSRFA QVIRSSGIVS LGVGDRNIDR TELQTITNDP RLVFTVREFR ELPNIEERIM NSFGPSAATP APPGVDTPPP SRPEKKKADI VFLLDGSINF RRDSFQEVLR FVSEIVDTVY EDGDSIQVGL VQYNSDPTDE FFLKDFSTKR QIIDAINKVV YKGGRHANTK VGLEHLRVNH FVPEAGSRLD QRVPQIAFVI TGGKSVEDAQ DVSLALTQRG VKVFAVGVRN IDSEEVGKIA SNSATAFRVG NVQELSELSE QVLETLHDAM HETLCPGVTD AAKACNLDVI LGFDGSRDQN VFVAQKGFES KVDAILNRIS QMHRVSCSGG RSPTVRVSVV ANTPSGPVEA FDFDEYQPEM LEKFRNMRSQ HPYVLTEDTL KVYLNKFRQS SPDSVKVVIH FTDGADGDLA DLHRASENLR QEGVRALILV GLERVVNLER LMHLEFGRGF MYDRPLRLNL LDLDYELAEQ LDNIAEKACC GVPCKCSGQR GDRGPIGSIG PKGIPGEDGY RGYPGDEGGP GERGPPGVNG TQGFQGCPGQ RGVKGSRGFP GEKGEVGEIG LDGLDGEDGD KGLPGSSGEK GNPGRRGDKG PRGEKGERGD VGIRGDPGNP GQDSQERGPK GETGDLGPMG VPGRDGVPGG PGETGKNGGF GRRGPPGAKG NKGGPGQPGF EGEQGTRGAQ GPAGPAGPPG LIGEQGISGP RGSGGAAGAP GERGRTGPLG RKGEPGEPGP KGGIGNRGPR GETGDDGRDG VGSEGRRGKK GERGFPGYPG PKGNPGEPGL NGTTGPKGIR GRRGNSGPPG IVGQKGDPGY PGPAGPKGNR GDSIDQCALI QSIKDKCPCC YGPLECPVFP TELAFALDTS EGVNQDTFGR MRDVVLSIVN DLTIAESNCP RGARVAVVTY NNEVTTEIRF ADSKRKSVLL DKIKNLQVAL TSKQQSLETA MSFVARNTFK RVRNGFLMRK VAVFFSNTPT RASPQLREAV LKLSDAGITP LFLTRQEDRQ LINALQINNT AVGHALVLPA GRDLTDFLEN VLTCHVCLDI CNIDPSCGFG SWRPSFRDRR AAGSDVDIDM AFILDSAETT TLFQFNEMKK YIAYLVRQLD MSPDPKASQH FARVAVVQHA PSESVDNASM PPVKVEFSLT DYGSKEKLVD FLSRGMTQLQ GTRALGSAIE YTIENVFESA PNPRDLKIVV LMLTGEVPEQ QLEEAQRVIL QAKCKGYFFV VLGIGRKVNI KEVYTFASEP NDVFFKLVDK STELNEEPLM RFGRLLPSFV SSENAFYLSP DIRKQCDWFQ GDQPTKNLVK FGHKQVNVPN NVTSSPTSNP VTTTKPVTTT KPVTTTTKPV TTTTKPVTII NQPSVKPAAA KPAPAKPVAA KPVATKMATV RPPVAVKPAT AAKPVAAKPA AVRPPAAAAA KPVATKPEVP RPQAAKPAAT KPATTKPMVK MSREVQVFEI TENSAKLHWE RAEPPGPYFY DLTVTSAHDQ SLVLKQNLTV TDRVIGGLLA GQTYHVAVVC YLRSQVRATY HGSFSTKKSQ PPPPQPARSA SSSTINLMVS TEPLALTETD ICKLPKDEGT CRDFILKWYY DPNTKSCARF WYGGCGGNEN KFGSQKECEK VCAPVLAKPG VISVMGT* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MRKHRHLPLV AVFCLFLSGF PTTHAQQQQA DVKNGAAADI IFLVDSSWTI GEEHFQLVRE FLYDVVKSLA VGENDFHFAL VQFNGNPHTE FLLNTYRTKQ EVLSHISNMS YIGGTNQTGK GLEYIMQSHL TKAAGSRAGD GVPQVIVVLT DGHSKDGLAL PSAELKSADV NVFAIGVEDA DEGALKEIAS EPLNMHMFNL ENFTSLHDIV GNLVSCVHSS VSPERAGDTE TLKDITAQDS ADIIFLIDGS NNTGSVNFAV ILDFLVNLLE KLPIGTQQIR VGVVQFSDEP RTMFSLDTYS TKAQVLGAVK ALGFAGGELA NIGLALDFVV ENHFTRAGGS RVEEGVPQVL VLISAGPSSD EIRYGVVALK QASVFSFGLG AQAASRAELQ HIATDDNLVF TVPEFRSFGD LQEKLLPYIV GVAQRHIVLK PPTIVTQVIE VNKRDIVFLV DGSSALGLAN FNAIRDFIAK VIQRLEIGQD LIQVAVAQYA DTVRPEFYFN THPTKREVIT AVRKMKPLDG SALYTGSALD FVRNNLFTSS AGYRAAEGIP KLLVLITGGK SLDEISQPAQ ELKRSSIMAF AIGNKGADQA ELEEIAFDSS LVFIPAEFRA APLQGMLPGL LAPLRTLSGT PEVHSNKRDI IFLLDGSANV GKTNFPYVRD FVMNLVNSLD IGNDNIRVGL VQFSDTPVTE FSLNTYQTKS DILGHLRQLQ LQGGSGLNTG SALSYVYANH FTEAGGSRIR EHVPQLLLLL TAGQSEDSYL QAANALTRAG ILTFCVGASQ ANKAELEQIA FNPSLVYLMD DFSSLPALPQ QLIQPLTTYV SGGVEEVPLA QPESKRDILF LFDGSANLVG QFPVVRDFLY KIIDELNVKP EGTRIAVAQY SDDVKVESRF DEHQSKPEIL NLVKRMKIKT GKALNLGYAL DYAQRYIFVK SAGSRIEDGV LQFLVLLVAG RSSDRVDGPA SNLKQSGVVP FIFQAKNADP AELEQIVLSP AFILAAESLP KIGDLHPQIV NLLKSVHNGA PAPVSGEKDV VFLLDGSEGV RSGFPLLKEF VQRVVESLDV GQDRVRVAVV QYSDRTRPEF YLNSYMNKQD VVNAVRQLTL LGGPTPNTGA ALEFVLRNIL VSSAGSRITE GVPQLLIVLT ADRSGDDVRN PSVVVKRGGA VPIGIGIGNA DITEMQTISF IPDFAVAIPT FRQLGTVQQV ISERVTQLTR EELSRLQPVL QPLPSPGVGG KRDVVFLIDG SQSAGPEFQY VRTLIERLVD YLDVGFDTTR VAVIQFSDDP KVEFLLNAHS SKDEVQNAVQ RLRPKGGRQI NVGNALEYVS RNIFKRPLGS RIEEGVPQFL VLISSGKSDD EVDDPAVELK QFGVAPFTIA RNADQEELVK ISLSPEYVFS VSTFRELPSL EQKLLTPITT LTSEQIQKLL ASTRYPPPAV ESDAADIVFL IDSSEGVRPD GFAHIRDFVS RIVRRLNIGP SKVRVGVVQF SNDVFPEFYL KTYRSQAPVL DAIRRLRLRG GSPLNTGKAL EFVARNLFVK SAGSRIEDGV PQHLVLVLGG KSQDDVSRFA QVIRSSGIVS LGVGDRNIDR TELQTITNDP RLVFTVREFR ELPNIEERIM NSFGPSAATP APPGVDTPPP SRPEKKKADI VFLLDGSINF RRDSFQEVLR FVSEIVDTVY EDGDSIQVGL VQYNSDPTDE FFLKDFSTKR QIIDAINKVV YKGGRHANTK VGLEHLRVNH FVPEAGSRLD QRVPQIAFVI TGGKSVEDAQ DVSLALTQRG VKVFAVGVRN IDSEEVGKIA SNSATAFRVG NVQELSELSE QVLETLHDAM HETLCPGVTD AAKACNLDVI LGFDGSRDQN VFVAQKGFES KVDAILNRIS QMHRVSCSGG RSPTVRVSVV ANTPSGPVEA FDFDEYQPEM LEKFRNMRSQ HPYVLTEDTL KVYLNKFRQS SPDSVKVVIH FTDGADGDLA DLHRASENLR QEGVRALILV GLERVVNLER LMHLEFGRGF MYDRPLRLNL LDLDYELAEQ LDNIAEKACC GVPCKCSGQR GDRGPIGSIG PKGIPGEDGY RGYPGDEGGP GERGPPGVNG TQGFQGCPGQ RGVKGSRGFP GEKGEVGEIG LDGLDGEDGD KGLPGSSGEK GNPGRRGDKG PRGEKGERGD VGIRGDPGNP GQDSQERGPK GETGDLGPMG VPGRDGVPGG PGETGKNGGF GRRGPPGAKG NKGGPGQPGF EGEQGTRGAQ GPAGPAGPPG LIGEQGISGP RGSGGAAGAP GERGRTGPLG RKGEPGEPGP KGGIGNRGPR GETGDDGRDG VGSEGRRGKK GERGFPGYPG PKGNPGEPGL NGTTGPKGIR GRRGNSGPPG IVGQKGDPGY PGPAGPKGNR GDSIDQCALI QSIKDKCPCC YGPLECPVFP TELAFALDTS EGVNQDTFGR MRDVVLSIVN DLTIAESNCP RGARVAVVTY NNEVTTEIRF ADSKRKSVLL DKIKNLQVAL TSKQQSLETA MSFVARNTFK RVRNGFLMRK VAVFFSNTPT RASPQLREAV LKLSDAGITP LFLTRQEDRQ LINALQINNT AVGHALVLPA GRDLTDFLEN VLTCHVCLDI CNIDPSCGFG SWRPSFRDRR AAGSDVDIDM AFILDSAETT TLFQFNEMKK YIAYLVRQLD MSPDPKASQH FARVAVVQHA PSESVDNASM PPVKVEFSLT DYGSKEKLVD FLSRGMTQLQ GTRALGSAIE YTIENVFESA PNPRDLKIVV LMLTGEVPEQ QLEEAQRVIL QAKCKGYFFV VLGIGRKVNI KEVYTFASEP NDVFFKLVDK STELNEEPLM RFGRLLPSFV SSENAFYLSP DIRKQCDWFQ GDQPTKNLVK FGHKQVNVPN NVTSSPTSNP VTTTKPVTTT KPVTTTTKPV TTTTKPVTII NQPSVKPAAA KPAPAKPVAA KPVATKTATV RPPVAVKPAT AAKPVAAKPA AVRPPAAAAA KPVATKPEVP RPQAAKPAAT KPATTKPMVK MSREVQVFEI TENSAKLHWE RAEPPGPYFY DLTVTSAHDQ SLVLKQNLTV TDRVIGGLLA GQTYHVAVVC YLRSQVRATY HGSFSTKKSQ PPPPQPARSA SSSTINLMVS TEPLALTETD ICKLPKDEGT CRDFILKWYY DPNTKSCARF WYGGCGGNEN KFGSQKECEK VCAPVLAKPG VISVMGT* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.79 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999998 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr2:238244963A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | COL6A3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000472056 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_057166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | P12111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.6959T>C cDNA.7185T>C g.78056T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M2320T Score: 81 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 2320 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs6728818
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 7713 / 7713 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2571 / 2571 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 7939 / 7939 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 227 / 227 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 7899 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 7622 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 7713 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 6959 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 7185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 78056 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 238244963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGATGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGACGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGATGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGACGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MRKHRHLPLV AVFCLFLSGF PTTHAQQQQA VIEVNKRDIV FLVDGSSALG LANFNAIRDF IAKVIQRLEI GQDLIQVAVA QYADTVRPEF YFNTHPTKRE VITAVRKMKP LDGSALYTGS ALDFVRNNLF TSSAGYRAAE GIPKLLVLIT GGKSLDEISQ PAQELKRSSI MAFAIGNKGA DQAELEEIAF DSSLVFIPAE FRAAPLQGML PGLLAPLRTL SGTPEESKRD ILFLFDGSAN LVGQFPVVRD FLYKIIDELN VKPEGTRIAV AQYSDDVKVE SRFDEHQSKP EILNLVKRMK IKTGKALNLG YALDYAQRYI FVKSAGSRIE DGVLQFLVLL VAGRSSDRVD GPASNLKQSG VVPFIFQAKN ADPAELEQIV LSPAFILAAE SLPKIGDLHP QIVNLLKSVH NGAPAPVSGE KDVVFLLDGS EGVRSGFPLL KEFVQRVVES LDVGQDRVRV AVVQYSDRTR PEFYLNSYMN KQDVVNAVRQ LTLLGGPTPN TGAALEFVLR NILVSSAGSR ITEGVPQLLI VLTADRSGDD VRNPSVVVKR GGAVPIGIGI GNADITEMQT ISFIPDFAVA IPTFRQLGTV QQVISERVTQ LTREELSRLQ PVLQPLPSPG VGGKRDVVFL IDGSQSAGPE FQYVRTLIER LVDYLDVGFD TTRVAVIQFS DDPKVEFLLN AHSSKDEVQN AVQRLRPKGG RQINVGNALE YVSRNIFKRP LGSRIEEGVP QFLVLISSGK SDDEVDDPAV ELKQFGVAPF TIARNADQEE LVKISLSPEY VFSVSTFREL PSLEQKLLTP ITTLTSEQIQ KLLASTRYPP PAVESDAADI VFLIDSSEGV RPDGFAHIRD FVSRIVRRLN IGPSKVRVGV VQFSNDVFPE FYLKTYRSQA PVLDAIRRLR LRGGSPLNTG KALEFVARNL FVKSAGSRIE DGVPQHLVLV LGGKSQDDVS RFAQVIRSSG IVSLGVGDRN IDRTELQTIT NDPRLVFTVR EFRELPNIEE RIMNSFGPSA ATPAPPGVDT PPPSRPEKKK ADIVFLLDGS INFRRDSFQE VLRFVSEIVD TVYEDGDSIQ VGLVQYNSDP TDEFFLKDFS TKRQIIDAIN KVVYKGGRHA NTKVGLEHLR VNHFVPEAGS RLDQRVPQIA FVITGGKSVE DAQDVSLALT QRGVKVFAVG VRNIDSEEVG KIASNSATAF RVGNVQELSE LSEQVLETLH DAMHETLCPG VTDAAKACNL DVILGFDGSR DQNVFVAQKG FESKVDAILN RISQMHRVSC SGGRSPTVRV SVVANTPSGP VEAFDFDEYQ PEMLEKFRNM RSQHPYVLTE DTLKVYLNKF RQSSPDSVKV VIHFTDGADG DLADLHRASE NLRQEGVRAL ILVGLERVVN LERLMHLEFG RGFMYDRPLR LNLLDLDYEL AEQLDNIAEK ACCGVPCKCS GQRGDRGPIG SIGPKGIPGE DGYRGYPGDE GGPGERGPPG VNGTQGFQGC PGQRGVKGSR GFPGEKGEVG EIGLDGLDGE DGDKGLPGSS GEKGNPGRRG DKGPRGEKGE RGDVGIRGDP GNPGQDSQER GPKGETGDLG PMGVPGRDGV PGGPGETGKN GGFGRRGPPG AKGNKGGPGQ PGFEGEQGTR GAQGPAGPAG PPGLIGEQGI SGPRGSGGAA GAPGERGRTG PLGRKGEPGE PGPKGGIGNR GPRGETGDDG RDGVGSEGRR GKKGERGFPG YPGPKGNPGE PGLNGTTGPK GIRGRRGNSG PPGIVGQKGD PGYPGPAGPK GNRGDSIDQC ALIQSIKDKC PCCYGPLECP VFPTELAFAL DTSEGVNQDT FGRMRDVVLS IVNDLTIAES NCPRGARVAV VTYNNEVTTE IRFADSKRKS VLLDKIKNLQ VALTSKQQSL ETAMSFVARN TFKRVRNGFL MRKVAVFFSN TPTRASPQLR EAVLKLSDAG ITPLFLTRQE DRQLINALQI NNTAVGHALV LPAGRDLTDF LENVLTCHVC LDICNIDPSC GFGSWRPSFR DRRAAGSDVD IDMAFILDSA ETTTLFQFNE MKKYIAYLVR QLDMSPDPKA SQHFARVAVV QHAPSESVDN ASMPPVKVEF SLTDYGSKEK LVDFLSRGMT QLQGTRALGS AIEYTIENVF ESAPNPRDLK IVVLMLTGEV PEQQLEEAQR VILQAKCKGY FFVVLGIGRK VNIKEVYTFA SEPNDVFFKL VDKSTELNEE PLMRFGRLLP SFVSSENAFY LSPDIRKQCD WFQGDQPTKN LVKFGHKQVN VPNNVTSSPT SNPVTTTKPV TTTKPVTTTT KPVTTTTKPV TIINQPSVKP AAAKPAPAKP VAAKPVATKM ATVRPPVAVK PATAAKPVAA KPAAVRPPAA AAAKPVATKP EVPRPQAAKP AATKPATTKP MVKMSREVQV FEITENSAKL HWERAEPPGP YFYDLTVTSA HDQSLVLKQN LTVTDRVIGG LLAGQTYHVA VVCYLRSQVR ATYHGSFSTK KSQPPPPQPA RSASSSTINL MVSTEPLALT ETDICKLPKD EGTCRDFILK WYYDPNTKSC ARFWYGGCGG NENKFGSQKE CEKVCAPVLA KPGVISVMGT * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MRKHRHLPLV AVFCLFLSGF PTTHAQQQQA VIEVNKRDIV FLVDGSSALG LANFNAIRDF IAKVIQRLEI GQDLIQVAVA QYADTVRPEF YFNTHPTKRE VITAVRKMKP LDGSALYTGS ALDFVRNNLF TSSAGYRAAE GIPKLLVLIT GGKSLDEISQ PAQELKRSSI MAFAIGNKGA DQAELEEIAF DSSLVFIPAE FRAAPLQGML PGLLAPLRTL SGTPEESKRD ILFLFDGSAN LVGQFPVVRD FLYKIIDELN VKPEGTRIAV AQYSDDVKVE SRFDEHQSKP EILNLVKRMK IKTGKALNLG YALDYAQRYI FVKSAGSRIE DGVLQFLVLL VAGRSSDRVD GPASNLKQSG VVPFIFQAKN ADPAELEQIV LSPAFILAAE SLPKIGDLHP QIVNLLKSVH NGAPAPVSGE KDVVFLLDGS EGVRSGFPLL KEFVQRVVES LDVGQDRVRV AVVQYSDRTR PEFYLNSYMN KQDVVNAVRQ LTLLGGPTPN TGAALEFVLR NILVSSAGSR ITEGVPQLLI VLTADRSGDD VRNPSVVVKR GGAVPIGIGI GNADITEMQT ISFIPDFAVA IPTFRQLGTV QQVISERVTQ LTREELSRLQ PVLQPLPSPG VGGKRDVVFL IDGSQSAGPE FQYVRTLIER LVDYLDVGFD TTRVAVIQFS DDPKVEFLLN AHSSKDEVQN AVQRLRPKGG RQINVGNALE YVSRNIFKRP LGSRIEEGVP QFLVLISSGK SDDEVDDPAV ELKQFGVAPF TIARNADQEE LVKISLSPEY VFSVSTFREL PSLEQKLLTP ITTLTSEQIQ KLLASTRYPP PAVESDAADI VFLIDSSEGV RPDGFAHIRD FVSRIVRRLN IGPSKVRVGV VQFSNDVFPE FYLKTYRSQA PVLDAIRRLR LRGGSPLNTG KALEFVARNL FVKSAGSRIE DGVPQHLVLV LGGKSQDDVS RFAQVIRSSG IVSLGVGDRN IDRTELQTIT NDPRLVFTVR EFRELPNIEE RIMNSFGPSA ATPAPPGVDT PPPSRPEKKK ADIVFLLDGS INFRRDSFQE VLRFVSEIVD TVYEDGDSIQ VGLVQYNSDP TDEFFLKDFS TKRQIIDAIN KVVYKGGRHA NTKVGLEHLR VNHFVPEAGS RLDQRVPQIA FVITGGKSVE DAQDVSLALT QRGVKVFAVG VRNIDSEEVG KIASNSATAF RVGNVQELSE LSEQVLETLH DAMHETLCPG VTDAAKACNL DVILGFDGSR DQNVFVAQKG FESKVDAILN RISQMHRVSC SGGRSPTVRV SVVANTPSGP VEAFDFDEYQ PEMLEKFRNM RSQHPYVLTE DTLKVYLNKF RQSSPDSVKV VIHFTDGADG DLADLHRASE NLRQEGVRAL ILVGLERVVN LERLMHLEFG RGFMYDRPLR LNLLDLDYEL AEQLDNIAEK ACCGVPCKCS GQRGDRGPIG SIGPKGIPGE DGYRGYPGDE GGPGERGPPG VNGTQGFQGC PGQRGVKGSR GFPGEKGEVG EIGLDGLDGE DGDKGLPGSS GEKGNPGRRG DKGPRGEKGE RGDVGIRGDP GNPGQDSQER GPKGETGDLG PMGVPGRDGV PGGPGETGKN GGFGRRGPPG AKGNKGGPGQ PGFEGEQGTR GAQGPAGPAG PPGLIGEQGI SGPRGSGGAA GAPGERGRTG PLGRKGEPGE PGPKGGIGNR GPRGETGDDG RDGVGSEGRR GKKGERGFPG YPGPKGNPGE PGLNGTTGPK GIRGRRGNSG PPGIVGQKGD PGYPGPAGPK GNRGDSIDQC ALIQSIKDKC PCCYGPLECP VFPTELAFAL DTSEGVNQDT FGRMRDVVLS IVNDLTIAES NCPRGARVAV VTYNNEVTTE IRFADSKRKS VLLDKIKNLQ VALTSKQQSL ETAMSFVARN TFKRVRNGFL MRKVAVFFSN TPTRASPQLR EAVLKLSDAG ITPLFLTRQE DRQLINALQI NNTAVGHALV LPAGRDLTDF LENVLTCHVC LDICNIDPSC GFGSWRPSFR DRRAAGSDVD IDMAFILDSA ETTTLFQFNE MKKYIAYLVR QLDMSPDPKA SQHFARVAVV QHAPSESVDN ASMPPVKVEF SLTDYGSKEK LVDFLSRGMT QLQGTRALGS AIEYTIENVF ESAPNPRDLK IVVLMLTGEV PEQQLEEAQR VILQAKCKGY FFVVLGIGRK VNIKEVYTFA SEPNDVFFKL VDKSTELNEE PLMRFGRLLP SFVSSENAFY LSPDIRKQCD WFQGDQPTKN LVKFGHKQVN VPNNVTSSPT SNPVTTTKPV TTTKPVTTTT KPVTTTTKPV TIINQPSVKP AAAKPAPAKP VAAKPVATKT ATVRPPVAVK PATAAKPVAA KPAAVRPPAA AAAKPVATKP EVPRPQAAKP AATKPATTKP MVKMSREVQV FEITENSAKL HWERAEPPGP YFYDLTVTSA HDQSLVLKQN LTVTDRVIGG LLAGQTYHVA VVCYLRSQVR ATYHGSFSTK KSQPPPPQPA RSASSSTINL MVSTEPLALT ETDICKLPKD EGTCRDFILK WYYDPNTKSC ARFWYGGCGG NENKFGSQKE CEKVCAPVLA KPGVISVMGT * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.92 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999998 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr2:238244963A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | COL6A3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000409809 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | P12111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.8162T>C cDNA.8162T>C g.78056T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M2721T Score: 81 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 2721 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs6728818
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 8916 / 8916 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2972 / 2972 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 8916 / 8916 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 8876 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 8825 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 8916 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 8162 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 8162 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 78056 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 238244963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGATGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGACGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGATGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGACGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MRKHRHLPLV AVFCLFLSGF PTTHAQQQQA AQDSADIIFL IDGSNNTGSV NFAVILDFLV NLLEKLPIGT QQIRVGVVQF SDEPRTMFSL DTYSTKAQVL GAVKALGFAG GELANIGLAL DFVVENHFTR AGGSRVEEGV PQVLVLISAG PSSDEIRYGV VALKQASVFS FGLGAQAASR AELQHIATDD NLVFTVPEFR SFGDLQEKLL PYIVGVAQRH IVLKPPTIVT QVIEVNKRDI VFLVDGSSAL GLANFNAIRD FIAKVIQRLE IGQDLIQVAV AQYADTVRPE FYFNTHPTKR EVITAVRKMK PLDGSALYTG SALDFVRNNL FTSSAGYRAA EGIPKLLVLI TGGKSLDEIS QPAQELKRSS IMAFAIGNKG ADQAELEEIA FDSSLVFIPA EFRAAPLQGM LPGLLAPLRT LSGTPEVHSN KRDIIFLLDG SANVGKTNFP YVRDFVMNLV NSLDIGNDNI RVGLVQFSDT PVTEFSLNTY QTKSDILGHL RQLQLQGGSG LNTGSALSYV YANHFTEAGG SRIREHVPQL LLLLTAGQSE DSYLQAANAL TRAGILTFCV GASQANKAEL EQIAFNPSLV YLMDDFSSLP ALPQQLIQPL TTYVSGGVEE VPLAQPESKR DILFLFDGSA NLVGQFPVVR DFLYKIIDEL NVKPEGTRIA VAQYSDDVKV ESRFDEHQSK PEILNLVKRM KIKTGKALNL GYALDYAQRY IFVKSAGSRI EDGVLQFLVL LVAGRSSDRV DGPASNLKQS GVVPFIFQAK NADPAELEQI VLSPAFILAA ESLPKIGDLH PQIVNLLKSV HNGAPAPVSG EKDVVFLLDG SEGVRSGFPL LKEFVQRVVE SLDVGQDRVR VAVVQYSDRT RPEFYLNSYM NKQDVVNAVR QLTLLGGPTP NTGAALEFVL RNILVSSAGS RITEGVPQLL IVLTADRSGD DVRNPSVVVK RGGAVPIGIG IGNADITEMQ TISFIPDFAV AIPTFRQLGT VQQVISERVT QLTREELSRL QPVLQPLPSP GVGGKRDVVF LIDGSQSAGP EFQYVRTLIE RLVDYLDVGF DTTRVAVIQF SDDPKVEFLL NAHSSKDEVQ NAVQRLRPKG GRQINVGNAL EYVSRNIFKR PLGSRIEEGV PQFLVLISSG KSDDEVDDPA VELKQFGVAP FTIARNADQE ELVKISLSPE YVFSVSTFRE LPSLEQKLLT PITTLTSEQI QKLLASTRYP PPAVESDAAD IVFLIDSSEG VRPDGFAHIR DFVSRIVRRL NIGPSKVRVG VVQFSNDVFP EFYLKTYRSQ APVLDAIRRL RLRGGSPLNT GKALEFVARN LFVKSAGSRI EDGVPQHLVL VLGGKSQDDV SRFAQVIRSS GIVSLGVGDR NIDRTELQTI TNDPRLVFTV REFRELPNIE ERIMNSFGPS AATPAPPGVD TPPPSRPEKK KADIVFLLDG SINFRRDSFQ EVLRFVSEIV DTVYEDGDSI QVGLVQYNSD PTDEFFLKDF STKRQIIDAI NKVVYKGGRH ANTKVGLEHL RVNHFVPEAG SRLDQRVPQI AFVITGGKSV EDAQDVSLAL TQRGVKVFAV GVRNIDSEEV GKIASNSATA FRVGNVQELS ELSEQVLETL HDAMHETLCP GVTDAAKACN LDVILGFDGS RDQNVFVAQK GFESKVDAIL NRISQMHRVS CSGGRSPTVR VSVVANTPSG PVEAFDFDEY QPEMLEKFRN MRSQHPYVLT EDTLKVYLNK FRQSSPDSVK VVIHFTDGAD GDLADLHRAS ENLRQEGVRA LILVGLERVV NLERLMHLEF GRGFMYDRPL RLNLLDLDYE LAEQLDNIAE KACCGVPCKC SGQRGDRGPI GSIGPKGIPG EDGYRGYPGD EGGPGERGPP GVNGTQGFQG CPGQRGVKGS RGFPGEKGEV GEIGLDGLDG EDGDKGLPGS SGEKGNPGRR GDKGPRGEKG ERGDVGIRGD PGNPGQDSQE RGPKGETGDL GPMGVPGRDG VPGGPGETGK NGGFGRRGPP GAKGNKGGPG QPGFEGEQGT RGAQGPAGPA GPPGLIGEQG ISGPRGSGGA AGAPGERGRT GPLGRKGEPG EPGPKGGIGN RGPRGETGDD GRDGVGSEGR RGKKGERGFP GYPGPKGNPG EPGLNGTTGP KGIRGRRGNS GPPGIVGQKG DPGYPGPAGP KGNRGDSIDQ CALIQSIKDK CPCCYGPLEC PVFPTELAFA LDTSEGVNQD TFGRMRDVVL SIVNDLTIAE SNCPRGARVA VVTYNNEVTT EIRFADSKRK SVLLDKIKNL QVALTSKQQS LETAMSFVAR NTFKRVRNGF LMRKVAVFFS NTPTRASPQL REAVLKLSDA GITPLFLTRQ EDRQLINALQ INNTAVGHAL VLPAGRDLTD FLENVLTCHV CLDICNIDPS CGFGSWRPSF RDRRAAGSDV DIDMAFILDS AETTTLFQFN EMKKYIAYLV RQLDMSPDPK ASQHFARVAV VQHAPSESVD NASMPPVKVE FSLTDYGSKE KLVDFLSRGM TQLQGTRALG SAIEYTIENV FESAPNPRDL KIVVLMLTGE VPEQQLEEAQ RVILQAKCKG YFFVVLGIGR KVNIKEVYTF ASEPNDVFFK LVDKSTELNE EPLMRFGRLL PSFVSSENAF YLSPDIRKQC DWFQGDQPTK NLVKFGHKQV NVPNNVTSSP TSNPVTTTKP VTTTKPVTTT TKPVTTTTKP VTIINQPSVK PAAAKPAPAK PVAAKPVATK MATVRPPVAV KPATAAKPVA AKPAAVRPPA AAAAKPVATK PEVPRPQAAK PAATKPATTK PMVKMSREVQ VFEITENSAK LHWERAEPPG PYFYDLTVTS AHDQSLVLKQ NLTVTDRVIG GLLAGQTYHV AVVCYLRSQV RATYHGSFST KKSQPPPPQP ARSASSSTIN LMVSTEPLAL TETDICKLPK DEGTCRDFIL KWYYDPNTKS CARFWYGGCG GNENKFGSQK ECEKVCAPVL AKPGVISVMG T* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MRKHRHLPLV AVFCLFLSGF PTTHAQQQQA AQDSADIIFL IDGSNNTGSV NFAVILDFLV NLLEKLPIGT QQIRVGVVQF SDEPRTMFSL DTYSTKAQVL GAVKALGFAG GELANIGLAL DFVVENHFTR AGGSRVEEGV PQVLVLISAG PSSDEIRYGV VALKQASVFS FGLGAQAASR AELQHIATDD NLVFTVPEFR SFGDLQEKLL PYIVGVAQRH IVLKPPTIVT QVIEVNKRDI VFLVDGSSAL GLANFNAIRD FIAKVIQRLE IGQDLIQVAV AQYADTVRPE FYFNTHPTKR EVITAVRKMK PLDGSALYTG SALDFVRNNL FTSSAGYRAA EGIPKLLVLI TGGKSLDEIS QPAQELKRSS IMAFAIGNKG ADQAELEEIA FDSSLVFIPA EFRAAPLQGM LPGLLAPLRT LSGTPEVHSN KRDIIFLLDG SANVGKTNFP YVRDFVMNLV NSLDIGNDNI RVGLVQFSDT PVTEFSLNTY QTKSDILGHL RQLQLQGGSG LNTGSALSYV YANHFTEAGG SRIREHVPQL LLLLTAGQSE DSYLQAANAL TRAGILTFCV GASQANKAEL EQIAFNPSLV YLMDDFSSLP ALPQQLIQPL TTYVSGGVEE VPLAQPESKR DILFLFDGSA NLVGQFPVVR DFLYKIIDEL NVKPEGTRIA VAQYSDDVKV ESRFDEHQSK PEILNLVKRM KIKTGKALNL GYALDYAQRY IFVKSAGSRI EDGVLQFLVL LVAGRSSDRV DGPASNLKQS GVVPFIFQAK NADPAELEQI VLSPAFILAA ESLPKIGDLH PQIVNLLKSV HNGAPAPVSG EKDVVFLLDG SEGVRSGFPL LKEFVQRVVE SLDVGQDRVR VAVVQYSDRT RPEFYLNSYM NKQDVVNAVR QLTLLGGPTP NTGAALEFVL RNILVSSAGS RITEGVPQLL IVLTADRSGD DVRNPSVVVK RGGAVPIGIG IGNADITEMQ TISFIPDFAV AIPTFRQLGT VQQVISERVT QLTREELSRL QPVLQPLPSP GVGGKRDVVF LIDGSQSAGP EFQYVRTLIE RLVDYLDVGF DTTRVAVIQF SDDPKVEFLL NAHSSKDEVQ NAVQRLRPKG GRQINVGNAL EYVSRNIFKR PLGSRIEEGV PQFLVLISSG KSDDEVDDPA VELKQFGVAP FTIARNADQE ELVKISLSPE YVFSVSTFRE LPSLEQKLLT PITTLTSEQI QKLLASTRYP PPAVESDAAD IVFLIDSSEG VRPDGFAHIR DFVSRIVRRL NIGPSKVRVG VVQFSNDVFP EFYLKTYRSQ APVLDAIRRL RLRGGSPLNT GKALEFVARN LFVKSAGSRI EDGVPQHLVL VLGGKSQDDV SRFAQVIRSS GIVSLGVGDR NIDRTELQTI TNDPRLVFTV REFRELPNIE ERIMNSFGPS AATPAPPGVD TPPPSRPEKK KADIVFLLDG SINFRRDSFQ EVLRFVSEIV DTVYEDGDSI QVGLVQYNSD PTDEFFLKDF STKRQIIDAI NKVVYKGGRH ANTKVGLEHL RVNHFVPEAG SRLDQRVPQI AFVITGGKSV EDAQDVSLAL TQRGVKVFAV GVRNIDSEEV GKIASNSATA FRVGNVQELS ELSEQVLETL HDAMHETLCP GVTDAAKACN LDVILGFDGS RDQNVFVAQK GFESKVDAIL NRISQMHRVS CSGGRSPTVR VSVVANTPSG PVEAFDFDEY QPEMLEKFRN MRSQHPYVLT EDTLKVYLNK FRQSSPDSVK VVIHFTDGAD GDLADLHRAS ENLRQEGVRA LILVGLERVV NLERLMHLEF GRGFMYDRPL RLNLLDLDYE LAEQLDNIAE KACCGVPCKC SGQRGDRGPI GSIGPKGIPG EDGYRGYPGD EGGPGERGPP GVNGTQGFQG CPGQRGVKGS RGFPGEKGEV GEIGLDGLDG EDGDKGLPGS SGEKGNPGRR GDKGPRGEKG ERGDVGIRGD PGNPGQDSQE RGPKGETGDL GPMGVPGRDG VPGGPGETGK NGGFGRRGPP GAKGNKGGPG QPGFEGEQGT RGAQGPAGPA GPPGLIGEQG ISGPRGSGGA AGAPGERGRT GPLGRKGEPG EPGPKGGIGN RGPRGETGDD GRDGVGSEGR RGKKGERGFP GYPGPKGNPG EPGLNGTTGP KGIRGRRGNS GPPGIVGQKG DPGYPGPAGP KGNRGDSIDQ CALIQSIKDK CPCCYGPLEC PVFPTELAFA LDTSEGVNQD TFGRMRDVVL SIVNDLTIAE SNCPRGARVA VVTYNNEVTT EIRFADSKRK SVLLDKIKNL QVALTSKQQS LETAMSFVAR NTFKRVRNGF LMRKVAVFFS NTPTRASPQL REAVLKLSDA GITPLFLTRQ EDRQLINALQ INNTAVGHAL VLPAGRDLTD FLENVLTCHV CLDICNIDPS CGFGSWRPSF RDRRAAGSDV DIDMAFILDS AETTTLFQFN EMKKYIAYLV RQLDMSPDPK ASQHFARVAV VQHAPSESVD NASMPPVKVE FSLTDYGSKE KLVDFLSRGM TQLQGTRALG SAIEYTIENV FESAPNPRDL KIVVLMLTGE VPEQQLEEAQ RVILQAKCKG YFFVVLGIGR KVNIKEVYTF ASEPNDVFFK LVDKSTELNE EPLMRFGRLL PSFVSSENAF YLSPDIRKQC DWFQGDQPTK NLVKFGHKQV NVPNNVTSSP TSNPVTTTKP VTTTKPVTTT TKPVTTTTKP VTIINQPSVK PAAAKPAPAK PVAAKPVATK TATVRPPVAV KPATAAKPVA AKPAAVRPPA AAAAKPVATK PEVPRPQAAK PAATKPATTK PMVKMSREVQ VFEITENSAK LHWERAEPPG PYFYDLTVTS AHDQSLVLKQ NLTVTDRVIG GLLAGQTYHV AVVCYLRSQV RATYHGSFST KKSQPPPPQP ARSASSSTIN LMVSTEPLAL TETDICKLPK DEGTCRDFIL KWYYDPNTKS CARFWYGGCG GNENKFGSQK ECEKVCAPVL AKPGVISVMG T* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.82 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999998 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr2:238244963A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | COL6A3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000347401 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | P12111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.8177T>C cDNA.8462T>C g.78056T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M2726T Score: 81 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 2726 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs6728818
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 8931 / 8931 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2977 / 2977 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 9216 / 9216 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 286 / 286 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 9176 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 8840 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 8931 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 8177 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 8462 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 78056 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 238244963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGATGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGACGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGATGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGACGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MRKHRHLPLV AVFCLFLSGF PTTHAQQQQA DVKNGAAADI IFLVDSSWTI GEEHFQLVRE FLYDVVKSLA VGENDFHFAL VQFNGNPHTE FLLNTYRTKQ EVLSHISNMS YIGGTNQTGK GLEYIMQSHL TKAAGSRAGD GVPQVIVVLT DGHSKDGLAL PSAELKSADV NVFAIGVEDA DEGALKEIAS EPLNMHMFNL ENFTSLHDIV GNLVSCVHSS VSPERAGDTE TLKDITVIEV NKRDIVFLVD GSSALGLANF NAIRDFIAKV IQRLEIGQDL IQVAVAQYAD TVRPEFYFNT HPTKREVITA VRKMKPLDGS ALYTGSALDF VRNNLFTSSA GYRAAEGIPK LLVLITGGKS LDEISQPAQE LKRSSIMAFA IGNKGADQAE LEEIAFDSSL VFIPAEFRAA PLQGMLPGLL APLRTLSGTP EVHSNKRDII FLLDGSANVG KTNFPYVRDF VMNLVNSLDI GNDNIRVGLV QFSDTPVTEF SLNTYQTKSD ILGHLRQLQL QGGSGLNTGS ALSYVYANHF TEAGGSRIRE HVPQLLLLLT AGQSEDSYLQ AANALTRAGI LTFCVGASQA NKAELEQIAF NPSLVYLMDD FSSLPALPQQ LIQPLTTYVS GGVEEVPLAQ PESKRDILFL FDGSANLVGQ FPVVRDFLYK IIDELNVKPE GTRIAVAQYS DDVKVESRFD EHQSKPEILN LVKRMKIKTG KALNLGYALD YAQRYIFVKS AGSRIEDGVL QFLVLLVAGR SSDRVDGPAS NLKQSGVVPF IFQAKNADPA ELEQIVLSPA FILAAESLPK IGDLHPQIVN LLKSVHNGAP APVSGEKDVV FLLDGSEGVR SGFPLLKEFV QRVVESLDVG QDRVRVAVVQ YSDRTRPEFY LNSYMNKQDV VNAVRQLTLL GGPTPNTGAA LEFVLRNILV SSAGSRITEG VPQLLIVLTA DRSGDDVRNP SVVVKRGGAV PIGIGIGNAD ITEMQTISFI PDFAVAIPTF RQLGTVQQVI SERVTQLTRE ELSRLQPVLQ PLPSPGVGGK RDVVFLIDGS QSAGPEFQYV RTLIERLVDY LDVGFDTTRV AVIQFSDDPK VEFLLNAHSS KDEVQNAVQR LRPKGGRQIN VGNALEYVSR NIFKRPLGSR IEEGVPQFLV LISSGKSDDE VDDPAVELKQ FGVAPFTIAR NADQEELVKI SLSPEYVFSV STFRELPSLE QKLLTPITTL TSEQIQKLLA STRYPPPAVE SDAADIVFLI DSSEGVRPDG FAHIRDFVSR IVRRLNIGPS KVRVGVVQFS NDVFPEFYLK TYRSQAPVLD AIRRLRLRGG SPLNTGKALE FVARNLFVKS AGSRIEDGVP QHLVLVLGGK SQDDVSRFAQ VIRSSGIVSL GVGDRNIDRT ELQTITNDPR LVFTVREFRE LPNIEERIMN SFGPSAATPA PPGVDTPPPS RPEKKKADIV FLLDGSINFR RDSFQEVLRF VSEIVDTVYE DGDSIQVGLV QYNSDPTDEF FLKDFSTKRQ IIDAINKVVY KGGRHANTKV GLEHLRVNHF VPEAGSRLDQ RVPQIAFVIT GGKSVEDAQD VSLALTQRGV KVFAVGVRNI DSEEVGKIAS NSATAFRVGN VQELSELSEQ VLETLHDAMH ETLCPGVTDA AKACNLDVIL GFDGSRDQNV FVAQKGFESK VDAILNRISQ MHRVSCSGGR SPTVRVSVVA NTPSGPVEAF DFDEYQPEML EKFRNMRSQH PYVLTEDTLK VYLNKFRQSS PDSVKVVIHF TDGADGDLAD LHRASENLRQ EGVRALILVG LERVVNLERL MHLEFGRGFM YDRPLRLNLL DLDYELAEQL DNIAEKACCG VPCKCSGQRG DRGPIGSIGP KGIPGEDGYR GYPGDEGGPG ERGPPGVNGT QGFQGCPGQR GVKGSRGFPG EKGEVGEIGL DGLDGEDGDK GLPGSSGEKG NPGRRGDKGP RGEKGERGDV GIRGDPGNPG QDSQERGPKG ETGDLGPMGV PGRDGVPGGP GETGKNGGFG RRGPPGAKGN KGGPGQPGFE GEQGTRGAQG PAGPAGPPGL IGEQGISGPR GSGGAAGAPG ERGRTGPLGR KGEPGEPGPK GGIGNRGPRG ETGDDGRDGV GSEGRRGKKG ERGFPGYPGP KGNPGEPGLN GTTGPKGIRG RRGNSGPPGI VGQKGDPGYP GPAGPKGNRG DSIDQCALIQ SIKDKCPCCY GPLECPVFPT ELAFALDTSE GVNQDTFGRM RDVVLSIVND LTIAESNCPR GARVAVVTYN NEVTTEIRFA DSKRKSVLLD KIKNLQVALT SKQQSLETAM SFVARNTFKR VRNGFLMRKV AVFFSNTPTR ASPQLREAVL KLSDAGITPL FLTRQEDRQL INALQINNTA VGHALVLPAG RDLTDFLENV LTCHVCLDIC NIDPSCGFGS WRPSFRDRRA AGSDVDIDMA FILDSAETTT LFQFNEMKKY IAYLVRQLDM SPDPKASQHF ARVAVVQHAP SESVDNASMP PVKVEFSLTD YGSKEKLVDF LSRGMTQLQG TRALGSAIEY TIENVFESAP NPRDLKIVVL MLTGEVPEQQ LEEAQRVILQ AKCKGYFFVV LGIGRKVNIK EVYTFASEPN DVFFKLVDKS TELNEEPLMR FGRLLPSFVS SENAFYLSPD IRKQCDWFQG DQPTKNLVKF GHKQVNVPNN VTSSPTSNPV TTTKPVTTTK PVTTTTKPVT TTTKPVTIIN QPSVKPAAAK PAPAKPVAAK PVATKMATVR PPVAVKPATA AKPVAAKPAA VRPPAAAAAK PVATKPEVPR PQAAKPAATK PATTKPMVKM SREVQVFEIT ENSAKLHWER AEPPGPYFYD LTVTSAHDQS LVLKQNLTVT DRVIGGLLAG QTYHVAVVCY LRSQVRATYH GSFSTKKSQP PPPQPARSAS SSTINLMVST EPLALTETDI CKLPKDEGTC RDFILKWYYD PNTKSCARFW YGGCGGNENK FGSQKECEKV CAPVLAKPGV ISVMGT* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MRKHRHLPLV AVFCLFLSGF PTTHAQQQQA DVKNGAAADI IFLVDSSWTI GEEHFQLVRE FLYDVVKSLA VGENDFHFAL VQFNGNPHTE FLLNTYRTKQ EVLSHISNMS YIGGTNQTGK GLEYIMQSHL TKAAGSRAGD GVPQVIVVLT DGHSKDGLAL PSAELKSADV NVFAIGVEDA DEGALKEIAS EPLNMHMFNL ENFTSLHDIV GNLVSCVHSS VSPERAGDTE TLKDITVIEV NKRDIVFLVD GSSALGLANF NAIRDFIAKV IQRLEIGQDL IQVAVAQYAD TVRPEFYFNT HPTKREVITA VRKMKPLDGS ALYTGSALDF VRNNLFTSSA GYRAAEGIPK LLVLITGGKS LDEISQPAQE LKRSSIMAFA IGNKGADQAE LEEIAFDSSL VFIPAEFRAA PLQGMLPGLL APLRTLSGTP EVHSNKRDII FLLDGSANVG KTNFPYVRDF VMNLVNSLDI GNDNIRVGLV QFSDTPVTEF SLNTYQTKSD ILGHLRQLQL QGGSGLNTGS ALSYVYANHF TEAGGSRIRE HVPQLLLLLT AGQSEDSYLQ AANALTRAGI LTFCVGASQA NKAELEQIAF NPSLVYLMDD FSSLPALPQQ LIQPLTTYVS GGVEEVPLAQ PESKRDILFL FDGSANLVGQ FPVVRDFLYK IIDELNVKPE GTRIAVAQYS DDVKVESRFD EHQSKPEILN LVKRMKIKTG KALNLGYALD YAQRYIFVKS AGSRIEDGVL QFLVLLVAGR SSDRVDGPAS NLKQSGVVPF IFQAKNADPA ELEQIVLSPA FILAAESLPK IGDLHPQIVN LLKSVHNGAP APVSGEKDVV FLLDGSEGVR SGFPLLKEFV QRVVESLDVG QDRVRVAVVQ YSDRTRPEFY LNSYMNKQDV VNAVRQLTLL GGPTPNTGAA LEFVLRNILV SSAGSRITEG VPQLLIVLTA DRSGDDVRNP SVVVKRGGAV PIGIGIGNAD ITEMQTISFI PDFAVAIPTF RQLGTVQQVI SERVTQLTRE ELSRLQPVLQ PLPSPGVGGK RDVVFLIDGS QSAGPEFQYV RTLIERLVDY LDVGFDTTRV AVIQFSDDPK VEFLLNAHSS KDEVQNAVQR LRPKGGRQIN VGNALEYVSR NIFKRPLGSR IEEGVPQFLV LISSGKSDDE VDDPAVELKQ FGVAPFTIAR NADQEELVKI SLSPEYVFSV STFRELPSLE QKLLTPITTL TSEQIQKLLA STRYPPPAVE SDAADIVFLI DSSEGVRPDG FAHIRDFVSR IVRRLNIGPS KVRVGVVQFS NDVFPEFYLK TYRSQAPVLD AIRRLRLRGG SPLNTGKALE FVARNLFVKS AGSRIEDGVP QHLVLVLGGK SQDDVSRFAQ VIRSSGIVSL GVGDRNIDRT ELQTITNDPR LVFTVREFRE LPNIEERIMN SFGPSAATPA PPGVDTPPPS RPEKKKADIV FLLDGSINFR RDSFQEVLRF VSEIVDTVYE DGDSIQVGLV QYNSDPTDEF FLKDFSTKRQ IIDAINKVVY KGGRHANTKV GLEHLRVNHF VPEAGSRLDQ RVPQIAFVIT GGKSVEDAQD VSLALTQRGV KVFAVGVRNI DSEEVGKIAS NSATAFRVGN VQELSELSEQ VLETLHDAMH ETLCPGVTDA AKACNLDVIL GFDGSRDQNV FVAQKGFESK VDAILNRISQ MHRVSCSGGR SPTVRVSVVA NTPSGPVEAF DFDEYQPEML EKFRNMRSQH PYVLTEDTLK VYLNKFRQSS PDSVKVVIHF TDGADGDLAD LHRASENLRQ EGVRALILVG LERVVNLERL MHLEFGRGFM YDRPLRLNLL DLDYELAEQL DNIAEKACCG VPCKCSGQRG DRGPIGSIGP KGIPGEDGYR GYPGDEGGPG ERGPPGVNGT QGFQGCPGQR GVKGSRGFPG EKGEVGEIGL DGLDGEDGDK GLPGSSGEKG NPGRRGDKGP RGEKGERGDV GIRGDPGNPG QDSQERGPKG ETGDLGPMGV PGRDGVPGGP GETGKNGGFG RRGPPGAKGN KGGPGQPGFE GEQGTRGAQG PAGPAGPPGL IGEQGISGPR GSGGAAGAPG ERGRTGPLGR KGEPGEPGPK GGIGNRGPRG ETGDDGRDGV GSEGRRGKKG ERGFPGYPGP KGNPGEPGLN GTTGPKGIRG RRGNSGPPGI VGQKGDPGYP GPAGPKGNRG DSIDQCALIQ SIKDKCPCCY GPLECPVFPT ELAFALDTSE GVNQDTFGRM RDVVLSIVND LTIAESNCPR GARVAVVTYN NEVTTEIRFA DSKRKSVLLD KIKNLQVALT SKQQSLETAM SFVARNTFKR VRNGFLMRKV AVFFSNTPTR ASPQLREAVL KLSDAGITPL FLTRQEDRQL INALQINNTA VGHALVLPAG RDLTDFLENV LTCHVCLDIC NIDPSCGFGS WRPSFRDRRA AGSDVDIDMA FILDSAETTT LFQFNEMKKY IAYLVRQLDM SPDPKASQHF ARVAVVQHAP SESVDNASMP PVKVEFSLTD YGSKEKLVDF LSRGMTQLQG TRALGSAIEY TIENVFESAP NPRDLKIVVL MLTGEVPEQQ LEEAQRVILQ AKCKGYFFVV LGIGRKVNIK EVYTFASEPN DVFFKLVDKS TELNEEPLMR FGRLLPSFVS SENAFYLSPD IRKQCDWFQG DQPTKNLVKF GHKQVNVPNN VTSSPTSNPV TTTKPVTTTK PVTTTTKPVT TTTKPVTIIN QPSVKPAAAK PAPAKPVAAK PVATKTATVR PPVAVKPATA AKPVAAKPAA VRPPAAAAAK PVATKPEVPR PQAAKPAATK PATTKPMVKM SREVQVFEIT ENSAKLHWER AEPPGPYFYD LTVTSAHDQS LVLKQNLTVT DRVIGGLLAG QTYHVAVVCY LRSQVRATYH GSFSTKKSQP PPPQPARSAS SSTINLMVST EPLALTETDI CKLPKDEGTC RDFILKWYYD PNTKSCARFW YGGCGGNENK FGSQKECEKV CAPVLAKPGV ISVMGT* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.82 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999998 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr2:238244963A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | COL6A3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000353578 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_057167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | P12111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.8162T>C cDNA.8447T>C g.78056T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M2721T Score: 81 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 2721 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs6728818
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 8916 / 8916 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2972 / 2972 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 9201 / 9201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 286 / 286 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 9161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 8825 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 8916 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 8162 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 8447 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 78056 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 238244963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGATGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGACGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGATGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGACGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MRKHRHLPLV AVFCLFLSGF PTTHAQQQQA AQDSADIIFL IDGSNNTGSV NFAVILDFLV NLLEKLPIGT QQIRVGVVQF SDEPRTMFSL DTYSTKAQVL GAVKALGFAG GELANIGLAL DFVVENHFTR AGGSRVEEGV PQVLVLISAG PSSDEIRYGV VALKQASVFS FGLGAQAASR AELQHIATDD NLVFTVPEFR SFGDLQEKLL PYIVGVAQRH IVLKPPTIVT QVIEVNKRDI VFLVDGSSAL GLANFNAIRD FIAKVIQRLE IGQDLIQVAV AQYADTVRPE FYFNTHPTKR EVITAVRKMK PLDGSALYTG SALDFVRNNL FTSSAGYRAA EGIPKLLVLI TGGKSLDEIS QPAQELKRSS IMAFAIGNKG ADQAELEEIA FDSSLVFIPA EFRAAPLQGM LPGLLAPLRT LSGTPEVHSN KRDIIFLLDG SANVGKTNFP YVRDFVMNLV NSLDIGNDNI RVGLVQFSDT PVTEFSLNTY QTKSDILGHL RQLQLQGGSG LNTGSALSYV YANHFTEAGG SRIREHVPQL LLLLTAGQSE DSYLQAANAL TRAGILTFCV GASQANKAEL EQIAFNPSLV YLMDDFSSLP ALPQQLIQPL TTYVSGGVEE VPLAQPESKR DILFLFDGSA NLVGQFPVVR DFLYKIIDEL NVKPEGTRIA VAQYSDDVKV ESRFDEHQSK PEILNLVKRM KIKTGKALNL GYALDYAQRY IFVKSAGSRI EDGVLQFLVL LVAGRSSDRV DGPASNLKQS GVVPFIFQAK NADPAELEQI VLSPAFILAA ESLPKIGDLH PQIVNLLKSV HNGAPAPVSG EKDVVFLLDG SEGVRSGFPL LKEFVQRVVE SLDVGQDRVR VAVVQYSDRT RPEFYLNSYM NKQDVVNAVR QLTLLGGPTP NTGAALEFVL RNILVSSAGS RITEGVPQLL IVLTADRSGD DVRNPSVVVK RGGAVPIGIG IGNADITEMQ TISFIPDFAV AIPTFRQLGT VQQVISERVT QLTREELSRL QPVLQPLPSP GVGGKRDVVF LIDGSQSAGP EFQYVRTLIE RLVDYLDVGF DTTRVAVIQF SDDPKVEFLL NAHSSKDEVQ NAVQRLRPKG GRQINVGNAL EYVSRNIFKR PLGSRIEEGV PQFLVLISSG KSDDEVDDPA VELKQFGVAP FTIARNADQE ELVKISLSPE YVFSVSTFRE LPSLEQKLLT PITTLTSEQI QKLLASTRYP PPAVESDAAD IVFLIDSSEG VRPDGFAHIR DFVSRIVRRL NIGPSKVRVG VVQFSNDVFP EFYLKTYRSQ APVLDAIRRL RLRGGSPLNT GKALEFVARN LFVKSAGSRI EDGVPQHLVL VLGGKSQDDV SRFAQVIRSS GIVSLGVGDR NIDRTELQTI TNDPRLVFTV REFRELPNIE ERIMNSFGPS AATPAPPGVD TPPPSRPEKK KADIVFLLDG SINFRRDSFQ EVLRFVSEIV DTVYEDGDSI QVGLVQYNSD PTDEFFLKDF STKRQIIDAI NKVVYKGGRH ANTKVGLEHL RVNHFVPEAG SRLDQRVPQI AFVITGGKSV EDAQDVSLAL TQRGVKVFAV GVRNIDSEEV GKIASNSATA FRVGNVQELS ELSEQVLETL HDAMHETLCP GVTDAAKACN LDVILGFDGS RDQNVFVAQK GFESKVDAIL NRISQMHRVS CSGGRSPTVR VSVVANTPSG PVEAFDFDEY QPEMLEKFRN MRSQHPYVLT EDTLKVYLNK FRQSSPDSVK VVIHFTDGAD GDLADLHRAS ENLRQEGVRA LILVGLERVV NLERLMHLEF GRGFMYDRPL RLNLLDLDYE LAEQLDNIAE KACCGVPCKC SGQRGDRGPI GSIGPKGIPG EDGYRGYPGD EGGPGERGPP GVNGTQGFQG CPGQRGVKGS RGFPGEKGEV GEIGLDGLDG EDGDKGLPGS SGEKGNPGRR GDKGPRGEKG ERGDVGIRGD PGNPGQDSQE RGPKGETGDL GPMGVPGRDG VPGGPGETGK NGGFGRRGPP GAKGNKGGPG QPGFEGEQGT RGAQGPAGPA GPPGLIGEQG ISGPRGSGGA AGAPGERGRT GPLGRKGEPG EPGPKGGIGN RGPRGETGDD GRDGVGSEGR RGKKGERGFP GYPGPKGNPG EPGLNGTTGP KGIRGRRGNS GPPGIVGQKG DPGYPGPAGP KGNRGDSIDQ CALIQSIKDK CPCCYGPLEC PVFPTELAFA LDTSEGVNQD TFGRMRDVVL SIVNDLTIAE SNCPRGARVA VVTYNNEVTT EIRFADSKRK SVLLDKIKNL QVALTSKQQS LETAMSFVAR NTFKRVRNGF LMRKVAVFFS NTPTRASPQL REAVLKLSDA GITPLFLTRQ EDRQLINALQ INNTAVGHAL VLPAGRDLTD FLENVLTCHV CLDICNIDPS CGFGSWRPSF RDRRAAGSDV DIDMAFILDS AETTTLFQFN EMKKYIAYLV RQLDMSPDPK ASQHFARVAV VQHAPSESVD NASMPPVKVE FSLTDYGSKE KLVDFLSRGM TQLQGTRALG SAIEYTIENV FESAPNPRDL KIVVLMLTGE VPEQQLEEAQ RVILQAKCKG YFFVVLGIGR KVNIKEVYTF ASEPNDVFFK LVDKSTELNE EPLMRFGRLL PSFVSSENAF YLSPDIRKQC DWFQGDQPTK NLVKFGHKQV NVPNNVTSSP TSNPVTTTKP VTTTKPVTTT TKPVTTTTKP VTIINQPSVK PAAAKPAPAK PVAAKPVATK MATVRPPVAV KPATAAKPVA AKPAAVRPPA AAAAKPVATK PEVPRPQAAK PAATKPATTK PMVKMSREVQ VFEITENSAK LHWERAEPPG PYFYDLTVTS AHDQSLVLKQ NLTVTDRVIG GLLAGQTYHV AVVCYLRSQV RATYHGSFST KKSQPPPPQP ARSASSSTIN LMVSTEPLAL TETDICKLPK DEGTCRDFIL KWYYDPNTKS CARFWYGGCG GNENKFGSQK ECEKVCAPVL AKPGVISVMG T* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MRKHRHLPLV AVFCLFLSGF PTTHAQQQQA AQDSADIIFL IDGSNNTGSV NFAVILDFLV NLLEKLPIGT QQIRVGVVQF SDEPRTMFSL DTYSTKAQVL GAVKALGFAG GELANIGLAL DFVVENHFTR AGGSRVEEGV PQVLVLISAG PSSDEIRYGV VALKQASVFS FGLGAQAASR AELQHIATDD NLVFTVPEFR SFGDLQEKLL PYIVGVAQRH IVLKPPTIVT QVIEVNKRDI VFLVDGSSAL GLANFNAIRD FIAKVIQRLE IGQDLIQVAV AQYADTVRPE FYFNTHPTKR EVITAVRKMK PLDGSALYTG SALDFVRNNL FTSSAGYRAA EGIPKLLVLI TGGKSLDEIS QPAQELKRSS IMAFAIGNKG ADQAELEEIA FDSSLVFIPA EFRAAPLQGM LPGLLAPLRT LSGTPEVHSN KRDIIFLLDG SANVGKTNFP YVRDFVMNLV NSLDIGNDNI RVGLVQFSDT PVTEFSLNTY QTKSDILGHL RQLQLQGGSG LNTGSALSYV YANHFTEAGG SRIREHVPQL LLLLTAGQSE DSYLQAANAL TRAGILTFCV GASQANKAEL EQIAFNPSLV YLMDDFSSLP ALPQQLIQPL TTYVSGGVEE VPLAQPESKR DILFLFDGSA NLVGQFPVVR DFLYKIIDEL NVKPEGTRIA VAQYSDDVKV ESRFDEHQSK PEILNLVKRM KIKTGKALNL GYALDYAQRY IFVKSAGSRI EDGVLQFLVL LVAGRSSDRV DGPASNLKQS GVVPFIFQAK NADPAELEQI VLSPAFILAA ESLPKIGDLH PQIVNLLKSV HNGAPAPVSG EKDVVFLLDG SEGVRSGFPL LKEFVQRVVE SLDVGQDRVR VAVVQYSDRT RPEFYLNSYM NKQDVVNAVR QLTLLGGPTP NTGAALEFVL RNILVSSAGS RITEGVPQLL IVLTADRSGD DVRNPSVVVK RGGAVPIGIG IGNADITEMQ TISFIPDFAV AIPTFRQLGT VQQVISERVT QLTREELSRL QPVLQPLPSP GVGGKRDVVF LIDGSQSAGP EFQYVRTLIE RLVDYLDVGF DTTRVAVIQF SDDPKVEFLL NAHSSKDEVQ NAVQRLRPKG GRQINVGNAL EYVSRNIFKR PLGSRIEEGV PQFLVLISSG KSDDEVDDPA VELKQFGVAP FTIARNADQE ELVKISLSPE YVFSVSTFRE LPSLEQKLLT PITTLTSEQI QKLLASTRYP PPAVESDAAD IVFLIDSSEG VRPDGFAHIR DFVSRIVRRL NIGPSKVRVG VVQFSNDVFP EFYLKTYRSQ APVLDAIRRL RLRGGSPLNT GKALEFVARN LFVKSAGSRI EDGVPQHLVL VLGGKSQDDV SRFAQVIRSS GIVSLGVGDR NIDRTELQTI TNDPRLVFTV REFRELPNIE ERIMNSFGPS AATPAPPGVD TPPPSRPEKK KADIVFLLDG SINFRRDSFQ EVLRFVSEIV DTVYEDGDSI QVGLVQYNSD PTDEFFLKDF STKRQIIDAI NKVVYKGGRH ANTKVGLEHL RVNHFVPEAG SRLDQRVPQI AFVITGGKSV EDAQDVSLAL TQRGVKVFAV GVRNIDSEEV GKIASNSATA FRVGNVQELS ELSEQVLETL HDAMHETLCP GVTDAAKACN LDVILGFDGS RDQNVFVAQK GFESKVDAIL NRISQMHRVS CSGGRSPTVR VSVVANTPSG PVEAFDFDEY QPEMLEKFRN MRSQHPYVLT EDTLKVYLNK FRQSSPDSVK VVIHFTDGAD GDLADLHRAS ENLRQEGVRA LILVGLERVV NLERLMHLEF GRGFMYDRPL RLNLLDLDYE LAEQLDNIAE KACCGVPCKC SGQRGDRGPI GSIGPKGIPG EDGYRGYPGD EGGPGERGPP GVNGTQGFQG CPGQRGVKGS RGFPGEKGEV GEIGLDGLDG EDGDKGLPGS SGEKGNPGRR GDKGPRGEKG ERGDVGIRGD PGNPGQDSQE RGPKGETGDL GPMGVPGRDG VPGGPGETGK NGGFGRRGPP GAKGNKGGPG QPGFEGEQGT RGAQGPAGPA GPPGLIGEQG ISGPRGSGGA AGAPGERGRT GPLGRKGEPG EPGPKGGIGN RGPRGETGDD GRDGVGSEGR RGKKGERGFP GYPGPKGNPG EPGLNGTTGP KGIRGRRGNS GPPGIVGQKG DPGYPGPAGP KGNRGDSIDQ CALIQSIKDK CPCCYGPLEC PVFPTELAFA LDTSEGVNQD TFGRMRDVVL SIVNDLTIAE SNCPRGARVA VVTYNNEVTT EIRFADSKRK SVLLDKIKNL QVALTSKQQS LETAMSFVAR NTFKRVRNGF LMRKVAVFFS NTPTRASPQL REAVLKLSDA GITPLFLTRQ EDRQLINALQ INNTAVGHAL VLPAGRDLTD FLENVLTCHV CLDICNIDPS CGFGSWRPSF RDRRAAGSDV DIDMAFILDS AETTTLFQFN EMKKYIAYLV RQLDMSPDPK ASQHFARVAV VQHAPSESVD NASMPPVKVE FSLTDYGSKE KLVDFLSRGM TQLQGTRALG SAIEYTIENV FESAPNPRDL KIVVLMLTGE VPEQQLEEAQ RVILQAKCKG YFFVVLGIGR KVNIKEVYTF ASEPNDVFFK LVDKSTELNE EPLMRFGRLL PSFVSSENAF YLSPDIRKQC DWFQGDQPTK NLVKFGHKQV NVPNNVTSSP TSNPVTTTKP VTTTKPVTTT TKPVTTTTKP VTIINQPSVK PAAAKPAPAK PVAAKPVATK TATVRPPVAV KPATAAKPVA AKPAAVRPPA AAAAKPVATK PEVPRPQAAK PAATKPATTK PMVKMSREVQ VFEITENSAK LHWERAEPPG PYFYDLTVTS AHDQSLVLKQ NLTVTDRVIG GLLAGQTYHV AVVCYLRSQV RATYHGSFST KKSQPPPPQP ARSASSSTIN LMVSTEPLAL TETDICKLPK DEGTCRDFIL KWYYDPNTKS CARFWYGGCG GNENKFGSQK ECEKVCAPVL AKPGVISVMG T* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.80 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999998 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr2:238244963A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | COL6A3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000346358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | P12111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.8180T>C cDNA.8465T>C g.78056T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M2727T Score: 81 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 2727 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs6728818
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 8934 / 8934 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2978 / 2978 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 9219 / 9219 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 286 / 286 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 9179 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 8843 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 8934 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 8180 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 8465 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 78056 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 238244963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGATGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGACGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGATGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CAAGCCTGTGGCCACAAAGACGGCCACTGTTAGACCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MRKHRHLPLV AVFCLFLSGF PTTHAQQQQA DVKNGAAADI IFLVDSSWTI GEEHFQLVRE FLYDVVKSLA VGENDFHFAL VQFNGNPHTE FLLNTYRTKQ EVLSHISNMS YIGGTNQTGK GLEYIMQSHL TKAAGSRAGD GVPQVIVVLT DGHSKDGLAL PSAELKSADV NVFAIGVEDA DEGALKEIAS EPLNMHMFNL ENFTSLHDIV GNLVSCVHSS VSPERAGDTE TLKDITAQDS ADIIFLIDGS NNTGSVNFAV ILDFLVNLLE KLPIGTQQIR VGVVQFSDEP RTMFSLDTYS TKAQVLGAVK ALGFAGGELA NIGLALDFVV ENHFTRAGGS RVEEGVPQVL VLISAGPSSD EIRYGVVALK QASVFSFGLG AQAASRAELQ HIATDDNLVF TVPEFRSFGD LQEKLLPYIV GVAQRHIVLK PPTIVTQVIE VNKRDIVFLV DGSSALGLAN FNAIRDFIAK VIQRLEIGQD LIQVAVAQYA DTVRPEFYFN THPTKREVIT AVRKMKPLDG SALYTGSALD FVRNNLFTSS AGYRAAEGIP KLLVLITGGK SLDEISQPAQ ELKRSSIMAF AIGNKGADQA ELEEIAFDSS LVFIPAEFRA APLQGMLPGL LAPLRTLSGT PEESKRDILF LFDGSANLVG QFPVVRDFLY KIIDELNVKP EGTRIAVAQY SDDVKVESRF DEHQSKPEIL NLVKRMKIKT GKALNLGYAL DYAQRYIFVK SAGSRIEDGV LQFLVLLVAG RSSDRVDGPA SNLKQSGVVP FIFQAKNADP AELEQIVLSP AFILAAESLP KIGDLHPQIV NLLKSVHNGA PAPVSGEKDV VFLLDGSEGV RSGFPLLKEF VQRVVESLDV GQDRVRVAVV QYSDRTRPEF YLNSYMNKQD VVNAVRQLTL LGGPTPNTGA ALEFVLRNIL VSSAGSRITE GVPQLLIVLT ADRSGDDVRN PSVVVKRGGA VPIGIGIGNA DITEMQTISF IPDFAVAIPT FRQLGTVQQV ISERVTQLTR EELSRLQPVL QPLPSPGVGG KRDVVFLIDG SQSAGPEFQY VRTLIERLVD YLDVGFDTTR VAVIQFSDDP KVEFLLNAHS SKDEVQNAVQ RLRPKGGRQI NVGNALEYVS RNIFKRPLGS RIEEGVPQFL VLISSGKSDD EVDDPAVELK QFGVAPFTIA RNADQEELVK ISLSPEYVFS VSTFRELPSL EQKLLTPITT LTSEQIQKLL ASTRYPPPAV ESDAADIVFL IDSSEGVRPD GFAHIRDFVS RIVRRLNIGP SKVRVGVVQF SNDVFPEFYL KTYRSQAPVL DAIRRLRLRG GSPLNTGKAL EFVARNLFVK SAGSRIEDGV PQHLVLVLGG KSQDDVSRFA QVIRSSGIVS LGVGDRNIDR TELQTITNDP RLVFTVREFR ELPNIEERIM NSFGPSAATP APPGVDTPPP SRPEKKKADI VFLLDGSINF RRDSFQEVLR FVSEIVDTVY EDGDSIQVGL VQYNSDPTDE FFLKDFSTKR QIIDAINKVV YKGGRHANTK VGLEHLRVNH FVPEAGSRLD QRVPQIAFVI TGGKSVEDAQ DVSLALTQRG VKVFAVGVRN IDSEEVGKIA SNSATAFRVG NVQELSELSE QVLETLHDAM HETLCPGVTD AAKACNLDVI LGFDGSRDQN VFVAQKGFES KVDAILNRIS QMHRVSCSGG RSPTVRVSVV ANTPSGPVEA FDFDEYQPEM LEKFRNMRSQ HPYVLTEDTL KVYLNKFRQS SPDSVKVVIH FTDGADGDLA DLHRASENLR QEGVRALILV GLERVVNLER LMHLEFGRGF MYDRPLRLNL LDLDYELAEQ LDNIAEKACC GVPCKCSGQR GDRGPIGSIG PKGIPGEDGY RGYPGDEGGP GERGPPGVNG TQGFQGCPGQ RGVKGSRGFP GEKGEVGEIG LDGLDGEDGD KGLPGSSGEK GNPGRRGDKG PRGEKGERGD VGIRGDPGNP GQDSQERGPK GETGDLGPMG VPGRDGVPGG PGETGKNGGF GRRGPPGAKG NKGGPGQPGF EGEQGTRGAQ GPAGPAGPPG LIGEQGISGP RGSGGAAGAP GERGRTGPLG RKGEPGEPGP KGGIGNRGPR GETGDDGRDG VGSEGRRGKK GERGFPGYPG PKGNPGEPGL NGTTGPKGIR GRRGNSGPPG IVGQKGDPGY PGPAGPKGNR GDSIDQCALI QSIKDKCPCC YGPLECPVFP TELAFALDTS EGVNQDTFGR MRDVVLSIVN DLTIAESNCP RGARVAVVTY NNEVTTEIRF ADSKRKSVLL DKIKNLQVAL TSKQQSLETA MSFVARNTFK RVRNGFLMRK VAVFFSNTPT RASPQLREAV LKLSDAGITP LFLTRQEDRQ LINALQINNT AVGHALVLPA GRDLTDFLEN VLTCHVCLDI CNIDPSCGFG SWRPSFRDRR AAGSDVDIDM AFILDSAETT TLFQFNEMKK YIAYLVRQLD MSPDPKASQH FARVAVVQHA PSESVDNASM PPVKVEFSLT DYGSKEKLVD FLSRGMTQLQ GTRALGSAIE YTIENVFESA PNPRDLKIVV LMLTGEVPEQ QLEEAQRVIL QAKCKGYFFV VLGIGRKVNI KEVYTFASEP NDVFFKLVDK STELNEEPLM RFGRLLPSFV SSENAFYLSP DIRKQCDWFQ GDQPTKNLVK FGHKQVNVPN NVTSSPTSNP VTTTKPVTTT KPVTTTTKPV TTTTKPVTII NQPSVKPAAA KPAPAKPVAA KPVATKMATV RPPVAVKPAT AAKPVAAKPA AVRPPAAAAA KPVATKPEVP RPQAAKPAAT KPATTKPMVK MSREVQVFEI TENSAKLHWE RAEPPGPYFY DLTVTSAHDQ SLVLKQNLTV TDRVIGGLLA GQTYHVAVVC YLRSQVRATY HGSFSTKKSQ PPPPQPARSA SSSTINLMVS TEPLALTETD ICKLPKDEGT CRDFILKWYY DPNTKSCARF WYGGCGGNEN KFGSQKECEK VCAPVLAKPG VISVMGT* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MRKHRHLPLV AVFCLFLSGF PTTHAQQQQA DVKNGAAADI IFLVDSSWTI GEEHFQLVRE FLYDVVKSLA VGENDFHFAL VQFNGNPHTE FLLNTYRTKQ EVLSHISNMS YIGGTNQTGK GLEYIMQSHL TKAAGSRAGD GVPQVIVVLT DGHSKDGLAL PSAELKSADV NVFAIGVEDA DEGALKEIAS EPLNMHMFNL ENFTSLHDIV GNLVSCVHSS VSPERAGDTE TLKDITAQDS ADIIFLIDGS NNTGSVNFAV ILDFLVNLLE KLPIGTQQIR VGVVQFSDEP RTMFSLDTYS TKAQVLGAVK ALGFAGGELA NIGLALDFVV ENHFTRAGGS RVEEGVPQVL VLISAGPSSD EIRYGVVALK QASVFSFGLG AQAASRAELQ HIATDDNLVF TVPEFRSFGD LQEKLLPYIV GVAQRHIVLK PPTIVTQVIE VNKRDIVFLV DGSSALGLAN FNAIRDFIAK VIQRLEIGQD LIQVAVAQYA DTVRPEFYFN THPTKREVIT AVRKMKPLDG SALYTGSALD FVRNNLFTSS AGYRAAEGIP KLLVLITGGK SLDEISQPAQ ELKRSSIMAF AIGNKGADQA ELEEIAFDSS LVFIPAEFRA APLQGMLPGL LAPLRTLSGT PEESKRDILF LFDGSANLVG QFPVVRDFLY KIIDELNVKP EGTRIAVAQY SDDVKVESRF DEHQSKPEIL NLVKRMKIKT GKALNLGYAL DYAQRYIFVK SAGSRIEDGV LQFLVLLVAG RSSDRVDGPA SNLKQSGVVP FIFQAKNADP AELEQIVLSP AFILAAESLP KIGDLHPQIV NLLKSVHNGA PAPVSGEKDV VFLLDGSEGV RSGFPLLKEF VQRVVESLDV GQDRVRVAVV QYSDRTRPEF YLNSYMNKQD VVNAVRQLTL LGGPTPNTGA ALEFVLRNIL VSSAGSRITE GVPQLLIVLT ADRSGDDVRN PSVVVKRGGA VPIGIGIGNA DITEMQTISF IPDFAVAIPT FRQLGTVQQV ISERVTQLTR EELSRLQPVL QPLPSPGVGG KRDVVFLIDG SQSAGPEFQY VRTLIERLVD YLDVGFDTTR VAVIQFSDDP KVEFLLNAHS SKDEVQNAVQ RLRPKGGRQI NVGNALEYVS RNIFKRPLGS RIEEGVPQFL VLISSGKSDD EVDDPAVELK QFGVAPFTIA RNADQEELVK ISLSPEYVFS VSTFRELPSL EQKLLTPITT LTSEQIQKLL ASTRYPPPAV ESDAADIVFL IDSSEGVRPD GFAHIRDFVS RIVRRLNIGP SKVRVGVVQF SNDVFPEFYL KTYRSQAPVL DAIRRLRLRG GSPLNTGKAL EFVARNLFVK SAGSRIEDGV PQHLVLVLGG KSQDDVSRFA QVIRSSGIVS LGVGDRNIDR TELQTITNDP RLVFTVREFR ELPNIEERIM NSFGPSAATP APPGVDTPPP SRPEKKKADI VFLLDGSINF RRDSFQEVLR FVSEIVDTVY EDGDSIQVGL VQYNSDPTDE FFLKDFSTKR QIIDAINKVV YKGGRHANTK VGLEHLRVNH FVPEAGSRLD QRVPQIAFVI TGGKSVEDAQ DVSLALTQRG VKVFAVGVRN IDSEEVGKIA SNSATAFRVG NVQELSELSE QVLETLHDAM HETLCPGVTD AAKACNLDVI LGFDGSRDQN VFVAQKGFES KVDAILNRIS QMHRVSCSGG RSPTVRVSVV ANTPSGPVEA FDFDEYQPEM LEKFRNMRSQ HPYVLTEDTL KVYLNKFRQS SPDSVKVVIH FTDGADGDLA DLHRASENLR QEGVRALILV GLERVVNLER LMHLEFGRGF MYDRPLRLNL LDLDYELAEQ LDNIAEKACC GVPCKCSGQR GDRGPIGSIG PKGIPGEDGY RGYPGDEGGP GERGPPGVNG TQGFQGCPGQ RGVKGSRGFP GEKGEVGEIG LDGLDGEDGD KGLPGSSGEK GNPGRRGDKG PRGEKGERGD VGIRGDPGNP GQDSQERGPK GETGDLGPMG VPGRDGVPGG PGETGKNGGF GRRGPPGAKG NKGGPGQPGF EGEQGTRGAQ GPAGPAGPPG LIGEQGISGP RGSGGAAGAP GERGRTGPLG RKGEPGEPGP KGGIGNRGPR GETGDDGRDG VGSEGRRGKK GERGFPGYPG PKGNPGEPGL NGTTGPKGIR GRRGNSGPPG IVGQKGDPGY PGPAGPKGNR GDSIDQCALI QSIKDKCPCC YGPLECPVFP TELAFALDTS EGVNQDTFGR MRDVVLSIVN DLTIAESNCP RGARVAVVTY NNEVTTEIRF ADSKRKSVLL DKIKNLQVAL TSKQQSLETA MSFVARNTFK RVRNGFLMRK VAVFFSNTPT RASPQLREAV LKLSDAGITP LFLTRQEDRQ LINALQINNT AVGHALVLPA GRDLTDFLEN VLTCHVCLDI CNIDPSCGFG SWRPSFRDRR AAGSDVDIDM AFILDSAETT TLFQFNEMKK YIAYLVRQLD MSPDPKASQH FARVAVVQHA PSESVDNASM PPVKVEFSLT DYGSKEKLVD FLSRGMTQLQ GTRALGSAIE YTIENVFESA PNPRDLKIVV LMLTGEVPEQ QLEEAQRVIL QAKCKGYFFV VLGIGRKVNI KEVYTFASEP NDVFFKLVDK STELNEEPLM RFGRLLPSFV SSENAFYLSP DIRKQCDWFQ GDQPTKNLVK FGHKQVNVPN NVTSSPTSNP VTTTKPVTTT KPVTTTTKPV TTTTKPVTII NQPSVKPAAA KPAPAKPVAA KPVATKTATV RPPVAVKPAT AAKPVAAKPA AVRPPAAAAA KPVATKPEVP RPQAAKPAAT KPATTKPMVK MSREVQVFEI TENSAKLHWE RAEPPGPYFY DLTVTSAHDQ SLVLKQNLTV TDRVIGGLLA GQTYHVAVVC YLRSQVRATY HGSFSTKKSQ PPPPQPARSA SSSTINLMVS TEPLALTETD ICKLPKDEGT CRDFILKWYY DPNTKSCARF WYGGCGGNEN KFGSQKECEK VCAPVLAKPG VISVMGT* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.23 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||