mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.0269275937661846 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr9:73150918C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | TRPM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000377106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_206946 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9HCF6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.4691G>A cDNA.5046G>A g.910903G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | R1564K Score: 26 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 1564 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs41287373
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 951 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4740 / 4740 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1580 / 1580 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 5095 / 5095 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 356 / 356 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3643 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3237 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4740 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 4691 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 5046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 910903 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 73150918 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAGACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GGACAGCCTGTCCATGAGGAAACTGTCCAGAACATCGGCTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MYVRVSFDTK PDLLLHLMTK EWQLELPKLL ISVHGGLQNF ELQPKLKQVF GKGLIKAAMT TGAWIFTGGV NTGVIRHVGD ALKDHASKSR GKICTIGIAP WGIVENQEDL IGRDVVRPYQ TMSNPMSKLT VLNSMHSHFI LADNGTTGKY GAEVKLRRQL EKHISLQKIN TRCLPFFSLD SRLFYSFWGS CQLDSVGIGQ GVPVVALIVE GGPNVISIVL EYLRDTPPVP VVVCDGSGRA SDILAFGHKY SEEGGLINES LRDQLLVTIQ KTFTYTRTQA QHLFIILMEC MKKKELITVF RMGSEGHQDI DLAILTALLK GANASAPDQL SLALAWNRVD IARSQIFIYG QQWPVGSLEQ AMLDALVLDR VDFVKLLIEN GVSMHRFLTI SRLEELYNTR HGPSNTLYHL VRDVKKGNLP PDYRISLIDI GLVIEYLMGG AYRCNYTRKR FRTLYHNLFG PKRPKALKLL GMEDDIPLRR GRKTTKKREE EVDIDLDDPE INHFPFPFHE LMVWAVLMKR QKMALFFWQH GEEAMAKALV ACKLCKAMAH EASENDMVDD ISQELNHNSR DFGQLAVELL DQSYKQDEQL AMKLLTYELK NWSNATCLQL AVAAKHRDFI AHTCSQMLLT DMWMGRLRMR KNSGLKVILG ILLPPSILSL EFKNKDDMPY MSQAQEIHLQ EKEAEEPEKP TKEKEEEDME LTAMLGRNNG ESSRKKDEEE VQSKHRLIPL GRKIYEFYNA PIVKFWFYTL AYIGYLMLFN YIVLVKMERW PSTQEWIVIS YIFTLGIEKM REILMSEPGK LLQKVKVWLQ EYWNVTDLIA ILLFSVGMIL RLQDQPFRSD GRVIYCVNII YWYIRLLDIF GVNKYLGPYV MMIGKMMIDM MYFVIIMLVV LMSFGVARQA ILFPNEEPSW KLAKNIFYMP YWMIYGEVFA DQIDPPCGQN ETREDGKIIQ LPPCKTGAWI VPAIMACYLL VANILLVNLL IAVFNNTFFE VKSISNQVWK FQRYQLIMTF HERPVLPPPL IIFSHMTMIF QHLCCRWRKH ESDPDERDYG LKLFITDDEL KKVHDFEEQC IEEYFREKDD RFNSSNDERI RVTSERVENM SMRLEEVNER EHSMKASLQT VDIRLAQLED LIGRMATALE RLTGLERAES NKIRSRTSSD CTDAAYIVRQ SSFNSQEGNT FKLQESIDPA GEETMSPTSP TLMPRMRSHS FYSVNMKDKG GIEKLESIFK ERSLSLHRAT SSHSVAKEPK APAAPANTLA IVPDSRRPSS CIDIYVSAMD ELHCDIDPLD NSVNILGLGE PSFSTPVPST APSSSAYATL APTDRPPSRS IDFEDITSMD TRSFSSDYTH LPECQNPWDS EPPMYHTIER SKSSRYLATT PFLLEEAPIV KSHSFMFSPS RSYYANFGVP VKTAEYTSIT DCIDTRCVNA PQAIADRAAF PGGLGDKVED LTCCHPEREA ELSHPSSDSE ENEAKGRRAT IAISSQEGDN SERTLSNNIT VPKIERANSY SAEEPSAPYA HTRKSFSISD KLDRQRNTAS LRNPFQRSKS SKPEGRGDSL SMRRLSRTSA FQSFESKHN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MYVRVSFDTK PDLLLHLMTK EWQLELPKLL ISVHGGLQNF ELQPKLKQVF GKGLIKAAMT TGAWIFTGGV NTGVIRHVGD ALKDHASKSR GKICTIGIAP WGIVENQEDL IGRDVVRPYQ TMSNPMSKLT VLNSMHSHFI LADNGTTGKY GAEVKLRRQL EKHISLQKIN TRCLPFFSLD SRLFYSFWGS CQLDSVGIGQ GVPVVALIVE GGPNVISIVL EYLRDTPPVP VVVCDGSGRA SDILAFGHKY SEEGGLINES LRDQLLVTIQ KTFTYTRTQA QHLFIILMEC MKKKELITVF RMGSEGHQDI DLAILTALLK GANASAPDQL SLALAWNRVD IARSQIFIYG QQWPVGSLEQ AMLDALVLDR VDFVKLLIEN GVSMHRFLTI SRLEELYNTR HGPSNTLYHL VRDVKKGNLP PDYRISLIDI GLVIEYLMGG AYRCNYTRKR FRTLYHNLFG PKRPKALKLL GMEDDIPLRR GRKTTKKREE EVDIDLDDPE INHFPFPFHE LMVWAVLMKR QKMALFFWQH GEEAMAKALV ACKLCKAMAH EASENDMVDD ISQELNHNSR DFGQLAVELL DQSYKQDEQL AMKLLTYELK NWSNATCLQL AVAAKHRDFI AHTCSQMLLT DMWMGRLRMR KNSGLKVILG ILLPPSILSL EFKNKDDMPY MSQAQEIHLQ EKEAEEPEKP TKEKEEEDME LTAMLGRNNG ESSRKKDEEE VQSKHRLIPL GRKIYEFYNA PIVKFWFYTL AYIGYLMLFN YIVLVKMERW PSTQEWIVIS YIFTLGIEKM REILMSEPGK LLQKVKVWLQ EYWNVTDLIA ILLFSVGMIL RLQDQPFRSD GRVIYCVNII YWYIRLLDIF GVNKYLGPYV MMIGKMMIDM MYFVIIMLVV LMSFGVARQA ILFPNEEPSW KLAKNIFYMP YWMIYGEVFA DQIDPPCGQN ETREDGKIIQ LPPCKTGAWI VPAIMACYLL VANILLVNLL IAVFNNTFFE VKSISNQVWK FQRYQLIMTF HERPVLPPPL IIFSHMTMIF QHLCCRWRKH ESDPDERDYG LKLFITDDEL KKVHDFEEQC IEEYFREKDD RFNSSNDERI RVTSERVENM SMRLEEVNER EHSMKASLQT VDIRLAQLED LIGRMATALE RLTGLERAES NKIRSRTSSD CTDAAYIVRQ SSFNSQEGNT FKLQESIDPA GEETMSPTSP TLMPRMRSHS FYSVNMKDKG GIEKLESIFK ERSLSLHRAT SSHSVAKEPK APAAPANTLA IVPDSRRPSS CIDIYVSAMD ELHCDIDPLD NSVNILGLGE PSFSTPVPST APSSSAYATL APTDRPPSRS IDFEDITSMD TRSFSSDYTH LPECQNPWDS EPPMYHTIER SKSSRYLATT PFLLEEAPIV KSHSFMFSPS RSYYANFGVP VKTAEYTSIT DCIDTRCVNA PQAIADRAAF PGGLGDKVED LTCCHPEREA ELSHPSSDSE ENEAKGRRAT IAISSQEGDN SERTLSNNIT VPKIERANSY SAEEPSAPYA HTRKSFSISD KLDRQRNTAS LRNPFQRSKS SKPEGRGDSL SMRKLSRTSA FQSFESKHN* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.09 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||