MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
TTC3 | polymorphism_automatic | 7.68449416987949e-07 | simple_aae | M840T | single base exchange | rs1053808 | show file | ||||
TTC3 | polymorphism_automatic | 7.68449416987949e-07 | simple_aae | M840T | single base exchange | rs1053808 | show file | ||||
TTC3 | polymorphism_automatic | 7.68449416987949e-07 | simple_aae | M840T | single base exchange | rs1053808 | show file | ||||
TTC3 | polymorphism_automatic | 7.68449416987949e-07 | simple_aae | M530T | single base exchange | rs1053808 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999231550583 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr21:38525356T>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TTC3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000399017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_003316 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | P53804 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2519T>C cDNA.5266T>C g.79831T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M840T Score: 81 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 840 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs1053808
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regulatory features | H3K4me2, Histone, Histone 3 Lysine 4 Di-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation Gene Associated, Regulatory Feature, Gene associated regulatory feature DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 6078 / 6078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2026 / 2026 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 8825 / 8825 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 2748 / 2748 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 8691 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 5893 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 6078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2519 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 5266 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 79831 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 38525356 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CGGCATACAGAATACAGCCATGCTTCTCAAAGAATTGCTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CGGCATACAGAATACAGCCACGCTTCTCAAAGAATTGCTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CGGCATACAGAATACAGCCATGCTTCTCAAAGAATTGCTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CGGCATACAGAATACAGCCACGCTTCTCAAAGAATTGCTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MDNFAEGDFT VADYALLEDC PHVDDCVFAA EFMSNDYVRV TQLYCDGVGV QYKDYIQSER NLEFDICSIW CSKPISVLQD YCDAIKINIF WPLLFQHQNS SVISRLHPCV DANNSRASEI NLKKLQHLEL MEDIVDLAKK VANDSFLIGG LLRIGCKIEN KILAMEEALN WIKYAGDVTI LTKLGSIDNC WPMLSIFFTE YKYHITKIVM EDCNLLEELK TQSCMDCIEE GELMKMKGNE EFSKERFDIA IIYYTRAIEY RPENYLLYGN RALCFLRTGQ FRNALGDGKR ATILKNTWPK GHYRYCDALS MLGEYDWALQ ANIKAQKLCK NDPEGIKDLI QQHVKLQKQI EDLQGRTANK DPIKAFYENR AYTPRSLSAP IFTTSLNFVE KERDFRKINH EMANGGNQNL KVADEALKVD DCDCHPEFSP PSSQPPKHKG KQKSRNNESE KFSSSSPLTL PADLKNILEK QFSKSSRAAH QDFANIMKML RSLIQDGYMA LLEQRCRSAA QAFTELLNGL DPQKIKQLNL AMINYVLVVY GLAISLLGIG QPEELSEAEN QFKRIIEHYP SEGLDCLAYC GIGKVYLKKN RFLEALNHFE KARTLIYRLP GVLTWPTSNV IIEESQPQKI KMLLEKFVEE CKFPPVPDAI CCYQKCHGYS KIQIYITDPD FKGFIRISCC QYCKIEFHMN CWKKLKTTTF NDKIDKDFLQ GICLTPDCEG VISKIIIFSS GGEVKCEFEH KVIKEKVPPR PILKQKCSSL EKLRLKEDKK LKRKIQKKEA KKLAQERMEE DLRESNPPKN EEQKETVDNV QRCQFLDDRI LQCIKQYADK IKSGIQNTAM LLKELLSWKV LSTEDYTTCF SSRNFLNEAV DYVIRHLIQE NNRVKTRIFL HVLSELKEVE PKLAAWIQKL NSFGLDATGT FFSRYGASLK LLDFSIMTFL WNEKYGHKLD SIEGKQLDYF SEPASLKEAR CLIWLLEEHR DKFPALHSAL DEFFDIMDSR CTVLRKQDSG EAPFSSTKVK NKSKKKKPKD SKPMLVGSGT TSVTSNNEII TSSEDHSNRN SDSAGPFAVP DHLRQDVEEF EALYDQHSNE YVVRNKKLWD MNPKQKCSTL YDYFSQFLEE HGPLDMSNKM FSAEYEFFPE ETRQILEKAG GLKPFLLGCP RFVVIDNCIA LKKVASRLKK KRKKKNIKTK VEEISKAGEY VRVKLQLNPA AREFKPDVKS KPVSDSSSAP AFENVKPKPV SANSPKPACE DVKAKPVSDN SSRQVSEDGQ PKGVSSNSPK PGSEDANYKR VSCNSPKPVL EDVKPTYWAQ SHLVTGYCTY LPFQRFDITQ TPPAYINVLP GLPQYTSIYT PLASLSPEYQ LPRSVPVVPS FVANDRADKN AAAYFEGHHL NAENVAGHQI ASETQILEGS LGISVKSHCS TGDAHTVLSE SNRNDEHCGN SNNKCEVIPE STSAVTNIPH VQMVAIQVSW NIIHQEVNTE PYNPFEERQG EISRIEKEHQ VLQDQLQEVY ENYEQIKLKG LEETRDLEEK LKRHLEENKI SKTELDWFLQ DLEREIKKWQ QEKKEIQERL KSLKKKIKKV SNASEMYTQK NDGKEKEHEL HLDQSLEISN TLTNEKMKIE EYIKKGKEDY EESHQRAVAA EVSVLENWKE SEVYKLQIME SQAEAFLKKL GLISRDPAAY PDMESDIRSW ELFLSNVTKE IEKAKSQFEE QIKAIKNGSR LSELSKVQIS ELSFPACNTV HPELLPESSG DDGQGLVTSA SDVTGNHAAL HRDPSVFSAG DSPGEAPSAL LPGPPPGQPE ATQLTGPKRA GQAALSERSP VADRKQPVPP GRAARSSQSP KKPFNSIIEH LSVVFPCYNS TELAGFIKKV RSKNKNSLSG LSIDEIVQRV TEHILDEQKK KKPNPGKDKR TYEPSSATPV TRSSQGSPSV VVAPSPKTKG QKAEDVPVRI ALGASSCEIC HEVFKSKNVR VLKCGHKYHK GCFKQWLKGQ SACPACQGRD LLTEESPSGR GWPSQNQELP SCSSR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MDNFAEGDFT VADYALLEDC PHVDDCVFAA EFMSNDYVRV TQLYCDGVGV QYKDYIQSER NLEFDICSIW CSKPISVLQD YCDAIKINIF WPLLFQHQNS SVISRLHPCV DANNSRASEI NLKKLQHLEL MEDIVDLAKK VANDSFLIGG LLRIGCKIEN KILAMEEALN WIKYAGDVTI LTKLGSIDNC WPMLSIFFTE YKYHITKIVM EDCNLLEELK TQSCMDCIEE GELMKMKGNE EFSKERFDIA IIYYTRAIEY RPENYLLYGN RALCFLRTGQ FRNALGDGKR ATILKNTWPK GHYRYCDALS MLGEYDWALQ ANIKAQKLCK NDPEGIKDLI QQHVKLQKQI EDLQGRTANK DPIKAFYENR AYTPRSLSAP IFTTSLNFVE KERDFRKINH EMANGGNQNL KVADEALKVD DCDCHPEFSP PSSQPPKHKG KQKSRNNESE KFSSSSPLTL PADLKNILEK QFSKSSRAAH QDFANIMKML RSLIQDGYMA LLEQRCRSAA QAFTELLNGL DPQKIKQLNL AMINYVLVVY GLAISLLGIG QPEELSEAEN QFKRIIEHYP SEGLDCLAYC GIGKVYLKKN RFLEALNHFE KARTLIYRLP GVLTWPTSNV IIEESQPQKI KMLLEKFVEE CKFPPVPDAI CCYQKCHGYS KIQIYITDPD FKGFIRISCC QYCKIEFHMN CWKKLKTTTF NDKIDKDFLQ GICLTPDCEG VISKIIIFSS GGEVKCEFEH KVIKEKVPPR PILKQKCSSL EKLRLKEDKK LKRKIQKKEA KKLAQERMEE DLRESNPPKN EEQKETVDNV QRCQFLDDRI LQCIKQYADK IKSGIQNTAT LLKELLSWKV LSTEDYTTCF SSRNFLNEAV DYVIRHLIQE NNRVKTRIFL HVLSELKEVE PKLAAWIQKL NSFGLDATGT FFSRYGASLK LLDFSIMTFL WNEKYGHKLD SIEGKQLDYF SEPASLKEAR CLIWLLEEHR DKFPALHSAL DEFFDIMDSR CTVLRKQDSG EAPFSSTKVK NKSKKKKPKD SKPMLVGSGT TSVTSNNEII TSSEDHSNRN SDSAGPFAVP DHLRQDVEEF EALYDQHSNE YVVRNKKLWD MNPKQKCSTL YDYFSQFLEE HGPLDMSNKM FSAEYEFFPE ETRQILEKAG GLKPFLLGCP RFVVIDNCIA LKKVASRLKK KRKKKNIKTK VEEISKAGEY VRVKLQLNPA AREFKPDVKS KPVSDSSSAP AFENVKPKPV SANSPKPACE DVKAKPVSDN SSRQVSEDGQ PKGVSSNSPK PGSEDANYKR VSCNSPKPVL EDVKPTYWAQ SHLVTGYCTY LPFQRFDITQ TPPAYINVLP GLPQYTSIYT PLASLSPEYQ LPRSVPVVPS FVANDRADKN AAAYFEGHHL NAENVAGHQI ASETQILEGS LGISVKSHCS TGDAHTVLSE SNRNDEHCGN SNNKCEVIPE STSAVTNIPH VQMVAIQVSW NIIHQEVNTE PYNPFEERQG EISRIEKEHQ VLQDQLQEVY ENYEQIKLKG LEETRDLEEK LKRHLEENKI SKTELDWFLQ DLEREIKKWQ QEKKEIQERL KSLKKKIKKV SNASEMYTQK NDGKEKEHEL HLDQSLEISN TLTNEKMKIE EYIKKGKEDY EESHQRAVAA EVSVLENWKE SEVYKLQIME SQAEAFLKKL GLISRDPAAY PDMESDIRSW ELFLSNVTKE IEKAKSQFEE QIKAIKNGSR LSELSKVQIS ELSFPACNTV HPELLPESSG DDGQGLVTSA SDVTGNHAAL HRDPSVFSAG DSPGEAPSAL LPGPPPGQPE ATQLTGPKRA GQAALSERSP VADRKQPVPP GRAARSSQSP KKPFNSIIEH LSVVFPCYNS TELAGFIKKV RSKNKNSLSG LSIDEIVQRV TEHILDEQKK KKPNPGKDKR TYEPSSATPV TRSSQGSPSV VVAPSPKTKG QKAEDVPVRI ALGASSCEIC HEVFKSKNVR VLKCGHKYHK GCFKQWLKGQ SACPACQGRD LLTEESPSGR GWPSQNQELP SCSSR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.02 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999231550583 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr21:38525356T>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TTC3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000354749 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | P53804 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2519T>C cDNA.3987T>C g.79831T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M840T Score: 81 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 840 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs1053808
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K4me2, Histone, Histone 3 Lysine 4 Di-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation Gene Associated, Regulatory Feature, Gene associated regulatory feature DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 6078 / 6078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2026 / 2026 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 7546 / 7546 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1469 / 1469 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 7412 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 5893 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 6078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2519 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3987 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 79831 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 38525356 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CGGCATACAGAATACAGCCATGCTTCTCAAAGAATTGCTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CGGCATACAGAATACAGCCACGCTTCTCAAAGAATTGCTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CGGCATACAGAATACAGCCATGCTTCTCAAAGAATTGCTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CGGCATACAGAATACAGCCACGCTTCTCAAAGAATTGCTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MDNFAEGDFT VADYALLEDC PHVDDCVFAA EFMSNDYVRV TQLYCDGVGV QYKDYIQSER NLEFDICSIW CSKPISVLQD YCDAIKINIF WPLLFQHQNS SVISRLHPCV DANNSRASEI NLKKLQHLEL MEDIVDLAKK VANDSFLIGG LLRIGCKIEN KILAMEEALN WIKYAGDVTI LTKLGSIDNC WPMLSIFFTE YKYHITKIVM EDCNLLEELK TQSCMDCIEE GELMKMKGNE EFSKERFDIA IIYYTRAIEY RPENYLLYGN RALCFLRTGQ FRNALGDGKR ATILKNTWPK GHYRYCDALS MLGEYDWALQ ANIKAQKLCK NDPEGIKDLI QQHVKLQKQI EDLQGRTANK DPIKAFYENR AYTPRSLSAP IFTTSLNFVE KERDFRKINH EMANGGNQNL KVADEALKVD DCDCHPEFSP PSSQPPKHKG KQKSRNNESE KFSSSSPLTL PADLKNILEK QFSKSSRAAH QDFANIMKML RSLIQDGYMA LLEQRCRSAA QAFTELLNGL DPQKIKQLNL AMINYVLVVY GLAISLLGIG QPEELSEAEN QFKRIIEHYP SEGLDCLAYC GIGKVYLKKN RFLEALNHFE KARTLIYRLP GVLTWPTSNV IIEESQPQKI KMLLEKFVEE CKFPPVPDAI CCYQKCHGYS KIQIYITDPD FKGFIRISCC QYCKIEFHMN CWKKLKTTTF NDKIDKDFLQ GICLTPDCEG VISKIIIFSS GGEVKCEFEH KVIKEKVPPR PILKQKCSSL EKLRLKEDKK LKRKIQKKEA KKLAQERMEE DLRESNPPKN EEQKETVDNV QRCQFLDDRI LQCIKQYADK IKSGIQNTAM LLKELLSWKV LSTEDYTTCF SSRNFLNEAV DYVIRHLIQE NNRVKTRIFL HVLSELKEVE PKLAAWIQKL NSFGLDATGT FFSRYGASLK LLDFSIMTFL WNEKYGHKLD SIEGKQLDYF SEPASLKEAR CLIWLLEEHR DKFPALHSAL DEFFDIMDSR CTVLRKQDSG EAPFSSTKVK NKSKKKKPKD SKPMLVGSGT TSVTSNNEII TSSEDHSNRN SDSAGPFAVP DHLRQDVEEF EALYDQHSNE YVVRNKKLWD MNPKQKCSTL YDYFSQFLEE HGPLDMSNKM FSAEYEFFPE ETRQILEKAG GLKPFLLGCP RFVVIDNCIA LKKVASRLKK KRKKKNIKTK VEEISKAGEY VRVKLQLNPA AREFKPDVKS KPVSDSSSAP AFENVKPKPV SANSPKPACE DVKAKPVSDN SSRQVSEDGQ PKGVSSNSPK PGSEDANYKR VSCNSPKPVL EDVKPTYWAQ SHLVTGYCTY LPFQRFDITQ TPPAYINVLP GLPQYTSIYT PLASLSPEYQ LPRSVPVVPS FVANDRADKN AAAYFEGHHL NAENVAGHQI ASETQILEGS LGISVKSHCS TGDAHTVLSE SNRNDEHCGN SNNKCEVIPE STSAVTNIPH VQMVAIQVSW NIIHQEVNTE PYNPFEERQG EISRIEKEHQ VLQDQLQEVY ENYEQIKLKG LEETRDLEEK LKRHLEENKI SKTELDWFLQ DLEREIKKWQ QEKKEIQERL KSLKKKIKKV SNASEMYTQK NDGKEKEHEL HLDQSLEISN TLTNEKMKIE EYIKKGKEDY EESHQRAVAA EVSVLENWKE SEVYKLQIME SQAEAFLKKL GLISRDPAAY PDMESDIRSW ELFLSNVTKE IEKAKSQFEE QIKAIKNGSR LSELSKVQIS ELSFPACNTV HPELLPESSG DDGQGLVTSA SDVTGNHAAL HRDPSVFSAG DSPGEAPSAL LPGPPPGQPE ATQLTGPKRA GQAALSERSP VADRKQPVPP GRAARSSQSP KKPFNSIIEH LSVVFPCYNS TELAGFIKKV RSKNKNSLSG LSIDEIVQRV TEHILDEQKK KKPNPGKDKR TYEPSSATPV TRSSQGSPSV VVAPSPKTKG QKAEDVPVRI ALGASSCEIC HEVFKSKNVR VLKCGHKYHK GCFKQWLKGQ SACPACQGRD LLTEESPSGR GWPSQNQELP SCSSR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MDNFAEGDFT VADYALLEDC PHVDDCVFAA EFMSNDYVRV TQLYCDGVGV QYKDYIQSER NLEFDICSIW CSKPISVLQD YCDAIKINIF WPLLFQHQNS SVISRLHPCV DANNSRASEI NLKKLQHLEL MEDIVDLAKK VANDSFLIGG LLRIGCKIEN KILAMEEALN WIKYAGDVTI LTKLGSIDNC WPMLSIFFTE YKYHITKIVM EDCNLLEELK TQSCMDCIEE GELMKMKGNE EFSKERFDIA IIYYTRAIEY RPENYLLYGN RALCFLRTGQ FRNALGDGKR ATILKNTWPK GHYRYCDALS MLGEYDWALQ ANIKAQKLCK NDPEGIKDLI QQHVKLQKQI EDLQGRTANK DPIKAFYENR AYTPRSLSAP IFTTSLNFVE KERDFRKINH EMANGGNQNL KVADEALKVD DCDCHPEFSP PSSQPPKHKG KQKSRNNESE KFSSSSPLTL PADLKNILEK QFSKSSRAAH QDFANIMKML RSLIQDGYMA LLEQRCRSAA QAFTELLNGL DPQKIKQLNL AMINYVLVVY GLAISLLGIG QPEELSEAEN QFKRIIEHYP SEGLDCLAYC GIGKVYLKKN RFLEALNHFE KARTLIYRLP GVLTWPTSNV IIEESQPQKI KMLLEKFVEE CKFPPVPDAI CCYQKCHGYS KIQIYITDPD FKGFIRISCC QYCKIEFHMN CWKKLKTTTF NDKIDKDFLQ GICLTPDCEG VISKIIIFSS GGEVKCEFEH KVIKEKVPPR PILKQKCSSL EKLRLKEDKK LKRKIQKKEA KKLAQERMEE DLRESNPPKN EEQKETVDNV QRCQFLDDRI LQCIKQYADK IKSGIQNTAT LLKELLSWKV LSTEDYTTCF SSRNFLNEAV DYVIRHLIQE NNRVKTRIFL HVLSELKEVE PKLAAWIQKL NSFGLDATGT FFSRYGASLK LLDFSIMTFL WNEKYGHKLD SIEGKQLDYF SEPASLKEAR CLIWLLEEHR DKFPALHSAL DEFFDIMDSR CTVLRKQDSG EAPFSSTKVK NKSKKKKPKD SKPMLVGSGT TSVTSNNEII TSSEDHSNRN SDSAGPFAVP DHLRQDVEEF EALYDQHSNE YVVRNKKLWD MNPKQKCSTL YDYFSQFLEE HGPLDMSNKM FSAEYEFFPE ETRQILEKAG GLKPFLLGCP RFVVIDNCIA LKKVASRLKK KRKKKNIKTK VEEISKAGEY VRVKLQLNPA AREFKPDVKS KPVSDSSSAP AFENVKPKPV SANSPKPACE DVKAKPVSDN SSRQVSEDGQ PKGVSSNSPK PGSEDANYKR VSCNSPKPVL EDVKPTYWAQ SHLVTGYCTY LPFQRFDITQ TPPAYINVLP GLPQYTSIYT PLASLSPEYQ LPRSVPVVPS FVANDRADKN AAAYFEGHHL NAENVAGHQI ASETQILEGS LGISVKSHCS TGDAHTVLSE SNRNDEHCGN SNNKCEVIPE STSAVTNIPH VQMVAIQVSW NIIHQEVNTE PYNPFEERQG EISRIEKEHQ VLQDQLQEVY ENYEQIKLKG LEETRDLEEK LKRHLEENKI SKTELDWFLQ DLEREIKKWQ QEKKEIQERL KSLKKKIKKV SNASEMYTQK NDGKEKEHEL HLDQSLEISN TLTNEKMKIE EYIKKGKEDY EESHQRAVAA EVSVLENWKE SEVYKLQIME SQAEAFLKKL GLISRDPAAY PDMESDIRSW ELFLSNVTKE IEKAKSQFEE QIKAIKNGSR LSELSKVQIS ELSFPACNTV HPELLPESSG DDGQGLVTSA SDVTGNHAAL HRDPSVFSAG DSPGEAPSAL LPGPPPGQPE ATQLTGPKRA GQAALSERSP VADRKQPVPP GRAARSSQSP KKPFNSIIEH LSVVFPCYNS TELAGFIKKV RSKNKNSLSG LSIDEIVQRV TEHILDEQKK KKPNPGKDKR TYEPSSATPV TRSSQGSPSV VVAPSPKTKG QKAEDVPVRI ALGASSCEIC HEVFKSKNVR VLKCGHKYHK GCFKQWLKGQ SACPACQGRD LLTEESPSGR GWPSQNQELP SCSSR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.29 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999231550583 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr21:38525356T>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TTC3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000355666 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001001894 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | P53804 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2519T>C cDNA.2624T>C g.79831T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M840T Score: 81 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 840 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs1053808
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K4me2, Histone, Histone 3 Lysine 4 Di-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation Gene Associated, Regulatory Feature, Gene associated regulatory feature DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 6078 / 6078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 2026 / 2026 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 6183 / 6183 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 106 / 106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 6049 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 5893 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 6078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2519 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2624 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 79831 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 38525356 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CGGCATACAGAATACAGCCATGCTTCTCAAAGAATTGCTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CGGCATACAGAATACAGCCACGCTTCTCAAAGAATTGCTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CGGCATACAGAATACAGCCATGCTTCTCAAAGAATTGCTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CGGCATACAGAATACAGCCACGCTTCTCAAAGAATTGCTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MDNFAEGDFT VADYALLEDC PHVDDCVFAA EFMSNDYVRV TQLYCDGVGV QYKDYIQSER NLEFDICSIW CSKPISVLQD YCDAIKINIF WPLLFQHQNS SVISRLHPCV DANNSRASEI NLKKLQHLEL MEDIVDLAKK VANDSFLIGG LLRIGCKIEN KILAMEEALN WIKYAGDVTI LTKLGSIDNC WPMLSIFFTE YKYHITKIVM EDCNLLEELK TQSCMDCIEE GELMKMKGNE EFSKERFDIA IIYYTRAIEY RPENYLLYGN RALCFLRTGQ FRNALGDGKR ATILKNTWPK GHYRYCDALS MLGEYDWALQ ANIKAQKLCK NDPEGIKDLI QQHVKLQKQI EDLQGRTANK DPIKAFYENR AYTPRSLSAP IFTTSLNFVE KERDFRKINH EMANGGNQNL KVADEALKVD DCDCHPEFSP PSSQPPKHKG KQKSRNNESE KFSSSSPLTL PADLKNILEK QFSKSSRAAH QDFANIMKML RSLIQDGYMA LLEQRCRSAA QAFTELLNGL DPQKIKQLNL AMINYVLVVY GLAISLLGIG QPEELSEAEN QFKRIIEHYP SEGLDCLAYC GIGKVYLKKN RFLEALNHFE KARTLIYRLP GVLTWPTSNV IIEESQPQKI KMLLEKFVEE CKFPPVPDAI CCYQKCHGYS KIQIYITDPD FKGFIRISCC QYCKIEFHMN CWKKLKTTTF NDKIDKDFLQ GICLTPDCEG VISKIIIFSS GGEVKCEFEH KVIKEKVPPR PILKQKCSSL EKLRLKEDKK LKRKIQKKEA KKLAQERMEE DLRESNPPKN EEQKETVDNV QRCQFLDDRI LQCIKQYADK IKSGIQNTAM LLKELLSWKV LSTEDYTTCF SSRNFLNEAV DYVIRHLIQE NNRVKTRIFL HVLSELKEVE PKLAAWIQKL NSFGLDATGT FFSRYGASLK LLDFSIMTFL WNEKYGHKLD SIEGKQLDYF SEPASLKEAR CLIWLLEEHR DKFPALHSAL DEFFDIMDSR CTVLRKQDSG EAPFSSTKVK NKSKKKKPKD SKPMLVGSGT TSVTSNNEII TSSEDHSNRN SDSAGPFAVP DHLRQDVEEF EALYDQHSNE YVVRNKKLWD MNPKQKCSTL YDYFSQFLEE HGPLDMSNKM FSAEYEFFPE ETRQILEKAG GLKPFLLGCP RFVVIDNCIA LKKVASRLKK KRKKKNIKTK VEEISKAGEY VRVKLQLNPA AREFKPDVKS KPVSDSSSAP AFENVKPKPV SANSPKPACE DVKAKPVSDN SSRQVSEDGQ PKGVSSNSPK PGSEDANYKR VSCNSPKPVL EDVKPTYWAQ SHLVTGYCTY LPFQRFDITQ TPPAYINVLP GLPQYTSIYT PLASLSPEYQ LPRSVPVVPS FVANDRADKN AAAYFEGHHL NAENVAGHQI ASETQILEGS LGISVKSHCS TGDAHTVLSE SNRNDEHCGN SNNKCEVIPE STSAVTNIPH VQMVAIQVSW NIIHQEVNTE PYNPFEERQG EISRIEKEHQ VLQDQLQEVY ENYEQIKLKG LEETRDLEEK LKRHLEENKI SKTELDWFLQ DLEREIKKWQ QEKKEIQERL KSLKKKIKKV SNASEMYTQK NDGKEKEHEL HLDQSLEISN TLTNEKMKIE EYIKKGKEDY EESHQRAVAA EVSVLENWKE SEVYKLQIME SQAEAFLKKL GLISRDPAAY PDMESDIRSW ELFLSNVTKE IEKAKSQFEE QIKAIKNGSR LSELSKVQIS ELSFPACNTV HPELLPESSG DDGQGLVTSA SDVTGNHAAL HRDPSVFSAG DSPGEAPSAL LPGPPPGQPE ATQLTGPKRA GQAALSERSP VADRKQPVPP GRAARSSQSP KKPFNSIIEH LSVVFPCYNS TELAGFIKKV RSKNKNSLSG LSIDEIVQRV TEHILDEQKK KKPNPGKDKR TYEPSSATPV TRSSQGSPSV VVAPSPKTKG QKAEDVPVRI ALGASSCEIC HEVFKSKNVR VLKCGHKYHK GCFKQWLKGQ SACPACQGRD LLTEESPSGR GWPSQNQELP SCSSR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MDNFAEGDFT VADYALLEDC PHVDDCVFAA EFMSNDYVRV TQLYCDGVGV QYKDYIQSER NLEFDICSIW CSKPISVLQD YCDAIKINIF WPLLFQHQNS SVISRLHPCV DANNSRASEI NLKKLQHLEL MEDIVDLAKK VANDSFLIGG LLRIGCKIEN KILAMEEALN WIKYAGDVTI LTKLGSIDNC WPMLSIFFTE YKYHITKIVM EDCNLLEELK TQSCMDCIEE GELMKMKGNE EFSKERFDIA IIYYTRAIEY RPENYLLYGN RALCFLRTGQ FRNALGDGKR ATILKNTWPK GHYRYCDALS MLGEYDWALQ ANIKAQKLCK NDPEGIKDLI QQHVKLQKQI EDLQGRTANK DPIKAFYENR AYTPRSLSAP IFTTSLNFVE KERDFRKINH EMANGGNQNL KVADEALKVD DCDCHPEFSP PSSQPPKHKG KQKSRNNESE KFSSSSPLTL PADLKNILEK QFSKSSRAAH QDFANIMKML RSLIQDGYMA LLEQRCRSAA QAFTELLNGL DPQKIKQLNL AMINYVLVVY GLAISLLGIG QPEELSEAEN QFKRIIEHYP SEGLDCLAYC GIGKVYLKKN RFLEALNHFE KARTLIYRLP GVLTWPTSNV IIEESQPQKI KMLLEKFVEE CKFPPVPDAI CCYQKCHGYS KIQIYITDPD FKGFIRISCC QYCKIEFHMN CWKKLKTTTF NDKIDKDFLQ GICLTPDCEG VISKIIIFSS GGEVKCEFEH KVIKEKVPPR PILKQKCSSL EKLRLKEDKK LKRKIQKKEA KKLAQERMEE DLRESNPPKN EEQKETVDNV QRCQFLDDRI LQCIKQYADK IKSGIQNTAT LLKELLSWKV LSTEDYTTCF SSRNFLNEAV DYVIRHLIQE NNRVKTRIFL HVLSELKEVE PKLAAWIQKL NSFGLDATGT FFSRYGASLK LLDFSIMTFL WNEKYGHKLD SIEGKQLDYF SEPASLKEAR CLIWLLEEHR DKFPALHSAL DEFFDIMDSR CTVLRKQDSG EAPFSSTKVK NKSKKKKPKD SKPMLVGSGT TSVTSNNEII TSSEDHSNRN SDSAGPFAVP DHLRQDVEEF EALYDQHSNE YVVRNKKLWD MNPKQKCSTL YDYFSQFLEE HGPLDMSNKM FSAEYEFFPE ETRQILEKAG GLKPFLLGCP RFVVIDNCIA LKKVASRLKK KRKKKNIKTK VEEISKAGEY VRVKLQLNPA AREFKPDVKS KPVSDSSSAP AFENVKPKPV SANSPKPACE DVKAKPVSDN SSRQVSEDGQ PKGVSSNSPK PGSEDANYKR VSCNSPKPVL EDVKPTYWAQ SHLVTGYCTY LPFQRFDITQ TPPAYINVLP GLPQYTSIYT PLASLSPEYQ LPRSVPVVPS FVANDRADKN AAAYFEGHHL NAENVAGHQI ASETQILEGS LGISVKSHCS TGDAHTVLSE SNRNDEHCGN SNNKCEVIPE STSAVTNIPH VQMVAIQVSW NIIHQEVNTE PYNPFEERQG EISRIEKEHQ VLQDQLQEVY ENYEQIKLKG LEETRDLEEK LKRHLEENKI SKTELDWFLQ DLEREIKKWQ QEKKEIQERL KSLKKKIKKV SNASEMYTQK NDGKEKEHEL HLDQSLEISN TLTNEKMKIE EYIKKGKEDY EESHQRAVAA EVSVLENWKE SEVYKLQIME SQAEAFLKKL GLISRDPAAY PDMESDIRSW ELFLSNVTKE IEKAKSQFEE QIKAIKNGSR LSELSKVQIS ELSFPACNTV HPELLPESSG DDGQGLVTSA SDVTGNHAAL HRDPSVFSAG DSPGEAPSAL LPGPPPGQPE ATQLTGPKRA GQAALSERSP VADRKQPVPP GRAARSSQSP KKPFNSIIEH LSVVFPCYNS TELAGFIKKV RSKNKNSLSG LSIDEIVQRV TEHILDEQKK KKPNPGKDKR TYEPSSATPV TRSSQGSPSV VVAPSPKTKG QKAEDVPVRI ALGASSCEIC HEVFKSKNVR VLKCGHKYHK GCFKQWLKGQ SACPACQGRD LLTEESPSGR GWPSQNQELP SCSSR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.40 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
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Model: simple_aae, prob: 0.999999231550583 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr21:38525356T>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TTC3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000540756 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | P53804 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1589T>C cDNA.1758T>C g.79831T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M530T Score: 81 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 530 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs1053808
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regulatory features | H3K4me2, Histone, Histone 3 Lysine 4 Di-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation Gene Associated, Regulatory Feature, Gene associated regulatory feature DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 1839 / 1839 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 613 / 613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 2008 / 2008 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 170 / 170 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 1653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1433 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 1839 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1589 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1758 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 79831 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 38525356 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CGGCATACAGAATACAGCCATGCTTCTCAAAGAATTGCTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CGGCATACAGAATACAGCCACGCTTCTCAAAGAATTGCTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CGGCATACAGAATACAGCCATGCTTCTCAAAGAATTGCTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CGGCATACAGAATACAGCCACGCTTCTCAAAGAATTGCTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MLGEYDWALQ ANIKAQKLCK NDPEGIKDLI QQHVKLQKQI EDLQGRTANK DPIKAFYENR AYTPRSLSAP IFTTSLNFVE KERDFRKINH EMANGGNQNL KVADEALKVD DCDCHPEFSP PSSQPPKHKG KQKSRNNESE KFSSSSPLTL PADLKNILEK QFSKSSRAAH QDFANIMKML RSLIQDGYMA LLEQRCRSAA QAFTELLNGL DPQKIKQLNL AMINYVLVVY GLAISLLGIG QPEELSEAEN QFKRIIEHYP SEGLDCLAYC GIGKVYLKKN RFLEALNHFE KARTLIYRLP GVLTWPTSNV IIEESQPQKI KMLLEKFVEE CKFPPVPDAI CCYQKCHGYS KIQIYITDPD FKGFIRISCC QYCKIEFHMN CWKKLKTTTF NDKIDKDFLQ GICLTPDCEG VISKIIIFSS GGEVKCEFEH KVIKEKVPPR PILKQKCSSL EKLRLKEDKK LKRKIQKKEA KKLAQERMEE DLRESNPPKN EEQKETVDNV QRCQFLDDRI LQCIKQYADK IKSGIQNTAM LLKELLSWKV LSTEDYTTCF SSRNFLNEAV DYVIRHLIQE NNRVKTRIFL HVLSELKEVE PKLAAWIQKL NSFGMSLYIP EQ* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MLGEYDWALQ ANIKAQKLCK NDPEGIKDLI QQHVKLQKQI EDLQGRTANK DPIKAFYENR AYTPRSLSAP IFTTSLNFVE KERDFRKINH EMANGGNQNL KVADEALKVD DCDCHPEFSP PSSQPPKHKG KQKSRNNESE KFSSSSPLTL PADLKNILEK QFSKSSRAAH QDFANIMKML RSLIQDGYMA LLEQRCRSAA QAFTELLNGL DPQKIKQLNL AMINYVLVVY GLAISLLGIG QPEELSEAEN QFKRIIEHYP SEGLDCLAYC GIGKVYLKKN RFLEALNHFE KARTLIYRLP GVLTWPTSNV IIEESQPQKI KMLLEKFVEE CKFPPVPDAI CCYQKCHGYS KIQIYITDPD FKGFIRISCC QYCKIEFHMN CWKKLKTTTF NDKIDKDFLQ GICLTPDCEG VISKIIIFSS GGEVKCEFEH KVIKEKVPPR PILKQKCSSL EKLRLKEDKK LKRKIQKKEA KKLAQERMEE DLRESNPPKN EEQKETVDNV QRCQFLDDRI LQCIKQYADK IKSGIQNTAT LLKELLSWKV LSTEDYTTCF SSRNFLNEAV DYVIRHLIQE NNRVKTRIFL HVLSELKEVE PKLAAWIQKL NSFGMSLYIP EQ* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.38 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||