mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999991833671765 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr19:16899865A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | NWD1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000339803 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q149M9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2399A>G cDNA.2399A>G g.69079A>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | H800R Score: 29 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 800 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2608738
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regulatory features | H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4290 / 4290 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1430 / 1430 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4290 / 4290 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3938 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4290 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2399 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2399 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 69079 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 16899865 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCACTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCGCTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCACTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCGCTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MDSQFHMAGE ASQSWLKAKE KQRGTSYMVA VIEWEIERSL LSSEDREQGA TVFLREIQDL HKHILEDCAL RMVDRLADGC LDADAQNLLS SLKSHITDMH PGVLKTHRLP WSRDLVNPKN KTHACYLKEL GEQFVVRANH QVLTRLRELD TAGQELAWLY QEIRHHLWQS SEVIQTFCGR QELLARLGQQ LRHDDSKQHT PLVLFGPPGI GKTALMCKLA EQMPRLLGHK TVTVLRLLGT SQMSSDARGL LKSICFQVCL AYGLPLPPAQ VLDAHTRVVQ FFHTLLHTVS CRNFESLVLL LDAMDDLDSV RHARRVPWLP LNCPPRVHLI LSACSGALGV LDTLQRVLLD PEAYWEVKPL SGNQGQQMIQ LLLAAARRTL SPVHTDLLWA SLPECGNPGR LRLAFEEARK WASFTVPVPL ATTAEEATHQ LCTRLEQTHG QLLVAHVLGY IVSSRHGLSE AELKDVLSLD DEVLQDVYRD WTPPSKELLR FPPLLWVRLR RDLGYYLARR PVDGFTLLAI AHRQLVEVVR ERYLSGSERA KRHGVLADFF SGTWSQGTKK LITLPLVGKP LNLDRKVAPQ PLWFSHTVAN LRKLKELPYH LLHSGRLEEL KQEVLGSMSW ISCRGISGGI EDLLDDFDLC APHLDSPEVG LVREALQLCR PAVELRGMER SLLYTELLAR LHFFATSHPA LVGQLCQQAQ SWFQLCAHPV LVPLGGFLQP PGGPLRATLS GCHKGITAMA WGVEEKLLVI GTQDGIMAVW DMEEQHVIHM LTGHTGEVRC VKIFAKGTLA NSASKDYTLH LWNLLSGQEK FTIWDGGSKN PAEPQIWNLH VDEAHKVVYS ASGSKINAWN LETAEPVFHI LGDASDPWMC MAVLASQATL LTVSRDGVVS LWSSATGKLQ GKQHMSSIKE ETPTCAVSVQ KQGKLVTGFS NGSISLVSSK GDRLLEKLPD AVRFLVVSED ESLLAAGFGR SVRIFLADSR GFRRFMAMDL EHEDMVETAV FGTENNLIIT GSLDALIQVW SLSEQGTLLD ILEGVGAPVS LLARGGALVA SASPQSSSFK VWDLSDAHRS RVPAPFLDRT GLTAVSHNGS YVYFPKIGDK NKVTIWDLAE GEEQDSLDTS SEIRCLEVAE QRKLLFTGLV SGVVLVFPLN SRQDVICIPP PEARKAINCM SLSKCEDRLA IAYDNIVLVL DITSGDPCPV IDGPRYTFYT QLPETLSSVA ILTDYRVVYS MTNGDLFLYE CATSKAFPLE THRSRVACVE VSHKEQLVVS GSEDALLCLW DLQARKWKFE MSYTSSYCRG VQCACFSKDD KYVYVGLKDR SILVWSVLDG TLLTVQFVHA VVNRIIPTTS GFIAPTRHGY LIRENFQCLS AKASPQDPLK NFKKAMWMVK SRQREELVAA AGAPQDLESE SAQGNETKSN KCSQVCLIV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MDSQFHMAGE ASQSWLKAKE KQRGTSYMVA VIEWEIERSL LSSEDREQGA TVFLREIQDL HKHILEDCAL RMVDRLADGC LDADAQNLLS SLKSHITDMH PGVLKTHRLP WSRDLVNPKN KTHACYLKEL GEQFVVRANH QVLTRLRELD TAGQELAWLY QEIRHHLWQS SEVIQTFCGR QELLARLGQQ LRHDDSKQHT PLVLFGPPGI GKTALMCKLA EQMPRLLGHK TVTVLRLLGT SQMSSDARGL LKSICFQVCL AYGLPLPPAQ VLDAHTRVVQ FFHTLLHTVS CRNFESLVLL LDAMDDLDSV RHARRVPWLP LNCPPRVHLI LSACSGALGV LDTLQRVLLD PEAYWEVKPL SGNQGQQMIQ LLLAAARRTL SPVHTDLLWA SLPECGNPGR LRLAFEEARK WASFTVPVPL ATTAEEATHQ LCTRLEQTHG QLLVAHVLGY IVSSRHGLSE AELKDVLSLD DEVLQDVYRD WTPPSKELLR FPPLLWVRLR RDLGYYLARR PVDGFTLLAI AHRQLVEVVR ERYLSGSERA KRHGVLADFF SGTWSQGTKK LITLPLVGKP LNLDRKVAPQ PLWFSHTVAN LRKLKELPYH LLHSGRLEEL KQEVLGSMSW ISCRGISGGI EDLLDDFDLC APHLDSPEVG LVREALQLCR PAVELRGMER SLLYTELLAR LHFFATSHPA LVGQLCQQAQ SWFQLCAHPV LVPLGGFLQP PGGPLRATLS GCHKGITAMA WGVEEKLLVI GTQDGIMAVW DMEEQHVIHM LTGHTGEVRC VKIFAKGTLA NSASKDYTLR LWNLLSGQEK FTIWDGGSKN PAEPQIWNLH VDEAHKVVYS ASGSKINAWN LETAEPVFHI LGDASDPWMC MAVLASQATL LTVSRDGVVS LWSSATGKLQ GKQHMSSIKE ETPTCAVSVQ KQGKLVTGFS NGSISLVSSK GDRLLEKLPD AVRFLVVSED ESLLAAGFGR SVRIFLADSR GFRRFMAMDL EHEDMVETAV FGTENNLIIT GSLDALIQVW SLSEQGTLLD ILEGVGAPVS LLARGGALVA SASPQSSSFK VWDLSDAHRS RVPAPFLDRT GLTAVSHNGS YVYFPKIGDK NKVTIWDLAE GEEQDSLDTS SEIRCLEVAE QRKLLFTGLV SGVVLVFPLN SRQDVICIPP PEARKAINCM SLSKCEDRLA IAYDNIVLVL DITSGDPCPV IDGPRYTFYT QLPETLSSVA ILTDYRVVYS MTNGDLFLYE CATSKAFPLE THRSRVACVE VSHKEQLVVS GSEDALLCLW DLQARKWKFE MSYTSSYCRG VQCACFSKDD KYVYVGLKDR SILVWSVLDG TLLTVQFVHA VVNRIIPTTS GFIAPTRHGY LIRENFQCLS AKASPQDPLK NFKKAMWMVK SRQREELVAA AGAPQDLESE SAQGNETKSN KCSQVCLIV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.96 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||