MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
PCDHA9 | polymorphism_automatic | 1.26010313294955e-13 | simple_aae | affected | K764Q | single base exchange | rs369636 | show file | |||
PCDHA9 | polymorphism_automatic | 1.26010313294955e-13 | simple_aae | affected | K764Q | single base exchange | rs369636 | show file | |||
PCDHA1 | polymorphism_automatic | 7.61015870320847e-08 | without_aae | affected | single base exchange | rs369636 | show file | ||||
PCDHA1 | polymorphism_automatic | 7.61015870320847e-08 | without_aae | affected | single base exchange | rs369636 | show file | ||||
PCDHA2 | polymorphism_automatic | 7.61015870320847e-08 | without_aae | affected | single base exchange | rs369636 | show file | ||||
PCDHA4 | polymorphism_automatic | 7.61015870320847e-08 | without_aae | affected | single base exchange | rs369636 | show file | ||||
PCDHA3 | polymorphism_automatic | 7.61015870320847e-08 | without_aae | affected | single base exchange | rs369636 | show file | ||||
PCDHA5 | polymorphism_automatic | 7.61015870320847e-08 | without_aae | affected | single base exchange | rs369636 | show file | ||||
PCDHA4 | polymorphism_automatic | 7.61015870320847e-08 | without_aae | affected | single base exchange | rs369636 | show file | ||||
PCDHA5 | polymorphism_automatic | 7.61015870320847e-08 | without_aae | affected | single base exchange | rs369636 | show file | ||||
PCDHA6 | polymorphism_automatic | 7.61015870320847e-08 | without_aae | affected | single base exchange | rs369636 | show file | ||||
PCDHA6 | polymorphism_automatic | 7.61015870320847e-08 | without_aae | affected | single base exchange | rs369636 | show file | ||||
PCDHA8 | polymorphism_automatic | 7.61015870320847e-08 | without_aae | affected | single base exchange | rs369636 | show file | ||||
PCDHA7 | polymorphism_automatic | 7.61015870320847e-08 | without_aae | affected | single base exchange | rs369636 | show file |
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999874 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr5:140230370A>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PCDHA9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000532602 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_031857 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9Y5H5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2290A>C cDNA.3323A>C g.3323A>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | K764Q Score: 53 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 764 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs369636
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 105 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 2853 / 2853 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 951 / 951 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 3886 / 3886 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1034 / 1034 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3576 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 2492 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2853 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2290 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3323 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3323 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 140230370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTAAGCAGAAGACCGACCTCATG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTCAGCAGAAGACCGACCTCATG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTAAGCAGAAGACCGACCTCATG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTCAGCAGAAGACCGACCTCATG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MLYSSRGDPE GQPLLLSLLI LAMWVVGSGQ LHYSVPEEAE HGTFVGRIAQ DLGLELAELV PRLFQLDSKG RGDLLEVNLQ NGILFVNSRI DREELCGRSA ECSIHLEVIV DRPLQVFHVD VEVKDINDNP PVFPATQKNL FIAESRPLDS RFPLEGASDA DIGENALLTY RLSPNEYFFL DVPTSNQQVK PLGLVLRKLL DREETPELHL LLTATDGGKP ELTGTVQLLI TVLDNNDNAP VFDRTLYTVK LPENVSIGTL VIHPNASDLD EGLNGDIIYS FSSDVSPDIK SKFHMDPLSG AITVIGHMDF EESRAHKIPV EAVDKGFPPL AGHCTLLVEV VDVNDNAPQL TIKTLSVPVK EDAQLGTVIA LISVIDLDAD ANGQVTCSLT PHVPFKLVST YKNYYSLVLD RALDRESVSA YELVVTARDG GSPSLWATAR VSVEVADVND NAPAFAQSEY TVFVKENNPP GCHIFTVSAR DADAQENALV SYSLVERRLG ERSLSSYVSV HAESGKVYAL QPLDHEELEL LQFQVSARDA GVPPLGSNVT LQVFVLDEND NAPALLTPRM RGTDGAVSEM VLRSVGAGVV VGKVRAVDAD SGYNAWLSYE LQPETASASI PFRVGLYTGE ISTTRALDET DAPRQRLLVL VKDHGEPALT ATATVLVSLV ESGQAPKSSS RASVGATGPE VTLVDVNVYL IIAICAVSSL LVLTLLLYTV LRCSAMPTEG ECAPGKPTLV CSSAVGSWSY SQQRRQRVCS GEGKQKTDLM AFSPGLSPCA GSTERTGEPS ASSDSTGKPR QPNPDWRYSA SLRAGMHSSV HLEEAGILRA GPGGPDQQWP TVSSATPEPE AGEVSPPVGA GVNSNSWTFK YGPGNPKQSG PGELPDKFII PGSPAIISIR QEPTNSQIDK SDFITFGKKE ETKKKKKKKK GNKTQEKKEK GNSTTDNSDQ * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MLYSSRGDPE GQPLLLSLLI LAMWVVGSGQ LHYSVPEEAE HGTFVGRIAQ DLGLELAELV PRLFQLDSKG RGDLLEVNLQ NGILFVNSRI DREELCGRSA ECSIHLEVIV DRPLQVFHVD VEVKDINDNP PVFPATQKNL FIAESRPLDS RFPLEGASDA DIGENALLTY RLSPNEYFFL DVPTSNQQVK PLGLVLRKLL DREETPELHL LLTATDGGKP ELTGTVQLLI TVLDNNDNAP VFDRTLYTVK LPENVSIGTL VIHPNASDLD EGLNGDIIYS FSSDVSPDIK SKFHMDPLSG AITVIGHMDF EESRAHKIPV EAVDKGFPPL AGHCTLLVEV VDVNDNAPQL TIKTLSVPVK EDAQLGTVIA LISVIDLDAD ANGQVTCSLT PHVPFKLVST YKNYYSLVLD RALDRESVSA YELVVTARDG GSPSLWATAR VSVEVADVND NAPAFAQSEY TVFVKENNPP GCHIFTVSAR DADAQENALV SYSLVERRLG ERSLSSYVSV HAESGKVYAL QPLDHEELEL LQFQVSARDA GVPPLGSNVT LQVFVLDEND NAPALLTPRM RGTDGAVSEM VLRSVGAGVV VGKVRAVDAD SGYNAWLSYE LQPETASASI PFRVGLYTGE ISTTRALDET DAPRQRLLVL VKDHGEPALT ATATVLVSLV ESGQAPKSSS RASVGATGPE VTLVDVNVYL IIAICAVSSL LVLTLLLYTV LRCSAMPTEG ECAPGKPTLV CSSAVGSWSY SQQRRQRVCS GEGQQKTDLM AFSPGLSPCA GSTERTGEPS ASSDSTGKPR QPNPDWRYSA SLRAGMHSSV HLEEAGILRA GPGGPDQQWP TVSSATPEPE AGEVSPPVGA GVNSNSWTFK YGPGNPKQSG PGELPDKFII PGSPAIISIR QEPTNSQIDK SDFITFGKKE ETKKKKKKKK GNKTQEKKEK GNSTTDNSDQ * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.75 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.999999999999874 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr5:140230370A>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PCDHA9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000378122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_014005 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9Y5H5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.2290A>C cDNA.3014A>C g.3323A>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | K764Q Score: 53 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 764 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs369636
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 3014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 2529 / 2529 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 843 / 843 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 3253 / 3253 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 725 / 725 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | cannot be calculated, too little distance between start ATG and last intron/exon boundary | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2529 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 2290 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 3323 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 140230370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTAAGCAGAAGACCGACCTCATG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTCAGCAGAAGACCGACCTCATG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTAAGCAGAAGACCGACCTCATG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTCAGCAGAAGACCGACCTCATG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MLYSSRGDPE GQPLLLSLLI LAMWVVGSGQ LHYSVPEEAE HGTFVGRIAQ DLGLELAELV PRLFQLDSKG RGDLLEVNLQ NGILFVNSRI DREELCGRSA ECSIHLEVIV DRPLQVFHVD VEVKDINDNP PVFPATQKNL FIAESRPLDS RFPLEGASDA DIGENALLTY RLSPNEYFFL DVPTSNQQVK PLGLVLRKLL DREETPELHL LLTATDGGKP ELTGTVQLLI TVLDNNDNAP VFDRTLYTVK LPENVSIGTL VIHPNASDLD EGLNGDIIYS FSSDVSPDIK SKFHMDPLSG AITVIGHMDF EESRAHKIPV EAVDKGFPPL AGHCTLLVEV VDVNDNAPQL TIKTLSVPVK EDAQLGTVIA LISVIDLDAD ANGQVTCSLT PHVPFKLVST YKNYYSLVLD RALDRESVSA YELVVTARDG GSPSLWATAR VSVEVADVND NAPAFAQSEY TVFVKENNPP GCHIFTVSAR DADAQENALV SYSLVERRLG ERSLSSYVSV HAESGKVYAL QPLDHEELEL LQFQVSARDA GVPPLGSNVT LQVFVLDEND NAPALLTPRM RGTDGAVSEM VLRSVGAGVV VGKVRAVDAD SGYNAWLSYE LQPETASASI PFRVGLYTGE ISTTRALDET DAPRQRLLVL VKDHGEPALT ATATVLVSLV ESGQAPKSSS RASVGATGPE VTLVDVNVYL IIAICAVSSL LVLTLLLYTV LRCSAMPTEG ECAPGKPTLV CSSAVGSWSY SQQRRQRVCS GEGKQKTDLM AFSPGLSPCA GSTERTGEPS ASSDSTGKVG FSSILFIYII FFLERYYRLL PGAVQIVLFI FLEIQQIFFL IK* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MLYSSRGDPE GQPLLLSLLI LAMWVVGSGQ LHYSVPEEAE HGTFVGRIAQ DLGLELAELV PRLFQLDSKG RGDLLEVNLQ NGILFVNSRI DREELCGRSA ECSIHLEVIV DRPLQVFHVD VEVKDINDNP PVFPATQKNL FIAESRPLDS RFPLEGASDA DIGENALLTY RLSPNEYFFL DVPTSNQQVK PLGLVLRKLL DREETPELHL LLTATDGGKP ELTGTVQLLI TVLDNNDNAP VFDRTLYTVK LPENVSIGTL VIHPNASDLD EGLNGDIIYS FSSDVSPDIK SKFHMDPLSG AITVIGHMDF EESRAHKIPV EAVDKGFPPL AGHCTLLVEV VDVNDNAPQL TIKTLSVPVK EDAQLGTVIA LISVIDLDAD ANGQVTCSLT PHVPFKLVST YKNYYSLVLD RALDRESVSA YELVVTARDG GSPSLWATAR VSVEVADVND NAPAFAQSEY TVFVKENNPP GCHIFTVSAR DADAQENALV SYSLVERRLG ERSLSSYVSV HAESGKVYAL QPLDHEELEL LQFQVSARDA GVPPLGSNVT LQVFVLDEND NAPALLTPRM RGTDGAVSEM VLRSVGAGVV VGKVRAVDAD SGYNAWLSYE LQPETASASI PFRVGLYTGE ISTTRALDET DAPRQRLLVL VKDHGEPALT ATATVLVSLV ESGQAPKSSS RASVGATGPE VTLVDVNVYL IIAICAVSSL LVLTLLLYTV LRCSAMPTEG ECAPGKPTLV CSSAVGSWSY SQQRRQRVCS GEGQQKTDLM AFSPGLSPCA GSTERTGEPS ASSDSTGKVG FSSILFIYII FFLERYYRLL PGAVQIVLFI FLEIQQIFFL IK* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.81 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999923898413 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr5:140230370A>CN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PCDHA1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000504120 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_018900 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9Y5I3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.64495A>C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs369636
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 62101 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 2543 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 2492 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2853 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 64495 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 140230370 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTAAGCAGAAGACCGACCTCATG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTCAGCAGAAGACCGACCTCATG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MVFSRRGGLG ARDLLLWLLL LAAWEVGSGQ LHYSIPEEAK HGTFVGRVAQ DLGLELAELV PRLFRVASKT HRDLLEVNLQ NGILFVNSRI DREELCQWSA ECSIHLELIA DRPLQVFHVE VKVKDINDNP PVFRGREQII FIPESRLLNS RFPIEGAADA DIGANALLTY TLSPSDYFSL DVEASDELSK SLWLELRKYL DREETPELHL LLTATDGGKP ELQGTVELLI TVLDVNDNAP LFDQAVYRVH LLETTANGTL VTTLNASDAD EGVNGEVVFS FDSGISRDIQ EKFKVDSSSG EIRLIDKLDY EETKSYEIQV KAVDKGSPPM SNHCKVLVKV LDVNDNAPEL AVTSLYLPIR EDAPLSTVIA LITVSDRDSG ANGQVTCSLM PHVPFKLVST FKNYYSLVLD SALDRESLSV YELVVTARDG GSPSLWATAR VSVEVADVND NAPAFAQPEY TVFVKENNPP GCHIFTVSAR DADAQENALV SYSLVERRVG ERALSNYVSV HAESGKVYAL QPLDHEELEL LQFQVSARDA GVPPLGSNVT LQVFVLDEND NAPALLAPRV GGTIGAVSEL VPRLVGAGHV VAKVRAVDAD SGYNAWLSYE LQPAAGGARI PFRVGLYTGE ISTTRVLDEA DLSRYRLLVL VKDHGEPALT ATATVLVSLV ESGQAPKASS RASVGVAGPE AALVDVNVYL IIAICAVSSL LVLTLLLYTA LRCSVPPTEG AYVPGKPTLV CSSALGSWSN SQQRRQRVCS SEGPPKTDLM AFSPGLSPSL NTSERNEQPE ANLDLSGNPR QPNPDWRYSA SLRAGMHSSV HLEEAGILRA GPGGPDQQWP TVSSATPEPE AGEVSPPVGA GVNSNSWTFK YGPGNPKQSG PGELPDKFII PGSPAIISIR QEPTNSQIDK SDFITFGKKE ETKKKKKKKK GNKTQEKKEK GNSTTDNSDQ * | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.63 s | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999923898413 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr5:140230370A>CN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PCDHA1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000394633 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_031411 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9Y5I3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.64495A>C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs369636
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 62893 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 1751 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1700 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2061 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 64495 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 140230370 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTAAGCAGAAGACCGACCTCATG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTCAGCAGAAGACCGACCTCATG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MVFSRRGGLG ARDLLLWLLL LAAWEVGSGQ LHYSIPEEAK HGTFVGRVAQ DLGLELAELV PRLFRVASKT HRDLLEVNLQ NGILFVNSRI DREELCQWSA ECSIHLELIA DRPLQVFHVE VKVKDINDNP PVFRGREQII FIPESRLLNS RFPIEGAADA DIGANALLTY TLSPSDYFSL DVEASDELSK SLWLELRKYL DREETPELHL LLTATDGGKP ELQGTVELLI TVLDVNDNAP LFDQAVYRVH LLETTANGTL VTTLNASDAD EGVNGEVVFS FDSGISRDIQ EKFKVDSSSG EIRLIDKLDY EETKSYEIQV KAVDKGSPPM SNHCKVLVKV LDVNDNAPEL AVTSLYLPIR EDAPLSTVIA LITVSDRDSG ANGQVTCSLM PHVPFKLVST FKNYYSLVLD SALDRESLSV YELVVTARDG GSPSLWATAR VSVEVADVND NAPAFAQPEY TVFVKENNPP GCHIFTVSAR DADAQENALV SYSLVERRVG ERALSNYVSV HAESGKVYAL QPLDHEELEL LQFQPRQPNP DWRYSASLRA GMHSSVHLEE AGILRAGPGG PDQQWPTVSS ATPEPEAGEV SPPVGAGVNS NSWTFKYGPG NPKQSGPGEL PDKFIIPGSP AIISIRQEPT NSQIDKSDFI TFGKKEETKK KKKKKKGNKT QEKKEKGNST TDNSDQ* | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.73 s | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999923898413 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr5:140230370A>CN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PCDHA2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000526136 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_018905 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9Y5H9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.55927A>C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs369636
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 53433 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 2537 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 2486 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2847 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 55927 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 140230370 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTAAGCAGAAGACCGACCTCATG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTCAGCAGAAGACCGACCTCATG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MASSIRRGRG AWTRLLSLLL LAAWEVGSGQ LRYSVPEEAK HGTFVGRIAQ DLGLELEELV PRLFRVASKR HGDLLEVNLQ NGILFVNSRI DREELCGRSA ECSIHVEVIV DRPLQVFHVE VEVKDINDNP PIFPMTVKTI RFPESRLLDS RFPLEGASDA DIGVNALLSY KLSSSEFFFL DIQANDELSE SLSLVLGKSL DREETAEVNL LLVATDGGKP ELTGTVQILI KVLDVNDNEP TFAQSVYKVK LLENTANGTL VVKLNASDAD EGPNSEIVYS LGSDVSSTIQ TKFTIDPISG EIRTKGKLDY EEAKSYEIQV TATDKGTPSM SGHCKISLKL VDINDNTPEV SITSLSLPIS ENASLGTVIA LITVSDRDSG TNGHVTCSLT PHVPFKLVST FKNYYSLVLD SALDRESVSA YELVVTARDG GSPSLWATTS VSIEVADVND NAPAFAQPEY TVFVKENNPP GCHIFTVSAW DADAQENALV SYSLVERRVG ERALSSYVSV HAESGKVYAL QPLDHEEVEL LQFQVSARDA GVPPLGSNVT LQVFVLDEND NAPALLAPRA GTAAGAVSEL VPWSVGAGHV VAKVRAVDAD SGYNAWLSYE LQLGTGSARI PFRVGLYTGE ISTTRALDEA DSPRHRLLVL VKDHGEPALT ATATVLVSLV ESGQAPKASS RAWVGAAGSE ATLVDVNVYL IIAICAVSSL LVLTVLLYTA LRCSVPPTEG ARAPGKPTLV CSSAVGSWSY SQQRRQRVCS GEDPPKTDLM AFSPSLSQGP DSAEEKQLSE SEYVGKPRQP NPDWRYSASL RAGMHSSVHL EEAGILRAGP GGPDQQWPTV SSATPEPEAG EVSPPVGAGV NSNSWTFKYG PGNPKQSGPG ELPDKFIIPG SPAIISIRQE PTNSQIDKSD FITFGKKEET KKKKKKKKGN KTQEKKEKGN STTDNSDQ* | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.62 s | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999923898413 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr5:140230370A>CN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PCDHA4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000512229 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UN74 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.43712A>C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs369636
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 41213 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 115 / 115 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 2750 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 2585 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2706 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 43712 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 140230370 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTAAGCAGAAGACCGACCTCATG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTCAGCAGAAGACCGACCTCATG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MEFSWGSGQE SRRLLLLLLL LAAWEAGNGQ LHYSVSEEAK HGTFVGRIAQ DLGLELAELV PRLFRVASKG RGGLLEVNLQ NGILFVNSRI DREELCRRSA ECSIHLEVIV DRPLQVFHVD VEVRDINDNP PVFPATQKNL SIAESRPLDS RFPLEGASDA DIGENALLTY RLSPNEYFSL EKPPDDELVK GLGLILRKSL DREEAPEIFL VLTATDGGKP ELTGTVQLLI TVLDANDNAP AFDRTIYKVR LLENVPNGTL VIKLNASDLD EGLNGDIVYS FSNDISPNVK SKFHIDPITG QIIVKGYIDF EESKSYEIIV EGIDKGQLPL SGHCRVIVEV EDNNDNVPDL EFKSLSLPIR EDAPLGTVIA LISVSDKDMG VNGLVTCSLT SHVPFKLVST FKNYYSLVLD SALDRESVSA YELVVTARDG GSPSLWATAS VSVEVADVND NAPAFAQPEY TVFVKENNPP GCHIFTVSAW DADAQENALV SYSLVERRVG ERALSSYVSV HAESGKVYAL QPLDHEELEL LQFQVTARDA GVPPLGSNVT LQVFVLDEND NAPALLAPRA GGTGGAVSEL VPWSVGVGHV VAKVRAVDAD SGYNAWLSYE LQPGTGGARI PFRVGLYTGE ISTTRALDET DAPRHRLLVL VKDHGEPALT ATATVLVSLV ESGQAPKASS RALVGAVGPD AALVDVNVYL IIAICAVSSL LVLTLLLYTA LRCSALPTEG ACAPGKPTLV CSSAVGSWSY SQQRRPRVCS GEGPPKTDLM AFSPSLPDSR DREDQLQTTE ESFAKPRQPN PDWRYSASLR AGMHSSVHLE EAGILRAGPG GPDQQWPTVS SATPEPEAGE VSPPVGAGVN SNSWTFKYGP GNPKQSGPEP KKQTQVSFLL RRKGEASQPR Q* | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.67 s | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999923898413 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr5:140230370A>CN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PCDHA3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000522353 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_018906 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9Y5H8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.49588A>C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs369636
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 47194 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 2543 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 2492 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2853 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 49588 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 140230370 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTAAGCAGAAGACCGACCTCATG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTCAGCAGAAGACCGACCTCATG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MLFSWREDPG AQCLLLSLLL LAASEVGSGQ LHYSVSEEAK HGTFVGRIAQ DLGLELAELV PRLFRVASKR HGDLLEVNLQ NGILFVNSRI DREELCGRSA ECSIHLEVIV DRPLQVFHVE VEVKDINDNA PVFPMAVKNL FISESRQPGS RFSLEGASDA DIGTNSLLTY SLDSTEYFTL DVKRNDEEIK SLGLVLKKNL NREDTPKHYL LITAIDGGKP ELTGTTQLKI TVLDVNDNAP AFERTIYKVR LLENAPNGTL VVTVNATDLD EGVNKDIAYS FNTDMSADIL SKFHLDPVNG QISVKGNIDF EESKSYEIQV EATDKGNPPM SDHCTVLLEI VDINDNVPEL VIQSLSLPVL EDSPLSTVIA LISVSDRDSG VNGQVTCSLT PHVPFKLVST FKNYYSLVLD SPLDRESVSA YELVVTARDG GSPSLWATAS VSVEVADVND NAPAFSQSEY TVFVKENNPP GCHIFTVSAR DADAQENALV SYSLVERRVG ERALSSYVSV HAESGKVYAL QPLDHEELEL LQFQVSARDA GVPPLGSNVT LQVFVLDEND NAPALLMPRV GGIGGAVSEL VPRSVGAGHV VAKVRAVDAD SGYNAWLSYE LQPGTGGARI PFRVGLYTGE ISTTRALDEV DAPRHRLLVL VKDHGEPSLT ATATVLVSLV ESGQAPKASS QASAGATGPE AALVDVNVYL IVAICAVSSL LVLTLLLYTA LRCSAPPTEG DCGPGKPTLV CSSAVGSWSY SQQRQQRVCS GEGLPKTDLM AFSPSLPPCP ISRDREEKQD VDVDLSAKPR QPNPDWRYSA SLRAGMHSSV HLEEAGILRA GPGGPDQQWP TVSSATPEPE AGEVSPPVGA GVNSNSWTFK YGPGNPKQSG PGELPDKFII PGSPAIISIR QEPTNSQIDK SDFITFGKKE ETKKKKKKKK GNKTQEKKEK GNSTTDNSDQ * | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.62 s | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999923898413 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr5:140230370A>CN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PCDHA5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000529619 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9Y5H7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.29149A>C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs369636
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 26658 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 140 / 140 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 2742 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 2552 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2673 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 29149 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 140230370 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTAAGCAGAAGACCGACCTCATG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTCAGCAGAAGACCGACCTCATG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MVYSRRGSLG SRLLLLWLLL AYWKAGSGQL HYSIPEEAKH GTFVGRIAQD LGLELAELVP RLFRVASKGR GDLLEVNLQN GILFVNSRID REELCRRRAE CSIHLEVIVD RPLQVFHVEV AVKDINDNPP RFSRQEQRLF ILESRMPDSR FPLEGASDLD IGANAQLRYR LNPNEYFDLD VKTNEEETNF LELVLRKSLD REETQEHRLL VIATDGGKPE LTGTVQLLIN VLDANDNAPE FDKSIYNVRL LENAPSGTLV IKLNASDADE GINKEIVYFF SNLVLDDVKS KFIINSNTGE IKVNGELDYE DYNSYEINID AMDKSTFPLS GHCKVVVKLL DVNDNTPEMA ITTLFLPVKE DAPLSTVIAL ISVSDRDSGA NGQVTCSLMP HVPFKLVSTF KNYYSLVLDS ALDRESVSVY ELVVTARDGG SPSLWATASV SVEVADVNDN APAFAQPQYT VFVKENNPPG CHIFTVSARD ADAQENALVS YSLVERRVGE RPLSSYVSVH AESGKVYALQ PLDHEEVELL QFQVSARDAG VPPLGSNVTL QVFVLDENDN APALLVPRVG GTGGAVSELV PRSVGAGHVV AKVRAVDPDS GYNAWLSYEL QPAPGSARIP FRVGLYTGEI STTRSLDETE APRHRLLVLV KDHGEPPLTA TATVLVSLVE SGQAPKASSR ASAGAVGPEA ALVDVNVYLI IAICAVSSLL VLTLLLYTAL RCSAQPTEAV CTRGKPTLLC SSAVGSWSYS QQRRQRVCSG EAPPKTDLMA FSPSLPQGPT STDNPRQPNP DWRYSASLRA GMHSSVHLEE AGILRAGPGG PDQQWPTVSS ATPEPEAGEV SPPVGAGVNS NSWTFKYGPG NPKQSGPEPK KQTQVSFLLR RKGEASQPRQ * | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.67 s | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999923898413 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr5:140230370A>CN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PCDHA4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000530339 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_018907 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UN74 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.43712A>C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs369636
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 41213 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 2534 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 2483 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2844 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 43712 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 140230370 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTAAGCAGAAGACCGACCTCATG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTCAGCAGAAGACCGACCTCATG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MEFSWGSGQE SRRLLLLLLL LAAWEAGNGQ LHYSVSEEAK HGTFVGRIAQ DLGLELAELV PRLFRVASKG RGGLLEVNLQ NGILFVNSRI DREELCRRSA ECSIHLEVIV DRPLQVFHVD VEVRDINDNP PVFPATQKNL SIAESRPLDS RFPLEGASDA DIGENALLTY RLSPNEYFSL EKPPDDELVK GLGLILRKSL DREEAPEIFL VLTATDGGKP ELTGTVQLLI TVLDANDNAP AFDRTIYKVR LLENVPNGTL VIKLNASDLD EGLNGDIVYS FSNDISPNVK SKFHIDPITG QIIVKGYIDF EESKSYEIIV EGIDKGQLPL SGHCRVIVEV EDNNDNVPDL EFKSLSLPIR EDAPLGTVIA LISVSDKDMG VNGLVTCSLT SHVPFKLVST FKNYYSLVLD SALDRESVSA YELVVTARDG GSPSLWATAS VSVEVADVND NAPAFAQPEY TVFVKENNPP GCHIFTVSAW DADAQENALV SYSLVERRVG ERALSSYVSV HAESGKVYAL QPLDHEELEL LQFQVTARDA GVPPLGSNVT LQVFVLDEND NAPALLAPRA GGTGGAVSEL VPWSVGVGHV VAKVRAVDAD SGYNAWLSYE LQPGTGGARI PFRVGLYTGE ISTTRALDET DAPRHRLLVL VKDHGEPALT ATATVLVSLV ESGQAPKASS RALVGAVGPD AALVDVNVYL IIAICAVSSL LVLTLLLYTA LRCSALPTEG ACAPGKPTLV CSSAVGSWSY SQQRRPRVCS GEGPPKTDLM AFSPSLPDSR DREDQLQTTE ESFAKPRQPN PDWRYSASLR AGMHSSVHLE EAGILRAGPG GPDQQWPTVS SATPEPEAGE VSPPVGAGVN SNSWTFKYGP GNPKQSGPGE LPDKFIIPGS PAIISIRQEP TNSQIDKSDF ITFGKKEETK KKKKKKKGNK TQEKKEKGNS TTDNSDQ* | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.67 s | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999923898413 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr5:140230370A>CN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PCDHA5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000529859 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_018908 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9Y5H7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.29149A>C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs369636
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 26658 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 2501 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 2450 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2811 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 29149 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 140230370 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTAAGCAGAAGACCGACCTCATG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTCAGCAGAAGACCGACCTCATG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MVYSRRGSLG SRLLLLWLLL AYWKAGSGQL HYSIPEEAKH GTFVGRIAQD LGLELAELVP RLFRVASKGR GDLLEVNLQN GILFVNSRID REELCRRRAE CSIHLEVIVD RPLQVFHVEV AVKDINDNPP RFSRQEQRLF ILESRMPDSR FPLEGASDLD IGANAQLRYR LNPNEYFDLD VKTNEEETNF LELVLRKSLD REETQEHRLL VIATDGGKPE LTGTVQLLIN VLDANDNAPE FDKSIYNVRL LENAPSGTLV IKLNASDADE GINKEIVYFF SNLVLDDVKS KFIINSNTGE IKVNGELDYE DYNSYEINID AMDKSTFPLS GHCKVVVKLL DVNDNTPEMA ITTLFLPVKE DAPLSTVIAL ISVSDRDSGA NGQVTCSLMP HVPFKLVSTF KNYYSLVLDS ALDRESVSVY ELVVTARDGG SPSLWATASV SVEVADVNDN APAFAQPQYT VFVKENNPPG CHIFTVSARD ADAQENALVS YSLVERRVGE RPLSSYVSVH AESGKVYALQ PLDHEEVELL QFQVSARDAG VPPLGSNVTL QVFVLDENDN APALLVPRVG GTGGAVSELV PRSVGAGHVV AKVRAVDPDS GYNAWLSYEL QPAPGSARIP FRVGLYTGEI STTRSLDETE APRHRLLVLV KDHGEPPLTA TATVLVSLVE SGQAPKASSR ASAGAVGPEA ALVDVNVYLI IAICAVSSLL VLTLLLYTAL RCSAQPTEAV CTRGKPTLLC SSAVGSWSYS QQRRQRVCSG EAPPKTDLMA FSPSLPQGPT STDNPRQPNP DWRYSASLRA GMHSSVHLEE AGILRAGPGG PDQQWPTVSS ATPEPEAGEV SPPVGAGVNS NSWTFKYGPG NPKQSGPGEL PDKFIIPGSP AIISIRQEPT NSQIDKSDFI TFGKKEETKK KKKKKKGNKT QEKKEKGNST TDNSDQ* | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.68 s | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999923898413 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr5:140230370A>CN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PCDHA6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000529310 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_018909 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UN73 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.22808A>C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs369636
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 20300 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 115 / 115 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 2657 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 2492 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2853 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 22808 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 140230370 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTAAGCAGAAGACCGACCTCATG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTCAGCAGAAGACCGACCTCATG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MVFTPEDRLG KQCLLLPLLL LAAWKVGSGQ LHYSVPEEAK HGTFVGRIAQ DLGLELAELV PRLFRMASKD REDLLEVNLQ NGILFVNSRI DREELCGRSA ECSIHLEVIV DRPLQVFHVD VEVRDINDNP PLFPVEEQRV LIYESRLPDS VFPLEGASDA DVGSNSILTY KLSSSEYFGL DVKINSDDNK QIGLLLKKSL DREEAPAHNL FLTATDGGKP ELTGTVQLLV TVLDVNDNAP TFEQSEYEVR IFENADNGTT VIRLNASDRD EGANGAISYS FNSLVAAMVI DHFSIDRNTG EIVIRGNLDF EQENLYKILI DATDKGHPPM AGHCTVLVRI LDKNDNVPEI ALTSLSLPVR EDAQFGTVIA LISVNDLDSG ANGQVNCSLT PHVPFKLVST FKNYYSLVLD SALDRESVSA YELVVTARDG GSPSLWATAS LSVEVADMND NAPAFAQPEY TVFVKENNPP GCHIFTVSAR DADAQENALV SYSLVERRVG ERALSSYISV HAESGKVYAL QPLDHEELEL LQFQVSARDA GVPPLGSNVT LQVFVLDEND NAPALLAPRV GGTGGAVSEL VPRSLGAGQV VAKVRAVDAD SGYNAWLSYE LQPPASSARF PFRVGLYTGE ISTTRVLDEA DSPRHRLLVL VKDHGEPALT ATATVLVSLV ESGQAPKASS RASVGAAGPE AALVDVNVYL IIAICAVSSL LVLTLLLYTA LRCSAPPTEG ACTADKPTLV CSSAVGSWSY SQQRRQRVCS GEGPPKMDLM AFSPSLSPCP IMMGKAENQD LNEDHDAKPR QPNPDWRYSA SLRAGMHSSV HLEEAGILRA GPGGPDQQWP TVSSATPEPE AGEVSPPVGA GVNSNSWTFK YGPGNPKQSG PGELPDKFII PGSPAIISIR QEPTNSQIDK SDFITFGKKE ETKKKKKKKK GNKTQEKKEK GNSTTDNSDQ * | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.66 s | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999923898413 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr5:140230370A>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PCDHA6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000527624 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_031849 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UN73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.22808A>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs369636
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 21092 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 28 / 28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 1778 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1700 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2061 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 22808 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 140230370 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTAAGCAGAAGACCGACCTCATG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTCAGCAGAAGACCGACCTCATG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MVFTPEDRLG KQCLLLPLLL LAAWKVGSGQ LHYSVPEEAK HGTFVGRIAQ DLGLELAELV PRLFRMASKD REDLLEVNLQ NGILFVNSRI DREELCGRSA ECSIHLEVIV DRPLQVFHVD VEVRDINDNP PLFPVEEQRV LIYESRLPDS VFPLEGASDA DVGSNSILTY KLSSSEYFGL DVKINSDDNK QIGLLLKKSL DREEAPAHNL FLTATDGGKP ELTGTVQLLV TVLDVNDNAP TFEQSEYEVR IFENADNGTT VIRLNASDRD EGANGAISYS FNSLVAAMVI DHFSIDRNTG EIVIRGNLDF EQENLYKILI DATDKGHPPM AGHCTVLVRI LDKNDNVPEI ALTSLSLPVR EDAQFGTVIA LISVNDLDSG ANGQVNCSLT PHVPFKLVST FKNYYSLVLD SALDRESVSA YELVVTARDG GSPSLWATAS LSVEVADMND NAPAFAQPEY TVFVKENNPP GCHIFTVSAR DADAQENALV SYSLVERRVG ERALSSYISV HAESGKVYAL QPLDHEELEL LQFQPRQPNP DWRYSASLRA GMHSSVHLEE AGILRAGPGG PDQQWPTVSS ATPEPEAGEV SPPVGAGVNS NSWTFKYGPG NPKQSGPGEL PDKFIIPGSP AIISIRQEPT NSQIDKSDFI TFGKKEETKK KKKKKKGNKT QEKKEKGNST TDNSDQ* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.66 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999923898413 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr5:140230370A>CN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PCDHA8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000531613 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_018911 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9Y5H6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.9464A>C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs369636
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 7070 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 2543 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 2492 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2853 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 9464 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 140230370 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTAAGCAGAAGACCGACCTCATG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTCAGCAGAAGACCGACCTCATG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MDYHWRGELG SWRLLLLLLL LAAWKVGSGQ LHYSVPEEAK HGTFVGRIAQ DLGLELAELV PRLFRVASKR HRDLLEVSLQ NGILFVNSRI DREELCGRSA ECSIHLEVIV DRPLQVFHVD VEVKDVNDNP PVFRVKDQKL FVSESRMPDS RFPLEGASDA DVGANSVLTY RLSSHDYFML DVNSKNDENK LVELVLRKSL DREDAPAHHL FLTATDGGKP ELTGTVQLLV TVLDVNDNAP TFEQSEYEVR IFENADNGTT VIKLNASDPD EGANGAISYS FNSLVETMVI DHFSIDRNTG EIVIRGNLDF EQENLYKILI DATDKGHPPM AGHCTVLVRI LDKNDNVPEI ALTSLSLPVR EDAQFGTVIA LISVNDLDSG ANGQVTCSLM PHVPFKLVST FKNYYSLVLD SALDRERVSA YELVVTARDG GSPSLWATAS LSVEVADVND NAPAFAQPEY TVFVKENNPP GCHIFTVSAR DADAQENALV SYSLVERRVG ERSLSSYISV HTESGKVYAL QPLDHEELEL LQFQVSARDA GVPPLGSNVT LQVFVLDEND NAPALLEPRV GGTGGAASKL VPRSVGAGHV VAKVRAVDAD SGYNAWLSYE LQPAASSPRI PFRVGLYTGE ISTTRVLDEA DSPRHRLLVL VKDHGEPALT ATATVLVSLV ESGQAPKASS RQSAGVLGPE AALVDVNVYL IIAICAVSSL LVLTLLLYTA LRCSALPTEG GCRAGKPTLV CSSAVGSWSY SQQQPQRVCS GEGPPKTDLM AFSPCLPPDL GSVDVGEEQD LNVDHGLKPR QPNPDWRYSA SLRAGMHSSV HLEEAGILRA GPGGPDQQWP TVSSATPEPE AGEVSPPVGA GVNSNSWTFK YGPGNPKQSG PGELPDKFII PGSPAIISIR QEPTNSQIDK SDFITFGKKE ETKKKKKKKK GNKTQEKKEK GNSTTDNSDQ * | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.71 s | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999923898413 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr5:140230370A>CN/A show variant in all transcripts IGV | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | PCDHA7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000525929 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_018910 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q9UN72 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | intron | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | g.16402A>C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs369636
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | H3K27me3, Histone, Histone 3 Lysine 27 Tri-Methylation H3K36me3, Histone, Histone 3 Lysine 36 Tri-Methylation H3K9me3, Histone, Histone 3 Lysine 9 Tri-Methylation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 14047 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 1 / 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 2504 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 2453 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2814 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 16402 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 140230370 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTAAGCAGAAGACCGACCTCATG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GGGTGTGCTCTGGCGAGGGTCAGCAGAAGACCGACCTCATG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MVCPNGYDPG GRHLLLFIII LAAWEAGRGQ LHYSVPEEAK HGNFVGRIAQ DLGLELAELV PRLFRAVCKF RGDLLEVNLQ NGILFVNSRI DREELCGRSA ECSIHLEVIV ERPLQVFHVD VEVKDINDNP PVFPATQRNL FIAESRPLDS RFPLEGASDA DIGENALLTY RLSPNEYFFL DVPTSNQQVK PLGLVLRKLL DREETPELHL LLTATDGGKP ELTGTVQLLI TVLDNNDNAP VFDRTLYTVK LPENVSIGTL VIHPNASDLD EGLNGDIIYS FSSDVSPDIK SKFHMDPLSG AITVIGHMDF EESRAHKIPV EAVDKGFPPL AGHCTVLVEV VDVNDNAPQL TLTSLSLPIP EDAQPGTVIT LISVFDRDFG VNGQVTCSLT PRVPFKLVST FKNYYSLVLD SALDRESVSA YELVVTARDG GSPSLWATAS VSVEVADVND NAPAFAQPEY TVFVKENNPP GCHIFTVSAG DADAQKNALV SYSLVELRVG ERALSSYVSV HAESGKVYAL QPLDHEELEL LQFQVSARDA GVPPLGSNVT LQVFVLDEND NAPALLAPRV GGTGGAVREL VPRSVGAGHV VAKVRAVDAD SGYNAWLSYE LQPVAAGASI PFRVGLYTGE ISTTRALDET DAPRHRLLVL VKDHGEPSLT ATATVLVSLV ESGQAPKASS RASLGIAGPE TELVDVNVYL IIAICAVSSL LVLTLLLYTA LRCSAPSSEG ACSLVKPTLV CSSAVGSWSF SQQRRQRVCS GEGPPKTDLM AFSPSLPQGP SSTDNPRQPN PDWRYSASLR AGMHSSVHLE EAGILRAGPG GPDQQWPTVS SATPEPEAGE VSPPVGAGVN SNSWTFKYGP GNPKQSGPGE LPDKFIIPGS PAIISIRQEP TNSQIDKSDF ITFGKKEETK KKKKKKKGNK TQEKKEKGNS TTDNSDQ* | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.62 s | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||