MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
TASOR | polymorphism_automatic | 4.34496882917301e-12 | simple_aae | T609R | single base exchange | rs9835332 | show file | ||||
TASOR | polymorphism_automatic | 4.34496882917301e-12 | simple_aae | T1046R | single base exchange | rs9835332 | show file | ||||
TASOR | polymorphism_automatic | 4.34496882917301e-12 | simple_aae | T985R | single base exchange | rs9835332 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999995655 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr3:56667682G>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TASOR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000431842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_015224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UK61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1826C>G cDNA.2751C>G g.49584C>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | T609R Score: 71 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 609 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs9835332
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 3702 / 3702 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1234 / 1234 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4627 / 4627 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 926 / 926 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4098 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 3702 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1826 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2751 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 49584 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 56667682 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GAATGTTTCATATGTCAGTACAGTTTCCACACCTATCTTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GAATGTTTCATATGTCAGTAGAGTTTCCACACCTATCTTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GAATGTTTCATATGTCAGTACAGTTTCCACACCTATCTTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GAATGTTTCATATGTCAGTAGAGTTTCCACACCTATCTTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MSIDHLKQKI PPALFYKETY LGPNEVLKNG MYCSLYEVVE KTRIGSNMES LLQKLDREKL VLVKPLGDRG YLFLLSPYQM VPPYEYQTAK SRVLHALFLF QEPRSIVTSQ KGSTNAAPQE RHESMPDVLK IAQFLQFSLI QCRKEFKNIS AINFHSVVEK YVSEFFKRGF GSGKREFIMF PYDSRLDDKK FLYSAPRNKS HIDTCLHAYI FRPEVYQLPI CKLKELFEEN RKLQQFSPLS DYEGQEEEMN GTKMKFGKRN NSRGEAIISG KQRSSHSLDY DKDRVKELIN LIQCRKKSVG GDSDTEDMRS KTVLKRKLED LPENMRKLAK TSNLSENCHL YEESPQPIGS LGHDADLRRQ QQDTCNSGIA DIHRLFNWLS ETLANARHSD ASLTDTVNKA LGLSTDDAYE ELRQKHEYEL NSTPDKKDYE QPTCAKVENA QFKGTQSLLL EVDATSKYSV AISTSEVGTD HKLHLKEDPN LISVNNFEDC SLCPSVPIEH GFRRQQSKSN NVEETEIHWK LIPITGGNAR SPEDQLGKHG EKQTPDTLKG TTEDDVLTGQ VEEQCVPAAE AEPPAVSETT ERTVLGEYNL FSRKIEEILK QKNVSYVSTV STPIFSTQEK MKRLSEFIYS KTSKAGVQEF VDGLHEKLNT IIIKASAKGG NLPPVSPNDS GAKIASNPLE RHVIPVSSSD FNNKHLLEPL CSDPLKDTNS DEQHSTSALT EVEMNQPQHA TELMVTSDHI VPGDMAREPV EETTKSPSDV NISAQPALSN FISQLEPEVF NSLVKIMKDV QKNTVKFYIH EEEESVLCKE IKEYLIKLGN TECHPEQFLE RRSKLDKLLI IIQNEDIAGF IHKIPGLVTL KKLPCVSFAG VDSLDDVKNH TYNELFVSGG FIVSDESILN PEVVTVENLK NFLTFLEELS TPEGKWQWKV HCKFQKKLKE LGRLNAKALS LLTLLNVYQK KHLVEILSYH NCDSQTRNAP ELDCLIRLQA QNIQQRHIVF LTEKNIKMLS SYTDNGIVVA TAEDFMQNFK NLVGYHNSIT EENLPQLGAN ENLESQSALL ENDEKDEEDM SLDSGDEISH IEVCSNFHSE IWEKETKGSR GTDQKKNTQI ELQSSPDVQN SLLEDKTYLD SEERTSIDIV CSEGENSNST EQDSYSNFQV YHSQLNMSHQ FSHFNVLTHQ TFLGTPYALS SSQSQENENY FLSAYTESLD RDKSPPPLSW GKSDSSRPYS QEK* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MSIDHLKQKI PPALFYKETY LGPNEVLKNG MYCSLYEVVE KTRIGSNMES LLQKLDREKL VLVKPLGDRG YLFLLSPYQM VPPYEYQTAK SRVLHALFLF QEPRSIVTSQ KGSTNAAPQE RHESMPDVLK IAQFLQFSLI QCRKEFKNIS AINFHSVVEK YVSEFFKRGF GSGKREFIMF PYDSRLDDKK FLYSAPRNKS HIDTCLHAYI FRPEVYQLPI CKLKELFEEN RKLQQFSPLS DYEGQEEEMN GTKMKFGKRN NSRGEAIISG KQRSSHSLDY DKDRVKELIN LIQCRKKSVG GDSDTEDMRS KTVLKRKLED LPENMRKLAK TSNLSENCHL YEESPQPIGS LGHDADLRRQ QQDTCNSGIA DIHRLFNWLS ETLANARHSD ASLTDTVNKA LGLSTDDAYE ELRQKHEYEL NSTPDKKDYE QPTCAKVENA QFKGTQSLLL EVDATSKYSV AISTSEVGTD HKLHLKEDPN LISVNNFEDC SLCPSVPIEH GFRRQQSKSN NVEETEIHWK LIPITGGNAR SPEDQLGKHG EKQTPDTLKG TTEDDVLTGQ VEEQCVPAAE AEPPAVSETT ERTVLGEYNL FSRKIEEILK QKNVSYVSRV STPIFSTQEK MKRLSEFIYS KTSKAGVQEF VDGLHEKLNT IIIKASAKGG NLPPVSPNDS GAKIASNPLE RHVIPVSSSD FNNKHLLEPL CSDPLKDTNS DEQHSTSALT EVEMNQPQHA TELMVTSDHI VPGDMAREPV EETTKSPSDV NISAQPALSN FISQLEPEVF NSLVKIMKDV QKNTVKFYIH EEEESVLCKE IKEYLIKLGN TECHPEQFLE RRSKLDKLLI IIQNEDIAGF IHKIPGLVTL KKLPCVSFAG VDSLDDVKNH TYNELFVSGG FIVSDESILN PEVVTVENLK NFLTFLEELS TPEGKWQWKV HCKFQKKLKE LGRLNAKALS LLTLLNVYQK KHLVEILSYH NCDSQTRNAP ELDCLIRLQA QNIQQRHIVF LTEKNIKMLS SYTDNGIVVA TAEDFMQNFK NLVGYHNSIT EENLPQLGAN ENLESQSALL ENDEKDEEDM SLDSGDEISH IEVCSNFHSE IWEKETKGSR GTDQKKNTQI ELQSSPDVQN SLLEDKTYLD SEERTSIDIV CSEGENSNST EQDSYSNFQV YHSQLNMSHQ FSHFNVLTHQ TFLGTPYALS SSQSQENENY FLSAYTESLD RDKSPPPLSW GKSDSSRPYS QEK* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.24 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999995655 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr3:56667682G>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TASOR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000493960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001112736 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UK61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.3137C>G cDNA.3148C>G g.49584C>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | T1046R Score: 71 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs9835332
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 313 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4539 / 4539 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1513 / 1513 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4550 / 4550 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 12 / 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4495 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4433 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4539 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 3137 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3148 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 49584 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 56667682 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GAATGTTTCATATGTCAGTACAGTTTCCACACCTATCTTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GAATGTTTCATATGTCAGTAGAGTTTCCACACCTATCTTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GAATGTTTCATATGTCAGTACAGTTTCCACACCTATCTTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GAATGTTTCATATGTCAGTAGAGTTTCCACACCTATCTTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MATAVETEAC QPTDASWESG GGGDDEMKQA LPELESSQQN GGGGGLNIAE PSGGAGREEN AGAEAAQSLS HEQPQDSSEA GAAALPRGPE EPERPVRRSF QIPRKSREKK ALFQPLTPGS REFEDVVNIL HSSYLEPTSV TNFNYRRACL VHNELLEKEF TEKRRELKFD GRLDKELSES YAFLMVDRYQ VQTICEKGLH VGQSKITILG SPSMGVYLSR YADLLQANPL DTGAMGDVVI FKIMKGKIKS IYDPMGVKSL ESMLNKSALD PTPKHECHVS KNANRITSLL AYRAYELTQY YFYEYGFDEL RRRPRHVCPY AVVSFTYKDD IQTPKFVPSS RSNSFNTDRN IDKYNYTLWK GQLLNKGKLL CYISLRSATR AFLPIKLPEK LDVETVMSID HLKQKIPPAL FYKETYLGPN EVLKNGMYCS LYEVVEKTRI GSNMESLLQK LDREKLVLVK PLGDRGYLFL LSPYQMVPPY EYQTAKSRVL HALFLFQEPR SIVTSQKGST NAAPQERHES MPDVLKIAQF LQFSLIQCRK EFKNISAINF HSVVEKYVSE FFKRGFGSGK REFIMFPYDS RLDDKKFLYS APRNKSHIDT CLHAYIFRPE VYQLPICKLK ELFEENRKLQ QFSPLSDYEG QEEEMNGTKM KFGKRNNSRG EAIISGKQRS SHSLDYDKDR VKELINLIQC RKKSVGGDSD TEDMRSKTVL KRKLEDLPEN MRKLAKTSNL SENCHLYEES PQPIGSLGHD ADLRRQQQDT CNSGIADIHR LFNWLSETLA NARHSDASLT DTVNKALGLS TDDAYEELRQ KHEYELNSTP DKKDYEQPTC AKVENAQFKG TQSLLLEVDA TSKYSVAIST SEVGTDHKLH LKEDPNLISV NNFEDCSLCP SVPIEHGFRR QQSKSNNVEE TEIHWKLIPI TGGNARSPED QLGKHGEKQT PGMKSPEEQL VCVPPQEAFP NDPRVINRQR SSDYQFPSSP FTDTLKGTTE DDVLTGQVEE QCVPAAEAEP PAVSETTERT VLGEYNLFSR KIEEILKQKN VSYVSTVSTP IFSTQEKMKR LSEFIYSKTS KAGVQEFVDG LHEKLNTIII KASAKGGNLP PVSPNDSGAK IASNPLERHV IPVSSSDFNN KHLLEPLCSD PLKDTNSDEQ HSTSALTEVE MNQPQHATEL MVTSDHIVPG DMAREPVEET TKSPSDVNIS AQPALSNFIS QLEPEVFNSL VKIMKDVQKN TVKFYIHEEE ESVLCKEIKE YLIKLGNTEC HPEQFLERRS KLDKLLIIIQ NEDIAGFIHK IPGLVTLKKL PCVSFAGVDS LDDVKNHTYN ELFVSGGFIV SDESILNPEV VTVENLKNFL TFLEELSTPE GKWQWKVHCK FQKKLKELGR LNAKALSLLT LLNVYQKKHL VEILSYHNCD SQTRNAPELD CLIRLQAQNI QQRHIVFLTE KNIKMLSSYT DNGIVVATAE DFMQNFKNLV GYHNSITEEN LPQLGANENL ESQSDAVLTL TPLELGVGIS QH* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MATAVETEAC QPTDASWESG GGGDDEMKQA LPELESSQQN GGGGGLNIAE PSGGAGREEN AGAEAAQSLS HEQPQDSSEA GAAALPRGPE EPERPVRRSF QIPRKSREKK ALFQPLTPGS REFEDVVNIL HSSYLEPTSV TNFNYRRACL VHNELLEKEF TEKRRELKFD GRLDKELSES YAFLMVDRYQ VQTICEKGLH VGQSKITILG SPSMGVYLSR YADLLQANPL DTGAMGDVVI FKIMKGKIKS IYDPMGVKSL ESMLNKSALD PTPKHECHVS KNANRITSLL AYRAYELTQY YFYEYGFDEL RRRPRHVCPY AVVSFTYKDD IQTPKFVPSS RSNSFNTDRN IDKYNYTLWK GQLLNKGKLL CYISLRSATR AFLPIKLPEK LDVETVMSID HLKQKIPPAL FYKETYLGPN EVLKNGMYCS LYEVVEKTRI GSNMESLLQK LDREKLVLVK PLGDRGYLFL LSPYQMVPPY EYQTAKSRVL HALFLFQEPR SIVTSQKGST NAAPQERHES MPDVLKIAQF LQFSLIQCRK EFKNISAINF HSVVEKYVSE FFKRGFGSGK REFIMFPYDS RLDDKKFLYS APRNKSHIDT CLHAYIFRPE VYQLPICKLK ELFEENRKLQ QFSPLSDYEG QEEEMNGTKM KFGKRNNSRG EAIISGKQRS SHSLDYDKDR VKELINLIQC RKKSVGGDSD TEDMRSKTVL KRKLEDLPEN MRKLAKTSNL SENCHLYEES PQPIGSLGHD ADLRRQQQDT CNSGIADIHR LFNWLSETLA NARHSDASLT DTVNKALGLS TDDAYEELRQ KHEYELNSTP DKKDYEQPTC AKVENAQFKG TQSLLLEVDA TSKYSVAIST SEVGTDHKLH LKEDPNLISV NNFEDCSLCP SVPIEHGFRR QQSKSNNVEE TEIHWKLIPI TGGNARSPED QLGKHGEKQT PGMKSPEEQL VCVPPQEAFP NDPRVINRQR SSDYQFPSSP FTDTLKGTTE DDVLTGQVEE QCVPAAEAEP PAVSETTERT VLGEYNLFSR KIEEILKQKN VSYVSRVSTP IFSTQEKMKR LSEFIYSKTS KAGVQEFVDG LHEKLNTIII KASAKGGNLP PVSPNDSGAK IASNPLERHV IPVSSSDFNN KHLLEPLCSD PLKDTNSDEQ HSTSALTEVE MNQPQHATEL MVTSDHIVPG DMAREPVEET TKSPSDVNIS AQPALSNFIS QLEPEVFNSL VKIMKDVQKN TVKFYIHEEE ESVLCKEIKE YLIKLGNTEC HPEQFLERRS KLDKLLIIIQ NEDIAGFIHK IPGLVTLKKL PCVSFAGVDS LDDVKNHTYN ELFVSGGFIV SDESILNPEV VTVENLKNFL TFLEELSTPE GKWQWKVHCK FQKKLKELGR LNAKALSLLT LLNVYQKKHL VEILSYHNCD SQTRNAPELD CLIRLQAQNI QQRHIVFLTE KNIKMLSSYT DNGIVVATAE DFMQNFKNLV GYHNSITEEN LPQLGANENL ESQSDAVLTL TPLELGVGIS QH* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.96 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999995655 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr3:56667682G>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TASOR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000355628 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UK61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2954C>G cDNA.3185C>G g.49584C>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | T985R Score: 71 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 985 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs9835332
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4830 / 4830 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1610 / 1610 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5061 / 5061 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 232 / 232 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4532 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4250 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4830 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2954 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 49584 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 56667682 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GAATGTTTCATATGTCAGTACAGTTTCCACACCTATCTTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GAATGTTTCATATGTCAGTAGAGTTTCCACACCTATCTTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GAATGTTTCATATGTCAGTACAGTTTCCACACCTATCTTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GAATGTTTCATATGTCAGTAGAGTTTCCACACCTATCTTTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MATAVETEAC QPTDASWESG GGGDDEMKQA LPELESSQQN GGGGGLNIAE PSGGAGREEN AGAEAAQSLS HEQPQDSSEA GAAALPRGPE EPERPVRRSF QIPRKSREKK ALFQPLTPGS REFEDVVNIL HSSYLEPTSV TNFNYRRACL VHNELLEKEF TEKRRELKFD GRLDKELSES YAFLMVDRYQ VQTICEKGLH VGQSKITILG SPSMGVYLSR YADLLQANPL DTGAMGDVVI FKIMKGKIKS IYDPMGVKSL ESMLNKSALD PTPKHECHVS KNANRITSLL AYRAYELTQY YFYEYGFDEL RRRPRHVCPY AVVSFTYKDD IQTPKFVPSS RSNSFNTDRN IDKYNYTLWK GQLLNKGKLL CYISLRSATR AFLPIKLPEK LDVETVMSID HLKQKIPPAL FYKETYLGPN EVLKNGMYCS LYEVVEKTRI GSNMESLLQK LDREKLVLVK PLGDRGYLFL LSPYQMVPPY EYQTAKSRVL HALFLFQEPR SIVTSQKGST NAAPQERHES MPDVLKIAQF LQFSLIQCRK EFKNISAINF HSVVEKYVSE FFKRGFGSGK REFIMFPYDS RLDDKKFLYS APRNKSHIDT CLHAYIFRPE VYQLPICKLK ELFEENRKLQ QFSPLSDYEG QEEEMNGTKM KFGKRNNSRG EAIISGKQRS SHSLDYDKDR VKELINLIQC RKKSVGGDSD TEDMRSKTVL KRKLEDLPEN MRKLAKTSNL SENCHLYEES PQPIGSLGHD ADLRRQQQDT CNSGIADIHR LFNWLSETLA NARHSDASLT DTVNKALGLS TDDAYEELRQ KHEYELNSTP DKKDYEQPTC AKVENAQFKG TQSLLLEVDA TSKYSVAIST SEVGTDHKLH LKEDPNLISV NNFEDCSLCP SVPIEHGFRR QQSKSNNVEE TEIHWKLIPI TDTLKGTTED DVLTGQVEEQ CVPAAEAEPP AVSETTERTV LGEYNLFSRK IEEILKQKNV SYVSTVSTPI FSTQEKMKRL SEFIYSKTSK AGVQEFVDGL HEKLNTIIIK ASAKGGNLPP VSPNDSGAKI ASNPLERHVI PVSSSDFNNK HLLEPLCSDP LKDTNSDEQH STSALTEVEM NQPQHATELM VTSDHIVPGD MAREPVEETT KSPSDVNISA QPALSNFISQ LEPEVFNSLV KIMKDVQKNT VKFYIHEEEE SVLCKEIKEY LIKLGNTECH PEQFLERRSK LDKLLIIIQN EDIAGFIHKI PGLVTLKKLP CVSFAGVDSL DDVKNHTYNE LFVSGGFIVS DESILNPEVV TVENLKNFLT FLEELSTPEG KWQWKVHCKF QKKLKELGRL NAKALSLLTL LNVYQKKHLV EILSYHNCDS QTRNAPELDC LIRLQAQNIQ QRHIVFLTEK NIKMLSSYTD NGIVVATAED FMQNFKNLVG YHNSITEENL PQLGANENLE SQSALLENDE KDEEDMSLDS GDEISHIEVC SNFHSEIWEK ETKGSRGTDQ KKNTQIELQS SPDVQNSLLE DKTYLDSEER TSIDIVCSEG ENSNSTEQDS YSNFQVYHSQ LNMSHQFSHF NVLTHQTFLG TPYALSSSQS QENENYFLSA YTESLDRDKS PPPLSWGKSD SSRPYSQEK* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MATAVETEAC QPTDASWESG GGGDDEMKQA LPELESSQQN GGGGGLNIAE PSGGAGREEN AGAEAAQSLS HEQPQDSSEA GAAALPRGPE EPERPVRRSF QIPRKSREKK ALFQPLTPGS REFEDVVNIL HSSYLEPTSV TNFNYRRACL VHNELLEKEF TEKRRELKFD GRLDKELSES YAFLMVDRYQ VQTICEKGLH VGQSKITILG SPSMGVYLSR YADLLQANPL DTGAMGDVVI FKIMKGKIKS IYDPMGVKSL ESMLNKSALD PTPKHECHVS KNANRITSLL AYRAYELTQY YFYEYGFDEL RRRPRHVCPY AVVSFTYKDD IQTPKFVPSS RSNSFNTDRN IDKYNYTLWK GQLLNKGKLL CYISLRSATR AFLPIKLPEK LDVETVMSID HLKQKIPPAL FYKETYLGPN EVLKNGMYCS LYEVVEKTRI GSNMESLLQK LDREKLVLVK PLGDRGYLFL LSPYQMVPPY EYQTAKSRVL HALFLFQEPR SIVTSQKGST NAAPQERHES MPDVLKIAQF LQFSLIQCRK EFKNISAINF HSVVEKYVSE FFKRGFGSGK REFIMFPYDS RLDDKKFLYS APRNKSHIDT CLHAYIFRPE VYQLPICKLK ELFEENRKLQ QFSPLSDYEG QEEEMNGTKM KFGKRNNSRG EAIISGKQRS SHSLDYDKDR VKELINLIQC RKKSVGGDSD TEDMRSKTVL KRKLEDLPEN MRKLAKTSNL SENCHLYEES PQPIGSLGHD ADLRRQQQDT CNSGIADIHR LFNWLSETLA NARHSDASLT DTVNKALGLS TDDAYEELRQ KHEYELNSTP DKKDYEQPTC AKVENAQFKG TQSLLLEVDA TSKYSVAIST SEVGTDHKLH LKEDPNLISV NNFEDCSLCP SVPIEHGFRR QQSKSNNVEE TEIHWKLIPI TDTLKGTTED DVLTGQVEEQ CVPAAEAEPP AVSETTERTV LGEYNLFSRK IEEILKQKNV SYVSRVSTPI FSTQEKMKRL SEFIYSKTSK AGVQEFVDGL HEKLNTIIIK ASAKGGNLPP VSPNDSGAKI ASNPLERHVI PVSSSDFNNK HLLEPLCSDP LKDTNSDEQH STSALTEVEM NQPQHATELM VTSDHIVPGD MAREPVEETT KSPSDVNISA QPALSNFISQ LEPEVFNSLV KIMKDVQKNT VKFYIHEEEE SVLCKEIKEY LIKLGNTECH PEQFLERRSK LDKLLIIIQN EDIAGFIHKI PGLVTLKKLP CVSFAGVDSL DDVKNHTYNE LFVSGGFIVS DESILNPEVV TVENLKNFLT FLEELSTPEG KWQWKVHCKF QKKLKELGRL NAKALSLLTL LNVYQKKHLV EILSYHNCDS QTRNAPELDC LIRLQAQNIQ QRHIVFLTEK NIKMLSSYTD NGIVVATAED FMQNFKNLVG YHNSITEENL PQLGANENLE SQSALLENDE KDEEDMSLDS GDEISHIEVC SNFHSEIWEK ETKGSRGTDQ KKNTQIELQS SPDVQNSLLE DKTYLDSEER TSIDIVCSEG ENSNSTEQDS YSNFQVYHSQ LNMSHQFSHF NVLTHQTFLG TPYALSSSQS QENENYFLSA YTESLDRDKS PPPLSWGKSD SSRPYSQEK* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.16 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||