MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
COL15A1 | polymorphism_automatic | 1.32095189597781e-06 | simple_aae | M204V | single base exchange | rs2075663 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999998679048104 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr9:101748356A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | COL15A1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000375001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001855 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | P39059 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.610A>G cDNA.1033A>G g.42896A>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | M204V Score: 21 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 204 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2075663
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regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites | no abrogation of potential splice sites | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4167 / 4167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1389 / 1389 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4590 / 4590 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 424 / 424 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4377 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3903 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 610 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1033 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 42896 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 101748356 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | AGTCCAGCGCTGGAATCTTCATGGGCAATGCAGGAGCTACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | AGTCCAGCGCTGGAATCTTCGTGGGCAATGCAGGAGCTACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | AGTCCAGCGCTGGAATCTTCATGGGCAATGCAGGAGCTACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | AGTCCAGCGCTGGAATCTTCGTGGGCAATGCAGGAGCTACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MAPRRNNGQC WCLLMLLSVS TPLPAVTQTR GATETASQGH LDLTQLIGVP LPSSVSFVTG YGGFPAYSFG PGANVGRPAR TLIPSTFFRD FAISVVVKPS STRGGVLFAI TDAFQKVIYL GLRLSGVEDG HQRIILYYTE PGSHVSQEAA AFSVPVMTHR WNRFAMIVQG EEVTLLVNCE EHSRIPFQRS SQALAFESSA GIFMGNAGAT GLERFTGSLQ QLTVHPDPRT PEELCDPEES SASGETSGLQ EADGVAEILE AVTYTQASPK EAKVEPINTP PTPSSPFEDM ELSGEPVPEG TLETTNMSII QHSSPKQGSG EILNDTLEGV HSVDGDPITD SGSGAGAFLD IAEEKNLAAT AAGLAEVPIS TAGEAEASSV PTGGPTLSMS TENPEEGVTP GPDNEERLAA TAAGEAEALA SMPGEVEASG VAPGELDLSM SAQSLGEEAT VGPSSEDSLT TAAAATEVSL STFEDEEASG VPTDGLAPLT ATMAPERAVT SGPGDEEDLA AATTEEPLIT AGGEESGSPP PDGPPLPLPT VAPERWITPA QREHVGMKGQ AGPKGEKGDA GEELPGPPEP SGPVGPTAGA EAEGSGLGWG SDVGSGSGDL VGSEQLLRGP PGPPGPPGLP GIPGKPGTDV FMGPPGSPGE DGPAGEPGPP GPEGQPGVDG ATGLPGMKGE KGARGPNGSV GEKGDPGNRG LPGPPGKKGQ AGPPGVMGPP GPPGPPGPPG PGCTMGLGFE DTEGSGSTQL LNEPKLSRPT AAIGLKGEKG DRGPKGERGM DGASIVGPPG PRGPPGHIKV LSNSLINITH GFMNFSDIPE LVGPPGPDGL PGLPGFPGPR GPKGDTGLPG FPGLKGEQGE KGEPGAILTE DIPLERLMGK KGEPGMHGAP GPMGPKGPPG HKGEFGLPGR PGRPGLNGLK GTKGDPGVIM QGPPGLPGPP GPPGPPGAVI NIKGAIFPIP VRPHCKMPVD TAHPGSPELI TFHGVKGEKG SWGLPGSKGE KGDQGAQGPP GPPLDLAYLR HFLNNLKGEN GDKGFKGEKG EKGDINGSFL MSGPPGLPGN PGPAGQKGET VVGPQGPPGA PGLPGPPGFG RPGDPGPPGP PGPPGPPAIL GAAVALPGPP GPPGQPGLPG SRNLVTAFSN MDDMLQKAHL VIEGTFIYLR DSTEFFIRVR DGWKKLQLGE LIPIPADSPP PPALSSNPHQ LLPPPNPISS ANYEKPALHL AALNMPFSGD IRADFQCFKQ ARAAGLLSTY RAFLSSHLQD LSTIVRKAER YSLPIVNLKG QVLFNNWDSI FSGHGGQFNM HIPIYSFDGR DIMTDPSWPQ KVIWHGSSPH GVRLVDNYCE AWRTADTAVT GLASPLSTGK ILDQKAYSCA NRLIVLCIEN SFMTDARK* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MAPRRNNGQC WCLLMLLSVS TPLPAVTQTR GATETASQGH LDLTQLIGVP LPSSVSFVTG YGGFPAYSFG PGANVGRPAR TLIPSTFFRD FAISVVVKPS STRGGVLFAI TDAFQKVIYL GLRLSGVEDG HQRIILYYTE PGSHVSQEAA AFSVPVMTHR WNRFAMIVQG EEVTLLVNCE EHSRIPFQRS SQALAFESSA GIFVGNAGAT GLERFTGSLQ QLTVHPDPRT PEELCDPEES SASGETSGLQ EADGVAEILE AVTYTQASPK EAKVEPINTP PTPSSPFEDM ELSGEPVPEG TLETTNMSII QHSSPKQGSG EILNDTLEGV HSVDGDPITD SGSGAGAFLD IAEEKNLAAT AAGLAEVPIS TAGEAEASSV PTGGPTLSMS TENPEEGVTP GPDNEERLAA TAAGEAEALA SMPGEVEASG VAPGELDLSM SAQSLGEEAT VGPSSEDSLT TAAAATEVSL STFEDEEASG VPTDGLAPLT ATMAPERAVT SGPGDEEDLA AATTEEPLIT AGGEESGSPP PDGPPLPLPT VAPERWITPA QREHVGMKGQ AGPKGEKGDA GEELPGPPEP SGPVGPTAGA EAEGSGLGWG SDVGSGSGDL VGSEQLLRGP PGPPGPPGLP GIPGKPGTDV FMGPPGSPGE DGPAGEPGPP GPEGQPGVDG ATGLPGMKGE KGARGPNGSV GEKGDPGNRG LPGPPGKKGQ AGPPGVMGPP GPPGPPGPPG PGCTMGLGFE DTEGSGSTQL LNEPKLSRPT AAIGLKGEKG DRGPKGERGM DGASIVGPPG PRGPPGHIKV LSNSLINITH GFMNFSDIPE LVGPPGPDGL PGLPGFPGPR GPKGDTGLPG FPGLKGEQGE KGEPGAILTE DIPLERLMGK KGEPGMHGAP GPMGPKGPPG HKGEFGLPGR PGRPGLNGLK GTKGDPGVIM QGPPGLPGPP GPPGPPGAVI NIKGAIFPIP VRPHCKMPVD TAHPGSPELI TFHGVKGEKG SWGLPGSKGE KGDQGAQGPP GPPLDLAYLR HFLNNLKGEN GDKGFKGEKG EKGDINGSFL MSGPPGLPGN PGPAGQKGET VVGPQGPPGA PGLPGPPGFG RPGDPGPPGP PGPPGPPAIL GAAVALPGPP GPPGQPGLPG SRNLVTAFSN MDDMLQKAHL VIEGTFIYLR DSTEFFIRVR DGWKKLQLGE LIPIPADSPP PPALSSNPHQ LLPPPNPISS ANYEKPALHL AALNMPFSGD IRADFQCFKQ ARAAGLLSTY RAFLSSHLQD LSTIVRKAER YSLPIVNLKG QVLFNNWDSI FSGHGGQFNM HIPIYSFDGR DIMTDPSWPQ KVIWHGSSPH GVRLVDNYCE AWRTADTAVT GLASPLSTGK ILDQKAYSCA NRLIVLCIEN SFMTDARK* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.04 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||