mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999918258255 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
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hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr21:43531403C>GN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | UMODL1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000408910 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_001004416 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q5DID0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.48336C>G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs220127
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regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
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splice sites |
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distance from splice site | 172 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
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length of protein | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3979 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 3928 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 3957 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 48336 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 43531403 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GCCAGGTGAACCCCAGCCAGCGGAGCACCAGCCACGCGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GCCAGGTGAACCCCAGCCAGGGGAGCACCAGCCACGCGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MLRTSGLALL ALVSAVGPSQ ASGFTEKGLS LLGYQLCSHR VTHTVQKVEA VQTSYTSYVS CGGWIPWRRC PKMVYRTQYL VVEVPESRNV TDCCEGYEQL GLYCVLPLNQ SGQFTSRPGA CPAEGPEPST SPCSLDIDCP GLEKCCPWSG GRYCMAPAPQ APERDPVGSW YNVTILVKMD FKELQQVDPR LLNHMRLLHS LVTSALQPMA STVHHLHSAP GNASTTVSRL LLGLPRPLPV ADVSTLLGDI AKRVYEVISV QVQDVNECFY EELNACSGRE LCANLEGSYW CVCHQEAPAT SPRKLNLEWE DCPPVSDYVV LNVTSDSFQV SWRLNSTQNH TFHVRVYRGM ELLRSARTQS QALAVAGLEA GVLYRVKTSY QGCGADVSTT LTIKTNAQVF EVTIKIVNHN LTEKLLNRSS VEYQDFSRQL LHEVESSFPP VVSDLYRSGK LRMQIVSLQA GSVVVRLKLT VQDPGFPMGI STLAPILQPL LASTVFQIDR QGTRVQDWDE CVDSAEHDCS PAAWCINLEG SYTCQCRTTR DATPSRAGRA CEGDLVSPMG GGLSAATGVT VPGLGTGTAA LGLENFTLSP SPGYPQGTPA AGQAWTPEPS PRRGGSNVVG YDRNNTGKGV EQELQGNSIM EPPSWPSPTE DPTGHFLWHA TRSTRETLLN PTWLRNEDSG PSGSVDLPLT STLTALKTPA CVPVSIGRIM VSNVTSTGFH LAWEADLAMD STFQLTLTSM WSPAVVLETW NTSVTLSGLE PGVLHLVEIM AKACGKEGAR AHLKVRTAAR KLIGKVRIKN VRYSESFRNA SSQEYRDFLE LFFRMVRGSL PATMCQHMDA GGVRMEVVSV TNGSIVVEFH LLIIADVDVQ EVSAAFLTAF QTVPLLEVIR GDTFIQDYDE CERKEDDCVP GTSCRNTLGS FTCSCEGGAP DFPVEYSERP CEGDSPGNET WATSPERPLT TAGTKAAFVQ GTSPTPQGLP QRLNLTGAVR VLCEIEKVVV AIQKRFLQQE SIPESSLYLS HPSCNVSHSN GTHVLLEAGW SECGTLMQSN MTNTVVRTTL RNDLSQEGII HHLKILSPIY CAFQNDLLTS SGFTLEWGVY TIIEDLHGAG NFVTEMQLFI GDSPIPQNYS VSASDDVRIE VGLYRQKSNL KVVLTECWAT PSSNARDPIT FSFINNSCPV PNTYTNVIEN GNSNKAQFKL RIFSFINDSI VYLHCKLRVC MESPGATCKI NCNNFRLLQN SETSATHQMS WGPLIRSEGE PPHAEAGLGA GYVVLIVVAI FVLVAGTATL LIVRYQRMNG RYNFKIQSNN FSYQVFYE* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.83 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||