mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999995985 (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:49388901C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | FRMPD2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000305531 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q68DX3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2660G>A cDNA.2707G>A g.94041G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | G887E Score: 98 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 887 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs61840030
Allele 'T' was neither found in ExAC nor 1000G. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 3855 / 3855 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1285 / 1285 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 3902 / 3902 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 48 / 48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3854 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3756 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 3855 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2660 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 2707 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 94041 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 49388901 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TGAAGAACTAGACATGGCTGGGGTGCAGAGCTTAGTGCCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TGAAGAACTAGACATGGCTGAGGTGCAGAGCTTAGTGCCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGAAGAACTAGACATGGCTGGGGTGCAGAGCTTAGTGCCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGAAGAACTAGACATGGCTGAGGTGCAGAGCTTAGTGCCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MHVFIVGMSL SSVTLASALQ VRGEALSEEE IWSLLFLAAE QLLEDLRNDS SDYVVCPWSA LLSAAGSLSF QGRVSHIEAA PFKAPELLQG QSEDEQPDAS QPLQLCEPLH SILLTMCEDQ PHRRCTLQSV LEACRVHEKE VSVYPAPAGL HIRRLVGLVL GTISEVEKRV VEESSSVQQN RSYLLRKRLR GTSSESPAAQ APECLHPCRV SERSTETQSS PEPHWSTLTH SHCSLLVNRA LPGADPQDQQ AGRRLSSGSV HSAADSSWPT TPSQRGFLQR RSKFSRPEFI LLAGEAPMTL HLPGSVVTKK GKSYLALRDL CVVLLNGQHL EVKCDVESTV GAVFNAVTSF ANLEELTYFG LAYMKSKEFF FLDSETRLCK IAPEGWREQP QKTSMNTFTL FLRIKFFVSH YGLLQHSLTR HQFYLQLRKD ILEERLYCNE EILLQLGVLA LQAEFGNYPK EVESKPYFHV EDYIPASLIE RMTALRVQVE VSEMHRLSSA LWGEDAELKF LRVTQQLPEY GVLVHQVFSE KRRPEEEMAL GICAKGVIVY EVKNNSRIAM LRFQWRETGK ISTYQKKFTI TSSVTGKKHT FVTDSAKTSK YLLDLCSAQH GFNAQMGSGQ PSHVLFDHDK FVQMANLSPA HQARSKPLIW IQRLSCSENE LFVSRLQGAA GGLLSTSMDN FNVDGSKEAG AEGIGRSPCT GREQLKSACV IQKPMTWDSL SGPPVQSMHA GSKNNRRKSF IAEPGREIVR VTLKRDPHRG FGFVINEGEY SGQADPGIFI SSIIPGGPAE KAKTIKPGGQ ILALNHISLE GFTFNMAVRM IQNSPDNIEL IISQSKGVGG NNPDEEKNST ANSGVSSTDI LSFGYQGSLL SHTQDQDRNT EELDMAGVQS LVPRLRHQLS FLPLKGAGSS CPPSPPEISA GEIYFVELVK EDGTLGFSVT GGINTSVPYG GIYVKSIVPG GPAAKEGQIL QGDRLLQVDG VILCGLTHKQ AVQCLTGPGQ VARLVLERRV PRSTQQCPSA NDSMGDERTA VSLVTALPGR PSSCVSVTDG PKFEVKLKKN ANGLGFSFVQ MEKESCSHLK SDLVRIKRLF PGQPAEENGA IAAGDIILAV NGRSTEGLIF QEVLHLLRGA PQEVTLLLCR PPPGALPELE QEWQTPELSA DKEFTRATCT DSCTSPILDQ EDSWRDSASP DAGEGLGLRP ESSQKAIREA QWGQNRERPW ASSLTHSPES HPHLCKLHQE RDESTLATSL EKDVRQNCYS VCDIMRLGRY SFSSPLTRLS TDIF* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MHVFIVGMSL SSVTLASALQ VRGEALSEEE IWSLLFLAAE QLLEDLRNDS SDYVVCPWSA LLSAAGSLSF QGRVSHIEAA PFKAPELLQG QSEDEQPDAS QPLQLCEPLH SILLTMCEDQ PHRRCTLQSV LEACRVHEKE VSVYPAPAGL HIRRLVGLVL GTISEVEKRV VEESSSVQQN RSYLLRKRLR GTSSESPAAQ APECLHPCRV SERSTETQSS PEPHWSTLTH SHCSLLVNRA LPGADPQDQQ AGRRLSSGSV HSAADSSWPT TPSQRGFLQR RSKFSRPEFI LLAGEAPMTL HLPGSVVTKK GKSYLALRDL CVVLLNGQHL EVKCDVESTV GAVFNAVTSF ANLEELTYFG LAYMKSKEFF FLDSETRLCK IAPEGWREQP QKTSMNTFTL FLRIKFFVSH YGLLQHSLTR HQFYLQLRKD ILEERLYCNE EILLQLGVLA LQAEFGNYPK EVESKPYFHV EDYIPASLIE RMTALRVQVE VSEMHRLSSA LWGEDAELKF LRVTQQLPEY GVLVHQVFSE KRRPEEEMAL GICAKGVIVY EVKNNSRIAM LRFQWRETGK ISTYQKKFTI TSSVTGKKHT FVTDSAKTSK YLLDLCSAQH GFNAQMGSGQ PSHVLFDHDK FVQMANLSPA HQARSKPLIW IQRLSCSENE LFVSRLQGAA GGLLSTSMDN FNVDGSKEAG AEGIGRSPCT GREQLKSACV IQKPMTWDSL SGPPVQSMHA GSKNNRRKSF IAEPGREIVR VTLKRDPHRG FGFVINEGEY SGQADPGIFI SSIIPGGPAE KAKTIKPGGQ ILALNHISLE GFTFNMAVRM IQNSPDNIEL IISQSKGVGG NNPDEEKNST ANSGVSSTDI LSFGYQGSLL SHTQDQDRNT EELDMAEVQS LVPRLRHQLS FLPLKGAGSS CPPSPPEISA GEIYFVELVK EDGTLGFSVT GGINTSVPYG GIYVKSIVPG GPAAKEGQIL QGDRLLQVDG VILCGLTHKQ AVQCLTGPGQ VARLVLERRV PRSTQQCPSA NDSMGDERTA VSLVTALPGR PSSCVSVTDG PKFEVKLKKN ANGLGFSFVQ MEKESCSHLK SDLVRIKRLF PGQPAEENGA IAAGDIILAV NGRSTEGLIF QEVLHLLRGA PQEVTLLLCR PPPGALPELE QEWQTPELSA DKEFTRATCT DSCTSPILDQ EDSWRDSASP DAGEGLGLRP ESSQKAIREA QWGQNRERPW ASSLTHSPES HPHLCKLHQE RDESTLATSL EKDVRQNCYS VCDIMRLGRY SFSSPLTRLS TDIF* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.70 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||