mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999995985 (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr10:49388901C>TN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | FRMPD2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000374201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001018071 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q68DX3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2735G>A cDNA.3038G>A g.94041G>A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | G912E Score: 98 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 912 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs61840030
Allele 'T' was neither found in ExAC nor 1000G. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
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protein features |
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length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 3930 / 3930 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 1310 / 1310 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 4233 / 4233 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 304 / 304 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | -1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 4185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3831 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 3930 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2735 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3038 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 94041 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 49388901 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | TGAAGAACTAGACATGGCTGGGGTGCAGAGCTTAGTGCCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | TGAAGAACTAGACATGGCTGAGGTGCAGAGCTTAGTGCCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | TGAAGAACTAGACATGGCTGGGGTGCAGAGCTTAGTGCCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | TGAAGAACTAGACATGGCTGAGGTGCAGAGCTTAGTGCCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MQPLTKDAGM SLSSVTLASA LQVRGEALSE EEIWSLLFLA AEQLLEDLRN DSSDYVVCPW SALLSAAGSL SFQGRVSHIE AAPFKAPELL QGQSEDEQPD ASQMHVYSLG MTLYWSAGFH VPPHQPLQLC EPLHSILLTM CEDQPHRRCT LQSVLEACRV HEKEVSVYPA PAGLHIRRLV GLVLGTISEV EKRVVEESSS VQQNRSYLLR KRLRGTSSES PAAQAPECLH PCRVSERSTE TQSSPEPHWS TLTHSHCSLL VNRALPGADP QDQQAGRRLS SGSVHSAADS SWPTTPSQRG FLQRRSKFSR PEFILLAGEA PMTLHLPGSV VTKKGKSYLA LRDLCVVLLN GQHLEVKCDV ESTVGAVFNA VTSFANLEEL TYFGLAYMKS KEFFFLDSET RLCKIAPEGW REQPQKTSMN TFTLFLRIKF FVSHYGLLQH SLTRHQFYLQ LRKDILEERL YCNEEILLQL GVLALQAEFG NYPKEQVESK PYFHVEDYIP ASLIERMTAL RVQVEVSEMH RLSSALWGED AELKFLRVTQ QLPEYGVLVH QVFSEKRRPE EEMALGICAK GVIVYEVKNN SRIAMLRFQW RETGKISTYQ KKFTITSSVT GKKHTFVTDS AKTSKYLLDL CSAQHGFNAQ MGSGQPSHVL FDHDKFVQMA NLSPAHQARS KPLIWIQRLS CSENELFVSR LQGAAGGLLS TSMDNFNVDG SKEAGAEGIG RSPCTGREQL KSACVIQKPM TWDSLSGPPV QSMHAGSKNN RRKSFIAEPG REIVRVTLKR DPHRGFGFVI NEGEYSGQAD PGIFISSIIP GGPAEKAKTI KPGGQILALN HISLEGFTFN MAVRMIQNSP DNIELIISQS KGVGGNNPDE EKNSTANSGV SSTDILSFGY QGSLLSHTQD QDRNTEELDM AGVQSLVPRL RHQLSFLPLK GAGSSCPPSP PEISAGEIYF VELVKEDGTL GFSVTGGINT SVPYGGIYVK SIVPGGPAAK EGQILQGDRL LQVDGVILCG LTHKQAVQCL TGPGQVARLV LERRVPRSTQ QCPSANDSMG DERTAVSLVT ALPGRPSSCV SVTDGPKFEV KLKKNANGLG FSFVQMEKES CSHLKSDLVR IKRLFPGQPA EENGAIAAGD IILAVNGRST EGLIFQEVLH LLRGAPQEVT LLLCRPPPGA LPELEQEWQT PELSADKEFT RATCTDSCTS PILDQEDSWR DSASPDAGEG LGLRPESSQK AIREAQWGQN RERPWASSLT HSPESHPHLC KLHQERDEST LATSLEKDVR QNCYSVCDIM RLGRYSFSSP LTRLSTDIF* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MQPLTKDAGM SLSSVTLASA LQVRGEALSE EEIWSLLFLA AEQLLEDLRN DSSDYVVCPW SALLSAAGSL SFQGRVSHIE AAPFKAPELL QGQSEDEQPD ASQMHVYSLG MTLYWSAGFH VPPHQPLQLC EPLHSILLTM CEDQPHRRCT LQSVLEACRV HEKEVSVYPA PAGLHIRRLV GLVLGTISEV EKRVVEESSS VQQNRSYLLR KRLRGTSSES PAAQAPECLH PCRVSERSTE TQSSPEPHWS TLTHSHCSLL VNRALPGADP QDQQAGRRLS SGSVHSAADS SWPTTPSQRG FLQRRSKFSR PEFILLAGEA PMTLHLPGSV VTKKGKSYLA LRDLCVVLLN GQHLEVKCDV ESTVGAVFNA VTSFANLEEL TYFGLAYMKS KEFFFLDSET RLCKIAPEGW REQPQKTSMN TFTLFLRIKF FVSHYGLLQH SLTRHQFYLQ LRKDILEERL YCNEEILLQL GVLALQAEFG NYPKEQVESK PYFHVEDYIP ASLIERMTAL RVQVEVSEMH RLSSALWGED AELKFLRVTQ QLPEYGVLVH QVFSEKRRPE EEMALGICAK GVIVYEVKNN SRIAMLRFQW RETGKISTYQ KKFTITSSVT GKKHTFVTDS AKTSKYLLDL CSAQHGFNAQ MGSGQPSHVL FDHDKFVQMA NLSPAHQARS KPLIWIQRLS CSENELFVSR LQGAAGGLLS TSMDNFNVDG SKEAGAEGIG RSPCTGREQL KSACVIQKPM TWDSLSGPPV QSMHAGSKNN RRKSFIAEPG REIVRVTLKR DPHRGFGFVI NEGEYSGQAD PGIFISSIIP GGPAEKAKTI KPGGQILALN HISLEGFTFN MAVRMIQNSP DNIELIISQS KGVGGNNPDE EKNSTANSGV SSTDILSFGY QGSLLSHTQD QDRNTEELDM AEVQSLVPRL RHQLSFLPLK GAGSSCPPSP PEISAGEIYF VELVKEDGTL GFSVTGGINT SVPYGGIYVK SIVPGGPAAK EGQILQGDRL LQVDGVILCG LTHKQAVQCL TGPGQVARLV LERRVPRSTQ QCPSANDSMG DERTAVSLVT ALPGRPSSCV SVTDGPKFEV KLKKNANGLG FSFVQMEKES CSHLKSDLVR IKRLFPGQPA EENGAIAAGD IILAVNGRST EGLIFQEVLH LLRGAPQEVT LLLCRPPPGA LPELEQEWQT PELSADKEFT RATCTDSCTS PILDQEDSWR DSASPDAGEG LGLRPESSQK AIREAQWGQN RERPWASSLT HSPESHPHLC KLHQERDEST LATSLEKDVR QNCYSVCDIM RLGRYSFSSP LTRLSTDIF* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.84 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||