mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999991833671765 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr19:16899865A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | NWD1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000523826 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q149M9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2186A>G cDNA.2874A>G g.69079A>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | H729R Score: 29 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 729 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2608738
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regulatory features | H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4077 / 4077 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1359 / 1359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4765 / 4765 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 689 / 689 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4464 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3725 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4077 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2874 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 69079 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 16899865 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCACTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCGCTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCACTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCGCTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MVDRLADGCL DADAQNLLSS LKSHITDMHP GVLKTHRLPW SRDLVNPKNK THACYLKELG EQFVVRANHQ VLTRLRELDT AGQELAWLYQ EIRHHLWQSS EVIQTFCGRQ ELLARLGQQL RHDDSKQHTP LVLFGPPGIG KTALMCKLAE QMPRLLGHKT VTVLRLLGTS QMSSDARGLL KSICFQVCLA YGLPLPPAQV LDAHTRVVQF FHTLLHTVSC RNFESLVLLL DAMDDLDSVR HARRVPWLPL NCPPRVHLIL SACSGALGVL DTLQRVLLDP EAYWEVKPLS GNQGQQMIQL LLAAARRTLS PVHTDLLWAS LPECGNPGRL RLAFEEARKW ASFTVPVPLA TTAEEATHQL CTRLEQTHGQ LLVAHVLGYI VSSRHGLSEA ELKDVLSLDD EVLQDVYRDW TPPSKELLRF PPLLWVRLRR DLGYYLARRP VDGFTLLAIA HRQLVEVVRE RYLSGSERAK RHGVLADFFS GTWSQGTKKL ITLPLVGKPL NLDRKVAPQP LWFSHTVANL RKLKELPYHL LHSGRLEELK QEVLGSMSWI SCRGISGGIE DLLDDFDLCA PHLDSPEVGL VREALQLCRP AVELRGMERS LLYTELLARL HFFATSHPAL VGQLCQQAQS WFQLCAHPVL VPLGGFLQPP GGPLRATLSG CHKGITAMAW GVEEKLLVIG TQDGIMAVWD MEEQHVIHML TGHTGEVRCV KIFAKGTLAN SASKDYTLHL WNLLSGQEKF TIWDGGSKNP AEPQIWNLHV DEAHKVVYSA SGSKINAWNL ETAEPVFHIL GDASDPWMCM AVLASQATLL TVSRDGVVSL WSSATGKLQG KQHMSSIKEE TPTCAVSVQK QGKLVTGFSN GSISLVSSKG DRLLEKLPDA VRFLVVSEDE SLLAAGFGRS VRIFLADSRG FRRFMAMDLE HEDMVETAVF GTENNLIITG SLDALIQVWS LSEQGTLLDI LEGVGAPVSL LARGGALVAS ASPQSSSFKV WDLSDAHRSR VPAPFLDRTG LTAVSHNGSY VYFPKIGDKN KVTIWDLAEG EEQDSLDTSS EIRCLEVAEQ RKLLFTGLVS GVVLVFPLNS RQDVICIPPP EARKAINCMS LSKCEDRLAI AYDNIVLVLD ITSGDPCPVI DGPRYTFYTQ LPETLSSVAI LTDYRVVYSM TNGDLFLYEC ATSKAFPLET HRSRVACVEV SHKEQLVVSG SEDALLCLWD LQARKWKFEM SYTSSYCRGV QCACFSKDDK YVYVGLKDRS ILVWSVLDGT LLTVQFVHAV VNRIIPTTSG FIAPTRHGYL IRENFQCLSA KASPQDPLKN FKKAMWMVKS RQREELVAAA GAPQDLESES AQGNETKSNK CSQVCLIV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MVDRLADGCL DADAQNLLSS LKSHITDMHP GVLKTHRLPW SRDLVNPKNK THACYLKELG EQFVVRANHQ VLTRLRELDT AGQELAWLYQ EIRHHLWQSS EVIQTFCGRQ ELLARLGQQL RHDDSKQHTP LVLFGPPGIG KTALMCKLAE QMPRLLGHKT VTVLRLLGTS QMSSDARGLL KSICFQVCLA YGLPLPPAQV LDAHTRVVQF FHTLLHTVSC RNFESLVLLL DAMDDLDSVR HARRVPWLPL NCPPRVHLIL SACSGALGVL DTLQRVLLDP EAYWEVKPLS GNQGQQMIQL LLAAARRTLS PVHTDLLWAS LPECGNPGRL RLAFEEARKW ASFTVPVPLA TTAEEATHQL CTRLEQTHGQ LLVAHVLGYI VSSRHGLSEA ELKDVLSLDD EVLQDVYRDW TPPSKELLRF PPLLWVRLRR DLGYYLARRP VDGFTLLAIA HRQLVEVVRE RYLSGSERAK RHGVLADFFS GTWSQGTKKL ITLPLVGKPL NLDRKVAPQP LWFSHTVANL RKLKELPYHL LHSGRLEELK QEVLGSMSWI SCRGISGGIE DLLDDFDLCA PHLDSPEVGL VREALQLCRP AVELRGMERS LLYTELLARL HFFATSHPAL VGQLCQQAQS WFQLCAHPVL VPLGGFLQPP GGPLRATLSG CHKGITAMAW GVEEKLLVIG TQDGIMAVWD MEEQHVIHML TGHTGEVRCV KIFAKGTLAN SASKDYTLRL WNLLSGQEKF TIWDGGSKNP AEPQIWNLHV DEAHKVVYSA SGSKINAWNL ETAEPVFHIL GDASDPWMCM AVLASQATLL TVSRDGVVSL WSSATGKLQG KQHMSSIKEE TPTCAVSVQK QGKLVTGFSN GSISLVSSKG DRLLEKLPDA VRFLVVSEDE SLLAAGFGRS VRIFLADSRG FRRFMAMDLE HEDMVETAVF GTENNLIITG SLDALIQVWS LSEQGTLLDI LEGVGAPVSL LARGGALVAS ASPQSSSFKV WDLSDAHRSR VPAPFLDRTG LTAVSHNGSY VYFPKIGDKN KVTIWDLAEG EEQDSLDTSS EIRCLEVAEQ RKLLFTGLVS GVVLVFPLNS RQDVICIPPP EARKAINCMS LSKCEDRLAI AYDNIVLVLD ITSGDPCPVI DGPRYTFYTQ LPETLSSVAI LTDYRVVYSM TNGDLFLYEC ATSKAFPLET HRSRVACVEV SHKEQLVVSG SEDALLCLWD LQARKWKFEM SYTSSYCRGV QCACFSKDDK YVYVGLKDRS ILVWSVLDGT LLTVQFVHAV VNRIIPTTSG FIAPTRHGYL IRENFQCLSA KASPQDPLKN FKKAMWMVKS RQREELVAAA GAPQDLESES AQGNETKSNK CSQVCLIV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.27 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||