MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
VNN3 | polymorphism_automatic | 1.54498636106837e-12 | simple_aae | affected | C132Y | single base exchange | rs4895943 | show file | |||
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mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999998455 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:133052616C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | VNN3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000392393 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.395G>A cDNA.468G>A g.3289G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | C132Y Score: 194 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 132 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs4895943
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 444 / 444 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 148 / 148 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 517 / 517 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 74 / 74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 1475 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1351 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 444 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 395 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 468 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3289 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 133052616 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTGTCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTATCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTGTCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTATCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MIISHFPKCV AVFALLALSV GALDTFIAAV YEHAVILPNR TETPVSKEEA LLLMNKNIDV LEKAVKLAAK QGAHIIVTPE DGIYGWIFTR ESIYPYLEDI PDPGVNWIPC RDPWRKSKKM NEPVSKELCY HCHSECNQYG QWKLYRT* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MIISHFPKCV AVFALLALSV GALDTFIAAV YEHAVILPNR TETPVSKEEA LLLMNKNIDV LEKAVKLAAK QGAHIIVTPE DGIYGWIFTR ESIYPYLEDI PDPGVNWIPC RDPWRKSKKM NEPVSKELCY HYHSECNQYG QWKLYRT* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.82 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999998455 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:133052616C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | VNN3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000392394 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.395G>A cDNA.468G>A g.3289G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | C132Y Score: 194 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 132 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs4895943
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 444 / 444 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 148 / 148 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 517 / 517 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 74 / 74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 418 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 294 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 444 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 395 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 468 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3289 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 133052616 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTGTCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTATCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTGTCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTATCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MIISHFPKCV AVFALLALSV GALDTFIAAV YEHAVILPNR TETPVSKEEA LLLMNKNIDV LEKAVKLAAK QGAHIIVTPE DGIYGWIFTR ESIYPYLEDI PDPGVNWIPC RDPWRKSKKM NEPVSKELCY HCHSECNQYG QWKLYRT* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MIISHFPKCV AVFALLALSV GALDTFIAAV YEHAVILPNR TETPVSKEEA LLLMNKNIDV LEKAVKLAAK QGAHIIVTPE DGIYGWIFTR ESIYPYLEDI PDPGVNWIPC RDPWRKSKKM NEPVSKELCY HYHSECNQYG QWKLYRT* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.87 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999962345268 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:133052616C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||
HGNC symbol | VNN3 | ||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000367927 | ||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||
UniProt peptide | N/A | ||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||
DNA changes | g.3289G>A | ||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs4895943
| ||||||||||||||||
regulatory features | DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||
distance from splice site | 2544 | ||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||
protein features | N/A | ||||||||||||||||
length of protein | N/A | ||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 74 / 74 | ||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 1450 | ||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1326 | ||||||||||||||||
length of CDS | 825 | ||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3289 | ||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 133052616 | ||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTGTCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTATCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MIISHFPKCV AVFALLALSV GALDTFIAAV YEHAVILPNR TETPVSKEEA LLLMNKNIDV LEKAVKLAAK QGAHIIVTPE DGIYGWIFTR ESIYPYLEDI PDPGVNWIPC RDPWRFGNTP VQQRLSCLAK DNSIYVVANI GDKKPCNASD SQCPPDGRYQ YNTDVVFDSQ GKLLARYHKY NLFAPEIQFD FPKDSELVTF DTPFGKFGIF TCFDIFSHDP AVVVVDEFQL TAFSTPQHGT TRCPSSRLFP SIQHGPRPWE SIYLLQIPTT PACT* | ||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
speed | 0.69 s | ||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999962345268 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:133052616C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||
HGNC symbol | VNN3 | ||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000425515 | ||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||
UniProt peptide | N/A | ||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||
DNA changes | g.3289G>A | ||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs4895943
| ||||||||||||||||
regulatory features | DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||
distance from splice site | 2498 | ||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||
protein features | N/A | ||||||||||||||||
length of protein | N/A | ||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 74 / 74 | ||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 1496 | ||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1372 | ||||||||||||||||
length of CDS | 354 | ||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3289 | ||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 133052616 | ||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTGTCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTATCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MIISHFPKCV AVFALLALSV GALDTFIAAV YEHAVILPNR TETPVSKEEA LLLMNKNIDV LEKAVKLAAK QGAHIIVTPE DGIYGWIFTR ESIYPYLEDI PDPGVNWIPC RDPWRNH* | ||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
speed | 0.56 s | ||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999962345268 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:133052616C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||
HGNC symbol | VNN3 | ||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000509351 | ||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||
UniProt peptide | N/A | ||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||
DNA changes | g.3289G>A | ||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs4895943
| ||||||||||||||||
regulatory features | DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||
distance from splice site | 2776 | ||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||
protein features | N/A | ||||||||||||||||
length of protein | N/A | ||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 719 | ||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 668 | ||||||||||||||||
length of CDS | 390 | ||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3289 | ||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 133052616 | ||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTGTCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTATCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MIISHFPKCV AVFALLALSV GALDTFIAAV YEHAVILPNR TETPVSKEEA LLLMNKNIDV LEKAVKLAAK QGAHIIVTPE DGIYGWIFTR ESIYPYLEDI PDPGVNWIPC RDPWREWNLR PRSSQGVPL* | ||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
speed | 0.67 s | ||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999962345268 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:133052616C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||
HGNC symbol | VNN3 | ||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000417437 | ||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||
UniProt peptide | N/A | ||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||
DNA changes | g.3289G>A | ||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs4895943
| ||||||||||||||||
regulatory features | DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||
distance from splice site | 2776 | ||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||
protein features | N/A | ||||||||||||||||
length of protein | N/A | ||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 989 | ||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 938 | ||||||||||||||||
length of CDS | 486 | ||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3289 | ||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 133052616 | ||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTGTCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTATCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MIISHFPKCV AVFALLALSV GALDTFIAAV YEHAVILPNR TETPVSKEEA LLLMNKNIDV LEKAVKLAAK QVLPFYTCKG DLQFGQRVFG IHDKLFCPTC FEQGAHIIVT PEDGIYGWIF TRESIYPYLE DIPDPGVNWI PCRDPWREWN LRPRSSQGVP L* | ||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
speed | 0.49 s | ||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999962345268 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:133052616C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||
HGNC symbol | VNN3 | ||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000414302 | ||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||
UniProt peptide | N/A | ||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||
DNA changes | g.3289G>A | ||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs4895943
| ||||||||||||||||
regulatory features | DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||
distance from splice site | 2776 | ||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||
protein features | N/A | ||||||||||||||||
length of protein | N/A | ||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 1184 | ||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1133 | ||||||||||||||||
length of CDS | 402 | ||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3289 | ||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 133052616 | ||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTGTCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTATCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MIISHFPKCV AVFALLALSV GALDTFIAAV YEHAVILPNR TETPVSKEEA LLLMNKNIDV LEKAVKLAAK QGAHIIVTPE DGIYGWIFTR ESIYPYLEDI PDPGVNWIPC RDPWSTIFLH LKFSLISPRI QNL* | ||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
speed | 0.68 s | ||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999962345268 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:133052616C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||
HGNC symbol | VNN3 | ||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000423615 | ||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||
UniProt peptide | N/A | ||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||
DNA changes | g.3289G>A | ||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs4895943
| ||||||||||||||||
regulatory features | DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||
distance from splice site | 2776 | ||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||
protein features | N/A | ||||||||||||||||
length of protein | N/A | ||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 893 | ||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 842 | ||||||||||||||||
length of CDS | 390 | ||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3289 | ||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 133052616 | ||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTGTCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTATCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MIISHFPKCV AVFALLALSV GALDTFIAAV YEHAVILPNR TETPVSKEEA LLLMNKNIDV LEKAVKLAAK QGAHIIVTPE DGIYGWIFTR ESIYPYLEDI PDPGVNWIPC RDPWREWNLR PRSSQGVPL* | ||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
speed | 0.49 s | ||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999962345268 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:133052616C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||
HGNC symbol | VNN3 | ||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000427187 | ||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||
UniProt peptide | N/A | ||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||
DNA changes | g.3289G>A | ||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs4895943
| ||||||||||||||||
regulatory features | DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||
distance from splice site | 2544 | ||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||
protein features | N/A | ||||||||||||||||
length of protein | N/A | ||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 1086 | ||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1035 | ||||||||||||||||
length of CDS | 624 | ||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3289 | ||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 133052616 | ||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTGTCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTATCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MIISHFPKCV AVFALLALSV GALDTFIAAV YEHAVILPNR TETPVSKEEA LLLMNKNIDV LEKAVKLAAK QGAHIIVTPE DGIYGWIFTR ESIYPYLEDI PDPGVNWIPC RDPWRFGNTP VQQRLSCLAK DNSIYVVANI GDKKPCNASD SQCPPDGRYQ YNTDVVFDSQ GKLLARYHKG VESTPQKQSR CTTMTWKQRV VSCCYQN* | ||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
speed | 0.74 s | ||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999962345268 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:133052616C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||
HGNC symbol | VNN3 | ||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000275223 | ||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||
UniProt peptide | N/A | ||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||
DNA changes | g.3289G>A | ||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs4895943
| ||||||||||||||||
regulatory features | DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||
distance from splice site | 2498 | ||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||
protein features | N/A | ||||||||||||||||
length of protein | N/A | ||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 1132 | ||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1081 | ||||||||||||||||
length of CDS | 354 | ||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3289 | ||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 133052616 | ||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTGTCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTATCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MIISHFPKCV AVFALLALSV GALDTFIAAV YEHAVILPNR TETPVSKEEA LLLMNKNIDV LEKAVKLAAK QGAHIIVTPE DGIYGWIFTR ESIYPYLEDI PDPGVNWIPC RDPWRNH* | ||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
speed | 0.50 s | ||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999962345268 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:133052616C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||
HGNC symbol | VNN3 | ||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000519686 | ||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||
UniProt peptide | N/A | ||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||
DNA changes | g.3289G>A | ||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs4895943
| ||||||||||||||||
regulatory features | DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||
distance from splice site | 2498 | ||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||
protein features | N/A | ||||||||||||||||
length of protein | N/A | ||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 1249 | ||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1198 | ||||||||||||||||
length of CDS | 354 | ||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3289 | ||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 133052616 | ||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTGTCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTATCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MIISHFPKCV AVFALLALSV GALDTFIAAV YEHAVILPNR TETPVSKEEA LLLMNKNIDV LEKAVKLAAK QGAHIIVTPE DGIYGWIFTR ESIYPYLEDI PDPGVNWIPC RDPWRNH* | ||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
speed | 0.50 s | ||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999962345268 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:133052616C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||
HGNC symbol | VNN3 | ||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000450865 | ||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||
UniProt peptide | N/A | ||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||
DNA changes | g.3289G>A | ||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs4895943
| ||||||||||||||||
regulatory features | DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||
distance from splice site | 2776 | ||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||
protein features | N/A | ||||||||||||||||
length of protein | N/A | ||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 74 / 74 | ||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 538 | ||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 414 | ||||||||||||||||
length of CDS | 510 | ||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3289 | ||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 133052616 | ||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTGTCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTATCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MIISHFPKCV AVFALLALSV GALDTFIAAV YEHAVILPNR TETPVSKEEA LLLMNKNIDV LEKAVKLAAK QQGAHIIVTP EDGIYGWIFT RESIYPYLED IPDPGVNWIP CRDPWSMVQH AAPPLGCSLP FSMGQGHGSQ STCCKYPQHQ HAHDREWNLR PRSSQGVPL* | ||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
speed | 0.49 s | ||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999962345268 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:133052616C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||
HGNC symbol | VNN3 | ||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000207771 | ||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||
UniProt peptide | N/A | ||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||
DNA changes | g.3289G>A | ||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs4895943
| ||||||||||||||||
regulatory features | DNase1, Open Chromatin, DNase1 Hypersensitive Site | ||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||
distance from splice site | 2544 | ||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||
protein features | N/A | ||||||||||||||||
length of protein | N/A | ||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 74 / 74 | ||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 1448 | ||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1324 | ||||||||||||||||
length of CDS | 1503 | ||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3289 | ||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 133052616 | ||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTGTCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | CAAAGAGCTTTGCTATCACTATCATTCAGAATGCAATCAAT | ||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MIISHFPKCV AVFALLALSV GALDTFIAAV YEHAVILPNR TETPVSKEEA LLLMNKNIDV LEKAVKLAAK QGAHIIVTPE DGIYGWIFTR ESIYPYLEDI PDPGVNWIPC RDPWRFGNTP VQQRLSCLAK DNSIYVVANI GDKKPCNASD SQCPPDGRYQ YNTDVVFDSQ GKLLARYHKY NLFAPEIQFD FPKDSELVTF DTPFGKFGIF TCFDIFSHDP AVVVVDESID SILYPTAWYN TLPLLSAVPF HSAWAKAMGV NLLAANTHNT SMHMTGSGIY APEAVKVYHY DMETESGQLL LSELKSRPRR EPTYPAAVDW HAYASSVKPF SSEQSDFLGM IYFDEFTFTK LKRNTGNYTA CQKDLCCHLT YKMSEKRTDE IYALGAFDGL HTVEGQYYLQ ICALLKCQTT DLETCGEPVG SAFTKFEDFS LSGTFGTRYV FPQIILSGSQ LAPERHYEIS RDGRLRSRSG APLPVLVMAL YGRVFEKDPP RLGQGSGKFQ * | ||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
speed | 0.32 s | ||||||||||||||||