MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
PKD1 | polymorphism_automatic | 3.79896114566236e-12 | simple_aae | M1092T | single base exchange | rs2549677 | show file | ||||
PKD1 | polymorphism_automatic | 3.79896114566236e-12 | simple_aae | M1092T | single base exchange | rs2549677 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999996201 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr16:2162361A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PKD1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000262304 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001009944 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | P98161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.3275T>C cDNA.3484T>C g.23539T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M1092T Score: 81 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1092 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2549677
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | Promoter Associated, Regulatory Feature, Promoter like regulatory feature H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation Gene Associated, Regulatory Feature, Gene associated regulatory feature DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 12912 / 12912 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 4304 / 4304 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 13121 / 13121 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 210 / 210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 12654 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 12394 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 12912 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 3275 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3484 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 23539 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2162361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GCTGGTGGAGCACAATGTCATGCACACCTACGCTGCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GCTGGTGGAGCACAATGTCACGCACACCTACGCTGCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GCTGGTGGAGCACAATGTCATGCACACCTACGCTGCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GCTGGTGGAGCACAATGTCACGCACACCTACGCTGCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MPPAAPARLA LALGLGLWLG ALAGGPGRGC GPCEPPCLCG PAPGAACRVN CSGRGLRTLG PALRIPADAT ALDVSHNLLR ALDVGLLANL SALAELDISN NKISTLEEGI FANLFNLSEI NLSGNPFECD CGLAWLPRWA EEQQVRVVQP EAATCAGPGS LAGQPLLGIP LLDSGCGEEY VACLPDNSSG TVAAVSFSAA HEGLLQPEAC SAFCFSTGQG LAALSEQGWC LCGAAQPSSA SFACLSLCSG PPPPPAPTCR GPTLLQHVFP ASPGATLVGP HGPLASGQLA AFHIAAPLPV TATRWDFGDG SAEVDAAGPA ASHRYVLPGR YHVTAVLALG AGSALLGTDV QVEAAPAALE LVCPSSVQSD ESLDLSIQNR GGSGLEAAYS IVALGEEPAR AVHPLCPSDT EIFPGNGHCY RLVVEKAAWL QAQEQCQAWA GAALAMVDSP AVQRFLVSRV TRSLDVWIGF STVQGVEVGP APQGEAFSLE SCQNWLPGEP HPATAEHCVR LGPTGWCNTD LCSAPHSYVC ELQPGGPVQD AENLLVGAPS GDLQGPLTPL AQQDGLSAPH EPVEVMVFPG LRLSREAFLT TAEFGTQELR RPAQLRLQVY RLLSTAGTPE NGSEPESRSP DNRTQLAPAC MPGGRWCPGA NICLPLDASC HPQACANGCT SGPGLPGAPY ALWREFLFSV PAGPPAQYSV TLHGQDVLML PGDLVGLQHD AGPGALLHCS PAPGHPGPRA PYLSANASSW LPHLPAQLEG TWACPACALR LLAATEQLTV LLGLRPNPGL RLPGRYEVRA EVGNGVSRHN LSCSFDVVSP VAGLRVIYPA PRDGRLYVPT NGSALVLQVD SGANATATAR WPGGSVSARF ENVCPALVAT FVPGCPWETN DTLFSVVALP WLSEGEHVVD VVVENSASRA NLSLRVTAEE PICGLRATPS PEARVLQGVL VRYSPVVEAG SDMVFRWTIN DKQSLTFQNV VFNVIYQSAA VFKLSLTASN HVSNVTVNYN VTVERMNRMQ GLQVSTVPAV LSPNATLALT AGVLVDSAVE VAFLWTFGDG EQALHQFQPP YNESFPVPDP SVAQVLVEHN VMHTYAAPGE YLLTVLASNA FENLTQQVPV SVRASLPSVA VGVSDGVLVA GRPVTFYPHP LPSPGGVLYT WDFGDGSPVL TQSQPAANHT YASRGTYHVR LEVNNTVSGA AAQADVRVFE ELRGLSVDMS LAVEQGAPVV VSAAVQTGDN ITWTFDMGDG TVLSGPEATV EHVYLRAQNC TVTVGAASPA GHLARSLHVL VFVLEVLRVE PAACIPTQPD ARLTAYVTGN PAHYLFDWTF GDGSSNTTVR GCPTVTHNFT RSGTFPLALV LSSRVNRAHY FTSICVEPEV GNVTLQPERQ FVQLGDEAWL VACAWPPFPY RYTWDFGTEE AAPTRARGPE VTFIYRDPGS YLVTVTASNN ISAANDSALV EVQEPVLVTS IKVNGSLGLE LQQPYLFSAV GRGRPASYLW DLGDGGWLEG PEVTHAYNST GDFTVRVAGW NEVSRSEAWL NVTVKRRVRG LVVNASRTVV PLNGSVSFST SLEAGSDVRY SWVLCDRCTP IPGGPTISYT FRSVGTFNII VTAENEVGSA QDSIFVYVLQ LIEGLQVVGG GRYFPTNHTV QLQAVVRDGT NVSYSWTAWR DRGPALAGSG KGFSLTVLEA GTYHVQLRAT NMLGSAWADC TMDFVEPVGW LMVAASPNPA AVNTSVTLSA ELAGGSGVVY TWSLEEGLSW ETSEPFTTHS FPTPGLHLVT MTAGNPLGSA NATVEVDVQV PVSGLSIRAS EPGGSFVAAG SSVPFWGQLA TGTNVSWCWA VPGGSSKRGP HVTMVFPDAG TFSIRLNASN AVSWVSATYN LTAEEPIVGL VLWASSKVVA PGQLVHFQIL LAAGSAVTFR LQVGGANPEV LPGPRFSHSF PRVGDHVVSV RGKNHVSWAQ AQVRIVVLEA VSGLQVPNCC EPGIATGTER NFTARVQRGS RVAYAWYFSL QKVQGDSLVI LSGRDVTYTP VAAGLLEIQV RAFNALGSEN RTLVLEVQDA VQYVALQSGP CFTNRSAQFE AATSPSPRRV AYHWDFGDGS PGQDTDEPRA EHSYLRPGDY RVQVNASNLV SFFVAQATVT VQVLACREPE VDVVLPLQVL MRRSQRNYLE AHVDLRDCVT YQTEYRWEVY RTASCQRPGR PARVALPGVD VSRPRLVLPR LALPVGHYCF VFVVSFGDTP LTQSIQANVT VAPERLVPII EGGSYRVWSD TRDLVLDGSE SYDPNLEDGD QTPLSFHWAC VASTQREAGG CALNFGPRGS STVTIPRERL AAGVEYTFSL TVWKAGRKEE ATNQTVLIRS GRVPIVSLEC VSCKAQAVYE VSRSSYVYLE GRCLNCSSGS KRGRWAARTF SNKTLVLDET TTSTGSAGMR LVLRRGVLRD GEGYTFTLTV LGRSGEEEGC ASIRLSPNRP PLGGSCRLFP LGAVHALTTK VHFECTGWHD AEDAGAPLVY ALLLRRCRQG HCEEFCVYKG SLSSYGAVLP PGFRPHFEVG LAVVVQDQLG AAVVALNRSL AITLPEPNGS ATGLTVWLHG LTASVLPGLL RQADPQHVIE YSLALVTVLN EYERALDVAA EPKHERQHRA QIRKNITETL VSLRVHTVDD IQQIAAALAQ CMGPSRELVC RSCLKQTLHK LEAMMLILQA ETTAGTVTPT AIGDSILNIT GDLIHLASSD VRAPQPSELG AESPSRMVAS QAYNLTSALM RILMRSRVLN EEPLTLAGEE IVAQGKRSDP RSLLCYGGAP GPGCHFSIPE AFSGALANLS DVVQLIFLVD SNPFPFGYIS NYTVSTKVAS MAFQTQAGAQ IPIERLASER AITVKVPNNS DWAARGHRSS ANSANSVVVQ PQASVGAVVT LDSSNPAAGL HLQLNYTLLD GHYLSEEPEP YLAVYLHSEP RPNEHNCSAS RRIRPESLQG ADHRPYTFFI SPGSRDPAGS YHLNLSSHFR WSALQVSVGL YTSLCQYFSE EDMVWRTEGL LPLEETSPRQ AVCLTRHLTA FGASLFVPPS HVRFVFPEPT ADVNYIVMLT CAVCLVTYMV MAAILHKLDQ LDASRGRAIP FCGQRGRFKY EILVKTGWGR GSGTTAHVGI MLYGVDSRSG HRHLDGDRAF HRNSLDIFRI ATPHSLGSVW KIRVWHDNKG LSPAWFLQHV IVRDLQTARS AFFLVNDWLS VETEANGGLV EKEVLAASDA ALLRFRRLLV AELQRGFFDK HIWLSIWDRP PRSRFTRIQR ATCCVLLICL FLGANAVWYG AVGDSAYSTG HVSRLSPLSV DTVAVGLVSS VVVYPVYLAI LFLFRMSRSK VAGSPSPTPA GQQVLDIDSC LDSSVLDSSF LTFSGLHAEQ AFVGQMKSDL FLDDSKSLVC WPSGEGTLSW PDLLSDPSIV GSNLRQLARG QAGHGLGPEE DGFSLASPYS PAKSFSASDE DLIQQVLAEG VSSPAPTQDT HMETDLLSSL SSTPGEKTET LALQRLGELG PPSPGLNWEQ PQAARLSRTG LVEGLRKRLL PAWCASLAHG LSLLLVAVAV AVSGWVGASF PPGVSVAWLL SSSASFLASF LGWEPLKVLL EALYFSLVAK RLHPDEDDTL VESPAVTPVS ARVPRVRPPH GFALFLAKEE ARKVKRLHGM LRSLLVYMLF LLVTLLASYG DASCHGHAYR LQSAIKQELH SRAFLAITRS EELWPWMAHV LLPYVHGNQS SPELGPPRLR QVRLQEALYP DPPGPRVHTC SAAGGFSTSD YDVGWESPHN GSGTWAYSAP DLLGAWSWGS CAVYDSGGYV QELGLSLEES RDRLRFLQLH NWLDNRSRAV FLELTRYSPA VGLHAAVTLR LEFPAAGRAL AALSVRPFAL RRLSAGLSLP LLTSVCLLLF AVHFAVAEAR TWHREGRWRV LRLGAWARWL LVALTAATAL VRLAQLGAAD RQWTRFVRGR PRRFTSFDQV AQLSSAARGL AASLLFLLLV KAAQQLRFVR QWSVFGKTLC RALPELLGVT LGLVVLGVAY AQLAILLVSS CVDSLWSVAQ ALLVLCPGTG LSTLCPAESW HLSPLLCVGL WALRLWGALR LGAVILRWRY HALRGELYRP AWEPQDYEMV ELFLRRLRLW MGLSKVKEFR HKVRFEGMEP LPSRSSRGSK VSPDVPPPSA GSDASHPSTS SSQLDGLSVS LGRLGTRCEP EPSRLQAVFE ALLTQFDRLN QATEDVYQLE QQLHSLQGRR SSRAPAGSSR GPSPGLRPAL PSRLARASRG VDLATGPSRT PLRAKNKVHP SST* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MPPAAPARLA LALGLGLWLG ALAGGPGRGC GPCEPPCLCG PAPGAACRVN CSGRGLRTLG PALRIPADAT ALDVSHNLLR ALDVGLLANL SALAELDISN NKISTLEEGI FANLFNLSEI NLSGNPFECD CGLAWLPRWA EEQQVRVVQP EAATCAGPGS LAGQPLLGIP LLDSGCGEEY VACLPDNSSG TVAAVSFSAA HEGLLQPEAC SAFCFSTGQG LAALSEQGWC LCGAAQPSSA SFACLSLCSG PPPPPAPTCR GPTLLQHVFP ASPGATLVGP HGPLASGQLA AFHIAAPLPV TATRWDFGDG SAEVDAAGPA ASHRYVLPGR YHVTAVLALG AGSALLGTDV QVEAAPAALE LVCPSSVQSD ESLDLSIQNR GGSGLEAAYS IVALGEEPAR AVHPLCPSDT EIFPGNGHCY RLVVEKAAWL QAQEQCQAWA GAALAMVDSP AVQRFLVSRV TRSLDVWIGF STVQGVEVGP APQGEAFSLE SCQNWLPGEP HPATAEHCVR LGPTGWCNTD LCSAPHSYVC ELQPGGPVQD AENLLVGAPS GDLQGPLTPL AQQDGLSAPH EPVEVMVFPG LRLSREAFLT TAEFGTQELR RPAQLRLQVY RLLSTAGTPE NGSEPESRSP DNRTQLAPAC MPGGRWCPGA NICLPLDASC HPQACANGCT SGPGLPGAPY ALWREFLFSV PAGPPAQYSV TLHGQDVLML PGDLVGLQHD AGPGALLHCS PAPGHPGPRA PYLSANASSW LPHLPAQLEG TWACPACALR LLAATEQLTV LLGLRPNPGL RLPGRYEVRA EVGNGVSRHN LSCSFDVVSP VAGLRVIYPA PRDGRLYVPT NGSALVLQVD SGANATATAR WPGGSVSARF ENVCPALVAT FVPGCPWETN DTLFSVVALP WLSEGEHVVD VVVENSASRA NLSLRVTAEE PICGLRATPS PEARVLQGVL VRYSPVVEAG SDMVFRWTIN DKQSLTFQNV VFNVIYQSAA VFKLSLTASN HVSNVTVNYN VTVERMNRMQ GLQVSTVPAV LSPNATLALT AGVLVDSAVE VAFLWTFGDG EQALHQFQPP YNESFPVPDP SVAQVLVEHN VTHTYAAPGE YLLTVLASNA FENLTQQVPV SVRASLPSVA VGVSDGVLVA GRPVTFYPHP LPSPGGVLYT WDFGDGSPVL TQSQPAANHT YASRGTYHVR LEVNNTVSGA AAQADVRVFE ELRGLSVDMS LAVEQGAPVV VSAAVQTGDN ITWTFDMGDG TVLSGPEATV EHVYLRAQNC TVTVGAASPA GHLARSLHVL VFVLEVLRVE PAACIPTQPD ARLTAYVTGN PAHYLFDWTF GDGSSNTTVR GCPTVTHNFT RSGTFPLALV LSSRVNRAHY FTSICVEPEV GNVTLQPERQ FVQLGDEAWL VACAWPPFPY RYTWDFGTEE AAPTRARGPE VTFIYRDPGS YLVTVTASNN ISAANDSALV EVQEPVLVTS IKVNGSLGLE LQQPYLFSAV GRGRPASYLW DLGDGGWLEG PEVTHAYNST GDFTVRVAGW NEVSRSEAWL NVTVKRRVRG LVVNASRTVV PLNGSVSFST SLEAGSDVRY SWVLCDRCTP IPGGPTISYT FRSVGTFNII VTAENEVGSA QDSIFVYVLQ LIEGLQVVGG GRYFPTNHTV QLQAVVRDGT NVSYSWTAWR DRGPALAGSG KGFSLTVLEA GTYHVQLRAT NMLGSAWADC TMDFVEPVGW LMVAASPNPA AVNTSVTLSA ELAGGSGVVY TWSLEEGLSW ETSEPFTTHS FPTPGLHLVT MTAGNPLGSA NATVEVDVQV PVSGLSIRAS EPGGSFVAAG SSVPFWGQLA TGTNVSWCWA VPGGSSKRGP HVTMVFPDAG TFSIRLNASN AVSWVSATYN LTAEEPIVGL VLWASSKVVA PGQLVHFQIL LAAGSAVTFR LQVGGANPEV LPGPRFSHSF PRVGDHVVSV RGKNHVSWAQ AQVRIVVLEA VSGLQVPNCC EPGIATGTER NFTARVQRGS RVAYAWYFSL QKVQGDSLVI LSGRDVTYTP VAAGLLEIQV RAFNALGSEN RTLVLEVQDA VQYVALQSGP CFTNRSAQFE AATSPSPRRV AYHWDFGDGS PGQDTDEPRA EHSYLRPGDY RVQVNASNLV SFFVAQATVT VQVLACREPE VDVVLPLQVL MRRSQRNYLE AHVDLRDCVT YQTEYRWEVY RTASCQRPGR PARVALPGVD VSRPRLVLPR LALPVGHYCF VFVVSFGDTP LTQSIQANVT VAPERLVPII EGGSYRVWSD TRDLVLDGSE SYDPNLEDGD QTPLSFHWAC VASTQREAGG CALNFGPRGS STVTIPRERL AAGVEYTFSL TVWKAGRKEE ATNQTVLIRS GRVPIVSLEC VSCKAQAVYE VSRSSYVYLE GRCLNCSSGS KRGRWAARTF SNKTLVLDET TTSTGSAGMR LVLRRGVLRD GEGYTFTLTV LGRSGEEEGC ASIRLSPNRP PLGGSCRLFP LGAVHALTTK VHFECTGWHD AEDAGAPLVY ALLLRRCRQG HCEEFCVYKG SLSSYGAVLP PGFRPHFEVG LAVVVQDQLG AAVVALNRSL AITLPEPNGS ATGLTVWLHG LTASVLPGLL RQADPQHVIE YSLALVTVLN EYERALDVAA EPKHERQHRA QIRKNITETL VSLRVHTVDD IQQIAAALAQ CMGPSRELVC RSCLKQTLHK LEAMMLILQA ETTAGTVTPT AIGDSILNIT GDLIHLASSD VRAPQPSELG AESPSRMVAS QAYNLTSALM RILMRSRVLN EEPLTLAGEE IVAQGKRSDP RSLLCYGGAP GPGCHFSIPE AFSGALANLS DVVQLIFLVD SNPFPFGYIS NYTVSTKVAS MAFQTQAGAQ IPIERLASER AITVKVPNNS DWAARGHRSS ANSANSVVVQ PQASVGAVVT LDSSNPAAGL HLQLNYTLLD GHYLSEEPEP YLAVYLHSEP RPNEHNCSAS RRIRPESLQG ADHRPYTFFI SPGSRDPAGS YHLNLSSHFR WSALQVSVGL YTSLCQYFSE EDMVWRTEGL LPLEETSPRQ AVCLTRHLTA FGASLFVPPS HVRFVFPEPT ADVNYIVMLT CAVCLVTYMV MAAILHKLDQ LDASRGRAIP FCGQRGRFKY EILVKTGWGR GSGTTAHVGI MLYGVDSRSG HRHLDGDRAF HRNSLDIFRI ATPHSLGSVW KIRVWHDNKG LSPAWFLQHV IVRDLQTARS AFFLVNDWLS VETEANGGLV EKEVLAASDA ALLRFRRLLV AELQRGFFDK HIWLSIWDRP PRSRFTRIQR ATCCVLLICL FLGANAVWYG AVGDSAYSTG HVSRLSPLSV DTVAVGLVSS VVVYPVYLAI LFLFRMSRSK VAGSPSPTPA GQQVLDIDSC LDSSVLDSSF LTFSGLHAEQ AFVGQMKSDL FLDDSKSLVC WPSGEGTLSW PDLLSDPSIV GSNLRQLARG QAGHGLGPEE DGFSLASPYS PAKSFSASDE DLIQQVLAEG VSSPAPTQDT HMETDLLSSL SSTPGEKTET LALQRLGELG PPSPGLNWEQ PQAARLSRTG LVEGLRKRLL PAWCASLAHG LSLLLVAVAV AVSGWVGASF PPGVSVAWLL SSSASFLASF LGWEPLKVLL EALYFSLVAK RLHPDEDDTL VESPAVTPVS ARVPRVRPPH GFALFLAKEE ARKVKRLHGM LRSLLVYMLF LLVTLLASYG DASCHGHAYR LQSAIKQELH SRAFLAITRS EELWPWMAHV LLPYVHGNQS SPELGPPRLR QVRLQEALYP DPPGPRVHTC SAAGGFSTSD YDVGWESPHN GSGTWAYSAP DLLGAWSWGS CAVYDSGGYV QELGLSLEES RDRLRFLQLH NWLDNRSRAV FLELTRYSPA VGLHAAVTLR LEFPAAGRAL AALSVRPFAL RRLSAGLSLP LLTSVCLLLF AVHFAVAEAR TWHREGRWRV LRLGAWARWL LVALTAATAL VRLAQLGAAD RQWTRFVRGR PRRFTSFDQV AQLSSAARGL AASLLFLLLV KAAQQLRFVR QWSVFGKTLC RALPELLGVT LGLVVLGVAY AQLAILLVSS CVDSLWSVAQ ALLVLCPGTG LSTLCPAESW HLSPLLCVGL WALRLWGALR LGAVILRWRY HALRGELYRP AWEPQDYEMV ELFLRRLRLW MGLSKVKEFR HKVRFEGMEP LPSRSSRGSK VSPDVPPPSA GSDASHPSTS SSQLDGLSVS LGRLGTRCEP EPSRLQAVFE ALLTQFDRLN QATEDVYQLE QQLHSLQGRR SSRAPAGSSR GPSPGLRPAL PSRLARASRG VDLATGPSRT PLRAKNKVHP SST* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.82 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999996201 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr16:2162361A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PKD1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000423118 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_000296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | P98161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.3275T>C cDNA.3484T>C g.23539T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M1092T Score: 81 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1092 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2549677
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | Promoter Associated, Regulatory Feature, Promoter like regulatory feature H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation Gene Associated, Regulatory Feature, Gene associated regulatory feature DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 12909 / 12909 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 4303 / 4303 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 13118 / 13118 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 210 / 210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 12651 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 12391 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 12909 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 3275 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3484 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 23539 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2162361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GCTGGTGGAGCACAATGTCATGCACACCTACGCTGCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GCTGGTGGAGCACAATGTCACGCACACCTACGCTGCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GCTGGTGGAGCACAATGTCATGCACACCTACGCTGCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GCTGGTGGAGCACAATGTCACGCACACCTACGCTGCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MPPAAPARLA LALGLGLWLG ALAGGPGRGC GPCEPPCLCG PAPGAACRVN CSGRGLRTLG PALRIPADAT ALDVSHNLLR ALDVGLLANL SALAELDISN NKISTLEEGI FANLFNLSEI NLSGNPFECD CGLAWLPRWA EEQQVRVVQP EAATCAGPGS LAGQPLLGIP LLDSGCGEEY VACLPDNSSG TVAAVSFSAA HEGLLQPEAC SAFCFSTGQG LAALSEQGWC LCGAAQPSSA SFACLSLCSG PPPPPAPTCR GPTLLQHVFP ASPGATLVGP HGPLASGQLA AFHIAAPLPV TATRWDFGDG SAEVDAAGPA ASHRYVLPGR YHVTAVLALG AGSALLGTDV QVEAAPAALE LVCPSSVQSD ESLDLSIQNR GGSGLEAAYS IVALGEEPAR AVHPLCPSDT EIFPGNGHCY RLVVEKAAWL QAQEQCQAWA GAALAMVDSP AVQRFLVSRV TRSLDVWIGF STVQGVEVGP APQGEAFSLE SCQNWLPGEP HPATAEHCVR LGPTGWCNTD LCSAPHSYVC ELQPGGPVQD AENLLVGAPS GDLQGPLTPL AQQDGLSAPH EPVEVMVFPG LRLSREAFLT TAEFGTQELR RPAQLRLQVY RLLSTAGTPE NGSEPESRSP DNRTQLAPAC MPGGRWCPGA NICLPLDASC HPQACANGCT SGPGLPGAPY ALWREFLFSV PAGPPAQYSV TLHGQDVLML PGDLVGLQHD AGPGALLHCS PAPGHPGPRA PYLSANASSW LPHLPAQLEG TWACPACALR LLAATEQLTV LLGLRPNPGL RLPGRYEVRA EVGNGVSRHN LSCSFDVVSP VAGLRVIYPA PRDGRLYVPT NGSALVLQVD SGANATATAR WPGGSVSARF ENVCPALVAT FVPGCPWETN DTLFSVVALP WLSEGEHVVD VVVENSASRA NLSLRVTAEE PICGLRATPS PEARVLQGVL VRYSPVVEAG SDMVFRWTIN DKQSLTFQNV VFNVIYQSAA VFKLSLTASN HVSNVTVNYN VTVERMNRMQ GLQVSTVPAV LSPNATLALT AGVLVDSAVE VAFLWTFGDG EQALHQFQPP YNESFPVPDP SVAQVLVEHN VMHTYAAPGE YLLTVLASNA FENLTQQVPV SVRASLPSVA VGVSDGVLVA GRPVTFYPHP LPSPGGVLYT WDFGDGSPVL TQSQPAANHT YASRGTYHVR LEVNNTVSGA AAQADVRVFE ELRGLSVDMS LAVEQGAPVV VSAAVQTGDN ITWTFDMGDG TVLSGPEATV EHVYLRAQNC TVTVGAASPA GHLARSLHVL VFVLEVLRVE PAACIPTQPD ARLTAYVTGN PAHYLFDWTF GDGSSNTTVR GCPTVTHNFT RSGTFPLALV LSSRVNRAHY FTSICVEPEV GNVTLQPERQ FVQLGDEAWL VACAWPPFPY RYTWDFGTEE AAPTRARGPE VTFIYRDPGS YLVTVTASNN ISAANDSALV EVQEPVLVTS IKVNGSLGLE LQQPYLFSAV GRGRPASYLW DLGDGGWLEG PEVTHAYNST GDFTVRVAGW NEVSRSEAWL NVTVKRRVRG LVVNASRTVV PLNGSVSFST SLEAGSDVRY SWVLCDRCTP IPGGPTISYT FRSVGTFNII VTAENEVGSA QDSIFVYVLQ LIEGLQVVGG GRYFPTNHTV QLQAVVRDGT NVSYSWTAWR DRGPALAGSG KGFSLTVLEA GTYHVQLRAT NMLGSAWADC TMDFVEPVGW LMVAASPNPA AVNTSVTLSA ELAGGSGVVY TWSLEEGLSW ETSEPFTTHS FPTPGLHLVT MTAGNPLGSA NATVEVDVQV PVSGLSIRAS EPGGSFVAAG SSVPFWGQLA TGTNVSWCWA VPGGSSKRGP HVTMVFPDAG TFSIRLNASN AVSWVSATYN LTAEEPIVGL VLWASSKVVA PGQLVHFQIL LAAGSAVTFR LQVGGANPEV LPGPRFSHSF PRVGDHVVSV RGKNHVSWAQ AQVRIVVLEA VSGLQVPNCC EPGIATGTER NFTARVQRGS RVAYAWYFSL QKVQGDSLVI LSGRDVTYTP VAAGLLEIQV RAFNALGSEN RTLVLEVQDA VQYVALQSGP CFTNRSAQFE AATSPSPRRV AYHWDFGDGS PGQDTDEPRA EHSYLRPGDY RVQVNASNLV SFFVAQATVT VQVLACREPE VDVVLPLQVL MRRSQRNYLE AHVDLRDCVT YQTEYRWEVY RTASCQRPGR PARVALPGVD VSRPRLVLPR LALPVGHYCF VFVVSFGDTP LTQSIQANVT VAPERLVPII EGGSYRVWSD TRDLVLDGSE SYDPNLEDGD QTPLSFHWAC VASTQREAGG CALNFGPRGS STVTIPRERL AAGVEYTFSL TVWKAGRKEE ATNQTVLIRS GRVPIVSLEC VSCKAQAVYE VSRSSYVYLE GRCLNCSSGS KRGRWAARTF SNKTLVLDET TTSTGSAGMR LVLRRGVLRD GEGYTFTLTV LGRSGEEEGC ASIRLSPNRP PLGGSCRLFP LGAVHALTTK VHFECTGWHD AEDAGAPLVY ALLLRRCRQG HCEEFCVYKG SLSSYGAVLP PGFRPHFEVG LAVVVQDQLG AAVVALNRSL AITLPEPNGS ATGLTVWLHG LTASVLPGLL RQADPQHVIE YSLALVTVLN EYERALDVAA EPKHERQHRA QIRKNITETL VSLRVHTVDD IQQIAAALAQ CMGPSRELVC RSCLKQTLHK LEAMMLILQA ETTAGTVTPT AIGDSILNIT GDLIHLASSD VRAPQPSELG AESPSRMVAS QAYNLTSALM RILMRSRVLN EEPLTLAGEE IVAQGKRSDP RSLLCYGGAP GPGCHFSIPE AFSGALANLS DVVQLIFLVD SNPFPFGYIS NYTVSTKVAS MAFQTQAGAQ IPIERLASER AITVKVPNNS DWAARGHRSS ANSANSVVVQ PQASVGAVVT LDSSNPAAGL HLQLNYTLLD GHYLSEEPEP YLAVYLHSEP RPNEHNCSAS RRIRPESLQG ADHRPYTFFI SPGSRDPAGS YHLNLSSHFR WSALQVSVGL YTSLCQYFSE EDMVWRTEGL LPLEETSPRQ AVCLTRHLTA FGASLFVPPS HVRFVFPEPT ADVNYIVMLT CAVCLVTYMV MAAILHKLDQ LDASRGRAIP FCGQRGRFKY EILVKTGWGR GSGTTAHVGI MLYGVDSRSG HRHLDGDRAF HRNSLDIFRI ATPHSLGSVW KIRVWHDNKG LSPAWFLQHV IVRDLQTARS AFFLVNDWLS VETEANGGLV EKEVLAASDA ALLRFRRLLV AELQRGFFDK HIWLSIWDRP PRSRFTRIQR ATCCVLLICL FLGANAVWYG AVGDSAYSTG HVSRLSPLSV DTVAVGLVSS VVVYPVYLAI LFLFRMSRSK VAGSPSPTPA GQQVLDIDSC LDSSVLDSSF LTFSGLHAEA FVGQMKSDLF LDDSKSLVCW PSGEGTLSWP DLLSDPSIVG SNLRQLARGQ AGHGLGPEED GFSLASPYSP AKSFSASDED LIQQVLAEGV SSPAPTQDTH METDLLSSLS STPGEKTETL ALQRLGELGP PSPGLNWEQP QAARLSRTGL VEGLRKRLLP AWCASLAHGL SLLLVAVAVA VSGWVGASFP PGVSVAWLLS SSASFLASFL GWEPLKVLLE ALYFSLVAKR LHPDEDDTLV ESPAVTPVSA RVPRVRPPHG FALFLAKEEA RKVKRLHGML RSLLVYMLFL LVTLLASYGD ASCHGHAYRL QSAIKQELHS RAFLAITRSE ELWPWMAHVL LPYVHGNQSS PELGPPRLRQ VRLQEALYPD PPGPRVHTCS AAGGFSTSDY DVGWESPHNG SGTWAYSAPD LLGAWSWGSC AVYDSGGYVQ ELGLSLEESR DRLRFLQLHN WLDNRSRAVF LELTRYSPAV GLHAAVTLRL EFPAAGRALA ALSVRPFALR RLSAGLSLPL LTSVCLLLFA VHFAVAEART WHREGRWRVL RLGAWARWLL VALTAATALV RLAQLGAADR QWTRFVRGRP RRFTSFDQVA QLSSAARGLA ASLLFLLLVK AAQQLRFVRQ WSVFGKTLCR ALPELLGVTL GLVVLGVAYA QLAILLVSSC VDSLWSVAQA LLVLCPGTGL STLCPAESWH LSPLLCVGLW ALRLWGALRL GAVILRWRYH ALRGELYRPA WEPQDYEMVE LFLRRLRLWM GLSKVKEFRH KVRFEGMEPL PSRSSRGSKV SPDVPPPSAG SDASHPSTSS SQLDGLSVSL GRLGTRCEPE PSRLQAVFEA LLTQFDRLNQ ATEDVYQLEQ QLHSLQGRRS SRAPAGSSRG PSPGLRPALP SRLARASRGV DLATGPSRTP LRAKNKVHPS ST* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MPPAAPARLA LALGLGLWLG ALAGGPGRGC GPCEPPCLCG PAPGAACRVN CSGRGLRTLG PALRIPADAT ALDVSHNLLR ALDVGLLANL SALAELDISN NKISTLEEGI FANLFNLSEI NLSGNPFECD CGLAWLPRWA EEQQVRVVQP EAATCAGPGS LAGQPLLGIP LLDSGCGEEY VACLPDNSSG TVAAVSFSAA HEGLLQPEAC SAFCFSTGQG LAALSEQGWC LCGAAQPSSA SFACLSLCSG PPPPPAPTCR GPTLLQHVFP ASPGATLVGP HGPLASGQLA AFHIAAPLPV TATRWDFGDG SAEVDAAGPA ASHRYVLPGR YHVTAVLALG AGSALLGTDV QVEAAPAALE LVCPSSVQSD ESLDLSIQNR GGSGLEAAYS IVALGEEPAR AVHPLCPSDT EIFPGNGHCY RLVVEKAAWL QAQEQCQAWA GAALAMVDSP AVQRFLVSRV TRSLDVWIGF STVQGVEVGP APQGEAFSLE SCQNWLPGEP HPATAEHCVR LGPTGWCNTD LCSAPHSYVC ELQPGGPVQD AENLLVGAPS GDLQGPLTPL AQQDGLSAPH EPVEVMVFPG LRLSREAFLT TAEFGTQELR RPAQLRLQVY RLLSTAGTPE NGSEPESRSP DNRTQLAPAC MPGGRWCPGA NICLPLDASC HPQACANGCT SGPGLPGAPY ALWREFLFSV PAGPPAQYSV TLHGQDVLML PGDLVGLQHD AGPGALLHCS PAPGHPGPRA PYLSANASSW LPHLPAQLEG TWACPACALR LLAATEQLTV LLGLRPNPGL RLPGRYEVRA EVGNGVSRHN LSCSFDVVSP VAGLRVIYPA PRDGRLYVPT NGSALVLQVD SGANATATAR WPGGSVSARF ENVCPALVAT FVPGCPWETN DTLFSVVALP WLSEGEHVVD VVVENSASRA NLSLRVTAEE PICGLRATPS PEARVLQGVL VRYSPVVEAG SDMVFRWTIN DKQSLTFQNV VFNVIYQSAA VFKLSLTASN HVSNVTVNYN VTVERMNRMQ GLQVSTVPAV LSPNATLALT AGVLVDSAVE VAFLWTFGDG EQALHQFQPP YNESFPVPDP SVAQVLVEHN VTHTYAAPGE YLLTVLASNA FENLTQQVPV SVRASLPSVA VGVSDGVLVA GRPVTFYPHP LPSPGGVLYT WDFGDGSPVL TQSQPAANHT YASRGTYHVR LEVNNTVSGA AAQADVRVFE ELRGLSVDMS LAVEQGAPVV VSAAVQTGDN ITWTFDMGDG TVLSGPEATV EHVYLRAQNC TVTVGAASPA GHLARSLHVL VFVLEVLRVE PAACIPTQPD ARLTAYVTGN PAHYLFDWTF GDGSSNTTVR GCPTVTHNFT RSGTFPLALV LSSRVNRAHY FTSICVEPEV GNVTLQPERQ FVQLGDEAWL VACAWPPFPY RYTWDFGTEE AAPTRARGPE VTFIYRDPGS YLVTVTASNN ISAANDSALV EVQEPVLVTS IKVNGSLGLE LQQPYLFSAV GRGRPASYLW DLGDGGWLEG PEVTHAYNST GDFTVRVAGW NEVSRSEAWL NVTVKRRVRG LVVNASRTVV PLNGSVSFST SLEAGSDVRY SWVLCDRCTP IPGGPTISYT FRSVGTFNII VTAENEVGSA QDSIFVYVLQ LIEGLQVVGG GRYFPTNHTV QLQAVVRDGT NVSYSWTAWR DRGPALAGSG KGFSLTVLEA GTYHVQLRAT NMLGSAWADC TMDFVEPVGW LMVAASPNPA AVNTSVTLSA ELAGGSGVVY TWSLEEGLSW ETSEPFTTHS FPTPGLHLVT MTAGNPLGSA NATVEVDVQV PVSGLSIRAS EPGGSFVAAG SSVPFWGQLA TGTNVSWCWA VPGGSSKRGP HVTMVFPDAG TFSIRLNASN AVSWVSATYN LTAEEPIVGL VLWASSKVVA PGQLVHFQIL LAAGSAVTFR LQVGGANPEV LPGPRFSHSF PRVGDHVVSV RGKNHVSWAQ AQVRIVVLEA VSGLQVPNCC EPGIATGTER NFTARVQRGS RVAYAWYFSL QKVQGDSLVI LSGRDVTYTP VAAGLLEIQV RAFNALGSEN RTLVLEVQDA VQYVALQSGP CFTNRSAQFE AATSPSPRRV AYHWDFGDGS PGQDTDEPRA EHSYLRPGDY RVQVNASNLV SFFVAQATVT VQVLACREPE VDVVLPLQVL MRRSQRNYLE AHVDLRDCVT YQTEYRWEVY RTASCQRPGR PARVALPGVD VSRPRLVLPR LALPVGHYCF VFVVSFGDTP LTQSIQANVT VAPERLVPII EGGSYRVWSD TRDLVLDGSE SYDPNLEDGD QTPLSFHWAC VASTQREAGG CALNFGPRGS STVTIPRERL AAGVEYTFSL TVWKAGRKEE ATNQTVLIRS GRVPIVSLEC VSCKAQAVYE VSRSSYVYLE GRCLNCSSGS KRGRWAARTF SNKTLVLDET TTSTGSAGMR LVLRRGVLRD GEGYTFTLTV LGRSGEEEGC ASIRLSPNRP PLGGSCRLFP LGAVHALTTK VHFECTGWHD AEDAGAPLVY ALLLRRCRQG HCEEFCVYKG SLSSYGAVLP PGFRPHFEVG LAVVVQDQLG AAVVALNRSL AITLPEPNGS ATGLTVWLHG LTASVLPGLL RQADPQHVIE YSLALVTVLN EYERALDVAA EPKHERQHRA QIRKNITETL VSLRVHTVDD IQQIAAALAQ CMGPSRELVC RSCLKQTLHK LEAMMLILQA ETTAGTVTPT AIGDSILNIT GDLIHLASSD VRAPQPSELG AESPSRMVAS QAYNLTSALM RILMRSRVLN EEPLTLAGEE IVAQGKRSDP RSLLCYGGAP GPGCHFSIPE AFSGALANLS DVVQLIFLVD SNPFPFGYIS NYTVSTKVAS MAFQTQAGAQ IPIERLASER AITVKVPNNS DWAARGHRSS ANSANSVVVQ PQASVGAVVT LDSSNPAAGL HLQLNYTLLD GHYLSEEPEP YLAVYLHSEP RPNEHNCSAS RRIRPESLQG ADHRPYTFFI SPGSRDPAGS YHLNLSSHFR WSALQVSVGL YTSLCQYFSE EDMVWRTEGL LPLEETSPRQ AVCLTRHLTA FGASLFVPPS HVRFVFPEPT ADVNYIVMLT CAVCLVTYMV MAAILHKLDQ LDASRGRAIP FCGQRGRFKY EILVKTGWGR GSGTTAHVGI MLYGVDSRSG HRHLDGDRAF HRNSLDIFRI ATPHSLGSVW KIRVWHDNKG LSPAWFLQHV IVRDLQTARS AFFLVNDWLS VETEANGGLV EKEVLAASDA ALLRFRRLLV AELQRGFFDK HIWLSIWDRP PRSRFTRIQR ATCCVLLICL FLGANAVWYG AVGDSAYSTG HVSRLSPLSV DTVAVGLVSS VVVYPVYLAI LFLFRMSRSK VAGSPSPTPA GQQVLDIDSC LDSSVLDSSF LTFSGLHAEA FVGQMKSDLF LDDSKSLVCW PSGEGTLSWP DLLSDPSIVG SNLRQLARGQ AGHGLGPEED GFSLASPYSP AKSFSASDED LIQQVLAEGV SSPAPTQDTH METDLLSSLS STPGEKTETL ALQRLGELGP PSPGLNWEQP QAARLSRTGL VEGLRKRLLP AWCASLAHGL SLLLVAVAVA VSGWVGASFP PGVSVAWLLS SSASFLASFL GWEPLKVLLE ALYFSLVAKR LHPDEDDTLV ESPAVTPVSA RVPRVRPPHG FALFLAKEEA RKVKRLHGML RSLLVYMLFL LVTLLASYGD ASCHGHAYRL QSAIKQELHS RAFLAITRSE ELWPWMAHVL LPYVHGNQSS PELGPPRLRQ VRLQEALYPD PPGPRVHTCS AAGGFSTSDY DVGWESPHNG SGTWAYSAPD LLGAWSWGSC AVYDSGGYVQ ELGLSLEESR DRLRFLQLHN WLDNRSRAVF LELTRYSPAV GLHAAVTLRL EFPAAGRALA ALSVRPFALR RLSAGLSLPL LTSVCLLLFA VHFAVAEART WHREGRWRVL RLGAWARWLL VALTAATALV RLAQLGAADR QWTRFVRGRP RRFTSFDQVA QLSSAARGLA ASLLFLLLVK AAQQLRFVRQ WSVFGKTLCR ALPELLGVTL GLVVLGVAYA QLAILLVSSC VDSLWSVAQA LLVLCPGTGL STLCPAESWH LSPLLCVGLW ALRLWGALRL GAVILRWRYH ALRGELYRPA WEPQDYEMVE LFLRRLRLWM GLSKVKEFRH KVRFEGMEPL PSRSSRGSKV SPDVPPPSAG SDASHPSTSS SQLDGLSVSL GRLGTRCEPE PSRLQAVFEA LLTQFDRLNQ ATEDVYQLEQ QLHSLQGRRS SRAPAGSSRG PSPGLRPALP SRLARASRGV DLATGPSRTP LRAKNKVHPS ST* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.83 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||