MutationTaster - study a chromosomal position |
MTQE documentation |
genesymbol | prediction | probability | model | prediction problem | splicing | ClinVar | amino acid changes | variant type | dbSNP ID | protein length | file |
MLIP | polymorphism_automatic | 6.25000051712732e-12 | simple_aae | affected | E444A | single base exchange | rs2754779 | show file | |||
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mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.99999999999375 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:54002231A>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | MLIP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000514921 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q5VWP3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1331A>C cDNA.1444A>C g.207452A>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | E444A Score: 107 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 444 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2754779
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 719 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 2748 / 2748 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 916 / 916 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 2861 / 2861 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 114 / 114 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 2799 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 2635 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2748 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1331 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1444 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 207452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 54002231 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GCTCACACTTGACCAAAAAGAAAAGCAGACCCCACCCACGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GCTCACACTTGACCAAAAAGCAAAGCAGACCCCACCCACGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GCTCACACTTGACCAAAAAGAAAAGCAGACCCCACCCACGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GCTCACACTTGACCAAAAAGCAAAGCAGACCCCACCCACGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MELEKREKRS LLNKNLEEKL TVSAGGSEAK PLIFTFVPTV RRLPTHTQLA DTSKFLVKIP EESSDKSPET VNRSKSNDYL TLNAGSQQER DQAKLTCPSE VSGTILQERE FEANKLQGMQ QSDLFKAEYV LIVDSEGEDE AASRKVEQGP PGGIGTAAVR PKSLAISSSL VSDVVRPKTQ GTDLKTSSHP EMLHGMAPQQ KHGQLTSSPT TSEQLACKPP AFSFVSPTNP NTPPDPVNLE GASVLEEFHT RRLDVGGAVV EESATYFQTT AHSTPFSASK GTSSTLLFPH STQLSGSNLP SSTAADPKPG LTSEVLKKTT LTSHVLSHGE SPRTSSSPPS SSASLKSNSA SYIPVRIVTH SLSPSPKPFT SSFHGSSSTI CSQMSSSGNL SKSGVKSPVP SRLALLTAIL KSNPSHQRPF SPASCPTFSL NSPASSTLTL DQKEKQTPPT PKKSLSSCSL RAGSPDQGEL QVSELTQQSF HLPVFTKSTP LSQAPSLSPT KQASSSLASM NVERTPSPTL KSNTMLSLLQ TSTSSSVGLP PVPPSSSLSS LKSKQDGDLR GPENPRNIHT YPSTLASSAL SSLSPPINQR ATFSSSEKCF HPSPALSSLI NRSKRASSQL SGQELNPSAL PSLPVSSADF ASLPNLRSSS LPHANLPTLV PQLSPSALHP HCGSGTLPSR LGKSESTTPN HRSPVSTPSL PISLTRTEEL ISPCALSMST GPENKKSKQY KTKSSYKAFA AIPTNTLLLE QKALDEPAKT ESVSKDNTLE PPVELYFPAQ LRQQTEELCA TIDKVLQDSL SMHSSDSPSR SPKTLLGSDT VKTPTTLPRA AGRETKYANL SSPSSTVSES QLTKPGVIRP VPVKSRILLK KEEEVYEPNP FSKYLEDNSD LFSEQAAHSV DSYCNGSDTS GPWLL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MELEKREKRS LLNKNLEEKL TVSAGGSEAK PLIFTFVPTV RRLPTHTQLA DTSKFLVKIP EESSDKSPET VNRSKSNDYL TLNAGSQQER DQAKLTCPSE VSGTILQERE FEANKLQGMQ QSDLFKAEYV LIVDSEGEDE AASRKVEQGP PGGIGTAAVR PKSLAISSSL VSDVVRPKTQ GTDLKTSSHP EMLHGMAPQQ KHGQLTSSPT TSEQLACKPP AFSFVSPTNP NTPPDPVNLE GASVLEEFHT RRLDVGGAVV EESATYFQTT AHSTPFSASK GTSSTLLFPH STQLSGSNLP SSTAADPKPG LTSEVLKKTT LTSHVLSHGE SPRTSSSPPS SSASLKSNSA SYIPVRIVTH SLSPSPKPFT SSFHGSSSTI CSQMSSSGNL SKSGVKSPVP SRLALLTAIL KSNPSHQRPF SPASCPTFSL NSPASSTLTL DQKAKQTPPT PKKSLSSCSL RAGSPDQGEL QVSELTQQSF HLPVFTKSTP LSQAPSLSPT KQASSSLASM NVERTPSPTL KSNTMLSLLQ TSTSSSVGLP PVPPSSSLSS LKSKQDGDLR GPENPRNIHT YPSTLASSAL SSLSPPINQR ATFSSSEKCF HPSPALSSLI NRSKRASSQL SGQELNPSAL PSLPVSSADF ASLPNLRSSS LPHANLPTLV PQLSPSALHP HCGSGTLPSR LGKSESTTPN HRSPVSTPSL PISLTRTEEL ISPCALSMST GPENKKSKQY KTKSSYKAFA AIPTNTLLLE QKALDEPAKT ESVSKDNTLE PPVELYFPAQ LRQQTEELCA TIDKVLQDSL SMHSSDSPSR SPKTLLGSDT VKTPTTLPRA AGRETKYANL SSPSSTVSES QLTKPGVIRP VPVKSRILLK KEEEVYEPNP FSKYLEDNSD LFSEQAAHSV DSYCNGSDTS GPWLL* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.11 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: simple_aae, prob: 0.99999999999375 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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name of alteration | no title | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:54002231A>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HGNC symbol | MLIP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000502396 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UniProt peptide | Q5VWP3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alteration region | CDS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA changes | c.1364A>C cDNA.1396A>C g.207452A>C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA changes | E455A Score: 107 explain score(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | 455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
frameshift | no | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2754779
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
regulatory features | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
distance from splice site | 719 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
protein features | no protein features affected | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of protein | normal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AA sequence altered | yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | 2982 / 2982 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | 994 / 994 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | 3014 / 3014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 33 / 33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 3009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 2926 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
length of CDS | 2982 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | 1364 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 1396 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 207452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 54002231 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GCTCACACTTGACCAAAAAGAAAAGCAGACCCCACCCACGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GCTCACACTTGACCAAAAAGCAAAGCAGACCCCACCCACGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | GCTCACACTTGACCAAAAAGAAAAGCAGACCCCACCCACGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | GCTCACACTTGACCAAAAAGCAAAGCAGACCCCACCCACGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MLSEQGLLSD CGNNYFQMTS CILSGSIQTT PQVSAGGSEA KPLIFTFVPT VRRLPTHTQL ADTSKFLVKI PEESSDKSPE TVNRSKSNDY LTLNAGSQQE RDQAKLTCPS EVSGTILQER EFEANKLQGM QQSDLFKAEY VLIVDSEGED EAASRKVEQG PPGGIGTAAV RPKSLAISSS LVSDVVRPKT QGTDLKTSSH PEMLHGMAPQ QKHGQLTSSP TTSEQLACKP PAFSFVSPTN PNTPPDPVNL EGASVLEEFH TRRLDVGGAV VEESATYFQT TAHSTPFSAS KGTSSTLLFP HSTQLSGSNL PSSTAADPKP GLTSEVLKKT TLTSHVLSHG ESPRTSSSPP SSSASLKSNS ASYIPVRIVT HSLSPSPKPF TSSFHGSSST ICSQMSSSGN LSKSGVKSPV PSRLALLTAI LKSNPSHQRP FSPASCPTFS LNSPASSTLT LDQKEKQTPP TPKKSLSSCS LRAGSPDQGE LQVSELTQQS FHLPVFTKST PLSQAPSLSP TKQASSSLAS MNVERTPSPT LKSNTMLSLL QTSTSSSVGL PPVPPSSSLS SLKSKQDGDL RGPENPRNIH TYPSTLASSA LSSLSPPINQ RATFSSSEKC FHPSPALSSL INRSKRASSQ LSGQELNPSA LPSLPVSSAD FASLPNLRSS SLPHANLPTL VPQLSPSALH PHCGSGTLPS RLGKSESTTP NHRSPVSTPS LPISLTRTEE LISPCALSMS TGPENKKSKQ YKTKSSYKAF AAIPTNTLLL EQKALDEPAK TESVSKDNTL EPPVELYFPA QLRQQTEELC ATIDKVLQDS LSMHSSDSPS RSPKTLLGSD TVKTPTTLPR AAGRETKYAN LSSPSSTVSE SQLTKPGVIR PVPVKSRILL KKEEEVYEPN PFSKYLEDNS DLFSEQDVTV PPKPVSLHPL YQTKLYPPAK SLLHPQTLSH ADCLAPGPFS HLSFSLSDEQ ENSHTLLSHN ACNKLSHPMV AIPEHEALDS KEQ* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutated AA sequence | MLSEQGLLSD CGNNYFQMTS CILSGSIQTT PQVSAGGSEA KPLIFTFVPT VRRLPTHTQL ADTSKFLVKI PEESSDKSPE TVNRSKSNDY LTLNAGSQQE RDQAKLTCPS EVSGTILQER EFEANKLQGM QQSDLFKAEY VLIVDSEGED EAASRKVEQG PPGGIGTAAV RPKSLAISSS LVSDVVRPKT QGTDLKTSSH PEMLHGMAPQ QKHGQLTSSP TTSEQLACKP PAFSFVSPTN PNTPPDPVNL EGASVLEEFH TRRLDVGGAV VEESATYFQT TAHSTPFSAS KGTSSTLLFP HSTQLSGSNL PSSTAADPKP GLTSEVLKKT TLTSHVLSHG ESPRTSSSPP SSSASLKSNS ASYIPVRIVT HSLSPSPKPF TSSFHGSSST ICSQMSSSGN LSKSGVKSPV PSRLALLTAI LKSNPSHQRP FSPASCPTFS LNSPASSTLT LDQKAKQTPP TPKKSLSSCS LRAGSPDQGE LQVSELTQQS FHLPVFTKST PLSQAPSLSP TKQASSSLAS MNVERTPSPT LKSNTMLSLL QTSTSSSVGL PPVPPSSSLS SLKSKQDGDL RGPENPRNIH TYPSTLASSA LSSLSPPINQ RATFSSSEKC FHPSPALSSL INRSKRASSQ LSGQELNPSA LPSLPVSSAD FASLPNLRSS SLPHANLPTL VPQLSPSALH PHCGSGTLPS RLGKSESTTP NHRSPVSTPS LPISLTRTEE LISPCALSMS TGPENKKSKQ YKTKSSYKAF AAIPTNTLLL EQKALDEPAK TESVSKDNTL EPPVELYFPA QLRQQTEELC ATIDKVLQDS LSMHSSDSPS RSPKTLLGSD TVKTPTTLPR AAGRETKYAN LSSPSSTVSE SQLTKPGVIR PVPVKSRILL KKEEEVYEPN PFSKYLEDNS DLFSEQDVTV PPKPVSLHPL YQTKLYPPAK SLLHPQTLSH ADCLAPGPFS HLSFSLSDEQ ENSHTLLSHN ACNKLSHPMV AIPEHEALDS KEQ* | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
speed | 0.10 s | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999975415389 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:54002231A>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||
HGNC symbol | MLIP | ||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000274897 | ||||||||||||||||
Genbank transcript ID | NM_138569 | ||||||||||||||||
UniProt peptide | Q5VWP3 | ||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||
DNA changes | g.207452A>C | ||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2754779
| ||||||||||||||||
regulatory features | N/A | ||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||
distance from splice site | 11623 | ||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||
length of protein | N/A | ||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 114 / 114 | ||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 1485 | ||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 1321 | ||||||||||||||||
length of CDS | 1377 | ||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 207452 | ||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 54002231 | ||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GCTCACACTTGACCAAAAAGAAAAGCAGACCCCACCCACGC | ||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GCTCACACTTGACCAAAAAGCAAAGCAGACCCCACCCACGC | ||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MELEKREKRS LLNKNLEEKL TVSAGGSEAK PLIFTFVPTV RRLPTHTQLA DTSKFLVKIP EESSDKSPET VNRSKSNDYL TLNAGSQQER DQAKLTCPSE VSGTILQERE FEANKLQGMQ QSDLFKAEYV LIVDSEGEDE AASRKVEQGP PGGIGTAAVR PKSLAISSSL VSDVVRPKTQ GTDLKTSSHP EMLHGMAPQQ KHGQQYKTKS SYKAFAAIPT NTLLLEQKAL DEPAKTESVS KDNTLEPPVE LYFPAQLRQQ TEELCATIDK VLQDSLSMHS SDSPSRSPKT LLGSDTVKTP TTLPRAAGRE TKYANLSSPS STVSESQLTK PGVIRPVPVK SRILLKKEEE VYEPNPFSKY LEDNSDLFSE QDVTVPPKPV SLHPLYQTKL YPPAKSLLHP QTLSHADCLA PGPFSHLSFS LSDEQENSHT LLSHNACNKL SHPMVAIPEH EALDSKEQ* | ||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
speed | 0.08 s | ||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999975415389 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:54002231A>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||
HGNC symbol | MLIP | ||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000370877 | ||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||
UniProt peptide | Q5VWP3 | ||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||
DNA changes | g.207452A>C | ||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2754779
| ||||||||||||||||
regulatory features | N/A | ||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||
distance from splice site | 12568 | ||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||
length of protein | N/A | ||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 103 / 103 | ||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 904 | ||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 751 | ||||||||||||||||
length of CDS | 807 | ||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 207452 | ||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 54002231 | ||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GCTCACACTTGACCAAAAAGAAAAGCAGACCCCACCCACGC | ||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GCTCACACTTGACCAAAAAGCAAAGCAGACCCCACCCACGC | ||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MELEKREKRS LLNKNLEEKL TSKSNDYLTL NAGSQQERDQ AKLTCPSEVS GTILQEREFE ANKLQGMQQS DLFKAEYVLI VDSEGEDEAA SRKVEQGPPG GIGTAAVRPK SLAISSSLVS DVVRPKTQGT DLKTSSHPEM LHGMAPQQKH GQALDEPAKT ESVSKDNTLE PPVEHSSDSP SRSPKTLLGS DTVKTPTTLP RAAGRETKYA NLSSPSSTVS ESQLTKPGVI RPVPVKSRIL LKKEEEVYEP NPFSKYLEDN SDLFSEQQ* | ||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
speed | 0.69 s | ||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999975415389 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:54002231A>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||
HGNC symbol | MLIP | ||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000370876 | ||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||
UniProt peptide | Q5VWP3 | ||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||
DNA changes | g.207452A>C | ||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2754779
| ||||||||||||||||
regulatory features | N/A | ||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||
distance from splice site | 12568 | ||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||
length of protein | N/A | ||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 47 / 47 | ||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 746 | ||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 649 | ||||||||||||||||
length of CDS | 705 | ||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 207452 | ||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 54002231 | ||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GCTCACACTTGACCAAAAAGAAAAGCAGACCCCACCCACGC | ||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GCTCACACTTGACCAAAAAGCAAAGCAGACCCCACCCACGC | ||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MCSWYLGFEC SSKSNDYLTL NAGSQQERDQ AKLTCPSEVS GTILQEREFE ANKLQGMQQS DLFKAEYVLI VDSEGEDEAA SRKVEQGPPG GIGTAAVRPK SLAISSSLVS DVVRPKTQGT DLKTSSHPEM LHGMAPQQKH GQTPTTLPRA AGRETKYANL SSPSSTVSES QLTKPGVIRP VPVKSRILLK KEEEVYEPNP FSKYLEDNSD LFSEQLSHPM VAIPEHEALD SKEQ* | ||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
speed | 0.85 s | ||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999975415389 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:54002231A>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||
HGNC symbol | MLIP | ||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000509997 | ||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||
UniProt peptide | Q5VWP3 | ||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||
DNA changes | g.207452A>C | ||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2754779
| ||||||||||||||||
regulatory features | N/A | ||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||
distance from splice site | 12568 | ||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||
length of protein | N/A | ||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 30 / 30 | ||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 705 | ||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 625 | ||||||||||||||||
length of CDS | 681 | ||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 207452 | ||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 54002231 | ||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GCTCACACTTGACCAAAAAGAAAAGCAGACCCCACCCACGC | ||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GCTCACACTTGACCAAAAAGCAAAGCAGACCCCACCCACGC | ||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MELEKREKRS LLNKNLEEKL TSKSNDYLTL NAGSQQERDQ AKLTCPSEVS GTILQEREFE ANKLQGMQQS DLFKAEYVLI VDSEGEDEAA SRKVEQGPPG GIGTAAVRPK SLAISSSLVS DVVRPKTQGT DLKTSSHPEM LHGMAPQQKH GQTPTTLPRA AGRETKYANL SSPSSTVSES QLTKPGVIRP VPVKSRILLK KEEEVYEPNP FSKYLEDNSD LFSEQQ* | ||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
speed | 0.76 s | ||||||||||||||||
mutation t@sting |
documentation |
Prediction |
polymorphism |
Model: without_aae, prob: 0.999999975415389 (classification due to TGP/ExAC, real probability is shown anyway) (explain) | |||||||||||||||
Summary |
|
hyperlink | |||||||||||||||
analysed issue | analysis result | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
name of alteration | no title | ||||||||||||||||
alteration (phys. location) | chr6:54002231A>CN/A show variant in all transcripts IGV | ||||||||||||||||
HGNC symbol | MLIP | ||||||||||||||||
Ensembl transcript ID | ENST00000358276 | ||||||||||||||||
Genbank transcript ID | N/A | ||||||||||||||||
UniProt peptide | Q5VWP3 | ||||||||||||||||
alteration type | single base exchange | ||||||||||||||||
alteration region | intron | ||||||||||||||||
DNA changes | g.207452A>C | ||||||||||||||||
AA changes | N/A | ||||||||||||||||
position(s) of altered AA if AA alteration in CDS | N/A | ||||||||||||||||
frameshift | N/A | ||||||||||||||||
known variant | Reference ID: rs2754779
| ||||||||||||||||
regulatory features | N/A | ||||||||||||||||
phyloP / phastCons |
| ||||||||||||||||
splice sites |
| ||||||||||||||||
distance from splice site | 12568 | ||||||||||||||||
Kozak consensus sequence altered? | N/A | ||||||||||||||||
conservation protein level for non-synonymous changes | N/A | ||||||||||||||||
protein features |
| ||||||||||||||||
length of protein | N/A | ||||||||||||||||
AA sequence altered | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu CDS | N/A | ||||||||||||||||
position (AA) of stopcodon in wt / mu AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
position of stopcodon in wt / mu cDNA | N/A | ||||||||||||||||
poly(A) signal | N/A | ||||||||||||||||
conservation nucleotide level for all changes - no scoring up to now | N/A | ||||||||||||||||
position of start ATG in wt / mu cDNA | 84 / 84 | ||||||||||||||||
chromosome | 6 | ||||||||||||||||
strand | 1 | ||||||||||||||||
last intron/exon boundary | 951 | ||||||||||||||||
theoretical NMD boundary in CDS | 817 | ||||||||||||||||
length of CDS | 873 | ||||||||||||||||
coding sequence (CDS) position | N/A | ||||||||||||||||
cDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | N/A | ||||||||||||||||
gDNA position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 207452 | ||||||||||||||||
chromosomal position (for ins/del: last normal base / first normal base) | 54002231 | ||||||||||||||||
original gDNA sequence snippet | GCTCACACTTGACCAAAAAGAAAAGCAGACCCCACCCACGC | ||||||||||||||||
altered gDNA sequence snippet | GCTCACACTTGACCAAAAAGCAAAGCAGACCCCACCCACGC | ||||||||||||||||
original cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
altered cDNA sequence snippet | N/A | ||||||||||||||||
wildtype AA sequence | MTSCILSGSI QTTPQVSAGG SEAKPLIFTF VPTVRRLPTH TQLADTSKFL VKIPEESSDK SPETVNRSKS NDYLTLNAGS QQERDQAKLT CPSEVSGTIL QEREFEANKL QGMQQSDLFK AEYVLIVDSE GEDEAASRKV EQGPPGGIGT AAVRPKSLAI SSSLVSDVVR PKTQGTDLKT SSHPEMLHGM APQQKHGQTP TTLPRAAGRE TKYANLSSPS STVSESQLTK PGVIRPVPVK SRILLKKEEE VYEPNPFSKY LEDNSDLFSE QLSHPMVAIP EHEALDSKEQ * | ||||||||||||||||
mutated AA sequence | N/A | ||||||||||||||||
speed | 0.67 s | ||||||||||||||||