mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.0269275937661846 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr9:73150918C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TRPM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000357533 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_206945 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9HCF6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.5087G>A cDNA.5087G>A g.910903G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R1696K Score: 26 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1696 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs41287373
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regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 5136 / 5136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1712 / 1712 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5136 / 5136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3684 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3633 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 5136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 5087 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 5087 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 910903 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73150918 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MGKKWRDAAE MERGCSDRED NAESRRRSRS ASRGRFAESW KRLSSKQGST KRSGLPSQQT PAQKSWIERA FYKRECVHII PSTKDPHRCC CGRLIGQHVG LTPSISVLQN EKNESRLSRN DIQSEKWSIS KHTQLSPTDA FGTIEFQGGG HSNKAMYVRV SFDTKPDLLL HLMTKEWQLE LPKLLISVHG GLQNFELQPK LKQVFGKGLI KAAMTTGAWI FTGGVNTGVI RHVGDALKDH ASKSRGKICT IGIAPWGIVE NQEDLIGRDV VRPYQTMSNP MSKLTVLNSM HSHFILADNG TTGKYGAEVK LRRQLEKHIS LQKINTRIGQ GVPVVALIVE GGPNVISIVL EYLRDTPPVP VVVCDGSGRA SDILAFGHKY SEEGGLINES LRDQLLVTIQ KTFTYTRTQA QHLFIILMEC MKKKELITVF RMGSEGHQDI DLAILTALLK GANASAPDQL SLALAWNRVD IARSQIFIYG QQWPVGSLEQ AMLDALVLDR VDFVKLLIEN GVSMHRFLTI SRLEELYNTR HGPSNTLYHL VRDVKKREYP GFGWIYFKGN LPPDYRISLI DIGLVIEYLM GGAYRCNYTR KRFRTLYHNL FGPKRDDIPL RRGRKTTKKR EEEVDIDLDD PEINHFPFPF HELMVWAVLM KRQKMALFFW QHGEEAMAKA LVACKLCKAM AHEASENDMV DDISQELNHN SRDFGQLAVE LLDQSYKQDE QLAMKLLTYE LKNWSNATCL QLAVAAKHRD FIAHTCSQML LTDMWMGRLR MRKNSGLKVI LGILLPPSIL SLEFKNKDDM PYMSQAQEIH LQEKEAEEPE KPTKEKEEED MELTAMLGRN NGESSRKKDE EEVQSKHRLI PLGRKIYEFY NAPIVKFWFY TLAYIGYLML FNYIVLVKME RWPSTQEWIV ISYIFTLGIE KMREILMSEP GKLLQKVKVW LQEYWNVTDL IAILLFSVGM ILRLQDQPFR SDGRVIYCVN IIYWYIRLLD IFGVNKYLGP YVMMIGKMMI DMMYFVIIML VVLMSFGVAR QAILFPNEEP SWKLAKNIFY MPYWMIYGEV FADQIDPPCG QNETREDGKI IQLPPCKTGA WIVPAIMACY LLVANILLVN LLIAVFNNTF FEVKSISNQV WKFQRYQLIM TFHERPVLPP PLIIFSHMTM IFQHLCCRWR KHESDPDERD YGLKLFITDD ELKKVHDFEE QCIEEYFREK DDRFNSSNDE RIRVTSERVE NMSMRLEEVN EREHSMKASL QTVDIRLAQL EDLIGRMATA LERLTGLERA ESNKIRSRTS SDCTDAAYIV RQSSFNSQEG NTFKLQESID PAGEETMSPT SPTLMPRMRS HSFYSVNMKD KGGIEKLESI FKERSLSLHR ATSSHSVAKE PKAPAAPANT LAIVPDSRRP SSCIDIYVSA MDELHCDIDP LDNSVNILGL GEPSFSTPVP STAPSSSAYA TLAPTDRPPS RSIDFEDITS MDTRSFSSDY THLPECQNPW DSEPPMYHTI ERSKSSRYLA TTPFLLEEAP IVKSHSFMFS PSRSYYANFG VPVKTAEYTS ITDCIDTRCV NAPQAIADRA AFPGGLGDKV EDLTCCHPER EAELSHPSSD SEENEAKGRR ATIAISSQEG DNSERTLSNN ITVPKIERAN SYSAEEPSAP YAHTRKSFSI SDKLDRQRNT ASLRNPFQRS KSSKPEGRGD SLSMRRLSRT SAFQSFESKH N* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MGKKWRDAAE MERGCSDRED NAESRRRSRS ASRGRFAESW KRLSSKQGST KRSGLPSQQT PAQKSWIERA FYKRECVHII PSTKDPHRCC CGRLIGQHVG LTPSISVLQN EKNESRLSRN DIQSEKWSIS KHTQLSPTDA FGTIEFQGGG HSNKAMYVRV SFDTKPDLLL HLMTKEWQLE LPKLLISVHG GLQNFELQPK LKQVFGKGLI KAAMTTGAWI FTGGVNTGVI RHVGDALKDH ASKSRGKICT IGIAPWGIVE NQEDLIGRDV VRPYQTMSNP MSKLTVLNSM HSHFILADNG TTGKYGAEVK LRRQLEKHIS LQKINTRIGQ GVPVVALIVE GGPNVISIVL EYLRDTPPVP VVVCDGSGRA SDILAFGHKY SEEGGLINES LRDQLLVTIQ KTFTYTRTQA QHLFIILMEC MKKKELITVF RMGSEGHQDI DLAILTALLK GANASAPDQL SLALAWNRVD IARSQIFIYG QQWPVGSLEQ AMLDALVLDR VDFVKLLIEN GVSMHRFLTI SRLEELYNTR HGPSNTLYHL VRDVKKREYP GFGWIYFKGN LPPDYRISLI DIGLVIEYLM GGAYRCNYTR KRFRTLYHNL FGPKRDDIPL RRGRKTTKKR EEEVDIDLDD PEINHFPFPF HELMVWAVLM KRQKMALFFW QHGEEAMAKA LVACKLCKAM AHEASENDMV DDISQELNHN SRDFGQLAVE LLDQSYKQDE QLAMKLLTYE LKNWSNATCL QLAVAAKHRD FIAHTCSQML LTDMWMGRLR MRKNSGLKVI LGILLPPSIL SLEFKNKDDM PYMSQAQEIH LQEKEAEEPE KPTKEKEEED MELTAMLGRN NGESSRKKDE EEVQSKHRLI PLGRKIYEFY NAPIVKFWFY TLAYIGYLML FNYIVLVKME RWPSTQEWIV ISYIFTLGIE KMREILMSEP GKLLQKVKVW LQEYWNVTDL IAILLFSVGM ILRLQDQPFR SDGRVIYCVN IIYWYIRLLD IFGVNKYLGP YVMMIGKMMI DMMYFVIIML VVLMSFGVAR QAILFPNEEP SWKLAKNIFY MPYWMIYGEV FADQIDPPCG QNETREDGKI IQLPPCKTGA WIVPAIMACY LLVANILLVN LLIAVFNNTF FEVKSISNQV WKFQRYQLIM TFHERPVLPP PLIIFSHMTM IFQHLCCRWR KHESDPDERD YGLKLFITDD ELKKVHDFEE QCIEEYFREK DDRFNSSNDE RIRVTSERVE NMSMRLEEVN EREHSMKASL QTVDIRLAQL EDLIGRMATA LERLTGLERA ESNKIRSRTS SDCTDAAYIV RQSSFNSQEG NTFKLQESID PAGEETMSPT SPTLMPRMRS HSFYSVNMKD KGGIEKLESI FKERSLSLHR ATSSHSVAKE PKAPAAPANT LAIVPDSRRP SSCIDIYVSA MDELHCDIDP LDNSVNILGL GEPSFSTPVP STAPSSSAYA TLAPTDRPPS RSIDFEDITS MDTRSFSSDY THLPECQNPW DSEPPMYHTI ERSKSSRYLA TTPFLLEEAP IVKSHSFMFS PSRSYYANFG VPVKTAEYTS ITDCIDTRCV NAPQAIADRA AFPGGLGDKV EDLTCCHPER EAELSHPSSD SEENEAKGRR ATIAISSQEG DNSERTLSNN ITVPKIERAN SYSAEEPSAP YAHTRKSFSI SDKLDRQRNT ASLRNPFQRS KSSKPEGRGD SLSMRKLSRT SAFQSFESKH N* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.64 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||