mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999988969487165 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr19:16899865A>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | NWD1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000552788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q149M9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2804A>G cDNA.2804A>G g.69079A>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | H935R Score: 29 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 935 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2608738
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regulatory features | H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 4695 / 4695 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1565 / 1565 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4695 / 4695 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4394 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 4343 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 4695 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2804 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2804 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 69079 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 16899865 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCACTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCGCTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCACTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TTCAAAGGATTACACGCTGCGCTTGTGGAACTTACTCTCTG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MQRGKPCRAL PTLKCQTFCQ RHGLMFEVVD LRWGIRNIEA TDHLTTELCL EEVDRCWKTS IGPAFVALIG DQYGPCLIPS RIDEKEWEVL RDHLTARPSD LELVARYFQR DENAFPPTYV LQAPGTGEAC EPEEATLTSV LRSGAQEARR LGLITQEQWQ HYHRSVIEWE IERSLLSSED REQGATVFLR EIQDLHKHIL EDCALRMVDR LADGCLDADA QNLLSSLKSH ITDMHPGVLK THRLPWSRDL VNPKNKTHAC YLKELGEQFV VRANHQVLTR LRELDTAGQE LAWLYQEIRH HLWQSSEVIQ TFCGRQELLA RLGQQLRHDD SKQHTPLVLF GPPGIGKTAL MCKLAEQMPR LLGHKTVTVL RLLGTSQMSS DARGLLKSIC FQVCLAYGLP LPPAQVLDAH TRVVQFFHTL LHTVSCRNFE SLVLLLDAMD DLDSVRHARR VPWLPLNCPP RVHLILSACS GALGVLDTLQ RVLLDPEAYW EVKPLSGNQG QQMIQLLLAA ARRTLSPVHT DLLWASLPEC GNPGRLRLAF EEARKWASFT VPVPLATTAE EATHQLCTRL EQTHGQLLVA HVLGYIVSSR HGLSEAELKD VLSLDDEVLQ DVYRDWTPPS KELLRFPPLL WVRLRRDLGY YLARRPVDGF TLLAIAHRQL VEVVRERYLS GSERAKRHGV LADFFSGTWS QGTKKLITLP LVGKPLNLDR KVAPQPLWFS HTVANLRKLK ELPYHLLHSG RLEELKQEVL GSMSWISCRG ISGGIEDLLD DFDLCAPHLD SPEVGLVREA LQLCRPAVEL RGMERSLLYT ELLARLHFFA TSHPALVGQL CQQAQSWFQL CAHPVLVPLG GFLQPPGGPL RATLSGCHKG ITAMAWGVEE KLLVIGTQDG IMAVWDMEEQ HVIHMLTGHT GEVRCVKIFA KGTLANSASK DYTLHLWNLL SGQEKFTIWD GGSKNPAEPQ IWNLHVDEAH KVVYSASGSK INAWNLETAE PVFHILGDAS DPWMCMAVLA SQATLLTVSR DGVVSLWSSA TGKLQGKQHM SSIKEETPTC AVSVQKQGKL VTGFSNGSIS LVSSKGDRLL EKLPDAVRFL VVSEDESLLA AGFGRSVRIF LADSRGFRRF MAMDLEHEDM VETAVFGTEN NLIITGSLDA LIQVWSLSEQ GTLLDILEGV GAPVSLLARG GALVASASPQ SSSFKVWDLS DAHRSRVPAP FLDRTGLTAV SHNGSYVYFP KIGDKNKVTI WDLAEGEEQD SLDTSSEIRC LEVAEQRKLL FTGLVSGVVL VFPLNSRQDV ICIPPPEARK AINCMSLSKC EDRLAIAYDN IVLVLDITSG DPCPVIDGPR YTFYTQLPET LSSVAILTDY RVVYSMTNGD LFLYECATSK AFPLETHRSR VACVEVSHKE QLVVSGSEDA LLCLWDLQAR KWKFEMSYTS SYCRGVQCAC FSKDDKYVYV GLKDRSILVW SVLDGTLLTV QFVHAVVNRI IPTTSGFIAP TRHGYLIREN FQCLSAKASP QDPLKNFKKA MWMVKSRQRE ELVAAAGAPQ DLESESAQGN ETKSNKCSQV CLIV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MQRGKPCRAL PTLKCQTFCQ RHGLMFEVVD LRWGIRNIEA TDHLTTELCL EEVDRCWKTS IGPAFVALIG DQYGPCLIPS RIDEKEWEVL RDHLTARPSD LELVARYFQR DENAFPPTYV LQAPGTGEAC EPEEATLTSV LRSGAQEARR LGLITQEQWQ HYHRSVIEWE IERSLLSSED REQGATVFLR EIQDLHKHIL EDCALRMVDR LADGCLDADA QNLLSSLKSH ITDMHPGVLK THRLPWSRDL VNPKNKTHAC YLKELGEQFV VRANHQVLTR LRELDTAGQE LAWLYQEIRH HLWQSSEVIQ TFCGRQELLA RLGQQLRHDD SKQHTPLVLF GPPGIGKTAL MCKLAEQMPR LLGHKTVTVL RLLGTSQMSS DARGLLKSIC FQVCLAYGLP LPPAQVLDAH TRVVQFFHTL LHTVSCRNFE SLVLLLDAMD DLDSVRHARR VPWLPLNCPP RVHLILSACS GALGVLDTLQ RVLLDPEAYW EVKPLSGNQG QQMIQLLLAA ARRTLSPVHT DLLWASLPEC GNPGRLRLAF EEARKWASFT VPVPLATTAE EATHQLCTRL EQTHGQLLVA HVLGYIVSSR HGLSEAELKD VLSLDDEVLQ DVYRDWTPPS KELLRFPPLL WVRLRRDLGY YLARRPVDGF TLLAIAHRQL VEVVRERYLS GSERAKRHGV LADFFSGTWS QGTKKLITLP LVGKPLNLDR KVAPQPLWFS HTVANLRKLK ELPYHLLHSG RLEELKQEVL GSMSWISCRG ISGGIEDLLD DFDLCAPHLD SPEVGLVREA LQLCRPAVEL RGMERSLLYT ELLARLHFFA TSHPALVGQL CQQAQSWFQL CAHPVLVPLG GFLQPPGGPL RATLSGCHKG ITAMAWGVEE KLLVIGTQDG IMAVWDMEEQ HVIHMLTGHT GEVRCVKIFA KGTLANSASK DYTLRLWNLL SGQEKFTIWD GGSKNPAEPQ IWNLHVDEAH KVVYSASGSK INAWNLETAE PVFHILGDAS DPWMCMAVLA SQATLLTVSR DGVVSLWSSA TGKLQGKQHM SSIKEETPTC AVSVQKQGKL VTGFSNGSIS LVSSKGDRLL EKLPDAVRFL VVSEDESLLA AGFGRSVRIF LADSRGFRRF MAMDLEHEDM VETAVFGTEN NLIITGSLDA LIQVWSLSEQ GTLLDILEGV GAPVSLLARG GALVASASPQ SSSFKVWDLS DAHRSRVPAP FLDRTGLTAV SHNGSYVYFP KIGDKNKVTI WDLAEGEEQD SLDTSSEIRC LEVAEQRKLL FTGLVSGVVL VFPLNSRQDV ICIPPPEARK AINCMSLSKC EDRLAIAYDN IVLVLDITSG DPCPVIDGPR YTFYTQLPET LSSVAILTDY RVVYSMTNGD LFLYECATSK AFPLETHRSR VACVEVSHKE QLVVSGSEDA LLCLWDLQAR KWKFEMSYTS SYCRGVQCAC FSKDDKYVYV GLKDRSILVW SVLDGTLLTV QFVHAVVNRI IPTTSGFIAP TRHGYLIREN FQCLSAKASP QDPLKNFKKA MWMVKSRQRE ELVAAAGAPQ DLESESAQGN ETKSNKCSQV CLIV* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 1.34 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||