mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999311 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:124330427C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | DMBT1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000359586 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UGM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.161C>T cDNA.247C>T g.10247C>T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | S54L Score: 145 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs3013236
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 3402 / 3402 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1134 / 1134 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 3488 / 3488 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 87 / 87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3212 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3075 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 3402 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 10247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 124330427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTCGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCTCCATTTCCCTCGGAGTTGACCCTGGAGTCAACTGTAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSESTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAPQSRPTP SPDTWPTSHA STAGSESSLA LRLVNGGDRC QGRVEVLYRG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWATSA PGNARFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SASQSQPTPS PDTWPTSRAS TAGSESTLAL RLVNGGDRCR GRVEVLYQGS WGTVCDDYWD TNDANVVCRQ LGCGWAMSAP GNAQFGQGSG PIVLDDVRCS GHESYLWSCP HNGWLSHNCG HHEDAGVICS ATQINSTTTD WWHPTTTTTA RPSSNCGGFL FYASGTFSSP SYPAYYPNNA KCVWEIEVNS GYRINLGFSN LKLEAHHNCS FDYVEIFDGS LNSSLLLGKI CNDTRQIFTS SYNRMTIHFR SDISFQNTGF LAWYNSFPSD ATLRLVNLNS SYGLCAGRVE IYHGGTWGTV CDDSWTIQEA EVVCRQLGCG RAVSALGNAY FGSGSGPITL DDVECSGTES TLWQCRNRGW FSHNCNHRED AGVICSGNHL STPAPFLNIT RPNTDYSCGG FLSQPSGDFS SPFYPGNYPN NAKCVWDIEV QNNYRVTVIF RDVQLEGGCN YDYIEVFDGP YRSSPLIARV CDGARGSFTS SSNFMSIRFI SDHSITRRGF RAEYYSSPSN DSTNLLCLPN HMQASVSRSY LQSLGFSASD LVISTWNGYY ECRPQITPNL VIFTIPYSGC GTFKQADNDT IDYSNFLTAA VSGGIIKRRT DLRIHVSCRM LQNTWVDTMY IANDTIHVAN NTIQVEEVQY GNFDVNISFY TSSSFLYPVT SRPYYVDLNQ DLYVQAEILH SDAVLTLFVD TCVASPYSND FTSLTYDLIR SGCVRDDTYG PYSSPSLRIA RFRFRAFHFL NRFPSVYLRC KMVVCRAYDP SSRCYRGCVL RSKRDVGSYQ EKVDVVLGPI QLQTPPRREE EPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGISTVILEM CLLWGQVLST GGWIPRTTDY ASLIPSEVPL DPTVAEGSPF PSELTLESTV AEGSPISLES TLESTVAEGS LIPSESTLES TVAEGSDSGL ALRLVNGDGR CQGRVEILYR GSWGTVCDDS WDTNDANVVC RQLGCGWAMS APGNAWFGQG SGPIALDDVR CSGHESYLWS CPHNGWLSHN CGHGEDAGVI CSAPQSRPTP SPDTWPTSHA STAGSESSLA LRLVNGGDRC QGRVEVLYRG SWGTVCDDYW DTNDANVVCR QLGCGWATSA PGNARFGQGS GPIVLDDVRC SGHESYLWSC PHNGWLSHNC GHHEDAGVIC SASQSQPTPS PDTWPTSRAS TAGSESTLAL RLVNGGDRCR GRVEVLYQGS WGTVCDDYWD TNDANVVCRQ LGCGWAMSAP GNAQFGQGSG PIVLDDVRCS GHESYLWSCP HNGWLSHNCG HHEDAGVICS ATQINSTTTD WWHPTTTTTA RPSSNCGGFL FYASGTFSSP SYPAYYPNNA KCVWEIEVNS GYRINLGFSN LKLEAHHNCS FDYVEIFDGS LNSSLLLGKI CNDTRQIFTS SYNRMTIHFR SDISFQNTGF LAWYNSFPSD ATLRLVNLNS SYGLCAGRVE IYHGGTWGTV CDDSWTIQEA EVVCRQLGCG RAVSALGNAY FGSGSGPITL DDVECSGTES TLWQCRNRGW FSHNCNHRED AGVICSGNHL STPAPFLNIT RPNTDYSCGG FLSQPSGDFS SPFYPGNYPN NAKCVWDIEV QNNYRVTVIF RDVQLEGGCN YDYIEVFDGP YRSSPLIARV CDGARGSFTS SSNFMSIRFI SDHSITRRGF RAEYYSSPSN DSTNLLCLPN HMQASVSRSY LQSLGFSASD LVISTWNGYY ECRPQITPNL VIFTIPYSGC GTFKQADNDT IDYSNFLTAA VSGGIIKRRT DLRIHVSCRM LQNTWVDTMY IANDTIHVAN NTIQVEEVQY GNFDVNISFY TSSSFLYPVT SRPYYVDLNQ DLYVQAEILH SDAVLTLFVD TCVASPYSND FTSLTYDLIR SGCVRDDTYG PYSSPSLRIA RFRFRAFHFL NRFPSVYLRC KMVVCRAYDP SSRCYRGCVL RSKRDVGSYQ EKVDVVLGPI QLQTPPRREE EPR* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.27 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||