MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
MTCL1 | polymorphism_automatic | 0.888045157349179 | simple_aae | affected | M242T | single base exchange | rs35739383 | show file | |||
MTCL1 | polymorphism_automatic | 0.888045157349179 | simple_aae | affected | M242T | single base exchange | rs35739383 | show file | |||
MTCL1 | polymorphism_automatic | 0.888045157349179 | simple_aae | affected | M242T | single base exchange | rs35739383 | show file | |||
MTCL1 | polymorphism_automatic | 0.913426999898169 | simple_aae | affected | M602T | single base exchange | rs35739383 | show file | |||
MTCL1 | polymorphism_automatic | 1 | without_aae | affected | single base exchange | rs35739383 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.111954842650821 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr18:8783835T>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | MTCL1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000517570 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9Y4B5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.725T>C cDNA.907T>C g.78177T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M242T Score: 81 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs35739383
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation Gene Associated, Regulatory Feature, Gene associated regulatory feature DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 308 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4638 / 4638 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1546 / 1546 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4820 / 4820 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 183 / 183 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4839 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4638 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 725 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 907 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 78177 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 8783835 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAGGCAGAGATGGAGGACATGCGGGGCCAGCAGGAGCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAGGCAGAGATGGAGGACACGCGGGGCCAGCAGGAGCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CAAGGCAGAGATGGAGGACATGCGGGGCCAGCAGGAGCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CAAGGCAGAGATGGAGGACACGCGGGGCCAGCAGGAGCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MEEMRDSYLE EDVYQLQELR RELDRANKNC RILQYRLRKA EQKSLKVAET GQVDGELIRS LEQDLKVAKD VSVRLHHELK TVEEKRAKAE DENETLRQQM IEVEISKQAL QNELERLKES SLKRRSTREM YKEKKTFNQD DSADLRCQLQ FAKEEAFLMR KKMAKLGREK DELEQELQKY KSLYGDVDSP LPTGEAGGPP STREAELKLR LKLVEEEANI LGRKIVELEV ENRGLKAEME DMRGQQEREG PGRDHAPSIP TSPFGDSLES STELRRHLQF VEEEAELLRR SISEIEDHNR QLTHELSKFK FEPPREPGWL GEGASPGAGG GAPLQEELKS ARLQISELSG KVLKLQHENH ALLSNIQRCD LAAHLGLRAP SPRDSDAESD AGKKESDGEE SRLPQPKREG PVGGESDSEE MFEKTSGFGS GKPSEASEPC PTELLKARED SEYLVTLKHE AQRLERTVER LITDTDSFLH DAGLRGGAPL PGPGLQGEEE QGEGDQQEPQ LLGTINAKMK AFKKELQAFL EQVNRIGDGL SPLPHLTESS SFLSTVTSVS RDSPIGNLGK ELGPDLQSRL KEQLEWQLGP ARGDERESLR LRAARELHRR ADGDTGSHGL GGQTCFSLEM EEEHLYALRW KELEMHSLAL QNTLHERTWS DEKNLMQQEL RSLKQNIFLF YVKLRWLLKH WRQGKQMEEE GEEFTEGEHP ETLSRLGELG VQGGHQADGP DHDSDRGCGF PVGEHSPHSR VQIGDHSLRL QTADRGQPHK QVVENQQLFS AFKALLEDFR AELREDERAR LRLQQQYASD KAAWDVEWAV LKCRLEQLEE KTENKLGELG SSAESKGALK KEREVHQKLL ADSHSLVMDL RWQIHHSEKN WNREKVELLD RLDRDRQEWE RQKKEFLWRI EQLQKENSPR RGGSFLCDQK DGNVRPFPHQ GSLRMPRPVA MWPCADADSI PFEDRPLSKL KESDRCSASE NLYLDALSLD DEPEEPPAHR PEREFRNRLP EEEENHKGNL QRAVSVSSMS EFQRLMDISP FLPEKGLPST SSKEDVTPPL SPDDLKYIEE FNKSWDYTPN RGHNGGGPDL WADRTEVGRA GHEDSTEPFP DSSWYLTTSV TMTTDTMTSP EHCQKQPLRS HVLTEQSGLR VLHSPPAVRR VDSITAAGGE GPFPTSRARG SPGDTKGGPP EPMLSRWPCT SPRHSRDYVE GARRPLDSPL CTSLGFASPL HSLEMSKNLS DDMKEVAFSV RNAICSGPGE LQVKDMACQT NGSRTMGTQT VQTISVGLQT EALRGSGVTS SPHKCLTPKA GGGATPVSSP SRSLRSRQVA PAIEKVQAKF ERTCCSPKYG SPKLQRKPLP KADQPNNRTS PGMAQKGYSE SAWARSTTTR ESPVHTTIND GLSSLFNIID HSPVVQDPFQ KGLRAGSRSR SAEPRPELGP GQETGTNSRG RSPSPIGVGS EMCREEGGEG TPVKQDLSAP PGYTLTENVA RILNKKLLEH ALKEERRQAA HGPPGLHSDS HSLGDTAEPG PMENQTVLLT APWGL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MEEMRDSYLE EDVYQLQELR RELDRANKNC RILQYRLRKA EQKSLKVAET GQVDGELIRS LEQDLKVAKD VSVRLHHELK TVEEKRAKAE DENETLRQQM IEVEISKQAL QNELERLKES SLKRRSTREM YKEKKTFNQD DSADLRCQLQ FAKEEAFLMR KKMAKLGREK DELEQELQKY KSLYGDVDSP LPTGEAGGPP STREAELKLR LKLVEEEANI LGRKIVELEV ENRGLKAEME DTRGQQEREG PGRDHAPSIP TSPFGDSLES STELRRHLQF VEEEAELLRR SISEIEDHNR QLTHELSKFK FEPPREPGWL GEGASPGAGG GAPLQEELKS ARLQISELSG KVLKLQHENH ALLSNIQRCD LAAHLGLRAP SPRDSDAESD AGKKESDGEE SRLPQPKREG PVGGESDSEE MFEKTSGFGS GKPSEASEPC PTELLKARED SEYLVTLKHE AQRLERTVER LITDTDSFLH DAGLRGGAPL PGPGLQGEEE QGEGDQQEPQ LLGTINAKMK AFKKELQAFL EQVNRIGDGL SPLPHLTESS SFLSTVTSVS RDSPIGNLGK ELGPDLQSRL KEQLEWQLGP ARGDERESLR LRAARELHRR ADGDTGSHGL GGQTCFSLEM EEEHLYALRW KELEMHSLAL QNTLHERTWS DEKNLMQQEL RSLKQNIFLF YVKLRWLLKH WRQGKQMEEE GEEFTEGEHP ETLSRLGELG VQGGHQADGP DHDSDRGCGF PVGEHSPHSR VQIGDHSLRL QTADRGQPHK QVVENQQLFS AFKALLEDFR AELREDERAR LRLQQQYASD KAAWDVEWAV LKCRLEQLEE KTENKLGELG SSAESKGALK KEREVHQKLL ADSHSLVMDL RWQIHHSEKN WNREKVELLD RLDRDRQEWE RQKKEFLWRI EQLQKENSPR RGGSFLCDQK DGNVRPFPHQ GSLRMPRPVA MWPCADADSI PFEDRPLSKL KESDRCSASE NLYLDALSLD DEPEEPPAHR PEREFRNRLP EEEENHKGNL QRAVSVSSMS EFQRLMDISP FLPEKGLPST SSKEDVTPPL SPDDLKYIEE FNKSWDYTPN RGHNGGGPDL WADRTEVGRA GHEDSTEPFP DSSWYLTTSV TMTTDTMTSP EHCQKQPLRS HVLTEQSGLR VLHSPPAVRR VDSITAAGGE GPFPTSRARG SPGDTKGGPP EPMLSRWPCT SPRHSRDYVE GARRPLDSPL CTSLGFASPL HSLEMSKNLS DDMKEVAFSV RNAICSGPGE LQVKDMACQT NGSRTMGTQT VQTISVGLQT EALRGSGVTS SPHKCLTPKA GGGATPVSSP SRSLRSRQVA PAIEKVQAKF ERTCCSPKYG SPKLQRKPLP KADQPNNRTS PGMAQKGYSE SAWARSTTTR ESPVHTTIND GLSSLFNIID HSPVVQDPFQ KGLRAGSRSR SAEPRPELGP GQETGTNSRG RSPSPIGVGS EMCREEGGEG TPVKQDLSAP PGYTLTENVA RILNKKLLEH ALKEERRQAA HGPPGLHSDS HSLGDTAEPG PMENQTVLLT APWGL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.97 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.111954842650821 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr18:8783835T>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | MTCL1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000359865 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_015210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9Y4B5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.725T>C cDNA.867T>C g.78177T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M242T Score: 81 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs35739383
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regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation Gene Associated, Regulatory Feature, Gene associated regulatory feature DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 308 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4761 / 4761 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1587 / 1587 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4903 / 4903 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 143 / 143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4922 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4729 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4761 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 725 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 867 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 78177 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 8783835 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAGGCAGAGATGGAGGACATGCGGGGCCAGCAGGAGCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAGGCAGAGATGGAGGACACGCGGGGCCAGCAGGAGCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CAAGGCAGAGATGGAGGACATGCGGGGCCAGCAGGAGCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CAAGGCAGAGATGGAGGACACGCGGGGCCAGCAGGAGCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MEEMRDSYLE EDVYQLQELR RELDRANKNC RILQYRLRKA EQKSLKVAET GQVDGELIRS LEQDLKVAKD VSVRLHHELK TVEEKRAKAE DENETLRQQM IEVEISKQAL QNELERLKES SLKRRSTREM YKEKKTFNQD DSADLRCQLQ FAKEEAFLMR KKMAKLGREK DELEQELQKY KSLYGDVDSP LPTGEAGGPP STREAELKLR LKLVEEEANI LGRKIVELEV ENRGLKAEME DMRGQQEREG PGRDHAPSIP TSPFGDSLES STELRRHLQF VEEEAELLRR SISEIEDHNR QLTHELSKFK FEPPREPGWL GEGASPGAGG GAPLQEELKS ARLQISELSG KVLKLQHENH ALLSNIQRCD LAAHLGLRAP SPRDSDAESD AGKKESDGEE SRLPQPKREG PVGGESDSEE MFEKTSGFGS GKPSEASEPC PTELLKARED SEYLVTLKHE AQRLERTVER LITDTDSFLH DAGLRGGAPL PGPGLQGEEE QGEGDQQEPQ LLGTINAKMK AFKKELQAFL EQVNRIGDGL SPLPHLTESS SFLSTVTSVS RDSPIGNLGK ELGPDLQSRL KEQLEWQLGP ARGDERESLR LRAARELHRR ADGDTGSHGL GGQTCFSLEL RGPPVLPEQS VSIEELQGQL VQAARLHQEE TETFTNKIHK MEEEHLYALR WKELEMHSLA LQNTLHERTW SDEKNLMQQE LRSLKQNIFL FYVKLRWLLK HWRQGKQMEE EGEEFTEGEH PETLSRLGEL GVQGGHQADG PDHDSDRGCG FPVGEHSPHS RVQIGDHSLR LQTADRGQPH KQVVENQQLF SAFKALLEDF RAELREDERA RLRLQQQYAS DKAAWDVEWA VLKCRLEQLE EKTENKLGEL GSSAESKGAL KKEREVHQKL LADSHSLVMD LRWQIHHSEK NWNREKVELL DRLDRDRQEW ERQKKEFLWR IEQLQKENSP RRGGSFLCDQ KDGNVRPFPH QGSLRMPRPV AMWPCADADS IPFEDRPLSK LKESDRCSAS ENLYLDALSL DDEPEEPPAH RPEREFRNRL PEEEENHKGN LQRAVSVSSM SEFQRLMDIS PFLPEKGLPS TSSKEDVTPP LSPDDLKYIE EFNKSWDYTP NRGHNGGGPD LWADRTEVGR AGHEDSTEPF PDSSWYLTTS VTMTTDTMTS PEHCQKQPLR SHVLTEQSGL RVLHSPPAVR RVDSITAAGG EGPFPTSRAR GSPGDTKGGP PEPMLSRWPC TSPRHSRDYV EGARRPLDSP LCTSLGFASP LHSLEMSKNL SDDMKEVAFS VRNAICSGPG ELQVKDMACQ TNGSRTMGTQ TVQTISVGLQ TEALRGSGVT SSPHKCLTPK AGGGATPVSS PSRSLRSRQV APAIEKVQAK FERTCCSPKY GSPKLQRKPL PKADQPNNRT SPGMAQKGYS ESAWARSTTT RESPVHTTIN DGLSSLFNII DHSPVVQDPF QKGLRAGSRS RSAEPRPELG PGQETGTNSR GRSPSPIGVG SEMCREEGGE GTPVKQDLSA PPGYTLTENV ARILNKKLLE HALKEERRQA AHGPPGLHSD SHSLGDTAEP GPMENQTVLL TAPWGL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MEEMRDSYLE EDVYQLQELR RELDRANKNC RILQYRLRKA EQKSLKVAET GQVDGELIRS LEQDLKVAKD VSVRLHHELK TVEEKRAKAE DENETLRQQM IEVEISKQAL QNELERLKES SLKRRSTREM YKEKKTFNQD DSADLRCQLQ FAKEEAFLMR KKMAKLGREK DELEQELQKY KSLYGDVDSP LPTGEAGGPP STREAELKLR LKLVEEEANI LGRKIVELEV ENRGLKAEME DTRGQQEREG PGRDHAPSIP TSPFGDSLES STELRRHLQF VEEEAELLRR SISEIEDHNR QLTHELSKFK FEPPREPGWL GEGASPGAGG GAPLQEELKS ARLQISELSG KVLKLQHENH ALLSNIQRCD LAAHLGLRAP SPRDSDAESD AGKKESDGEE SRLPQPKREG PVGGESDSEE MFEKTSGFGS GKPSEASEPC PTELLKARED SEYLVTLKHE AQRLERTVER LITDTDSFLH DAGLRGGAPL PGPGLQGEEE QGEGDQQEPQ LLGTINAKMK AFKKELQAFL EQVNRIGDGL SPLPHLTESS SFLSTVTSVS RDSPIGNLGK ELGPDLQSRL KEQLEWQLGP ARGDERESLR LRAARELHRR ADGDTGSHGL GGQTCFSLEL RGPPVLPEQS VSIEELQGQL VQAARLHQEE TETFTNKIHK MEEEHLYALR WKELEMHSLA LQNTLHERTW SDEKNLMQQE LRSLKQNIFL FYVKLRWLLK HWRQGKQMEE EGEEFTEGEH PETLSRLGEL GVQGGHQADG PDHDSDRGCG FPVGEHSPHS RVQIGDHSLR LQTADRGQPH KQVVENQQLF SAFKALLEDF RAELREDERA RLRLQQQYAS DKAAWDVEWA VLKCRLEQLE EKTENKLGEL GSSAESKGAL KKEREVHQKL LADSHSLVMD LRWQIHHSEK NWNREKVELL DRLDRDRQEW ERQKKEFLWR IEQLQKENSP RRGGSFLCDQ KDGNVRPFPH QGSLRMPRPV AMWPCADADS IPFEDRPLSK LKESDRCSAS ENLYLDALSL DDEPEEPPAH RPEREFRNRL PEEEENHKGN LQRAVSVSSM SEFQRLMDIS PFLPEKGLPS TSSKEDVTPP LSPDDLKYIE EFNKSWDYTP NRGHNGGGPD LWADRTEVGR AGHEDSTEPF PDSSWYLTTS VTMTTDTMTS PEHCQKQPLR SHVLTEQSGL RVLHSPPAVR RVDSITAAGG EGPFPTSRAR GSPGDTKGGP PEPMLSRWPC TSPRHSRDYV EGARRPLDSP LCTSLGFASP LHSLEMSKNL SDDMKEVAFS VRNAICSGPG ELQVKDMACQ TNGSRTMGTQ TVQTISVGLQ TEALRGSGVT SSPHKCLTPK AGGGATPVSS PSRSLRSRQV APAIEKVQAK FERTCCSPKY GSPKLQRKPL PKADQPNNRT SPGMAQKGYS ESAWARSTTT RESPVHTTIN DGLSSLFNII DHSPVVQDPF QKGLRAGSRS RSAEPRPELG PGQETGTNSR GRSPSPIGVG SEMCREEGGE GTPVKQDLSA PPGYTLTENV ARILNKKLLE HALKEERRQA AHGPPGLHSD SHSLGDTAEP GPMENQTVLL TAPWGL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.65 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.111954842650821 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr18:8783835T>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | MTCL1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000400050 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9Y4B5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.725T>C cDNA.867T>C g.78177T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M242T Score: 81 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs35739383
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation Gene Associated, Regulatory Feature, Gene associated regulatory feature DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 308 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4638 / 4638 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1546 / 1546 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4780 / 4780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 143 / 143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4799 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4638 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 725 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 867 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 78177 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 8783835 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAGGCAGAGATGGAGGACATGCGGGGCCAGCAGGAGCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAGGCAGAGATGGAGGACACGCGGGGCCAGCAGGAGCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CAAGGCAGAGATGGAGGACATGCGGGGCCAGCAGGAGCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CAAGGCAGAGATGGAGGACACGCGGGGCCAGCAGGAGCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MEEMRDSYLE EDVYQLQELR RELDRANKNC RILQYRLRKA EQKSLKVAET GQVDGELIRS LEQDLKVAKD VSVRLHHELK TVEEKRAKAE DENETLRQQM IEVEISKQAL QNELERLKES SLKRRSTREM YKEKKTFNQD DSADLRCQLQ FAKEEAFLMR KKMAKLGREK DELEQELQKY KSLYGDVDSP LPTGEAGGPP STREAELKLR LKLVEEEANI LGRKIVELEV ENRGLKAEME DMRGQQEREG PGRDHAPSIP TSPFGDSLES STELRRHLQF VEEEAELLRR SISEIEDHNR QLTHELSKFK FEPPREPGWL GEGASPGAGG GAPLQEELKS ARLQISELSG KVLKLQHENH ALLSNIQRCD LAAHLGLRAP SPRDSDAESD AGKKESDGEE SRLPQPKREG PVGGESDSEE MFEKTSGFGS GKPSEASEPC PTELLKARED SEYLVTLKHE AQRLERTVER LITDTDSFLH DAGLRGGAPL PGPGLQGEEE QGEGDQQEPQ LLGTINAKMK AFKKELQAFL EQVNRIGDGL SPLPHLTESS SFLSTVTSVS RDSPIGNLGK ELGPDLQSRL KEQLEWQLGP ARGDERESLR LRAARELHRR ADGDTGSHGL GGQTCFSLEM EEEHLYALRW KELEMHSLAL QNTLHERTWS DEKNLMQQEL RSLKQNIFLF YVKLRWLLKH WRQGKQMEEE GEEFTEGEHP ETLSRLGELG VQGGHQADGP DHDSDRGCGF PVGEHSPHSR VQIGDHSLRL QTADRGQPHK QVVENQQLFS AFKALLEDFR AELREDERAR LRLQQQYASD KAAWDVEWAV LKCRLEQLEE KTENKLGELG SSAESKGALK KEREVHQKLL ADSHSLVMDL RWQIHHSEKN WNREKVELLD RLDRDRQEWE RQKKEFLWRI EQLQKENSPR RGGSFLCDQK DGNVRPFPHQ GSLRMPRPVA MWPCADADSI PFEDRPLSKL KESDRCSASE NLYLDALSLD DEPEEPPAHR PEREFRNRLP EEEENHKGNL QRAVSVSSMS EFQRLMDISP FLPEKGLPST SSKEDVTPPL SPDDLKYIEE FNKSWDYTPN RGHNGGGPDL WADRTEVGRA GHEDSTEPFP DSSWYLTTSV TMTTDTMTSP EHCQKQPLRS HVLTEQSGLR VLHSPPAVRR VDSITAAGGE GPFPTSRARG SPGDTKGGPP EPMLSRWPCT SPRHSRDYVE GARRPLDSPL CTSLGFASPL HSLEMSKNLS DDMKEVAFSV RNAICSGPGE LQVKDMACQT NGSRTMGTQT VQTISVGLQT EALRGSGVTS SPHKCLTPKA GGGATPVSSP SRSLRSRQVA PAIEKVQAKF ERTCCSPKYG SPKLQRKPLP KADQPNNRTS PGMAQKGYSE SAWARSTTTR ESPVHTTIND GLSSLFNIID HSPVVQDPFQ KGLRAGSRSR SAEPRPELGP GQETGTNSRG RSPSPIGVGS EMCREEGGEG TPVKQDLSAP PGYTLTENVA RILNKKLLEH ALKEERRQAA HGPPGLHSDS HSLGDTAEPG PMENQTVLLT APWGL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MEEMRDSYLE EDVYQLQELR RELDRANKNC RILQYRLRKA EQKSLKVAET GQVDGELIRS LEQDLKVAKD VSVRLHHELK TVEEKRAKAE DENETLRQQM IEVEISKQAL QNELERLKES SLKRRSTREM YKEKKTFNQD DSADLRCQLQ FAKEEAFLMR KKMAKLGREK DELEQELQKY KSLYGDVDSP LPTGEAGGPP STREAELKLR LKLVEEEANI LGRKIVELEV ENRGLKAEME DTRGQQEREG PGRDHAPSIP TSPFGDSLES STELRRHLQF VEEEAELLRR SISEIEDHNR QLTHELSKFK FEPPREPGWL GEGASPGAGG GAPLQEELKS ARLQISELSG KVLKLQHENH ALLSNIQRCD LAAHLGLRAP SPRDSDAESD AGKKESDGEE SRLPQPKREG PVGGESDSEE MFEKTSGFGS GKPSEASEPC PTELLKARED SEYLVTLKHE AQRLERTVER LITDTDSFLH DAGLRGGAPL PGPGLQGEEE QGEGDQQEPQ LLGTINAKMK AFKKELQAFL EQVNRIGDGL SPLPHLTESS SFLSTVTSVS RDSPIGNLGK ELGPDLQSRL KEQLEWQLGP ARGDERESLR LRAARELHRR ADGDTGSHGL GGQTCFSLEM EEEHLYALRW KELEMHSLAL QNTLHERTWS DEKNLMQQEL RSLKQNIFLF YVKLRWLLKH WRQGKQMEEE GEEFTEGEHP ETLSRLGELG VQGGHQADGP DHDSDRGCGF PVGEHSPHSR VQIGDHSLRL QTADRGQPHK QVVENQQLFS AFKALLEDFR AELREDERAR LRLQQQYASD KAAWDVEWAV LKCRLEQLEE KTENKLGELG SSAESKGALK KEREVHQKLL ADSHSLVMDL RWQIHHSEKN WNREKVELLD RLDRDRQEWE RQKKEFLWRI EQLQKENSPR RGGSFLCDQK DGNVRPFPHQ GSLRMPRPVA MWPCADADSI PFEDRPLSKL KESDRCSASE NLYLDALSLD DEPEEPPAHR PEREFRNRLP EEEENHKGNL QRAVSVSSMS EFQRLMDISP FLPEKGLPST SSKEDVTPPL SPDDLKYIEE FNKSWDYTPN RGHNGGGPDL WADRTEVGRA GHEDSTEPFP DSSWYLTTSV TMTTDTMTSP EHCQKQPLRS HVLTEQSGLR VLHSPPAVRR VDSITAAGGE GPFPTSRARG SPGDTKGGPP EPMLSRWPCT SPRHSRDYVE GARRPLDSPL CTSLGFASPL HSLEMSKNLS DDMKEVAFSV RNAICSGPGE LQVKDMACQT NGSRTMGTQT VQTISVGLQT EALRGSGVTS SPHKCLTPKA GGGATPVSSP SRSLRSRQVA PAIEKVQAKF ERTCCSPKYG SPKLQRKPLP KADQPNNRTS PGMAQKGYSE SAWARSTTTR ESPVHTTIND GLSSLFNIID HSPVVQDPFQ KGLRAGSRSR SAEPRPELGP GQETGTNSRG RSPSPIGVGS EMCREEGGEG TPVKQDLSAP PGYTLTENVA RILNKKLLEH ALKEERRQAA HGPPGLHSDS HSLGDTAEPG PMENQTVLLT APWGL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.63 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.0865730001018312 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr18:8783835T>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | MTCL1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000306329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9Y4B5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1805T>C cDNA.1805T>C g.78177T>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M602T Score: 81 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 602 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs35739383
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation Gene Associated, Regulatory Feature, Gene associated regulatory feature DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 308 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5718 / 5718 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1906 / 1906 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5718 / 5718 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 5680 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 5629 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5718 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 78177 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 8783835 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAGGCAGAGATGGAGGACATGCGGGGCCAGCAGGAGCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAGGCAGAGATGGAGGACACGCGGGGCCAGCAGGAGCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CAAGGCAGAGATGGAGGACATGCGGGGCCAGCAGGAGCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CAAGGCAGAGATGGAGGACACGCGGGGCCAGCAGGAGCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | METLNGPAGG GAPDAKLQPP GQHHRHHHLH PVAERRRLHR APSPARPFLK DLHARPAAPG PAVPSSGRAP APAAPRSPNL AGKAPPSPGS LAAPGRLSRR SGGVPGAKDK PPPGAGARAA GGAKAALGSR RAARVAPAEP LSRAGKPPGA EPPSAAAKGR KAKRGSRAPP ARTVGPPTPA ARIPAVTLAV TSVAGSPARC SRISHTDSSS DLSDCPSEPL SDEQRLLPAA SSDAESGTGS SDREPPRGAP TPSPAARGAP PGSPEPPALL AAPLAAGACP GGRSIPSGVS GGFAGPGVAE DVRGRSPPER PVPGTPKEPS LGEQSRLVPA AEEEELLREM EELRSENDYL KDELDELRAE MEEMRDSYLE EDVYQLQELR RELDRANKNC RILQYRLRKA EQKSLKVAET GQVDGELIRS LEQDLKVAKD VSVRLHHELK TVEEKRAKAE DENETLRQQM IEVEISKQAL QNELERLKES SLKRRSTREM YKEKKTFNQD DSADLRCQLQ FAKEEAFLMR KKMAKLGREK DELEQELQKY KSLYGDVDSP LPTGEAGGPP STREAELKLR LKLVEEEANI LGRKIVELEV ENRGLKAEME DMRGQQEREG PGRDHAPSIP TSPFGDSLES STELRRHLQF VEEEAELLRR SISEIEDHNR QLTHELSKFK FEPPREPGWL GEGASPGAGG GAPLQEELKS ARLQISELSG KVLKLQHENH ALLSNIQRCD LAAHLGLRAP SPRDSDAESD AGKKESDGEE SRLPQPKREG PVGGESDSEE MFEKTSGFGS GKPSEASEPC PTELLKARED SEYLVTLKHE AQRLERTVER LITDTDSFLH DAGLRGGAPL PGPGLQGEEE QGEGDQQEPQ LLGTINAKMK AFKKELQAFL EQVNRIGDGL SPLPHLTESS SFLSTVTSVS RDSPIGNLGK ELGPDLQSRL KEQLEWQLGP ARGDERESLR LRAARELHRR ADGDTGSHGL GGQTCFSLEM EEEHLYALRW KELEMHSLAL QNTLHERTWS DEKNLMQQEL RSLKQNIFLF YVKLRWLLKH WRQGKQMEEE GEEFTEGEHP ETLSRLGELG VQGGHQADGP DHDSDRGCGF PVGEHSPHSR VQIGDHSLRL QTADRGQPHK QVVENQQLFS AFKALLEDFR AELREDERAR LRLQQQYASD KAAWDVEWAV LKCRLEQLEE KTENKLGELG SSAESKGALK KEREVHQKLL ADSHSLVMDL RWQIHHSEKN WNREKVELLD RLDRDRQEWE RQKKEFLWRI EQLQKENSPR RGGSFLCDQK DGNVRPFPHQ GSLRMPRPVA MWPCADADSI PFEDRPLSKL KESDRCSASE NLYLDALSLD DEPEEPPAHR PEREFRNRLP EEEENHKGNL QRAVSVSSMS EFQRLMDISP FLPEKGLPST SSKEDVTPPL SPDDLKYIEE FNKSWDYTPN RGHNGGGPDL WADRTEVGRA GHEDSTEPFP DSSWYLTTSV TMTTDTMTSP EHCQKQPLRS HVLTEQSGLR VLHSPPAVRR VDSITAAGGE GPFPTSRARG SPGDTKGGPP EPMLSRWPCT SPRHSRDYVE GARRPLDSPL CTSLGFASPL HSLEMSKNLS DDMKEVAFSV RNAICSGPGE LQVKDMACQT NGSRTMGTQT VQTISVGLQT EALRGSGVTS SPHKCLTPKA GGGATPVSSP SRSLRSRQVA PAIEKVQAKF ERTCCSPKYG SPKLQRKPLP KADQPNNRTS PGMAQKGYSE SAWARSTTTR ESPVHTTIND GLSSLFNIID HSPVVQDPFQ KGLRAGSRSR SAEPRPELGP GQETGTNSRG RSPSPIGVGS EMCREEGGEG TPVKQDLSAP PGYTLTENVA RILNKKLLEH ALKEERRQAA HGPPGLHSDS HSLGDTAEPG PMENQTVLLT APWGL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | METLNGPAGG GAPDAKLQPP GQHHRHHHLH PVAERRRLHR APSPARPFLK DLHARPAAPG PAVPSSGRAP APAAPRSPNL AGKAPPSPGS LAAPGRLSRR SGGVPGAKDK PPPGAGARAA GGAKAALGSR RAARVAPAEP LSRAGKPPGA EPPSAAAKGR KAKRGSRAPP ARTVGPPTPA ARIPAVTLAV TSVAGSPARC SRISHTDSSS DLSDCPSEPL SDEQRLLPAA SSDAESGTGS SDREPPRGAP TPSPAARGAP PGSPEPPALL AAPLAAGACP GGRSIPSGVS GGFAGPGVAE DVRGRSPPER PVPGTPKEPS LGEQSRLVPA AEEEELLREM EELRSENDYL KDELDELRAE MEEMRDSYLE EDVYQLQELR RELDRANKNC RILQYRLRKA EQKSLKVAET GQVDGELIRS LEQDLKVAKD VSVRLHHELK TVEEKRAKAE DENETLRQQM IEVEISKQAL QNELERLKES SLKRRSTREM YKEKKTFNQD DSADLRCQLQ FAKEEAFLMR KKMAKLGREK DELEQELQKY KSLYGDVDSP LPTGEAGGPP STREAELKLR LKLVEEEANI LGRKIVELEV ENRGLKAEME DTRGQQEREG PGRDHAPSIP TSPFGDSLES STELRRHLQF VEEEAELLRR SISEIEDHNR QLTHELSKFK FEPPREPGWL GEGASPGAGG GAPLQEELKS ARLQISELSG KVLKLQHENH ALLSNIQRCD LAAHLGLRAP SPRDSDAESD AGKKESDGEE SRLPQPKREG PVGGESDSEE MFEKTSGFGS GKPSEASEPC PTELLKARED SEYLVTLKHE AQRLERTVER LITDTDSFLH DAGLRGGAPL PGPGLQGEEE QGEGDQQEPQ LLGTINAKMK AFKKELQAFL EQVNRIGDGL SPLPHLTESS SFLSTVTSVS RDSPIGNLGK ELGPDLQSRL KEQLEWQLGP ARGDERESLR LRAARELHRR ADGDTGSHGL GGQTCFSLEM EEEHLYALRW KELEMHSLAL QNTLHERTWS DEKNLMQQEL RSLKQNIFLF YVKLRWLLKH WRQGKQMEEE GEEFTEGEHP ETLSRLGELG VQGGHQADGP DHDSDRGCGF PVGEHSPHSR VQIGDHSLRL QTADRGQPHK QVVENQQLFS AFKALLEDFR AELREDERAR LRLQQQYASD KAAWDVEWAV LKCRLEQLEE KTENKLGELG SSAESKGALK KEREVHQKLL ADSHSLVMDL RWQIHHSEKN WNREKVELLD RLDRDRQEWE RQKKEFLWRI EQLQKENSPR RGGSFLCDQK DGNVRPFPHQ GSLRMPRPVA MWPCADADSI PFEDRPLSKL KESDRCSASE NLYLDALSLD DEPEEPPAHR PEREFRNRLP EEEENHKGNL QRAVSVSSMS EFQRLMDISP FLPEKGLPST SSKEDVTPPL SPDDLKYIEE FNKSWDYTPN RGHNGGGPDL WADRTEVGRA GHEDSTEPFP DSSWYLTTSV TMTTDTMTSP EHCQKQPLRS HVLTEQSGLR VLHSPPAVRR VDSITAAGGE GPFPTSRARG SPGDTKGGPP EPMLSRWPCT SPRHSRDYVE GARRPLDSPL CTSLGFASPL HSLEMSKNLS DDMKEVAFSV RNAICSGPGE LQVKDMACQT NGSRTMGTQT VQTISVGLQT EALRGSGVTS SPHKCLTPKA GGGATPVSSP SRSLRSRQVA PAIEKVQAKF ERTCCSPKYG SPKLQRKPLP KADQPNNRTS PGMAQKGYSE SAWARSTTTR ESPVHTTIND GLSSLFNIID HSPVVQDPFQ KGLRAGSRSR SAEPRPELGP GQETGTNSRG RSPSPIGVGS EMCREEGGEG TPVKQDLSAP PGYTLTENVA RILNKKLLEH ALKEERRQAA HGPPGLHSDS HSLGDTAEPG PMENQTVLLT APWGL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.67 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 2.71441763198242e-49 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr18:8783835T>CN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | MTCL1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000306285 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9Y4B5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | 5'UTR | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | cDNA.867T>C g.78177T>C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs35739383
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation Gene Associated, Regulatory Feature, Gene associated regulatory feature DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites | splice site change before start ATG (at aa -443) |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 308 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | no | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 2198 / 2198 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4895 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 2647 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2931 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 867 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 78177 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 8783835 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAGGCAGAGATGGAGGACATGCGGGGCCAGCAGGAGCGGG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAGGCAGAGATGGAGGACACGCGGGGCCAGCAGGAGCGGG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CAAGGCAGAGATGGAGGACATGCGGGGCCAGCAGGAGCGGG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CAAGGCAGAGATGGAGGACACGCGGGGCCAGCAGGAGCGGG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MHSLALQNTL HERTWSDEKN LMQQELRSLK QNIFLFYVKL RWLLKHWRQG KQMEEEGEEF TEGEHPETLS RLGELGVQGG HQADGPDHDS DRGCGFPVGE HSPHSRVQIG DHSLRLQTAD RGQPHKQVVE NQQLFSAFKA LLEDFRAELR EDERARLRLQ QQYASDKAAW DVEWAVLKCR LEQNCCGYPR INIEEETLGF TRLPAGSTVK TLKSLGLQRL ELEEKTENKL GELGSSAESK GALKKEREVH QKLLADSHSL VMDLRWQIHH SEKNWNREKV ELLDRLDRDR QEWERQKKEF LWRIEQGSLR MPRPVAMWPC ADADSIPFED RPLSKLKESD RCSASENLYL DALSLDDEPE EPPAHRPERE FRNRLPEEEE NHKGNLQRAV SVSSMSEFQR LMDISPFLPE KGLPSTSSKE DVTPPLSPDD LKYIEEFNKS WDYTPNRGHN GGGPDLWADR TEVGRAGHED STEPFPDSSW YLTTSVTMTT DTMTSPEHCQ KQPLRSHVLT EQSGLRVLHS PPAVRRVDSI TAAGGEGPFP TSRARGSPGD TKGGPPEPML SRWPCTSPRH SRDYVEGARR PLDSPLCTSL GFASPLHSLE MSKNLSDDMK EVAFSVRNAI CSGPGELQVK DMACQTNGSR TMGTQTVQTI SVGLQTEALR GSGVTSSPHK CLTPKAGGGA TPVSSPSRSL RSRQVAPAIE KVQAKFERTC CSPKYGSPKL QRKPLPKADQ PNNRTSPGMA QKGYSESAWA RSTTTRESPV HTTINDGLSS LFNIIDHSPV VQDPFQKGLR AGSRSRSAEP RPELGPGQET GTNSRGRSPS PIGVGSEMCR EEGGEGTPVK QDLSAPPGYT LTENVARILN KKLLEHALKE ERRQAAHGPP GLHSDSHSLG DTAEPGPMEE LPCSALAPSL EPCFSRPERP ANRRPPSRWA PHSPTASQPQ SPGDPTSLEE HGGEEPPEEQ PHRDASLHGL SQYNSL* | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.75 s | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||